Гриша Тагильцев
3.29K subscribers
6 photos
9 videos
147 links
Занимаюсь биологией в институте Макса Планка в Мюнхене. Пишу о науке и образовании.
.
Написать мне (на ты): @TagiltsevSupportBot
.
Навигация: https://telegra.ph/tgblog-navigate-06-06
Download Telegram
Непопулярная наука

О чем обычно рассказывают научпоп-ресурсы? О медицине, социальных и психологических закономерностях, о всяких интересностях из мира животных и, конечно же, о космосе.

При этом многие горячие темы, регулярно попадающие в Nature и Science, остаются менее заметны для широких масс.

Не хочу показаться обделенным, но таковой мне кажется моя область исследований. Благо у меня есть блог, где я могу о ней рассказать=)

Я изучаю, как устроены мембранные белки в живых клетках. Пока звучит максимально скучно, но скоро будет интересно.

Немного скучного бэкграунда:

Наши с вами клетки окружены мембраной. Она не проницаема для большинства веществ. В мембране есть специальные девайсы — мембранные белки — которые регулируют обмен этих самых веществ с окружающей средой.

В популярной науке часто рассказывают, за что отвечают эти белки: запускают сердцебиение, пропускают нервный импульс, активируют все наши чувства от зрения и вкуса до жажды и сонливости. На картинках их упрощенно отмечают всякими палочками и ромбиками. Но сама структура и механизм работы этих белков тоже невероятно интересны.

Интересное начинается здесь:

Эти белки используют разные крутые механизмы, чтобы протащить вещества сквозь мембрану.

Например в наших нейронах есть мембранные белки, которые представляют из себя миниатюрную кабину лифта (синяя штука на фото, тык). У этого лифта есть две открывающиеся двери. В кабине есть несколько стульев, на которых как пассажиры рассаживаются молекулы. Каждая молекула может сесть только на стул соответствующей формы. Когда все пассажиры сели, двери закрываются, и кабина лифта спускается по лифтовой шахте сквозь мембрану. Спустившись “на этаж ниже” двери открываются, “пассажиры” выходят.

На этом магия не заканчивается. В кабине автоматически выставляется другой набор стульев, и другие молекулы садятся в кабину. Двери опять закрываются, кабина едет вверх. Цикл полностью автоматизирован — нет никакого лифтера, который это контролирует.

Чтобы вы представляли размеры, эти молекулярные лифты меньше обычных лифтов во столько же раз, во сколько обычные лифты меньше Солнца. Как и обычный лифт, их молекулярные аналоги могут ломаться. Только вот такие поломки наблюдаются в серьезных патологиях: шизофрения, нейродегенеративные заболевания (Альцгеймер, Хантингтон), наркотические зависимости и тп.

На этом чудеса мембранных белков не заканчиваются.

Возьмем чувство холода. Его запускают белки, которые напоминают дверь со специальным “электромагнитым сенсором”, реагирующим на холод (клац)). Как и многие двери, их можно взломать отмычкой подходящей формы. Хорошо подходит молекула ментола. Поэтому от жвачки с ментолом во рту холодно, хотя сама жвачка не холодная.

Это лишь два примера из кучи вычурных механизмов разных мембранных белков.

Все эти приблуды интересны для двух целей:

1. Многие болезни связаны с неправильной работой мембранных белков. Поняв, как они работают, можно придумывать лечение.
2. Биомиметика: мембранные белки — это наикрутейшие нанодевайсы. Зачем изобретать велосипед, если он уже есть в природе?

Вот такие интересные штуки я изучаю на работе.

ЗЫ.
Давно обещал рассказать про фотку черной дыры, но так и не смог написать об этом лаконично. Вот лучшее объяснение, которое я видел: оригинал - англ, перевод - рус.

Вопрос:
Раньше я пробовал писать посты про популярную науку (тык1,тык2), но потом увлекся рефлексированием.
Хотите вернуть посты с краткими обзорами интересных научных тем?

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Аффтар, выпей йаду

В школе я больше всего ненавидел сочинения. В чем заключалось задание:

⁃ Высказать “свое” мнение. Кто ты такой, чтобы не соглашаться с Достоевским?
⁃ Написать текст на 4 страницы. Если уложился в две, надо было долить воды.
⁃ Написать согласованный текст. Оценивалось по логичной разбивке на абзацы.

Хоть задание и сомнительное, но цель благая — научиться писать, то есть письменно формулировать мысли. Меня заставляли писать сочинения вплоть до 11 класса. Вплоть до 11 класса я тиражировал четырехстраничные блоки нечитаемого кала (еще и с ошибками).

То есть писать не научился.

И вот с таким бэкграундом через 8 лет после окончания школы я решил не просто писать, но и обременять своей письменностью других. Так появился этот блог.

Сейчас блогу уже два года. Виртуозным текстоплетом я так и не стал, но по моим ощущениям, читабельность текстов за это время ощутимо выросла.

Почему личный блог оказался эффективнее сочинений по литературе?

Видавшие виды редакторы как правило дают один и тот же совет: чтобы научиться писать, надо писать. Много писать. Ну и читать хорошие тексты.

Чтобы много писать, вам должно быть интересно. В школе меня мало волновали страдания Наташи Ростовой. Да и сейчас есть темы позанятнее. Написание текстов на интересующие темы, наоборот, превратилось в хобби. Как результат я стал читать больше качественно написанных блогов, статей, и книг.

Именно в это время я подсел на Довлатова. Он точно знал, как написать сочный текст, после прочтения которого хочется откинуться на подушку и закурить. После моих школьных сочинений же хотелось просто откинуться.

Так почему бы ученикам просто не дать писать на интересующие их темы?

Зашел новый сингл? Расскажи об этом. Посмотрел новый фильм Дудя? На пару сочинений хватит. Стримил с акции протеста? Этого прорвет страниц на 10.

В таком случае учителю нужно лишь успевать модерировать текст: давать советы по структуре и стилю, указывать на корявые формулировки — чтобы качество текстов действительно улучшалось.

Носитель тоже не так важен: бумага, текст в ворде, заметка, накарябанная стилусом — пусть работают, как удобно. Пусть хоть в соцсетях постят.

Если вы уже закончили школу, все равно пишите. Интернет вам на что? Умение писать — нужный скилл, от статей и заявок на проекты, до конструктивных споров в твиттере.

В догонку мой старый пост про Довлатова и Нью-Йорк:
https://tttttt.me/grigorytagiltsev/114

И по традиции фоточка не в тему поста: наши студенты-медики давали клятву Гиппократа на прошлой неделе по зуму. Хотя этим уже никого не удивить.

Всем добра,
Тг

#образование
#советдня
Навигация по каналу

Всего лишь два года ушло на то, чтобы я дочесал все, что чесалось, и наконец-то составил навигацию по каналу.

За это время здесь было опубликовано 150 постов. Я отсортировал их по темам и составил список хештегов. Навигация будет допиливаться по мере равзития канала. Если знаете, как можно улучшить — велкоме с критикой: @TagiltsevSupportBot.

🔸Навигация по темам тут:
https://telegra.ph/tgblog-navigate-06-06

🔸Хештеги:

#научпоп — о проблемах науки и научная публицистика вперемешку
#образование — посты про образование
#карьера — посты про карьеру
#советдня — советы для повышения конкурентоспособности
#кампус — о кампусе, в котором я работаю
#чёпочём — цены в Нью-Йорке
#бумажкивсша — о бюрократии, с которой я сталкиваюсь за рубежом
#франция — про учебу во Франции

Кому лень копаться в навигации, отобрал для вас три старых поста:

🔹О восприятии культурно чуждых праздников при жизни за границей
тык

🔹История о том, как геном одной скончавшейся пациентки попал в общий доступ
тык

🔹Рак — болезнь, которую боятся называть
тыгыдык

Всем приятного чтения,
Тг
Гриша Тагильцев pinned «Навигация по каналу Всего лишь два года ушло на то, чтобы я дочесал все, что чесалось, и наконец-то составил навигацию по каналу. За это время здесь было опубликовано 150 постов. Я отсортировал их по темам и составил список хештегов. Навигация будет допиливаться…»
​​Науказбс

Этот канал читает много людей, как просто интересующихся наукой, так и занимающихся ею профессионально. Давайте совместим интересы одних и знания других.

Работаешь над самым крутым проектом (а иначе зачем вообще заниматься наукой?) и хочешь рассказать о нем миру? Напиши мне через бота @TagiltsevSupportBot.

Интересные проекты опубликую на этом канале (анонимно или с указанием имени — по желанию автора). Отличный шанс прорекламировать свое исследование для одних и узнать, на какие это разработки мы отдаем налоги, для других.

Можно отправлять не только фундаментальную науку. Создаешь мудреные нейросетки? Запускаешь ракеты в космос? — все это подходит.

Что писать в сообщении:

1. Тему проекта
2. Краткое описание
3. Добавь фразу “науказбс” в тексте первого сообщения, чтобы я мог искать по тексту

Выберу интересное, дальше вместе напишем текст и оформим в виде поста. Отбор будет жестче, чем на обложку Nature. Чтобы не забивать канал, подобные посты будут выходить 1-3 раза в месяц.

Посты по этой теме будут отмечаться хештегом #науказбс.

Ну и в кои-то веки картинка в тему. Эта размытая серая клякса привела к одному из основных научных открытий 20го века. Кто знает, что это такое? Расскажу в следующем посте.

Всем добра,
Тг
​​Фотография 51 — SCOOPED

Довольно емкое английское слово scooped трудно перевести на русский язык. Scoop — это эксклюзивная информация, которую журналист успевает опубликовать раньше своих конкурентов.

В научной среде оно имеет свой оттенок: to get scooped — когда тебя кинули коллеги, подсмотрели идею, украли данные и быстро опубликовали под своим именем.

Воровство идей и данных в науке встречается все чаще. Причина понятна — по оценкеCongressional Research Service мировые затраты на R&D в 2018 году составили 2 трлн долларов. Этот показатель вырос более чем в три раза с 2000 года. Количество ученых тоже неуклонно растет.

Денег много, людей много, идей мало — вот и имеем…

В истории науки есть фееричные сюжеты воровства (не всегда намеренного):

История первая

1986 год. Сотрудник Института Биофизики в Красноярске Виктор Охонин патентует STED-микроскопию — прорывной метод, который позволяет преодолеть дифракционный предел (из-за этого нельзя было различить два объекта на расстоянии 200 нм). Ура! Дифирамбы! Еще один природный барьер пал! — нет. Не знаю, что произошло тогда в Красноярске, но открытие почему-то осталось незамеченным.

1994 год. немец Штефан Хелль с коллегами в Финляндии публикует свою новую разработку — STED-микроскопию. И вот теперь: Ура! Дифирамбы! Еще один природный барьер пал!

В 2014 году Хелль получил Нобелевскую по химии совместно с Бетцигом и Мернером (они тоже работали над подобными методами). Бетциг создал Janelia, наикрутейший институт с самыми модными микроскопами. Хелль основал Abberior Instruments — компанию по разработке микроскопов. Охонин перебрался в Университет Оттавы. Не могу судить, не зная подробностей, но выглядит, как очень странная и неприятная история.

История вторая

Еще эпичнее первой. Картинка из предыдущего поста — известна как фотография 51 — это рентгенограмма кристаллов ДНК. Получена аспирантом из научной группы Розалинд Франклин (Розалинд на фото). Вскоре этот аспирант перешел к новому руководителю — Морису Уилкинсу — и тайком принес ему эту фотку. Уилкинс тайком показал ее Уотсону и Крику — ребятам, пытавшимся узнать структуру ДНК. Во многом на основе этой фотки, Уотсон и Крик опубликовали в 1953 году структуру двойной спирали ДНК. За это открытие Уотсон, Крик и Уилкинс получили Нобелевскую в 1962 году. Это одна из самых знаковых Нобелевских в истории.

Розалинд умрет от рака еще в 1958. Среди ее бумаг найдут неопубликованный черновик статьи, в которой она сама по своим данным (которые украл Уилкинс) додумалась до структуры ДНК, но, видимо, не успела опубликовать.

История с фотографией довольно поучительна. Не случайно на всех более-менее солидных научных конференциях запрещено фотографировать. Тем не менее все время встречаются индивиды, которые втихаря, раком, через подмышку просовывают камеру смартфона, чтобы незаметно сфотографировать ваши результаты. Наверно у каждого ученого есть пара знакомых, у которых или пытались стащить методику конкуренты, или рецензент без спроса пересылал рукопись статьи знакомым или искусственно тормозил продвижение статьи, чтобы самому опубликовать похожий результат первым.

Есть и хорошие новости. Если у вас пытаются что-то украсть — значит есть что воровать, и ваша работа чего-то стоит.

От воровства не спасут ни законодательство, ни влиятельные университеты/компании. Один мой препод в МГУ как-то сказал, что единственный верный способ защиты от воровства — бежать быстрее других.

Так что хватит залипать в телегу, бегом доделывать свои проекты)

Всем продуктивности,
Тг

#научпоп
​​Гендерный вопрос

Несколько раз угораздило меня присутствовать во время споров о трансгендерности. Если грубо, стороны две: за и против бинарной классификации полов.

Меня звали на эти разборки для “научного мнения”. Точнее мнение у сторон уже было. Они лишь хотели разузнать какие-нибудь заумный факт в их пользу. Из серии: “у нас уже есть позиция, придумай-ка нам ее обоснование”.

Какие аргументы я слышал чаще всего:

“У всех есть и мужские, и женские гормоны, значит нет четких границ пола”
— Эти гормоны действительно есть у всех, но “мужскими” и “женскими” мы назначили их сами.

“Среди животных нет трансгендеров, у них все по старинке”
— Опять нет. Например у голубоголовых губанов (рыбка такая) при отсутствии самца одна из самок меняет пол. Она превращается в полноценного самца за 10 дней, но например мозг полностью “самцовым” не становится. Люди так не умеют, но у разных животных не все так однозначно. На фото самец слева, самки справа (фото Kevin Bryant).

“У каждого пола есть свой набор хромосом: у мужчин XY, у женщин XX.”
— Так-то оно так. Но например есть ген SRY, который определяет пол на определенных стадиях созревания эмбриона. Изначально он сидит на Y-хромосоме, но в процессе образования плода может перескочить на X-хромосому. Тогда у мужчины недоразовьются половые органы. А мутации в ассоциированном белке SOX9 могут вызвать формирование яичников. Есть и другие сюжеты всего этого дела.

Если убрать шелуху, в вопросе есть два важных аспекта: научный и медицинский.

— Научный

Из-за табуированости темы ее толком не исследовали до недавнего времени. Никто бы и не дал на это деньги лет 50 назад.

На фоне скудности наших знаний люди из лагерей “за” и “против” бинарности выдирают научные исследования из контекста, чтобы доказать свою правоту. К науке это не имеет никакого отношения.

— Медицинский

Если наука не сильно зависит от социальных классификаций, то медицина — вполне себе социальный продукт, причем с ограниченными ресурсами. Существует медицинская бюрократия, которая составляет список патологий. Цель — увеличить качество и продолжительность жизни людей, а не составить список “юродивых”, на которых нужно показывать пальцем.

Например у людей с перескочившим на X-хромосому геном SRY наблюдается предрасположенность к раку половых органов. Вместо того, чтобы толерантно называть это нормой или озлобленно отправлять таких людей в психушку, надо выбирать стратегию, исходя из увеличения продолжительности и качества жизни.

В общем сложный вопрос. И если его накачивать предрассудками, легче не становится. Ну а вне науки и медицины все просто: каждый дрочит, как он хочет.

Тему сегодняшний поста предложил читатель. Спасибо за идею)

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Рейтинги-хуейтинги. Часть 2

Недавно вышел рейтинг ВУЗов от QS на 2021 год. Кстати почему они нумеруются на год вперед? Это же не FIFA, в конце концов…

МГУ на 74 месте (поднялся с 84), Корнеллский университет на 18 как и в прошлом году. Мы уже обсуждали, почему эти рейтинги не являются объективными, а российские вузы там занижены.

В одном из новостных выпусков Артемий Лебедев назвал одну из причин. Если краток: в России научные статьи в основном производится в НИИ, а универы сфокусированы на образовании. На Западе же и науку, и образование производят университеты, что дает им больше баллов в рейтингах.

Это не совсем так. И в США, и во Франции, и в Германии есть огромные сети научных институтов, которые производят львиную долю топовой науки и ни как не связаны с университетами. Эти западные НИИ не являются учебными заведениями и отсутствуют в рейтингах ВУЗов, точно так же, как и российские институты.

Возникает вопрос: как сравнить научную состоятельность и НИИ и универов?

На то есть свои рейтинги. Например журнал Nature регулярно публикует Nature Index, который оценивает научный вклад всех НИИ и университетов мира.

Смотрим топ-500 научных заведений: 139 из США, 109 из Китая, 42 из Германии, 4 из России.

МГУ на 347 месте, Корнелл на 24-м. Российская Академия Наук (то есть все НИИ РАН суммарно) на 58 строчке — это единственная российская организация в топ-100. Впереди планеты всей Китайская Академия Наук, за ней Гарвард и немецкий Макс Планк.

Из-за разной цитируемости и частоты публикаций честнее сравнивать по предметам. Сразу бросается в глаза, что РАН вперед тянут физики (22 место в Physical Sciences), а та же биология (Life Science) сильно проседает — даже не входит в топ 100.

Помимо всем известных университетов в рейтинге действительно очень много НИИ, не входящих в рейтинг ВУЗов:

В том же Life Science на втором месте Национальный Институт Здоровья США (NIH) — огромный исследовательский центр в городе Бетесда, штат Мэриленд. Или например французский институт INSERM — 44-й (скорее сеть институтов, я там работал 4 года назад).

Интересно выглядит топ-100 институтов по скорости развития: 92 из 100 находятся в Китае.

Но на этих рейтингах тоже не стоит зацикливаться. По корявости они не уступают рейтингам ВУЗов:

Во-первых целые академии наук (типа РАН или китайской АН) сравниваются в перемешку с локальными топовыми НИИ типа Scripps Research. Хотелось бы какой-то нормализации, например производительность на лабораторию или на ученого.

Во-вторых не очень понятно, как учитываются публикации вне издательства Nature. Те же физики скажут, что у них котируется Physical Review Letters, в котором опубликована большая часть нобелевских работ по физике.

Тем не менее рейтинги типа Nature Index позволяют примерно оценит производительность научных заведений (1-е место явно лучше 500-го).

Напоследок зацените, как выглядит главная площадь в Salk Institute (еще один топовый американский НИИ, тоже отсутствует в рейтинге ВУЗов). Сфоткал, когда был проездом на конференции в Сан-Диего.

Всем добра,
Тг

#научпоп
#образование
Самодостаточность

Сегодня редкий пост не про науку.

Два года назад я ездил в Питер на матчи ЧМ2018. В перерывах между футбиком была плотная культурная программа. Вот три примера типовых экскурсий:

Экскурсия 1, Кронштадт: Маленький клочок земли в Финском заливе напичкан крутейшими техническими решениями 18 века. При этом экскурсовод всю дорогу виновато оправдывалась: “Наши технологии при Петре I не уступали голландским, наш форт “Александр I” не хуже французского…”

Экскурсия 2, Кунсткамера: Местный экскурсовод подхватил ту же песню: “…наша коллекция не уступает другим коллекциям … даже глобус есть”

Экскурсия 3, кораблик по Неве: Не мог оторвать глаз от изумительной красоты города. Но тут включился аудиогид, и началось: “Санкт-Петербург — Вторая столица, Третья Венеция, Десятый Амстердам…”

Мне как бы намекали, что перед СПб надо съездить в Венецию, Амстердам и еще десяток европейских городов.

После переездов во Францию и в США посыл “у нас не хуже” на контрасте все сильнее бросается в глаза во многих аспектах. Питер лишь попал под горячую руку как пример.

Тот же Нью-Йорк не является ни столицей США, ни даже столицей штата. Ньюйоркцев это вообще не парит. Для них это самый главный город в мире. Остальных они на шпиле Эмпайр-Стейт вертели.

Если сообщить эту информацию парижанам, они от изумления подавятся круассаном и прочими стереотипами. Ведь для них Париж — вообще единственный город в мире, остальное — бескультурная провинция. Они их на Эйфелевой башне вертели.

Недостаток самодостаточности всегда порождает вторичность. Питер — не вторая Венеция, а один из самых красивых городов в Европе и самый красивый в России. Надо позиционировать его так, чтобы туда ехали не после Венеции, а вместо Венеции.

Вот такая незамысловатая получилась аллегория. Распространяется не только на города;)

Напоследок зацените, как корейцы забивали немцам в Казани два года назад.

Всем добра,
Тг

#советдня
​​Curiosity

Настанет день, когда физики покорят атом и освоят самые отдаленные части Галактики, химики создадут материалы с невероятными свойствами, а биологи придумают таблетку от всех болезней. Ведь так?

Может быть, когда-нибудь… Давайте будем честными: у большей части науки нет и не будет никакого применения (имею ввиду фундаментальную науку).

Идеальный пример — астрономия. Открытие новых звезд не приводит к созданию новых продуктов. И вряд ли мы до этих звезд когда-нибудь долетим.

Пока вы читаете этот пост, где-то далеко на Марсе трудится легендарный марсоход, чем-то напоминающий Валл-И. Curiosity обошелся американцам в 2.5 млрд долларов (примерно как весь космодром Восточный).

Зачем в кусок железа размером с Ладу Калину влили столько денег? Наличие дорогой штуковины на Марсе не отражается на качестве жизни рядовых американских налогоплательщиков.

Ответ кроется в названии самого марсохода. Любопытство — основная причина, по который мы вытворяем все эти научные выкрутасы. Когда ученый ставит новый опыт, им движет желание ткнуть пальцем в неизвестное. В это время он не думает ни спасении человечества, ни о коммерческом применении.

Тыкание в неизвестное стоит денег. Их выдают в виде грантов. Отвечая на вопрос “зачем нам это финансировать?”, многие ученые начинают лукавить про грандиозные достижения из первого абзаца. Почему не быть честными: “Мы можем узнать, как это работает. Если вам тоже интересно, вот ценник”.

Безусловно у всего этого есть побочный эффект. Иногда фундаментальные открытия приводят к созданию новых инженерных решений. Научные центры обрастают стартапами, туда приходят фармкомпании и IT-гиганты. Далее все это размывается в Research and Development (R&D), который уже реально приводит к строительству самолетов и лечению болезней.

Но все же единственный гарантированный продукт фундаментальной науки — это новые знания.

Ну и в таком посте нельзя не вспомнить, как Nasa нарисовали огромный писюн на Марсе…))

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Новая этика

Через пару дней после переезда в Нью-Йорк я впервые оказался в Центральном парке. 5-я авеню была забита людьми со странными розовыми штуками на голове (на фото, источник - NYT). “Какие интересные шапочки” — подумал я и полез гуглить. Выяснилось, что это был марш женщин, выступающих против Трампа и его сексистских наклонностей. Розовые шапки олицетворяли вязаные вагины.

В последние годы появляется все больше вопросов, бросающих вызов устоявшимся этическим нормам: от уже банального “Можно ли подмигивать женщинам? А мужчинам?”, до неожиданного “Можно ли обижать роботов?”. Все эти вопросы объединяют в так называемую новую этику.

Ранее новая этика была локальной историей и существовала лишь в кулуарах интеллигенции и шуме активистов. Сейчас она меняет политику, определяет корпоративную этику и приводит к созданию новых смыслов в IT.

У изначально чисто социального явления появилась вполне себе утилитарная подоплека. Из соображений репутации все солидные университеты и крупные компании стали активно декларировать свою позицию, когда случается очередной metoo или BLM. Поэтому, если вы делаете карьеру, быть в курсе основных тем и публичной позиции вашей компании как минимум полезно.

Лично мне особенно интересна IT-составляющая новой этики. Мое любимое — эффект “зловещей долины” и стоит ли делать роботов, похожих на людей.

В этом блоге я мало касаюсь новой этики по двум причинам:

1. Во многих вопросах не шарю и еще не сформировал собственного мнения.
2. По моему опыту лучшие материалы по новой этике — всегда диалог двух людей. Все монологи и личные статьи, кем бы ни был автор, уступают в емкости.

[абзац удален]

Ну и про ту же “зловещую долину” есть у Себранта (тык).

Понятия не имею, как удобно давать ссылки на подкасты, поэтому даю ссылки на сайты. Или ищите ручками в вашем приложении для подкастов.

Всем добра,
Тг

#карьера
Обо всем понемногу

Накопилось новостей, ковидных и нековидных. Выложу их в один пост.

Про ковид:

Наш универ не будет повышать аренду в предстоящем учебном году. При этом стипендия выросла чуть больше, чем обычно. В норме и аренду, и стипу увеличивают на 3-4% каждый год.
-
Так как в госпиталь жертвовали много еды, нас бесплатно кормили 3 раза в день до конца июля. Несмотря на то, что я занимаюсь исследованиями, кормили и врачей и ученых.
-
Вообще часто стали перепадать какие-то плюшки. Я постоянно забываю снять бейдж госпиталя при выходе с работы. При виде бейджика многие бары делают скидку, в каких-то магазинах перепадает бесплатная выпечка. Каждый раз я объясняю, что вообще не врач, и в госпитале занимаюсь наукой. Но плюшки все равно навязывают, потому что это “для всех работников госпиталя”.
-
Меры предосторожности все те же: маски обязательны на работе, все встречи по зуму. Маски выдают на входе в госпиталь. Санитайзера вокруг столько, что можно полы мыть. Помимо этого нам надо заполнять ковидную анкету каждый день перед входом в госпиталь. В специальном приложении надо просто подтвердить, что симптомов нет, больных не облизывал. Так как я все еще долечиваю свой перелом, мне надо чекиниться и как сотруднику, и как пациенту.

Не про ковид:

На этой неделе к нам в госпиталь поступил брат Трампа Роберт. В пятницу Дональд Трамп решил навестить его. Из-за этого перед госпиталем перекрыли минимум километр дороги. Многие сотрудники забили соцсети призывами к импичменту президента, потому что тот мешает им перейти дорогу. Я как раз шел домой по тротуару и снял проезжающий кортеж Трампа (видео под этим постом, Трамп вроде бы в последнем черном джипе). Вчера Роберт скончался.
-
Вчера был на митинге против жестокости силовиков в Беларуси. Люди (в основном белорусы) приносили цветы к посольству РБ и в сквер напротив Генассамблеи ООН. Кто-то принес большие колонки — постоянно включали Ляписа. Иногда сигналили проезжающие мимо машины. За процессом со скучным видом наблюдали пятеро полицейских.

В конце с разрешения полиции несколько человек под крики “Уходи!” прямо перед зданием ООН запустили карикатуру на Лукашенко на красно-белых воздушных шариках (видео под этим постом).

🤍❤️🤍
​​Изобретаем лекарства на игровых приставках

Не знаю, с чего начать, поэтому начну с середины. Скорость производства науки все время растет. Но даже в последние последние годы на публикацию нормального качества в биологии уходило минимум полгода.

И тут ковид все сломал. Смотрите сами:

Декабрь. Мы узнали про вирус.
Конец января. Опубликован геном вируса.
Март. Опубликованы структуры вирусной протеазы и пепломера (красные пипки на самой известной фотке коронавируса).
Апрель. Протестированы сотни потенциальных ингибиторов протеазы. На момент написания поста их уже 940.
Май. Опубликованы десятки структур протеазы с ингибиторами (сейчас уже 188).
Конец мая. Насчитаны какие-то конские десятки миллисекунд симуляций молекулярной динамики (это очень много).

Год назад я бы оценил длительность такой работы минимум в 2-3 года (реалистичнее лет 5). Но никак не полгода.

Такая скорость стала возможна благодаря совместным усилиям — очень много лабораторий очень быстро скооперировались. Особенно на этой волне выстрелил проект Folding@home.

В чем суть:
Обычно для симуляции биомолекул с потенциальными лекарствами используют суперкомпьютеры. Но суперкомпьютеры дико дорогие и не такие умные, как хотелось бы. Запущенный 20 лет назад проект folding@home предлагает вместо одного дорогого суперкомпьютера объединить все домашние компы и ноутбуки мира.

Когда ваш ноут стоит без дела, вы можете подключить его к сети folding@home, и на нем тоже будут рассчитываться симуляции. Получается мировая сеть из обычных компьютеров. Вроде раньше можно было даже PlayStation подключить.

Пару месяцев назад этот “виртуальный суперкомпьютер” превысил вычислительную мощность 1 экзафлопс в секунду (это прям много, такого еще не удавалось ни одному суперкомпьютеру). Сейчас эта махина обходит по мощности 10 топовых суперкомпьютеров вместе взятых.

Конечно, у проекта есть и подводные камни — стоимость электричества и износ процессора вам никто возмещать не будет (хотя там небольшие затраты). То есть авторы не просто получили самый быстрый комп в мире, но и на электричестве и расходниках сэкономили. И сейчас они просчитывают сотни вариантов ингибиторов коронавирусной протеазы.

Кстати зацените, как работает роботизированный лабораторный стол (на видео). Одна лаборатория из нашего универа, участвующая в этом проекте, запилила себе такой прямо перед карантином. Вот уже полгода как сотрудники сидят с ноутами дома на диване или на пляже в Калифорнии, пока робот пашет за них в режиме 24/7. Странно, что они все еще нанимают лаборантов.

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Ежедневный пророк

Помните в Гарри Поттере была газета “Ежедневный пророк”? У издания была крутая фича, отличающая ее от магловских газет — живые фотографии, напечатанные на бумаге. Скорее это напоминало гифки — люди на фотографиях совершали повторяющиеся движения.

Этой фичи жутко не хватает научным журналам. Сегодня мы обложились микроскопами, модными симуляциями, 3D-моделированием и тп. Чтобы полноценно показывать результаты этих методов требуется анимация.

Но в научных статьях вы можете публиковать только неподвижные картинки (в основном тексте). Это ограничение ужасно бесит, особенно в 2020 году — когда все статьи в интернете, можно обложиться анимациями.

Научный журнал eLife пофиксил эту проблему. Печатать видосы на бумаге как в Гарри Поттере они еще не научились. Но зато они сделали статьи интерактивными.

Как это выглядит:
Авторы публикуют текст статьи и исходные данные. Далее изображения в статье генерятся из этих исходных данных на основе прикрепленного кода, написанного на питоне. Вы можете править этот код прямо в статье в браузере: чтобы листать картинки, двигать шкалы на графиках, пробовать построить свои уравнения.

Дальше лучше: все рассчитанные значения в тексте статьи тоже посчитаны вживую из исходных данных. Нажав на результат расчета какой-нибудь формулы, вам покажут код питона, который его посчитал. Это дико удобно, теперь можно делать всякие статистические тесты прямо в статьях!

Ну и вишенка на торте: статью можно запустить, как программу. То есть при запуске все коды, вкрапленные в статью последовательно запустятся и обновят содержание. Даже в Гарри Поттере такого не было.

Пример интерактива снизу: я открыл первую попавшуюся статью и поменял цвет левого столбца с красного на зеленый прямо на сайте журнала. То есть я могу переделать графики под себя, скажем, для презентации (например убрать лишние данные, поменять шкалы и тп). По сути это напоминает стандартный питоновский notebook, оформленный в статью.

Не могу не напомнить, как я 100500 раз призывал всех учиться программировать (тык1, тык2). И это не только про студентов. Многие профессора, которые “слишком старые для этого дерьма”, берут студентов, чтобы те им кодили. Скоро они и статьи полноценно читать не смогут?

Теперь осталось дождаться, когда постеры на научных конференциях будут показывать на экранах, а не на бумаге. А то печатать видео мы пока не научились.

ЗЫ. Теперь на этом канале нативные комментарии. Если у вас не работает - обновляйте телегу.

Всем добра,
Тг

#научпоп
​​Сколько стоит сломать ногу в Нью-Йорке

Данный пост не является медицинской рекомендацией. Лечитесь у врачей, а не у блогеров.

В середине мая я упал на тренировке и услышал до боли знакомый хруст. На следующий день пошел в наш ортопедический госпиталь (не пошел в больницу в день травмы из-за ковида, подробнее тут: тык). Сразу же сделали рентген. Врач принял через 15 минут.

Дико боялся, что улетела какая-нибудь связка. Оказалось — перелом малой берцовой — с облегчением выдохнул (кости заживают почти без последствий). Врач сказал, что с большой вероятностью срастется без операции — смещение небольшое, и кость сама выровняется. Прям день хороших новостей)))

Прогноз: буду бегать через 2-3 месяца (забегая вперед, прогноз не сбылся).

Дальше я ходил к врачу раз в 2-3 недели. Каждый раз рентген, и прием через 15 минут. Каждый прием врача и каждый рентген стоил $25 с моей страховкой. Всего $50 за визит. Всего было 5 визитов.

Итого за приемы врача и рентгены — $250.

На пятой неделе я начал физиотерапию. Сеанс физиотерапии с моей страховкой — тоже $25. Первый месяц — два раза в неделю, второй месяц — раз в неделю. Далее — два раза в месяц. Физиотерапевт сказал, что врачи все время переоценивают восстановление — на деле я смогу ходить через 2 месяца, бегать через 4. Так и случилось.

Итого за физиотерапию на момент, когда начал ходить — $250, когда начал бегать — около $400.

Здесь надо объяснить, как работает американская страховка. После оказания медуслуг госпиталь выставляет счет вашей страховой компании. Эта сумма всегда завышена, так как страховка будет торговаться. Например за первый прием мой госпиталь запросил $1700. Далее страховка перенаправляет этот чек третей конторе, которая оценивает адекватность услуг и самой цены. В результате этой “экспертизы” страховка сообщает госпиталю, сколько она готова заплатить на самом деле. Разницу госпиталь может потребовать с вас.

Если у врача и страховой компании есть договоренность о сотрудничестве, независимо от их внутренних споров о цене, вы будете платить фиксированную стоимость — co-pay. Для меня этот co-pay составляет $25 на большинство услуг. На сайте каждого врача есть список страховок, с которыми он работает.

Также есть out-of-pocket cost — сумма, которую бы я заплатил, если бы вообще не использовал страховку. Эта цена как правило фиксирована. Например первый прием физиотерапевта out-of-pocket обошелся бы в $560, последующие — $280.

По восстановлению: начал ходить через 2 месяца, легкий бег — через 4 месяца, футбол — 5 месяцев. Голеностоп все еще слабый, никак не получается вернуться в форму, но прогресс на лицо.

Стоит оговориться, что это лучший спортивный ортопедический госпиталь в США и один из лучших в мире (тык), так что не стоит оценивать по нему средний уровень медицины. Я лечил здесь 2 перелома, каждый раз меня отлично восстанавливали. В госпитале работают крутейшие врачи и физиотерапевты. Например мой врач работал в клубе New York Jets, физиотерапевт работал в Brooklyn Nets. Моя знакомая недавно повредила связки — ее лечила врач, которая была терапевтом женской сборной США на Олимпиаде в Сочи.

К счасть этот госпиталь — часть нашего кампуса, и университет оплачивает студентам страховку, которая действует в этом госпитале.

Всем добра,
Тг

#чёпочём
​​Коллективный разум

Моим первым курсом в аспирантуре была биофизика. Рассказывая структуру курса на первом занятии, лектор посоветовал делать домашние задания в группах:

“Working in groups is strongly encouraged. Make friends with the other people in the class, work together, talk to each other, make use of each other’s intelligence.”

Этот курс был не исключением: все последующие предметы в аспирантуре включали работу в группах.

До переезда в США у меня был другой опыт — над большинством домашек все работали поодиночке. Коллективная работа ограничивалась простым списыванием (пост про списывание тут).

Действительно, может сложиться впечатление, что если разрешить работу в группах, то один отличник будет делать всю работу за двух-трех троечников. Но бороться со списыванием надо не разделением студентов, а нулевой толерантностью к списыванию. У нас в Корнелле за списанные работы просто ставят ноль баллов без возможности пересдачи.

Но даже без прямого списывания при работе группах кто-то всегда делает чуть больше. В этом нет ничего страшного. За счет разных подходов и обсуждения работы выигрывают все.

Фраза “…make use of each other’s intelligence” идеально это описывает.

Например, сейчас я прохожу курс, в котором довольно много программирования. И я мог бы в одиночку написать все проекты по программированию. Но каждый строит алгоритмы и пишет код по-своему. За счет работы в группе я узнаю варианты решения, до которых не додумался сам, и делюсь своими вариантами с другими. А обсуждение позволяет найти оптимальное решение.

Кстати подобный подход заложен в основе школы 42 — французского феномена в образовании, про который я рассказывал ранее (тык).

Ну и по традиции медиафайл к посту опять не в тему. Недавно был в парке Секвойя — зацените, как выглядит “Генерал Шерман” — одно из крупнейших деревьев в мире. Эта 83х метровая махина пустила корни еще до появления Римской империи.

Всем добра,
Тг

#образование
​​Менторство

Вы часто присылаете вопросы по поступлению в магистратуру/аспирантуру и науку за рубежом в целом. Кому-то нужен конкретный совет, кого-то просто мотивировать к действию. Для меня это тоже хороший нетворкинг — в итоге все довольны.

Взаимопомощь — очень сильная черта академической среды: вы все время у кого-то учитесь, а кто-то учится у вас.

Этим летом мне написал парень из Принстона и предложил поучаствовать в программе Science Mentors.

Он — Саша Кауров (астрофизик из Принстона) и еще два организатора, Виктория Коржова (менеджер по продукту в Product People) и Михаил Крещук (занимается quantuum computing в Tufts University) — замутили очень крутую историю. В чем суть:

В программу набирают мотивированных студентов, которые уже успели соприкоснуться с наукой, но столкнулись с какими-то сложностями, и их надо немного подтолкнуть к следующему шагу. Также набирают группу менторов, которые уже выпустились и имеют опыт работы в академии/индустрии. Среди студентов отбирают тех, кому программа реально может помочь исходя из текущего набора доступных менторов.

После набора составляют пары: 1 студент — 1 ментор. Они выявляют проблему и обсуждают цели на программу. И далее встречаются/созваниваются шесть раз по часу с перерывами в две недели. На каждой встрече студент и ментор смотрят на текущий прогресс и обсуждают дальнейшие действия.

Например, в предыдущем наборе мне назначили студентку, которая хочет продолжить академическую карьеру, но сомневалась, куда идти дальше. Мы обсудили потенциальные лаборатории, рассмотрели разные программы и как лучше оформить заявку. Сейчас она активно подается в аспирантуры в разных странах. На самом деле она бы и без меня справилась, я скорее был группой поддержки.

Вообщем отличная инициатива, организация супер. Ну и в целом ребята занимаются важным делом. Сейчас идет новый набор.

Подробнее о программе можно почитать на сайте: ➡️ клик.
Там же есть формы заявок для студентов и для менторов.

Следующая программа начинается 1 февраля.
Прием заявок открыт до 17 января.

Участие бесплатное: студенты не платят, менторам не платят.

Если вы студент, которому нужна помощь, или потенциальный ментор, который хочет помочь — велкоме. Я уже записался в менторы.

А если этот пост не для вас, то просто с наступающим Новым Годом!
ЗЫ. Мы с друзьями по приколу взяли тест-драйв Теслы. Оказывается, машина за $80К умеет пукать))

Всем добра,
Тг

#образование
​​Идеальное разрешение

Каждый декабрь разные издания публикуют топы научных достижений уходящего года. Сегодня расскажу о нескольких достижениях, которые особо не заметили в широких новостях, но горячо обсуждались в научных кругах. Думаю, именно они сыграют важную роль в будущем.

Дело в том, что сразу два популярных вида микроскопии: флуоресцентная и электронная — приблизились к своему идеальному разрешению.

Начну издалека. Откройте карты на телефоне и посмотрите на вашу геолокацию. Технически телефон измеряет свое местоположение, а не ваше. В каком случае геолокация телефона определена с идеальным разрешением? — когда погрешность геолокации равна размеру телефона (а точнее чипа GPS).

Флуоресцентная микроскопия чем-то напоминает определение геолокации. Вы прикрепляете флуоресцентную (светящуюся) метку, например, к какому-нибудь белку в клетке. Далее флуоресцентный микроскоп позволяет увидеть, в какой именно части клетки находится эта метка (а значит и сам белок). Задача похожа на определение геолокации, где вы - это белок, а телефон с GPS — флуоресцентная метка.

С развитием метода точность поиска метки все время росла. И вот Abberior Instruments — компания Штефана Хелля (я его уже упоминал: тык) — показали микроскоп Minflux, разрешение которого равно размеру флуоресцентной метки. На фото видно его разрешение по сравнению с конфокальным микроскопом (больше фоток на сайте - тык). Судя по соцсетям, Minflux расходится как горячие пирожки. Уже выходят первые исследования, сделанные на этом микроскопе. And there are more to come…

Теперь про электронную микроскопию:

Единственное отличие от обычного светового микроскопа — на образец светят пучком электронов — это позволяет увеличить разрешение на порядки. Улучшенная версия — криоэлектронная микроскопия — даже позволяет определять структуру белков, то есть найти координату каждого атома белка в 3D.

Но в случае со структурами белков задача чуть сложнее, чем с геолокацией. Микроскоп может делать только двухмерные фотографии. Таким образом вы фотографируете двухмерную “тень” трехмерного объекта. А дальше комп собирает из этих “теней” 3D-структуру. Идеальное разрешение структуры белка должно быть соизмеримо с размером атома (сильно утрирую).

Лет 10 назад многие бы сказали, что это нереально. Но в этом году сразу две лаборатории (раз, два) за счет ряда улучшений смогли достичь разрешения структуры белка с точностью в один атом!.. Один атом, Карл!

Хорошо, увеличилось разрешение: и что с того? — Дело в том, что большая часть новых данных об устройстве живой клетки производится именно этими методами. Современная физиология клетки уже кардинально отличается от физиологии 10 лет назад. Судя по последним улучшениям разных методов, скоро физиология окончательно покроется уравнениями и расчетами и превратится в биофизику на стероидах.

Казалось, что год можно заканчивать, но тут отличились ребята из Google Deepmind (та самая компания, чья нейросеть обыграла человека в го). Они заявили, что им вообще не нужен никакой микроскоп, чтобы узнать структуру белка.

Они показали нейросеть AlphaFold, которая с довольно высокой точностью предсказывает структуру белка всего лишь по его аминокислотной последовательности. Разрешение ниже, чем в криоэлектронной микроскопии, но, думаю, это вопрос времени. Если эта штука заработает рутинно, то для получения структуры белка вместо многомиллионного оборудования и недель работы достаточно будет иметь ноут с инетом, и вы получите структуру в один клик. То есть предсказание потенциальных лекарств будет занимать два клика. Заслуженно многие отзывы об этой работе начинались со слов “It’s a game changer”.

Бонус:

Deepmind вообще феерили в этом году. Например они показали нейросеть, которая лучше живых врачей предсказывает рак груди по маммограммам. Сейчас есть куча лаб, которые пытаются научить комп ставить диагнозы по рентгеновским снимкам, МРТ или УЗИ. Но таких убедительных результатов я еще не видел.

Всем добра,
Тг

#научпоп