Осьминоги и РНК-редактирование.
Осьминоги очень крутые.

Статья в Cell: http://www.cell.com/cell/comments/S0092-8674(17)30344-6
Заметка в The New York Times: https://www.nytimes.com/2017/04/06/science/octopus-squid-intelligence-rna-editing.html
Заметка в The Washington Post: https://www.washingtonpost.com/news/speaking-of-science/wp/2017/04/06/octopuses-and-squids-can-rewrite-their-rna-is-that-why-theyre-so-smart
Обсуждение на Reddit: https://www.reddit.com/r/science/comments/64avn9/smart_cephalopods_trade_off_genome_evolution_for/

#octopus

А вот снова про хроматин.

- The BET Protein BRD2 Cooperates with CTCF to Enforce Transcriptional and Architectural Boundaries http://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(17)30164-8
- Single-nucleus Hi-C reveals unique chromatin reorganization at oocyte-to-zygote transition http://www.nature.com/nature/journal/v544/n7648/full/nature21711.html
- 3D structures of individual mammalian genomes studied by single-cell Hi-C http://www.nature.com/nature/journal/v544/n7648/full/nature21429.html
- Complex multi-enhancer contacts captured by genome architecture mapping http://www.nature.com/nature/journal/v543/n7646/full/nature21411.html

#chromatin #epigenetics #genomes

Отличный лонгрид от The New Yorker про исследования в области старения в Кремниевой долине: http://www.newyorker.com/magazine/2017/04/03/silicon-valleys-quest-to-live-forever

Небольшая статья о жизни беспозвоночных в северных морях: http://elementy.ru/kartinka_dnya/295/Neistrebimaya_ektoplevra.

А вот о том, что пора уже использовать последнюю аннотацию генома человека.
http://genome.cshlp.org/content/early/2017/04/07/gr.213611.116.abstract

#genomes

Машинное обучение всё больше используется в биоинформатике.
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-017-1189-z

#ML

Громкий заголовок в Quartz к заметке о том, что нового открыли в механизмах консолидации памяти.

https://qz.com/960066/for-half-a-century-neuroscientists-thought-they-knew-how-memory-worked-they-were-wrong/

http://science.sciencemag.org/content/356/6333/73

#neuroscience

И ещё нейробиологических статей.

- Mapping of a non-spatial dimension by the hippocampal–entorhinal circuit (http://www.nature.com/nature/journal/v543/n7647/full/nature21692.html, обсуждение на Reddit https://www.reddit.com/r/science/comments/65tnrh/gps_of_the_brain_does_a_lot_more_than_navigation/)
- Network Science and the Effects of Music Preference on Functional Brain Connectivity: From Beethoven to Eminem (https://www.nature.com/articles/srep06130, обсуждение на Reddit https://www.reddit.com/r/science/comments/65olyj/a_brain_circuit_known_to_be_involved_in/)

#neuroscience

Вот это важная новость про успехи в разработке «искусственной матки». Пока на ягнятах, но уже впечатляет.
Оригинал в Nature Communications.
Заметка на The Verge.

Очень крутое чтиво от Wired про генетику боли.
Ген SCN9A (ENSG00000169432) кодирует α-субъединицу натриевого канала, и разные мутации в нём могут приводить к повышенной болевой чувствительности (в т. ч. при эритромелалгии) или к врождённой нечувствительности к боли.
Для интересующихся вот страница этого гена в OMIM.

А это про достижения модного ныне single-cell RNA-seq. Авторы сравнивали профили отдельных клеток крови и составляли таким образом клеточные популяции. Как утверждается, удалось найти новые субпопуляции дендритных клеток и моноцитов.
Science
PDF

Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors

А вот The Verge пишет про апрельскую статью в Science Advances о грибах и биолюминисценции.
(Работа, кстати, сделана в т. ч. отечественными учёными.)

Разное:
- Апрельская заметка про голого землекопа на The Verge
- Про спортивный костюм со встроенными Bacillus subtilis от MIT: reddit, MIT News, Science Advances


#transcriptomics, #chromatin:
- Про аллель-специфичную экспрессию
- Внушительного объёма работа про белок-белковые взаимодействия
- Обзор про динамику нуклеосом
- Про биологическую вариацию в данных RNA-seq
- Тканеспецифичные изоформы транскриптов отличаются в первую очередь TS-сайтами и poly(A)-сайтами
- Статья 2016 года про кластеры RNA Pol II и уровень экспрессии соответствующих мРНК


#neuroscience:
- Обзор про роль эпигенетики в нейродегенеративных заболеваниях
- Про роль глубокого сна
- Глиальные клетки кормят лактатом аксоны (кратко)


#singlecell:
- Магия: метилтрансферазой можно пометить открытый хроматин, а затем провести бисульфитное секвенирование и РНК-секвенирование
- Восстановление данных экспрессии генов в отдельных клетках при РНК-секвенировании

Наука о том, как фламинго стоят на одной ноге: заметка в The New York Times.

Тут про то, что FDA одобрила лекарство против опухолей с биомаркером MSI-H (microsatellite instability-high). Лекарство, разработанное компанией Merck, называется Keytruda.

Статья про эпистаз. И — что особенно здорово — статья об этой статье от одного из авторов оригинальной работы.

Статья в Scientific Reports о том, что применение методов глубокого обучения для данных компьютерной томографии позволяет предсказывать, сколько осталось жить пациенту.
Что примечательно, первый автор участвует в обсуждении работы на Reddit.

Тут авторы предлагают предсказывать фенотип для данных RNA-seq: если есть столько RNA-seq'ов с неполными метаданными, то почему бы пропущенные метаданные не предсказать.