Разное:
- Апрельская заметка про голого землекопа на The Verge
- Про спортивный костюм со встроенными Bacillus subtilis от MIT: reddit, MIT News, Science Advances
#transcriptomics, #chromatin:
- Про аллель-специфичную экспрессию
- Внушительного объёма работа про белок-белковые взаимодействия
- Обзор про динамику нуклеосом
- Про биологическую вариацию в данных RNA-seq
- Тканеспецифичные изоформы транскриптов отличаются в первую очередь TS-сайтами и poly(A)-сайтами
- Статья 2016 года про кластеры RNA Pol II и уровень экспрессии соответствующих мРНК
#neuroscience:
- Обзор про роль эпигенетики в нейродегенеративных заболеваниях
- Про роль глубокого сна
- Глиальные клетки кормят лактатом аксоны (кратко)
#singlecell:
- Магия: метилтрансферазой можно пометить открытый хроматин, а затем провести бисульфитное секвенирование и РНК-секвенирование
- Восстановление данных экспрессии генов в отдельных клетках при РНК-секвенировании
- Апрельская заметка про голого землекопа на The Verge
- Про спортивный костюм со встроенными Bacillus subtilis от MIT: reddit, MIT News, Science Advances
#transcriptomics, #chromatin:
- Про аллель-специфичную экспрессию
- Внушительного объёма работа про белок-белковые взаимодействия
- Обзор про динамику нуклеосом
- Про биологическую вариацию в данных RNA-seq
- Тканеспецифичные изоформы транскриптов отличаются в первую очередь TS-сайтами и poly(A)-сайтами
- Статья 2016 года про кластеры RNA Pol II и уровень экспрессии соответствующих мРНК
#neuroscience:
- Обзор про роль эпигенетики в нейродегенеративных заболеваниях
- Про роль глубокого сна
- Глиальные клетки кормят лактатом аксоны (кратко)
#singlecell:
- Магия: метилтрансферазой можно пометить открытый хроматин, а затем провести бисульфитное секвенирование и РНК-секвенирование
- Восстановление данных экспрессии генов в отдельных клетках при РНК-секвенировании
The Verge
The bizarre biology of the naked mole rat means oxygen is a bonus
Naked mole rats are tough creatures — they can withstand cancer, pain, and even survive 18 minute stretches without any oxygen. And now, scientists have a better idea of how the super rodents can...
В последнем выпуске Science специальный раздел посвящён single-cell геномике, транскриптомике и эпигеномике. И это очень здорово.
Среди всех методов смотреть на отдельные клетки сейчас, пожалуй, наиболее широко используется scRNA-seq. Так, single-cell транскриптомика оказалась очень мощным методом для иммунологических исследований, позволяя изучать дифференциацию клеток, выделять субпопуляции и строить траектории по единичным клеткам. Здесь же точка соприкосновения с нейробиологией: изучение микроглии (резидентных макрофагов ЦНС), например, на мышиной модели болезни Альцгеймера, — а также изучение разнообразия антигенных рецепторов.
Непостредственно нейробиологии в свете spatial transcriptomics и scRNA-seq посвящена отдельная статья.
Но транскриптомикой сейчас не ограничиваются: в единичных клетках смотрят и на места посадки транскрипционных факторов и гистоновые метки (с помощью scChIP-seq), и на модификации ДНК (5mC, 5hmC, 5fC), и на доступность хроматина (scATAC-seq) и его структуру (scHi-C).
И сама по себе сложна и прекрасна вычислительная сторона вопроса: технологии не идеальны, и у них есть свои ограничения, но это не должно мешать отвечать на биологические вопросы.
В Nature тоже про scRNA-seq пишут: отсеквенировали малярийного плазмодия на разных стадиях его развития. Да, в статье есть графики t-SNE, на которых удаётся обозначить отдельные стадии., а также проследить траекторию развития плазмодия.
#singlecell #transcriptomics
Среди всех методов смотреть на отдельные клетки сейчас, пожалуй, наиболее широко используется scRNA-seq. Так, single-cell транскриптомика оказалась очень мощным методом для иммунологических исследований, позволяя изучать дифференциацию клеток, выделять субпопуляции и строить траектории по единичным клеткам. Здесь же точка соприкосновения с нейробиологией: изучение микроглии (резидентных макрофагов ЦНС), например, на мышиной модели болезни Альцгеймера, — а также изучение разнообразия антигенных рецепторов.
Непостредственно нейробиологии в свете spatial transcriptomics и scRNA-seq посвящена отдельная статья.
Но транскриптомикой сейчас не ограничиваются: в единичных клетках смотрят и на места посадки транскрипционных факторов и гистоновые метки (с помощью scChIP-seq), и на модификации ДНК (5mC, 5hmC, 5fC), и на доступность хроматина (scATAC-seq) и его структуру (scHi-C).
И сама по себе сложна и прекрасна вычислительная сторона вопроса: технологии не идеальны, и у них есть свои ограничения, но это не должно мешать отвечать на биологические вопросы.
В Nature тоже про scRNA-seq пишут: отсеквенировали малярийного плазмодия на разных стадиях его развития. Да, в статье есть графики t-SNE, на которых удаётся обозначить отдельные стадии., а также проследить траекторию развития плазмодия.
#singlecell #transcriptomics
Science
Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease
The immune system varies in cell types, states, and locations. The complex networks, interactions, and responses of immune cells produce diverse cellular ecosystems composed of multiple cell types, accompanied by genetic diversity in antigen receptors. Within…