Машинное обучение всё больше используется в биоинформатике.
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-017-1189-z
#ML
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-017-1189-z
#ML
BioMed Central
DeepCpG: accurate prediction of single-cell DNA methylation states using deep learning - Genome Biology
Recent technological advances have enabled DNA methylation to be assayed at single-cell resolution. However, current protocols are limited by incomplete CpG coverage and hence methods to predict missing methylation states are critical to enable genome-wide…
Громкий заголовок в Quartz к заметке о том, что нового открыли в механизмах консолидации памяти.
https://qz.com/960066/for-half-a-century-neuroscientists-thought-they-knew-how-memory-worked-they-were-wrong/
http://science.sciencemag.org/content/356/6333/73
#neuroscience
https://qz.com/960066/for-half-a-century-neuroscientists-thought-they-knew-how-memory-worked-they-were-wrong/
http://science.sciencemag.org/content/356/6333/73
#neuroscience
И ещё нейробиологических статей.
- Mapping of a non-spatial dimension by the hippocampal–entorhinal circuit (http://www.nature.com/nature/journal/v543/n7647/full/nature21692.html, обсуждение на Reddit https://www.reddit.com/r/science/comments/65tnrh/gps_of_the_brain_does_a_lot_more_than_navigation/)
- Network Science and the Effects of Music Preference on Functional Brain Connectivity: From Beethoven to Eminem (https://www.nature.com/articles/srep06130, обсуждение на Reddit https://www.reddit.com/r/science/comments/65olyj/a_brain_circuit_known_to_be_involved_in/)
#neuroscience
- Mapping of a non-spatial dimension by the hippocampal–entorhinal circuit (http://www.nature.com/nature/journal/v543/n7647/full/nature21692.html, обсуждение на Reddit https://www.reddit.com/r/science/comments/65tnrh/gps_of_the_brain_does_a_lot_more_than_navigation/)
- Network Science and the Effects of Music Preference on Functional Brain Connectivity: From Beethoven to Eminem (https://www.nature.com/articles/srep06130, обсуждение на Reddit https://www.reddit.com/r/science/comments/65olyj/a_brain_circuit_known_to_be_involved_in/)
#neuroscience
reddit
GPS of the brain does a lot more than navigation • r/science
2270 points and 115 comments so far on reddit
Вот это важная новость про успехи в разработке «искусственной матки». Пока на ягнятах, но уже впечатляет.
Оригинал в Nature Communications.
Заметка на The Verge.
Оригинал в Nature Communications.
Заметка на The Verge.
Nature
An extra-uterine system to physiologically support the extreme premature lamb
Nature Communications - The ability to support the development of a premature fetus in the form of an extracorporeal system has had limited success. Here, the authors show that an extra-uterine...
Очень крутое чтиво от Wired про генетику боли.
Ген SCN9A (ENSG00000169432) кодирует α-субъединицу натриевого канала, и разные мутации в нём могут приводить к повышенной болевой чувствительности (в т. ч. при эритромелалгии) или к врождённой нечувствительности к боли.
Для интересующихся вот страница этого гена в OMIM.
Ген SCN9A (ENSG00000169432) кодирует α-субъединицу натриевого канала, и разные мутации в нём могут приводить к повышенной болевой чувствительности (в т. ч. при эритромелалгии) или к врождённой нечувствительности к боли.
Для интересующихся вот страница этого гена в OMIM.
WIRED
How a Single Gene Could Become a Volume Knob for Pain
Harnessing rare genetic mutations could help end America's opioid epidemic.
А это про достижения модного ныне single-cell RNA-seq. Авторы сравнивали профили отдельных клеток крови и составляли таким образом клеточные популяции. Как утверждается, удалось найти новые субпопуляции дендритных клеток и моноцитов.
Science
PDF
Science
Science
Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors
Blood contains many types of cells, including many immune system components. Immune cells used to be characterized by marker-based assays, but now classification relies on the genes that cells express. Villani et al. used deep sequencing at the single-cell…
Villani2017.pdf
7.1 MB
Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors
А вот The Verge пишет про апрельскую статью в Science Advances о грибах и биолюминисценции.
(Работа, кстати, сделана в т. ч. отечественными учёными.)
(Работа, кстати, сделана в т. ч. отечественными учёными.)
The Verge
Glow-in-the-dark mushrooms have a newly discovered chemical to thank for their shine
You’re not tripping — these mushrooms really do glow. And now, we have a better idea how, thanks to a study published today in the journal Science Advances. More than 100 years ago, a naturalist...
Разное:
- Апрельская заметка про голого землекопа на The Verge
- Про спортивный костюм со встроенными Bacillus subtilis от MIT: reddit, MIT News, Science Advances
#transcriptomics, #chromatin:
- Про аллель-специфичную экспрессию
- Внушительного объёма работа про белок-белковые взаимодействия
- Обзор про динамику нуклеосом
- Про биологическую вариацию в данных RNA-seq
- Тканеспецифичные изоформы транскриптов отличаются в первую очередь TS-сайтами и poly(A)-сайтами
- Статья 2016 года про кластеры RNA Pol II и уровень экспрессии соответствующих мРНК
#neuroscience:
- Обзор про роль эпигенетики в нейродегенеративных заболеваниях
- Про роль глубокого сна
- Глиальные клетки кормят лактатом аксоны (кратко)
#singlecell:
- Магия: метилтрансферазой можно пометить открытый хроматин, а затем провести бисульфитное секвенирование и РНК-секвенирование
- Восстановление данных экспрессии генов в отдельных клетках при РНК-секвенировании
- Апрельская заметка про голого землекопа на The Verge
- Про спортивный костюм со встроенными Bacillus subtilis от MIT: reddit, MIT News, Science Advances
#transcriptomics, #chromatin:
- Про аллель-специфичную экспрессию
- Внушительного объёма работа про белок-белковые взаимодействия
- Обзор про динамику нуклеосом
- Про биологическую вариацию в данных RNA-seq
- Тканеспецифичные изоформы транскриптов отличаются в первую очередь TS-сайтами и poly(A)-сайтами
- Статья 2016 года про кластеры RNA Pol II и уровень экспрессии соответствующих мРНК
#neuroscience:
- Обзор про роль эпигенетики в нейродегенеративных заболеваниях
- Про роль глубокого сна
- Глиальные клетки кормят лактатом аксоны (кратко)
#singlecell:
- Магия: метилтрансферазой можно пометить открытый хроматин, а затем провести бисульфитное секвенирование и РНК-секвенирование
- Восстановление данных экспрессии генов в отдельных клетках при РНК-секвенировании
The Verge
The bizarre biology of the naked mole rat means oxygen is a bonus
Naked mole rats are tough creatures — they can withstand cancer, pain, and even survive 18 minute stretches without any oxygen. And now, scientists have a better idea of how the super rodents can...
Тут про то, что FDA одобрила лекарство против опухолей с биомаркером MSI-H (microsatellite instability-high). Лекарство, разработанное компанией Merck, называется Keytruda.
www.fda.gov
FDA approves first cancer treatment for any solid tumor with a specific genetic feature
The U.S. Food and Drug Administration today granted accelerated approval to a treatment for patients whose cancers have a specific genetic feature (biomarker). This is the first time the agency has approved a cancer treatment based on a common biomarker rather…
Статья про эпистаз. И — что особенно здорово — статья об этой статье от одного из авторов оригинальной работы.
Science
Negative selection in humans and fruit flies involves synergistic epistasis
Ongoing selection against rare protein-disrupting mutations depends on an individual’s relative decline in fitness with each additional mutation.
Статья в Scientific Reports о том, что применение методов глубокого обучения для данных компьютерной томографии позволяет предсказывать, сколько осталось жить пациенту.
Что примечательно, первый автор участвует в обсуждении работы на Reddit.
Что примечательно, первый автор участвует в обсуждении работы на Reddit.
Nature
Precision Radiology: Predicting longevity using feature engineering and deep learning methods in a radiomics framework
Scientific Reports - Precision Radiology: Predicting longevity using feature engineering and deep learning methods in a radiomics framework
Тут авторы предлагают предсказывать фенотип для данных RNA-seq: если есть столько RNA-seq'ов с неполными метаданными, то почему бы пропущенные метаданные не предсказать.
bioRxiv
Improving the value of public RNA-seq expression data by phenotype prediction
Background: Publicly available genomic data are a valuable resource for studying normal human variation and disease, but these data are often not well labeled or annotated. The lack of phenotype information for public genomic data severely limits their utility…
Статья в Nature Communications про искуственные вирусы для иммунотерапии рака. И обсуждение статьи на Reddit.
Nature Communications
Replicating viral vector platform exploits alarmin signals for potent CD8 [+] T cell-mediated tumour immunotherapy
Viruses trigger potent cytotoxic T cell responses, whereas anti-tumour immunity has been difficult to establish. Here the authors engineer a replicating viral delivery system for tumour-associated ant
Статья в PNAS, в которой авторы рассказывают о создании атласа экспрессии ~100 генов для всех клеток червя Platynereis dumerilii (это можно назвать in toto molecular profiling), и заметка об этой статье.
Proceedings of the National Academy of Sciences
Whole-organism cellular gene-expression atlas reveals conserved cell types in the ventral nerve cord of Platynereis dumerilii
National Academy of Sciences
Заметка в Наутилусе про восприятие возраста. К сожалению, пока за тим немного биологии. Пост на Hacker News.
Эксперименты на рыбках Poecilia formosa не помогли понять, откуда у рыбок возникает индивидуальность. Пост на Hacker News.
Эксперименты на рыбках Poecilia formosa не помогли понять, откуда у рыбок возникает индивидуальность. Пост на Hacker News.
Aging on Nautilus
Why You Can’t Help But Act Your Age
In 1979, psychologist Ellen Langer and her students carefully refurbished an old monastery in Peterborough, New Hampshire, to resemble a place that would have existed two decades earlier. They invited...
- Заметка про телегонию на Чердаке. Однако, здравствуйте.
- По ночам надо спать.
- Шафран — полезная штука. Обсуждение на Reddit.
- Отличное чтиво про вживляемые магниты на The Verge.
- Интервью Николая Кукушкина (New York University) для Wired по мотивам недавнего обзора в Neuron про молекулярные механизмы памяти.
- Как кофе-машину на спектрофотометре калибровали. Хабр торт!
- По ночам надо спать.
- Шафран — полезная штука. Обсуждение на Reddit.
- Отличное чтиво про вживляемые магниты на The Verge.
- Интервью Николая Кукушкина (New York University) для Wired по мотивам недавнего обзора в Neuron про молекулярные механизмы памяти.
- Как кофе-машину на спектрофотометре калибровали. Хабр торт!
ТАСС
Чьи гены?. Научный взгляд на телегонию: чего ждать, если ваша бабушка «согрешила с водолазом»
Телегония — наследование ребенком признаков от предыдущих партнеров матери — относится к темам, которые не принято обсуждать вслух. Считается, что и так все понятно. Но при ближайшем рассмотрении оказывается, что каждому «понятно» что-то свое. Вооружившись…
Анализ транскриптомов различных участков неокортекса людей, макак и шимпанзе в Nature Neuroscience. И именно у человека наблюдаются наибольшие изменения в экспрессии генов между слоями.
#neuroscience #transcriptomics
#neuroscience #transcriptomics
Forwarded from prometa.pro книжки
Не книжка, к сожалению, но абсолютно потрясающая статья о том, что на Земле есть живые существа, которые совершенно параллельным курсом со всем остальным миром разработали в процессе эволюции нервную систему, мышцы, глаза. Это ctenophores (гребневики), которых долгое время считали чем-то типа медуз, потому что очень уж похожи на вид, но, как выяснилось, медузам они даже не родственники. Как и всем нам. медуза несопоставимо ближе человеку, чем гребневику - эти отделились от общей ветви развития ДО губок, от которых пошли потом все животные с нервной системой хотя бы в каком-то виде. Леонид Мороз (бывший наш соотечественник) обратил внимание, что на гребневиков не работают базовые нейромедиаторы - дофамин, окситоцин, эндорфин и прочие, потом проверил, что у них и генов-то нет для кодирования всего этого богатства, которое хотя бы частично есть у всего, что шевелится. И нейротрансмиттеры у них другие. Кирпичи другие - а здание примерно похоже: есть нервные клетки, есть мышцы. Это как осьминоги развили поразительно похожие на человеческие глаза при том, что у нашего ближайшего общего предка никаких глаз нет - просто конструкция удачная. https://aeon.co/essays/what-the-ctenophore-says-about-the-evolution-of-intelligence
Aeon
Aliens in our midst
The ctenophore’s brain suggests that, if evolution began again, intelligence would re-emerge because nature repeats itself