В дополнение к статьям про хроматин.
A genome-wide map of chromatin conformation in human cells at the 1–3 nucleosome (50–500 bp) scale is reported
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature20781.html
A genome-wide map of chromatin conformation in human cells at the 1–3 nucleosome (50–500 bp) scale is reported
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature20781.html
И про длинные некодирующие РНК в Science.
CRISPRi-based genome-scale identification of functional long noncoding RNA loci in human cells
http://science.sciencemag.org/content/early/2016/12/14/science.aah7111
CRISPRi-based genome-scale identification of functional long noncoding RNA loci in human cells
http://science.sciencemag.org/content/early/2016/12/14/science.aah7111
Science
CRISPRi-based genome-scale identification of functional long noncoding RNA loci in human cells
The human genome produces thousands of long noncoding RNAs (lncRNAs) – transcripts >200 nucleotides long that do not encode proteins. While critical roles in normal biology and disease have been revealed for a subset of lncRNAs, the function of the vast majority…
The New York Times, как обычно, радует своей колонкой про науку.
- Некролог, посвященный Питеру Ноуэлу. https://www.nytimes.com/2017/01/11/science/dr-peter-nowell-who-helped-transform-cancer-research-dies-at-88.html
- Огромная статья про неандертальцев. https://www.nytimes.com/2017/01/11/magazine/neanderthals-were-people-too.html
- Про древних беспозвоночных. https://www.nytimes.com/2017/01/11/science/hyolith-fossil.html
- Статья на очень современную тему — про ТАДы. И почему это важно в контексте заболеваний. https://www.nytimes.com/2017/01/09/science/dna-tads.html
Статья отличная, хотя и написана по мотивам не самых новых статей в Nature (http://www.nature.com/nature/journal/v538/n7624/full/nature19800.html) и Cell (http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(15)00377-3).
- Некролог, посвященный Питеру Ноуэлу. https://www.nytimes.com/2017/01/11/science/dr-peter-nowell-who-helped-transform-cancer-research-dies-at-88.html
- Огромная статья про неандертальцев. https://www.nytimes.com/2017/01/11/magazine/neanderthals-were-people-too.html
- Про древних беспозвоночных. https://www.nytimes.com/2017/01/11/science/hyolith-fossil.html
- Статья на очень современную тему — про ТАДы. И почему это важно в контексте заболеваний. https://www.nytimes.com/2017/01/09/science/dna-tads.html
Статья отличная, хотя и написана по мотивам не самых новых статей в Nature (http://www.nature.com/nature/journal/v538/n7624/full/nature19800.html) и Cell (http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(15)00377-3).
NY Times
Dr. Peter Nowell, Who Helped Transform Cancer Research, Dies at 88 (Published 2017)
Dr. Nowell and a colleague discovered the first genetic defect proven to cause cancer, which led to major advances by other scientists decades later.
Геном бобра.
http://www.g3journal.org/content/early/2017/01/13/g3.116.038208.1.abstract
Напоминание из 2007 о том, что синонимические замены могут иметь заметные последствия. В данном случае, например, замены влияют на сплайсинг.
http://www.mgmjournal.com/article/S1096-7192(07)00439-8/abstract
Снова про осьминогов. Теперь заметка от The Washington Post.
https://www.washingtonpost.com/opinions/just-how-smart-is-an-octopus/2017/01/06/a2f1ed22-acd0-11e6-8b45-f8e493f06fcd_story.html?utm_term=.04e6b4ef91eb
Говорят, геном за 100$ не за горами. (На самом деле до этого ещё далеко.)
https://www.statnews.com/2017/01/09/illumina-ushering-in-the-100-genome/
Nature Review про эпигенетику.
http://www.nature.com/nrg/journal/v18/n1/pdf/nrg.2016.138.pdf
2017 только начался, а уже снова пишут про старение.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/acel.12557/full
Про репарацию ДНК в контексте нейродегенеративных заболеваний.
http://www.nature.com/nature/journal/v541/n7635/full/nature21107.html
http://www.nature.com/nature/journal/v541/n7635/full/nature20790.html
Взгляд на РНК из 2017.
«Functional RNA classes: a matter of time?»
http://www.nature.com/nsmb/journal/v24/n1/full/nsmb.3354.html
«Mining ancient proteins for next-generation drugs», Nature Biotechnology.
http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n1/full/nbt.3762.html
«Genome-wide mapping of mutations at single-nucleotide resolution for protein, metabolic and genome engineering», Nature Biotechnology
http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n1/full/nbt.3718.html
http://www.g3journal.org/content/early/2017/01/13/g3.116.038208.1.abstract
Напоминание из 2007 о том, что синонимические замены могут иметь заметные последствия. В данном случае, например, замены влияют на сплайсинг.
http://www.mgmjournal.com/article/S1096-7192(07)00439-8/abstract
Снова про осьминогов. Теперь заметка от The Washington Post.
https://www.washingtonpost.com/opinions/just-how-smart-is-an-octopus/2017/01/06/a2f1ed22-acd0-11e6-8b45-f8e493f06fcd_story.html?utm_term=.04e6b4ef91eb
Говорят, геном за 100$ не за горами. (На самом деле до этого ещё далеко.)
https://www.statnews.com/2017/01/09/illumina-ushering-in-the-100-genome/
Nature Review про эпигенетику.
http://www.nature.com/nrg/journal/v18/n1/pdf/nrg.2016.138.pdf
2017 только начался, а уже снова пишут про старение.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/acel.12557/full
Про репарацию ДНК в контексте нейродегенеративных заболеваний.
http://www.nature.com/nature/journal/v541/n7635/full/nature21107.html
http://www.nature.com/nature/journal/v541/n7635/full/nature20790.html
Взгляд на РНК из 2017.
«Functional RNA classes: a matter of time?»
http://www.nature.com/nsmb/journal/v24/n1/full/nsmb.3354.html
«Mining ancient proteins for next-generation drugs», Nature Biotechnology.
http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n1/full/nbt.3762.html
«Genome-wide mapping of mutations at single-nucleotide resolution for protein, metabolic and genome engineering», Nature Biotechnology
http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n1/full/nbt.3718.html
The Washington Post
Opinion | Just how smart is an octopus?
Peter Godfrey-Smith’s revelations raise questions about the creature’s consciousness.
Отличная история о клювах птиц, опубликованная в Nature.
Статья в The New York Times: https://www.nytimes.com/2017/02/01/science/birds-beaks-evolution.html
Краткий обзор: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature21494.html
Оригинальная статья: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature21074.html
Статья в The New York Times: https://www.nytimes.com/2017/02/01/science/birds-beaks-evolution.html
Краткий обзор: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature21494.html
Оригинальная статья: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature21074.html
Nytimes
Finding the Speed of Evolution in a Study of Bird Beaks
Much of the variety in the bills of today’s birds evolved long ago, very quickly, a study found, yet bill evolution didn’t slow down over time.
Циркадные ритмы + deep sequencing.
Кажется, CLOCK-гены — одна из тех тем, которые будут активно развиваться в ближайшие годы, в т. ч. с применением технологий NGS, и которые преподнесут немало нового и неожиданного.
http://www.nature.com/articles/ncomms14529
Кажется, CLOCK-гены — одна из тех тем, которые будут активно развиваться в ближайшие годы, в т. ч. с применением технологий NGS, и которые преподнесут немало нового и неожиданного.
http://www.nature.com/articles/ncomms14529
Nature
Circadian deep sequencing reveals stress-response genes that adopt robust rhythmic expression during aging
Nature Communications - Disruption of circadian rhythms leads to reduced healthspan, but the mechanisms by which the normal clock protects aging organisms are not known. Here, the authors show that...
А квантовые компьютеры уже используют в биоинформатике.
https://www.dwavesys.com/press-releases/d-wave-initiates-open-quantum-software-environment
https://www.dwavesys.com/press-releases/d-wave-initiates-open-quantum-software-environment
Подборка разных материалов за последнее время.
- Очередная статья про ТАДы и пространственную организацию генома. http://biorxiv.org/content/early/2017/03/08/115063
- Генная терапия способна лечить серповидно-клеточную анемию. http://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa1609677
- Про диету и продолжительность жизни. http://advances.sciencemag.org/content/3/2/e1601833
- Крутая статья из Neuron с видео-абстрактом. Про аллель-специфичную экспрессию в мозге. http://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(17)30057-0
- Ещё одна методика секвенирования 3'-концов транскриптов. http://biorxiv.org/content/early/2017/02/24/109272
- Милая заметка от CSHL про статью (http://www.cell.com/neuron/abstract/S0896-6273(16)30844-3) с рисунками «от руки». http://labdish.cshl.edu/2017/03/01/new-art-supplies-for-visualizing-tiny-machines-in-the-brain/
- Очередная статья про ТАДы и пространственную организацию генома. http://biorxiv.org/content/early/2017/03/08/115063
- Генная терапия способна лечить серповидно-клеточную анемию. http://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa1609677
- Про диету и продолжительность жизни. http://advances.sciencemag.org/content/3/2/e1601833
- Крутая статья из Neuron с видео-абстрактом. Про аллель-специфичную экспрессию в мозге. http://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(17)30057-0
- Ещё одна методика секвенирования 3'-концов транскриптов. http://biorxiv.org/content/early/2017/02/24/109272
- Милая заметка от CSHL про статью (http://www.cell.com/neuron/abstract/S0896-6273(16)30844-3) с рисунками «от руки». http://labdish.cshl.edu/2017/03/01/new-art-supplies-for-visualizing-tiny-machines-in-the-brain/
bioRxiv
High-resolution TADs reveal DNA sequences underlying genome organization in flies
Eukaryotic chromatin is partitioned into domains called TADs that are broadly conserved between species and virtually identical among cell types within the same species. Previous studies in mammals have shown that the DNA binding protein CTCF and cohesin…
И такой вот набор Nature News про эпигенетику.
- An epigenetics gold rush: new controls for gene expression http://www.nature.com/news/an-epigenetics-gold-rush-new-controls-for-gene-expression-1.21513
- Poverty linked to epigenetic changes and mental illness http://www.nature.com/news/poverty-linked-to-epigenetic-changes-and-mental-illness-1.19972
- Epigenomics starts to make its mark http://www.nature.com/news/epigenomics-starts-to-make-its-mark-1.14973
- Behaviour and biology: The accidental epigeneticisthttp://www.nature.com/news/behaviour-and-biology-the-accidental-epigeneticist-1.14441
- An epigenetics gold rush: new controls for gene expression http://www.nature.com/news/an-epigenetics-gold-rush-new-controls-for-gene-expression-1.21513
- Poverty linked to epigenetic changes and mental illness http://www.nature.com/news/poverty-linked-to-epigenetic-changes-and-mental-illness-1.19972
- Epigenomics starts to make its mark http://www.nature.com/news/epigenomics-starts-to-make-its-mark-1.14973
- Behaviour and biology: The accidental epigeneticisthttp://www.nature.com/news/behaviour-and-biology-the-accidental-epigeneticist-1.14441
Nature News & Comment
An epigenetics gold rush: new controls for gene expression
How rediscovered chemical tags on DNA and RNA are shaking up the field.
Про то, как связано взаимодействие FOXO4 и p53 со старением.
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)30246-5
#aging
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)30246-5
#aging
и тебя отсеквенируем
Циркадные ритмы + deep sequencing. Кажется, CLOCK-гены — одна из тех тем, которые будут активно развиваться в ближайшие годы, в т. ч. с применением технологий NGS, и которые преподнесут немало нового и неожиданного. http://www.nature.com/articles/ncomms14529
И снова про циркадные ритмы!
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)30346-X
https://www.reddit.com/r/science/comments/646hoo/some_people_may_stay_up_late_and_have_trouble/
#circadian
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)30346-X
https://www.reddit.com/r/science/comments/646hoo/some_people_may_stay_up_late_and_have_trouble/
#circadian
reddit
Some people may stay up late and have trouble waking... • r/science
15932 points and 668 comments so far on reddit
и тебя отсеквенируем
The Atlantic про осьминогов: https://www.theatlantic.com/magazine/archive/2017/01/what-the-octopus-knows/508745/
Осьминоги и РНК-редактирование.
Осьминоги очень крутые.
Статья в Cell: http://www.cell.com/cell/comments/S0092-8674(17)30344-6
Заметка в The New York Times: https://www.nytimes.com/2017/04/06/science/octopus-squid-intelligence-rna-editing.html
Заметка в The Washington Post: https://www.washingtonpost.com/news/speaking-of-science/wp/2017/04/06/octopuses-and-squids-can-rewrite-their-rna-is-that-why-theyre-so-smart
Обсуждение на Reddit: https://www.reddit.com/r/science/comments/64avn9/smart_cephalopods_trade_off_genome_evolution_for/
#octopus
Осьминоги очень крутые.
Статья в Cell: http://www.cell.com/cell/comments/S0092-8674(17)30344-6
Заметка в The New York Times: https://www.nytimes.com/2017/04/06/science/octopus-squid-intelligence-rna-editing.html
Заметка в The Washington Post: https://www.washingtonpost.com/news/speaking-of-science/wp/2017/04/06/octopuses-and-squids-can-rewrite-their-rna-is-that-why-theyre-so-smart
Обсуждение на Reddit: https://www.reddit.com/r/science/comments/64avn9/smart_cephalopods_trade_off_genome_evolution_for/
#octopus
NY Times
A Genetic Oddity May Give Octopuses and Squids Their Smarts (Published 2017)
Unlike other organisms, coleoid cephalopods make extensive use of RNA editing, which could slow their evolution but may make their behavior more complex than other invertebrates.
А вот снова про хроматин.
- The BET Protein BRD2 Cooperates with CTCF to Enforce Transcriptional and Architectural Boundaries http://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(17)30164-8
- Single-nucleus Hi-C reveals unique chromatin reorganization at oocyte-to-zygote transition http://www.nature.com/nature/journal/v544/n7648/full/nature21711.html
- 3D structures of individual mammalian genomes studied by single-cell Hi-C http://www.nature.com/nature/journal/v544/n7648/full/nature21429.html
- Complex multi-enhancer contacts captured by genome architecture mapping http://www.nature.com/nature/journal/v543/n7646/full/nature21411.html
#chromatin #epigenetics #genomes
- The BET Protein BRD2 Cooperates with CTCF to Enforce Transcriptional and Architectural Boundaries http://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(17)30164-8
- Single-nucleus Hi-C reveals unique chromatin reorganization at oocyte-to-zygote transition http://www.nature.com/nature/journal/v544/n7648/full/nature21711.html
- 3D structures of individual mammalian genomes studied by single-cell Hi-C http://www.nature.com/nature/journal/v544/n7648/full/nature21429.html
- Complex multi-enhancer contacts captured by genome architecture mapping http://www.nature.com/nature/journal/v543/n7646/full/nature21411.html
#chromatin #epigenetics #genomes
Отличный лонгрид от The New Yorker про исследования в области старения в Кремниевой долине: http://www.newyorker.com/magazine/2017/04/03/silicon-valleys-quest-to-live-forever
The New Yorker
Silicon Valley’s Quest to Live Forever
Can billions of dollars’ worth of high-tech research succeed in making death optional?
Небольшая статья о жизни беспозвоночных в северных морях: http://elementy.ru/kartinka_dnya/295/Neistrebimaya_ektoplevra.
Элементы
Неистребимая эктоплевра
На фотографии запечатлена колония гидроидных полипов Ectopleura larynx. В класс гидроидных объединяют более 2800 видов, которые могут существенно различаться между собой. Среди них есть и огромные, похожие на цветы одиночные полипы Tubularia indivisa, и маленькая…
А вот о том, что пора уже использовать последнюю аннотацию генома человека.
http://genome.cshlp.org/content/early/2017/04/07/gr.213611.116.abstract
#genomes
http://genome.cshlp.org/content/early/2017/04/07/gr.213611.116.abstract
#genomes
genome.cshlp.org
Evaluation of GRCh38 and de novo haploid genome assemblies demonstrates the enduring quality of the reference assembly
An international, peer-reviewed genome sciences journal featuring outstanding original research that offers novel insights into the biology of all organisms