и тебя отсеквенируем
31 subscribers
80 photos
3 videos
14 files
237 links
Журнальный клуб по современной биологии.

https://xn--r1a.website/compbio?boost

Про single cell, геномику, биоинформатику и не только.
Download Telegram
В дополнение к статьям про хроматин.
A genome-wide map of chromatin conformation in human cells at the 1–3 nucleosome (50–500 bp) scale is reported
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature20781.html
The New York Times, как обычно, радует своей колонкой про науку.

- Некролог, посвященный Питеру Ноуэлу. https://www.nytimes.com/2017/01/11/science/dr-peter-nowell-who-helped-transform-cancer-research-dies-at-88.html
- Огромная статья про неандертальцев. https://www.nytimes.com/2017/01/11/magazine/neanderthals-were-people-too.html
- Про древних беспозвоночных. https://www.nytimes.com/2017/01/11/science/hyolith-fossil.html
- Статья на очень современную тему — про ТАДы. И почему это важно в контексте заболеваний. https://www.nytimes.com/2017/01/09/science/dna-tads.html
Статья отличная, хотя и написана по мотивам не самых новых статей в Nature (http://www.nature.com/nature/journal/v538/n7624/full/nature19800.html) и Cell (http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(15)00377-3).
Геном бобра.
http://www.g3journal.org/content/early/2017/01/13/g3.116.038208.1.abstract

Напоминание из 2007 о том, что синонимические замены могут иметь заметные последствия. В данном случае, например, замены влияют на сплайсинг.
http://www.mgmjournal.com/article/S1096-7192(07)00439-8/abstract

Снова про осьминогов. Теперь заметка от The Washington Post.
https://www.washingtonpost.com/opinions/just-how-smart-is-an-octopus/2017/01/06/a2f1ed22-acd0-11e6-8b45-f8e493f06fcd_story.html?utm_term=.04e6b4ef91eb

Говорят, геном за 100$ не за горами. (На самом деле до этого ещё далеко.)
https://www.statnews.com/2017/01/09/illumina-ushering-in-the-100-genome/

Nature Review про эпигенетику.
http://www.nature.com/nrg/journal/v18/n1/pdf/nrg.2016.138.pdf

2017 только начался, а уже снова пишут про старение.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/acel.12557/full

Про репарацию ДНК в контексте нейродегенеративных заболеваний.
http://www.nature.com/nature/journal/v541/n7635/full/nature21107.html
http://www.nature.com/nature/journal/v541/n7635/full/nature20790.html

Взгляд на РНК из 2017.
«Functional RNA classes: a matter of time?»
http://www.nature.com/nsmb/journal/v24/n1/full/nsmb.3354.html

«Mining ancient proteins for next-generation drugs», Nature Biotechnology.
http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n1/full/nbt.3762.html

«Genome-wide mapping of mutations at single-nucleotide resolution for protein, metabolic and genome engineering», Nature Biotechnology
http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n1/full/nbt.3718.html
Циркадные ритмы + deep sequencing.
Кажется, CLOCK-гены — одна из тех тем, которые будут активно развиваться в ближайшие годы, в т. ч. с применением технологий NGS, и которые преподнесут немало нового и неожиданного.
http://www.nature.com/articles/ncomms14529
А квантовые компьютеры уже используют в биоинформатике.
https://www.dwavesys.com/press-releases/d-wave-initiates-open-quantum-software-environment
Подборка разных материалов за последнее время.

- Очередная статья про ТАДы и пространственную организацию генома. http://biorxiv.org/content/early/2017/03/08/115063
- Генная терапия способна лечить серповидно-клеточную анемию. http://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa1609677
- Про диету и продолжительность жизни. http://advances.sciencemag.org/content/3/2/e1601833
- Крутая статья из Neuron с видео-абстрактом. Про аллель-специфичную экспрессию в мозге. http://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(17)30057-0
- Ещё одна методика секвенирования 3'-концов транскриптов. http://biorxiv.org/content/early/2017/02/24/109272
- Милая заметка от CSHL про статью (http://www.cell.com/neuron/abstract/S0896-6273(16)30844-3) с рисунками «от руки». http://labdish.cshl.edu/2017/03/01/new-art-supplies-for-visualizing-tiny-machines-in-the-brain/
И такой вот набор Nature News про эпигенетику.

- An epigenetics gold rush: new controls for gene expression http://www.nature.com/news/an-epigenetics-gold-rush-new-controls-for-gene-expression-1.21513
- Poverty linked to epigenetic changes and mental illness http://www.nature.com/news/poverty-linked-to-epigenetic-changes-and-mental-illness-1.19972
- Epigenomics starts to make its mark http://www.nature.com/news/epigenomics-starts-to-make-its-mark-1.14973
- Behaviour and biology: The accidental epigeneticisthttp://www.nature.com/news/behaviour-and-biology-the-accidental-epigeneticist-1.14441
Про то, как связано взаимодействие FOXO4 и p53 со старением.
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)30246-5

#aging
А вот снова про хроматин.

- The BET Protein BRD2 Cooperates with CTCF to Enforce Transcriptional and Architectural Boundaries http://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(17)30164-8
- Single-nucleus Hi-C reveals unique chromatin reorganization at oocyte-to-zygote transition http://www.nature.com/nature/journal/v544/n7648/full/nature21711.html
- 3D structures of individual mammalian genomes studied by single-cell Hi-C http://www.nature.com/nature/journal/v544/n7648/full/nature21429.html
- Complex multi-enhancer contacts captured by genome architecture mapping http://www.nature.com/nature/journal/v543/n7646/full/nature21411.html

#chromatin #epigenetics #genomes