Промежуточный анализ результатов Фазы 3 клинических испытаний китайской вакцины BBIBP-CorV компании Sinopharm показал, что её протективная эффективность против COVID-19 равна 86%.
Об этом заявило Министерство здравоохранения ОАЭ, где вакцина проходила 3 фазу исследований.

✅ Спустя сутки после заявления 13.12.20 вакцина была разрешена для широкого использования в ОАЭ и Бахрейне.

“Results from Phase III clinical trials showed an 86% efficacy rate, a 99% seroconversion rate of neutralizing antibody and 100% effectiveness in preventing moderate and severe cases of COVID-19" - "Результаты клинических исследований III фазы показали 86% эффективность, 99% сероконверсия нейтрализующих антител и 100% эффективность в предотвращении умеренных и тяжелых случаев КОВИД-19".

✅ Тип вакцины BBIBP-CorV - инактивированная цельновирусная.

Возвращаясь к Азитромицину.

В период с 7 апреля по 27 ноября 2020 года 2582 пациента были рандомизированы для получения азитромицина и 5182 пациентов для получения обычного лечения без его применения.

✅ У пациентов, госпитализированных с КОВИД-19, азитромицин не принес клинической пользы.

✅ Применение азитромицина у пациентов, госпитализированных с COVID-19, должно быть ограничено пациентами, у которых есть четкие противомикробные показания.

Вакцина "Спутник V"
Пресс-релиз по третьему промежуточному этапу 3-й фазы клинических исследований.

✅ Эффективность вакцины «Спутник V» составила 91,4% на основании анализа данных в заключительной контрольной точке после 21 дня с момента получения добровольцами первого компонента вакцины.

✅ Эффективность вакцины «Спутник V» против тяжелых случаев заболевания коронавирусной инфекцией составила 100%. Среди подтвержденных случаев заболевания коронавирусной инфекцией в группе плацебо было зафиксировано 20 тяжелых случаев заболевания, в то время как в группе, принимавшей вакцину, тяжелых случаев заболевания зафиксировано не было.

Advisory Committee on Immunization Practices (ACIP), он же Консультативный комитет по практике иммунизации США, дал такую рекомендацию для CDC - не переболевшие COVID-19 должны иметь приоритет в вакцинации перед теми, кто переболел в течение последних 90 суток.

‼️ Внезапная сенсационная гипотеза, изложенная в препринте учеными из Кембриджа (Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA).

Длительное существование ПЦР-положительных тестов было широко зарегистрировано у ряда пациентов после выздоровления. Чаще всего эти пациенты на тот момент уже были не заразными.

✅ Группой авторов была исследована возможность того, что РНК SARS-CoV-2 может быть ретранскрибирована с помощью обратной транскриптазы* (RT) элементов LINE-1** или с помощью RT ВИЧ-1 и интегрирована в геном человека.

1️⃣ Эти процессы могут быть запущены при заражении коронавирусом.
2️⃣ Интегрированные части SARS-CoV-2 являются, скорее всего, субгеномными фрагментами. Размножение такого вируса невозможно (это, по сути, не вирус, а его следы).
3️⃣ Эти "следы" могут давать ПЦР-положительные тесты, хотя самого вируса в организме уже нет.
4️⃣ В дальнейшем необходимо узнать, могут ли эти части SARS-CoV-2 выступать в роли вирусных антигенов. Если да, то клинически важно оценить, могут ли эти вирусные антигены вызвать иммунный ответ у пациентов, который повлияет на течение болезни и ее лечение.

*Обратная транскрипция — это процесс образования двуцепочечной ДНК на основании информации в одноцепочечной РНК. Данный процесс называется обратной транскрипцией, так как передача генетической информации при этом происходит в «обратном», относительно транскрипции, направлении.
В 1975 году Темину и Балтимору была присуждена Нобелевская премия в области физиологии и медицины за открытие обратной транскриптазы (ревертазы).

**LINE-1 это внутриядерные элементы I класса в ДНК, составляют приблизительно 17% генома человека).

(Это лишь препринт; выводы в нем могут дополняться и изменяться после получения новых результатов)

Сотрудники FDA рекомендуют наблюдать за людьми, получающими прививки Pfizer или Moderna, на предмет возникновения паралича Белла.

В отчёте, опубликованном во вторник, говорится, что среди более чем 30 000 участников клинических испытаний вакцины Moderna было зарегистрировано четыре случая паралича Белла. Из них 3 получили вакцину, а 1 - плацебо. В исследовании компании Pfizer было зарегистрировано 4 случая паралича Белла из примерно 43 000 участников. Все четверо в испытании компании Pfizer получили вакцину.

По словам сотрудников FDA, два случая паралича Белла в группе вакцинации Модерны с тех пор благополучно купированы, в то время как третий (из тех, кто получил вакцину) на момент подготовки доклада ещё продолжался. Вакцинированные участники получили это осложнение между 22 и 32 днями после прививки.

Доктор Пол Оффит, член Консультативного комитета FDA по вакцинам, принявший участие в голосовании по допуску вакцины Pfizer для широкого использования, согласился с тем, что за состоянием вакцины стоит наблюдать по мере её развёртывания.

"Я пока не отказываюсь от своего мнения", - сказал он в интервью CNBC. (Пол Оффит известен своими провакцинаторскими взглядами и как автор книги «Смертельно опасный выбор: чем борьба с прививками нам грозит»).

🟢 Паралич Белла вызывает внезапный паралич или снижение тонуса мышц одной стороны лица, что является преходящим явлением для большинства людей, по данным современной литературы.
Точная причина неизвестна, но считается, что паралич Белла вызывается либо вирусной инфекцией, либо воспалением нерва, который контролирует мышцы с одной стороны лица.

✅ "В настоящее время имеющаяся информация недостаточна для определения причинно-следственной связи с вакциной", - подвели итог сотрудники FDA.

Исследователи из Университета штата Иллинойс разработали бумажный электрохимический диагностический тест на COVID-19, позволяющий получить результат всего за пять минут. Этот простой тест работает на использовании проводящих свойств графена и золота и содержит золотые наночастицы, покрытые чувствительными зондами нуклеиновых кислот, которые могут связываться с РНК вируса SARS-CoV-2. 

⁉️ Бессимптомные - заразны или всё-таки нет?
(Китайская статистика от 20 ноября 2020 г. на PubMed Central)

В период с 23 января по 8 апреля 2020 года в Ухане были введены строгие меры контроля COVID-19.

C 14 мая по 1 июня 2020 года в Ухане провели тотальную проверку на ПЦР, право на участие в ней имели все жители города в возрасте шести лет и старше - 9 899 828 человек.

🟢 Не было выявлено ни одного нового симптоматического случая и 300 бессимптомных случаев.

🟢 Положительных результатов анализов среди 1 174 лиц, имеющих тесный контакт с бессимптомными случаями, не выявлено.

🟢 107 из 34 424 выздоровевших пациентов с COVID-19 снова получили положительный результат.

🟢 Вирусные культуры были отрицательными для всех бессимптомных положительных и повторных положительных случаев, что указывает на отсутствие "жизнеспособного вируса" в положительных случаях, выявленных в данном исследовании.

Все бессимптомные положительные случаи, повторные положительные случаи и их тесные контакты все равно были изолированы по крайней мере в течение 2 недель до тех пор, пока результаты ПЦР не стали отрицательными.

Аналогичное исследование, проведенное в Южной Корее, не выявило подтвержденных случаев COVID-19 путем мониторинга 790 контактов из 285 бессимптомных случаев с положительной реакцией.

Для проведения ПЦР были одновременно протестированы два целевых гена. Несмотря на это, оставалась возможность получения ложноотрицательных результатов, особенно в программах массового скрининга. Однако, даже если бы тестовая чувствительность составляла всего 50% и фактическая распространенность была бы в два раза выше, чем сообщалось в этом исследовании, то все равно она была бы очень низкой.

Случай заражения двумя штаммами SARS-CoV-2 одновременно, описанный российскими учеными. Пациент старше 90 лет, скончался.

В процессе нахождения в стационаре были одновременно выявлены оба штамма в пропорции 70/30 в первом анализе и 3/97 во втором. Второй штамм вытеснил первый в силу своей повышенной инфекционности.

Сравнив геномы обнаруженных ими штаммов коронавируса с базой данных GISAID, исследователи заметили, что второй штамм встречается в мире часто — его обнаруживали более тысячи раз в разных странах, из них 78 раз — в России. А вот для первого штамма совпадений в базе не нашлось. Авторы работы смогли вычислить только 571 ближайшего родственника этого штамма, и из них только три встречались в России. При этом оба штамма со слизистой пациента близкими родственниками не были и относились к разным кладам на филогенетическом дереве SARS-CoV-2.

Список всех найденных в этих штаммах мутаций (в цифровом коде GISAID) можно найти в оригинальной статье.

Минздрав РФ внёс вакцинацию от коронавируса в календарь прививок по эпидемиологическим показаниям (с указанием приоритетных групп населения).

Как это было в Китае.
Автор статьи Ирина Якутенко есть на Фейсбуке.

Работа турецких авторов от 24 ноября идёт вразрез с моим предыдущим постом о незаразности бессимптомных пациентов.

✅ По их результатам, бессимптомные пациенты несут гораздо большую вирусную нагрузку и в состоянии заражать других. Но при этом - "Factors associated with poor prognosis are found to be significantly correlated with low viral load" (то есть плохой прогноз и тяжелое течение коррелируют с низкой вирусной нагрузкой).

Великая гуманистическая цивилизация убила 1,5 миллиона человек из-за желания ходить в рестораны, летать на юга и нежелания «носить намордник».
=================
Достаточно категоричное мнение о демократии в рамках коронакризиса, но не лишено смысла.

В ряде регионов России (в том числе и в Приморье) ощущение выхода на плато вызвано достижением пиковой нагрузки на лаборатории.

"А спасённые от тюрьмы «звёзды» принялись раздавать полные тупого пафоса интервью, чтоб прям ни у кого не оставалось сомнений, что они белые, и пушистые..."

Мне кажется, я понимаю, почему сайт medrussia находится не в зоне ru, а в зоне org.
Потому что они ну вот совсем не "ru".

Швецию, конечно, ругают, но что делать с этой статистикой?

⁉️Изменился ли SARS-CoV-2 за год и насколько существенно?

Ученые из Университета Майами опубликовали промежуточные итоги изучения изменчивости вируса SARS-CoV-2 за истекший год его существования в человеческой популяции.
Они предложили всесторонний анализ того, насколько SARS-CoV-2 изменился за год, используя коллекцию из более чем 223 000 геномов, сохраненных в банке данных Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID).

Компоненты, в которых мутации происходили с наиболее высокой частотой:
1️⃣ Spike protein - Мутация D614G была связана с ростом инфекционности, но не с увеличением тяжести заболевания.
2️⃣ Белок NSP12. Мутация P323L в белке NSP12 сопровождает мутацию D614G (S) в большинстве случаев. Она может воздействовать на скорость репликации вируса.
3️⃣ Белок нуклеокапсида - мутации в нем R203K и G204R могут повлиять на темпы и качество транскрипции и репликации вируса атипичной пневмонии.
4️⃣ NS9c вспомогательный белок - в нем также часто происходят мутации (основные G50N и L67F), их роль в жизненном цикле вируса до конца непонятна.

Временные промежутки возникновения мутаций:
✅ Наблюдались две различные мутационные тенденции в период с декабря 2019 года по июнь 2020 года и с июля по ноябрь 2020 года. Геном вируса изменялся постепенно с течением времени, достигая максимальной вариабельности в ноябре 2020 г.
✅ Рост мутаций D614G и P323L был более резкий, чем остальных, максимум пришелся на март-апрель.
✅ Скорость мутаций R203/G204 нуклеокапсида и G50 во вспомогательном белке NS9c нарастала более медленно.

С точки зрения географии:
☑️ Мутация D614G впервые обнаружена в Германии, еще в январе 2020 года, затем она появилась в Австралии и Китае.
☑️ В феврале другие страны продемонстрировали заметный рост присутствия D614G
мутации, например Саудовская Аравия, Швейцария, Италия, Франция. Австрия, Нидерланды и Бразилия.
☑️ Резкое увеличение частоты мутации D614G случилось в марте 2020 года (добавились Эстония, Марокко, Аргентина, Румыния, Фарерские Острова, Венгрия, Босния и Герцеговина, Россия).

🟢 Из всех выявленных на текущий момент мутаций нет каких-либо серьезных изменений, несущих с собой увеличение тяжести заболевания или роста смертности. Так же в природе сейчас нет таких мутаций, которые бы полностью делали невозможным процесс вакцинации.
(вывод мой на основании этой работы и нескольких предыдущих на тему изменчивости генома вируса)

Не все же о коронавирусе, вот и вакцина от ВИЧ испытывается и даже с хорошими результатами.

В "Векторе" сообщили, что профилактическая вакцина против ВИЧ/СПИДа является полиэпитопной, то есть содержит небольшие фрагменты основных вирусных белков, которые являются высоко консервативными для трех субтипов ВИЧ-1 (А, В и С).

"Преимущества полиэпитопных вакцин в том, что они включают в себя только необходимые для формирования специфического иммунитета фрагменты вирусных белков, не содержат в своем составе полноразмерных структур вируса, которые могут являться факторами патогенности и/или могут ингибировать формирование протективного иммунитета или стимулировать развитие аутоиммунных реакций", - уточнили в научном центре.

Китайцы еще 25 сентября выложили статью на PubMed, где обсудили инфекционность мутации N501Y, которую они изучали на мышах.

В частности, они указали, что "структурная ремоделяция также показала, что замещение N501Y в RBD белка SARS-CoV S увеличило связующую способность с ACE2 у мыши... Повышенная вирулентность SARS-CoV-2 у мышей, вероятно, была связана с появлением замещения N501Y в RBD белка SARS-CoV-2".

🟢 После испытания субъединичной вакцины (рекомбинантные протеины Spike RBD Fc) на мышах, зараженных этим штаммом, было установлено, что мутация не мешает выработке хорошего титра антител, а мыши с антителами выдерживали после заражения большую вирусную нагрузку.

‼️ Уточню, что данная работа выполнялась не ради исследования конкретной мутации, а для создания мышиной модели для изучения вакцины, что и было сделано. Но работали они именно с N501Y.

⁉️ ПЦР - есть ли проблема?

ВОЗ получила отзывы пользователей о повышенном риске ложных результатов SARS-CoV-2 при испытании образцов с использованием реагентов RT-PCR на открытых системах и выпустила заявление на эту тему.

🟢 Общий итог заявления:
"Вероятность того, что человек, имеющий положительный результат, действительно инфицирован SARS-CoV-2, падает с уменьшением уровня позитивности, независимо от специфики анализа (чем больше циклов, тем менее точна ПЦР). Поэтому медицинским работникам рекомендуется принимать во внимание результаты анализов наряду с клиническими признаками и симптомами, подтвержденным статусом любых контактов и т.д. Читайте инструкцию к вашим тест-системам, рассмотрите любой положительный или отрицательный результат в сочетании с типом образца, клиническими наблюдениями, историей болезни и эпидемиологической информацией.

🔴 Сложно сказать, искренне ли ВОЗ засомневалась в точности ПЦР или их заявление имело под собой почву в виде решения португальского суда 1 ноября 2020 года, где судья заявил: "A single positive PCR test cannot be used as an effective diagnosis of infection" (то есть ставить диагноз по 1 положительной ПЦР нельзя).

В итоге столкнулись между собой 2 точки зрения ученых - точка зрения ВОЗ (97% результатов больше 35 прогонов ложно-положительные) и точка зрения тех, кто считает, что неважно, сколько циклов в ПЦР - она не ошибается.
Чья в итоге окажется верной - время покажет.

‼️ Чем опасна новая мутация коронавируса?
⚠️ Более подробный обзор ветви B.1.1.7 и мутации VUI — 202012/01.

Группа ученых из Великобритании описала предварительную геномную характеристику новой мутации SARS-CoV-2.

1️⃣ В сентябре 2020 года в наборе данных наблюдения COG-UK был обнаружен отдельный филогенетический кластер, названный линейкой В.1.1.7. Этот кластер стремительно рос в течение последних 4 недель и с тех пор наблюдается в других местах Великобритании, что указывает на его дальнейшее распространение.

2️⃣ Штамм VUI — 202012/01 характеризуется необычайно большим количеством генетических изменений, в частности, в белке шипа. На сегодняшний день вычислено 17 изменений (14 замен аминокислот и 3 выпадения), что является беспрецедентным в глобальных геномных данных вируса для пандемии COVID-19. Некоторые из этих мутаций потенциально биологически значимы и были описаны ранее в различной степени:
✅ Мутация N501Y является мутацией в рецепторно-связывающем домене (RBD) и идентифицирована как усиливающая сродство к ACE2.
✅ Выпадение в локализации 69-70del было описано ранее в контексте уклонения от иммунного ответа человека (ее находили у тех самых истребленных датских норок).
✅ Мутация P681H находится в непосредственной близости от места расщепления фурина.
✅ Мутация белка ORF8 - Q27stop - усекает белок ORF8 или делает его неактивным. Укорочение белка ORF8 оказывает воздействие на репликацию вируса в клетках дыхательных путей человека по сравнению с вирусами с обычным белком. Этот белок сигнальный и должен обманывать иммунную систему, выдавая зараженную клетку за здоровую; нарушение в структуре белка ломает и саму эту функцию, в результате клетка быстрей подвергается иммунной защите.
✅ Никогда ранее N501Y и Р681Н не находили in vivo вместе.

3️⃣ Два самых ранних отобранных генома, принадлежащих к линии B.1.1.7, были собраны 20 сентября 2020 года в графстве Кент и 21 сентября 2020 года в Большом Лондоне.

❓Какие эволюционные процессы или селективные давления могли привести к появлению ветви B.1.1.7 и штамма VUI — 202012/01?

Ранее сообщалось о высоких темпах накопления мутаций в течение коротких промежутков времени в исследованиях иммунодефицитных или иммунодепрессивных пациентов, хронически инфицированных SARS-CoV-2. У них обнаруживают РНК SARS-CoV-2 в течение 2-4 месяцев или более (хотя имеются также сообщения о длительных инфекциях у некоторых иммунокомпетентных лиц). Таких пациентов лечат плазмой реконвалесцентов (иногда несколько раз), а также, как правило, ремдесивиром.

В этих условиях ожидается, что эволюционная динамика популяции вируса внутри пациента будет сильно отличаться от таковой при типичной инфекции.
☑️ Во-первых, отбор из числа естественных иммунных ответов у иммунодефицитных/дефицитных пациентов будет слабым или вообще отсутствовать.
☑️ Во-вторых, отбор, возникающий в результате терапии антителами, может быть более жестким и конкурентным из-за высоких концентраций антител в плазме.
☑️ В-третьих, если терапия антителами назначается после многих недель хронической инфекции, популяция вируса может быть к этому времени генетически крайне разнообразной, что создаст подходящие условия для быстрой фиксации изменений вируса путем прямого отбора (то есть мутации, против которых не сработают антитела, закрепятся и передадутся дальше).

‼️ В настоящий момент предположение о том, что источником мутации мог стать человек с иммунодефицитом или пациент, пролеченный плазмой с антителами или противовирусным препаратом, является гипотезой.
❗️Вирус предположительно(!) имеет более высокую заразность (на 71%) и скорость распространения, увеличивая базовое число R почти до 1.
⛔️ Показатели смертности и летальности пока что не выросли.
🟢 Данных, что вакцины будут бессильны против него - нет.