SBM-CDT-Flourine_Veronique Gouverneur Tetrahedron lecture.pdf
23.1 MB
Tetrahedron Chair lectures, Veronique Gouverneur, 2016 BOSS XV
Попробую завтра рассказать что знаю о радиофармпрепаратах вообще, о пептидных трейсерах в частности, с уклоном на взгляд со стороны фарм-бизнеса: что выгодно делать, что невыгодно, какие наблюдаются тенденции.
Forwarded from SciСай (quantum forest)
Семинар по радиофармпрепаратам
В шаббат 21.09 проводим семинар по теме "Радиофармацевтические препараты и прекурсоры для позитронно-эмиссионной томографии: взгляд со стороны фарм-индустрии".
Семинар будет проходить в нашем дискорде: https://discord.gg/6f2mFUS
В шаббат 21.09 проводим семинар по теме "Радиофармацевтические препараты и прекурсоры для позитронно-эмиссионной томографии: взгляд со стороны фарм-индустрии".
Семинар будет проходить в нашем дискорде: https://discord.gg/6f2mFUS
Discord
Join the Journal Club "SciСай" Discord Server!
Check out the Journal Club "SciСай" community on Discord - hang out with 213 other members and enjoy free voice and text chat.
Interactive Visualisation of all approved, illicit, and experimental drugs, http://tmap-drugbank.surge.sh/
Охо-хо, котаны, в мои лапки попал нецелованный автоматический синтесайзер, который мы забрали из центра онкологии, потому што предыдущий его владелец-радиохимик умер (нет, по естественным причинам). Предназначался он для последних стадий радиохимического синтеза, типа введение горячего фтора/галлия/etc, но вообще это универсальная адская машина, которой целиком можно запрограммировать синтез чего-нибудь. В общем, это та штука, внуки которой однажды (скоро) лишат органиков работы. Как освою - сделаю репорт.
A Certain Scientific Impostor
Photo
Раскурочили ионную ловушку. На первом снимке в собранном пока что виде - две вакуумные камеры, октополь, ионная ловушка и фотоумножитель в конце.
Forwarded from Авва
Меня очень, очень впечатлила эта история из мемуаров физика-экспериментатора Луиса Альвареса (перевод с англ. мой):
"Делать точные измерения действительно очень тяжело. Когда изучаешь то, как лучшие значения фундаметальных физических постоянных менялись со временем, неизбежно замечаешь, что обычно есть "модное" значение, которое часто на несколько стандартных отклонений отличается от более позднего и более точного значения. Этот феномен, который я назвал "интеллектуальная синхронизация по фазе", частично вызван тем, что никому не нравится стоять в одиночестве.
Из всех физиков, кого я знал, лучше всех смог избежать интеллектуальной синхронизации по фазе Фрэнк Даннингтон, работавший с Эрнестом Лоренсом в Беркли в 1930-х. Даннингтон провел несколько лет за измерением точного значения отношения заряда электрона к массе, e/m. Он использовал метод, который предложил Лоренс вскоре после того, как изобрел циклотрон, этот замечательный аппарат для разгона частиц путем запуска их по спирали сквозь магнитное поле. По этому методу измерялось время, которое занимало у электрона пересечь определенную часть одного оборота в магнитном поле, и из этого времени можно было получить e/m. Это измерение потенциально было намного более точным, чем более ранние измерения другими методами.
Даннингтон знал, что его оценку e/m ждут с нетерпением другие ученые, но он понимал также собственную склонность к интеллектуальной сихнронизации по фазе. Он решил, что если уж он собрался посвятить четыре года своей жизни одному измерению, то просто обязан придумать способ, который помешает ему невольно сдвинуть ответ к ожидаемому значению.
Он сделал это следующим способом: он скрыл от самого себя ключевую информацию, угол между двумя щелями в его аппарате, через которые входили и выходили электроны. Он сказал главному слесарю, что ему нужен угол где-то между 18 и 22 градусами, но точное значение он знать не хочет. Слесарь выполнил его указания, и Даннингтон начал свои измерения, четыре года измерений и тщательного анализа результатов и ликвидацию всех "систематических погрешностей". Только в самом конце, когда он уже закончил окончательный вариант своей длинной статьи, он наконец разобрал всю свою экспериментальную систему, вынул из нее часть с разрезами, и закрепил ее на аппарате для измерения углов. После длинного ряда тщательных измерений, он записал наиболее точное значение угла между разрезами, ввел это значение в свой калькулятор, и умножил его на число, которое заключало в себе результат нескольких лет его работы. Число, которое появилось в окне результата калькулятора - новая лучшая оценка e/m в мире - он вписал в пустое место, которое оставил на последней странице своего манускрипта. Затем он заклеил конверт и отослал статью.
Усилия, которые Даннингтон приложил для того, чтобы избежать интеллектуальную синхронизацию по фазе, иллюстрируют одно из важных различий между учеными и большинством других людей. Большинство людей беспокоятся о том, чтобы их кто-то не обманул; ученого еще больше беспокоит, чтобы он сам себя не обманул."
"Делать точные измерения действительно очень тяжело. Когда изучаешь то, как лучшие значения фундаметальных физических постоянных менялись со временем, неизбежно замечаешь, что обычно есть "модное" значение, которое часто на несколько стандартных отклонений отличается от более позднего и более точного значения. Этот феномен, который я назвал "интеллектуальная синхронизация по фазе", частично вызван тем, что никому не нравится стоять в одиночестве.
Из всех физиков, кого я знал, лучше всех смог избежать интеллектуальной синхронизации по фазе Фрэнк Даннингтон, работавший с Эрнестом Лоренсом в Беркли в 1930-х. Даннингтон провел несколько лет за измерением точного значения отношения заряда электрона к массе, e/m. Он использовал метод, который предложил Лоренс вскоре после того, как изобрел циклотрон, этот замечательный аппарат для разгона частиц путем запуска их по спирали сквозь магнитное поле. По этому методу измерялось время, которое занимало у электрона пересечь определенную часть одного оборота в магнитном поле, и из этого времени можно было получить e/m. Это измерение потенциально было намного более точным, чем более ранние измерения другими методами.
Даннингтон знал, что его оценку e/m ждут с нетерпением другие ученые, но он понимал также собственную склонность к интеллектуальной сихнронизации по фазе. Он решил, что если уж он собрался посвятить четыре года своей жизни одному измерению, то просто обязан придумать способ, который помешает ему невольно сдвинуть ответ к ожидаемому значению.
Он сделал это следующим способом: он скрыл от самого себя ключевую информацию, угол между двумя щелями в его аппарате, через которые входили и выходили электроны. Он сказал главному слесарю, что ему нужен угол где-то между 18 и 22 градусами, но точное значение он знать не хочет. Слесарь выполнил его указания, и Даннингтон начал свои измерения, четыре года измерений и тщательного анализа результатов и ликвидацию всех "систематических погрешностей". Только в самом конце, когда он уже закончил окончательный вариант своей длинной статьи, он наконец разобрал всю свою экспериментальную систему, вынул из нее часть с разрезами, и закрепил ее на аппарате для измерения углов. После длинного ряда тщательных измерений, он записал наиболее точное значение угла между разрезами, ввел это значение в свой калькулятор, и умножил его на число, которое заключало в себе результат нескольких лет его работы. Число, которое появилось в окне результата калькулятора - новая лучшая оценка e/m в мире - он вписал в пустое место, которое оставил на последней странице своего манускрипта. Затем он заклеил конверт и отослал статью.
Усилия, которые Даннингтон приложил для того, чтобы избежать интеллектуальную синхронизацию по фазе, иллюстрируют одно из важных различий между учеными и большинством других людей. Большинство людей беспокоятся о том, чтобы их кто-то не обманул; ученого еще больше беспокоит, чтобы он сам себя не обманул."
пак #HPLCtips намба 3
*
В ESI-MS металлы в больших концентрациях (соли металлов) дают интенсивные пики ионных кластеров. Особенно часто в практике встречаются кластеры с Na/K: так в случае Na и TFA в элюенте видны серии пиков [(CF3COONa)nNa]+ и [(CF3COONa)nCF3COO]− в положительных и отрицательных ионах соответственно, с разницей масс в 136Da.
*
Заменить катион или анион можно добавляя в элюент сильный анион или катион соответственно (т.е, противоион. см ряд активности ионов в ионной хроматографии: например Ca - сильный катион, который может забрать ненужный анион, крепко сидящий на положительно заряженной группе, а вымыть ненужный катион можно сильным комплексоном или кислотой) см. принципы ионнной хроматографии.
*
"an expanded pH range is still the holy grail of HPLC" - C18 колонки чаще всего устойчивы к кислым условиям, как в плане pH буфера, так и в плане наличия кислот в пробе. В отличие от неполярных диметилполисилоксановых капиллярных колонок для газовой хроматографии, с которых легко смывается фаза кислотами чуть сильнее уксусной (даже вода немного гидролизует фазу таких колонок). Зато C18 довольно чувствительны к основности буфера, и pH выше 8 стоит по умолчанию применять с опаской, если эксплицитно не прописано, что фаза конкретной колонки устойчива в высоких pH. Но я бы маркетологам не сильно верил. В общем, сорбенты на основе силикагелевого зерна лучше при высоких pH не гонять, но существуют полимерные сорбенты для обращенной фазы (например, на основе С18 модифицированных сополимеров гидроксиэтил метакрилата), которые устойчивы до pH~12.
*
Прямофазные, немодифицированные силикагелевые колонки могут быть убиты водой. Может быть, не мгновенно, но достаточно быстро вода сядет на фазу и ее дезактивирует. От остаточной воды в образцах спасают guard-колонки. nuff said.
*
Хорошее практическое замечание для преп- и полупреп- хроматографии: не обязательно изводить деньги на HPLC-grade ацетонитрил. Как оказалось, с практической точки зрения, достаточно чист для почти любого препаративного разделения обычный канистровый хч (sic!!!), например из "Компонент-Реактива". Да, в нем есть некоторые примеси, которые при градиентной хроматографии будут приводить к дрейфу фона, но это оказалось несущественно. к тому же эти примеси летучие, и в любом случае отсушиваются при выделении.
*
В ESI-MS металлы в больших концентрациях (соли металлов) дают интенсивные пики ионных кластеров. Особенно часто в практике встречаются кластеры с Na/K: так в случае Na и TFA в элюенте видны серии пиков [(CF3COONa)nNa]+ и [(CF3COONa)nCF3COO]− в положительных и отрицательных ионах соответственно, с разницей масс в 136Da.
*
Заменить катион или анион можно добавляя в элюент сильный анион или катион соответственно (т.е, противоион. см ряд активности ионов в ионной хроматографии: например Ca - сильный катион, который может забрать ненужный анион, крепко сидящий на положительно заряженной группе, а вымыть ненужный катион можно сильным комплексоном или кислотой) см. принципы ионнной хроматографии.
*
"an expanded pH range is still the holy grail of HPLC" - C18 колонки чаще всего устойчивы к кислым условиям, как в плане pH буфера, так и в плане наличия кислот в пробе. В отличие от неполярных диметилполисилоксановых капиллярных колонок для газовой хроматографии, с которых легко смывается фаза кислотами чуть сильнее уксусной (даже вода немного гидролизует фазу таких колонок). Зато C18 довольно чувствительны к основности буфера, и pH выше 8 стоит по умолчанию применять с опаской, если эксплицитно не прописано, что фаза конкретной колонки устойчива в высоких pH. Но я бы маркетологам не сильно верил. В общем, сорбенты на основе силикагелевого зерна лучше при высоких pH не гонять, но существуют полимерные сорбенты для обращенной фазы (например, на основе С18 модифицированных сополимеров гидроксиэтил метакрилата), которые устойчивы до pH~12.
*
Прямофазные, немодифицированные силикагелевые колонки могут быть убиты водой. Может быть, не мгновенно, но достаточно быстро вода сядет на фазу и ее дезактивирует. От остаточной воды в образцах спасают guard-колонки. nuff said.
*
Хорошее практическое замечание для преп- и полупреп- хроматографии: не обязательно изводить деньги на HPLC-grade ацетонитрил. Как оказалось, с практической точки зрения, достаточно чист для почти любого препаративного разделения обычный канистровый хч (sic!!!), например из "Компонент-Реактива". Да, в нем есть некоторые примеси, которые при градиентной хроматографии будут приводить к дрейфу фона, но это оказалось несущественно. к тому же эти примеси летучие, и в любом случае отсушиваются при выделении.
Если вас, так же как и меня, пугает словосочетание "кварто-квинтовый круг", а словосочетание "конструктивная интерференция звуковых волн" - нет, то вот вам максимально краткая логическая цепочка, которая позволила мне осознать, почему в музыке ВСЕ ТАК. Следите за руками:
1. Человеческое ухо было эволюционно устроено таким образом, чтобы различать звуки от разных источников. Поскольку IRL маловероятно точное совпадение частот излучаемых звуков от двух разных объектов - то такие звуки ухо не может различить (разложить их сумму на составляющие гармоники). Это приводит к тому, что мы слышим два звука с одной частотой, исходящие от разных источников, как будто он один: это унисон.
2.То же самое касается обертонов (звук, частота которого ровно в 2, 3, 4, етс раз выше начального тона = его обертон). Хотя обертон и тон мы уже можем различать по высоте, мы все равно понимаем, что тон и обертон похожи. Эволюционно это тоже объяснимо: любой природный объект не излучает только один тон, а всегда тон + обертона. Например, гитарная струна излучает не чистую синусоидальную волну, а сумму основного тона с кучей обертонов. То, какие именно обертона и в какой пропорции излучаются одновременно с основным тоном, определяет тембр инструмента.
3. Эта "похожесть" тона и обертона объясняется тем, что периодичность пучностей и узлов у этих стоячих волн подобна. Наложение тона и обертона дает в результате конструктивной интерференции результирующую волну с устойчивой периодичностью: а именно, длина результирующей волны будет равна длине волны основного тона, что ощущается нами как идеальное совпадение, пусть и менее классное, чем унисон.
4. В более общем случае, сумма двух волн также дает устойчивую периодичность результирующей волны, если соотношение их частот можно выразить как отношение простых целых чисел. Чем меньше эти числа, тем более красивая волна получается на выходе, и тем совершеннее звучит это сочетание звуков - которое в музыке называется интервал.
5. Получается, что человеческое ухо определяет разные степени похожести двух звуков, выделяя характерные пульсации амплитуды, и гармонию мы чувствуем сравнивая периоды суммарных волн с периодом основного тона. Чем ближе этот период к периоду основного тона, тем больше нам нравится сочетание звуков, тем совершеннее и гармоничнее звучание интервала. Так, интервал в октаву имеет период равный периоду начального тона; большая терция - в четыре раза больший период; малая терция в пять; чистая кварта в три раза, а чистая квинта - всего в два; большая секста - в три. Самый диссонансный из интервалов - малая секунда - имеет период колебаний в 15 раз больше периода начального тона, что мы явно слышим как "биения". См. прикрепленные картинки ниже.
6. Поскольку интервал в октаву дает тон, звучащий точно так же как начальный, только с большей частотой, мы приходим к мысли, что можно выбрать некоторый участок спектра между частотами f и 2f, разбив его на набор стандартных тонов, и тогда мы сможем получить любой другой возможный тон удвоением или делением на два какой либо из частот из набора стандартных тонов.
1. Человеческое ухо было эволюционно устроено таким образом, чтобы различать звуки от разных источников. Поскольку IRL маловероятно точное совпадение частот излучаемых звуков от двух разных объектов - то такие звуки ухо не может различить (разложить их сумму на составляющие гармоники). Это приводит к тому, что мы слышим два звука с одной частотой, исходящие от разных источников, как будто он один: это унисон.
2.То же самое касается обертонов (звук, частота которого ровно в 2, 3, 4, етс раз выше начального тона = его обертон). Хотя обертон и тон мы уже можем различать по высоте, мы все равно понимаем, что тон и обертон похожи. Эволюционно это тоже объяснимо: любой природный объект не излучает только один тон, а всегда тон + обертона. Например, гитарная струна излучает не чистую синусоидальную волну, а сумму основного тона с кучей обертонов. То, какие именно обертона и в какой пропорции излучаются одновременно с основным тоном, определяет тембр инструмента.
3. Эта "похожесть" тона и обертона объясняется тем, что периодичность пучностей и узлов у этих стоячих волн подобна. Наложение тона и обертона дает в результате конструктивной интерференции результирующую волну с устойчивой периодичностью: а именно, длина результирующей волны будет равна длине волны основного тона, что ощущается нами как идеальное совпадение, пусть и менее классное, чем унисон.
4. В более общем случае, сумма двух волн также дает устойчивую периодичность результирующей волны, если соотношение их частот можно выразить как отношение простых целых чисел. Чем меньше эти числа, тем более красивая волна получается на выходе, и тем совершеннее звучит это сочетание звуков - которое в музыке называется интервал.
5. Получается, что человеческое ухо определяет разные степени похожести двух звуков, выделяя характерные пульсации амплитуды, и гармонию мы чувствуем сравнивая периоды суммарных волн с периодом основного тона. Чем ближе этот период к периоду основного тона, тем больше нам нравится сочетание звуков, тем совершеннее и гармоничнее звучание интервала. Так, интервал в октаву имеет период равный периоду начального тона; большая терция - в четыре раза больший период; малая терция в пять; чистая кварта в три раза, а чистая квинта - всего в два; большая секста - в три. Самый диссонансный из интервалов - малая секунда - имеет период колебаний в 15 раз больше периода начального тона, что мы явно слышим как "биения". См. прикрепленные картинки ниже.
6. Поскольку интервал в октаву дает тон, звучащий точно так же как начальный, только с большей частотой, мы приходим к мысли, что можно выбрать некоторый участок спектра между частотами f и 2f, разбив его на набор стандартных тонов, и тогда мы сможем получить любой другой возможный тон удвоением или делением на два какой либо из частот из набора стандартных тонов.