Удобненько.
Параллельно мы взломали бинарники файлов синтеза на Chorus Pure Pep, так что теперь агенты могут ещё и пептидный синтезатор запускать.

Надо сказать, что парсинг и вскрытие бинарников - это то, где нейронки раскрываются во всей своей мощи. все таки расскажу скоро, как мы допарсили .cdx файлы, чтобы формулы можно было нативно отображать в obsidian, на лету.

Последние дни податься. Нормальная работа, не штурм!

мясные:кремниевые -> (практически) ничья по дизайну байндеров.

https://muni.bio/research/agents-vs-humans-trem2

кстати, рекомендую:

Три месяца назад я написал текст этой песни
 
Нет, не так! Уже три года я читаю в МФТИ курс «Новости компьютерного моделирования биосистем», и вот настал момент кое-что в нем обновить. Одну лекцию я выкинул, вставив вместо нее рассказ о современных методах расчета энергий связывания в молекулярной динамике, придав этому слегка инфернальный уклон всегда ускользающей цели. А еще две — про нейросети — сильно обновил: рассказ про предсказание структур белков стал более системным и последовательным; а про белковый дизайн, надо сказать, впервые обрел необходимую четкость и теоретическую базу. Что не удивительно: в 2023 году половины того, о чем я рассказывал сегодня, еще попросту не было.
Лекции доступны на ютубе и ВКонтакте:
1. Моделирование рецепторов (ВК)
2. Моделирование ионных каналов (ВК)
3. Моделирование больших и сверхбольших систем (ВК)
4. Фолдинг и взаимодействие молекул (ВК)
5. Расчеты свободных энергий связывания и улучшенное семплирование МД (ВК)
6. Новые технологии молекулярной динамики (ВК)
7. Предсказание структуры белков на базе искусственного интеллекта (ВК)
8. Белковый дизайн — технология будущего (ВК)

Белковик найден!
Всем откликнувшимся спасибо.
Мы таки будем расширять еще эту группу, так что кто хочет - пишите и далее.
Следующее окно набора ~через месяц, и тоже нужен будет белковик с навыками генного инженера. или наоборот.

Химрар тут совместил день химика (кстати, поздравляю с прошедшим) и открытие своего нового цеха производства субстанции. Ну что сказать, по красоте все, Химрар это отдельно стоящее явление на хим/фарм ландшафте РФ. Цеха прям грамотно спроектированы, видна инженерно-химическая школа.

Иващенко сказал кое-что важное - если не развивать химпром и свое производство субстанции, то через пару лет получим ситуацию "китайский автопром в фармацевтике". Как говорится, думайте, подписаться. Привет перепродаванам китайской субстанции.

P.S. На символическом запуске цеха рубильником в реакторе слева включилось перемешивание и он расслоился в триколор)) зачёт.

В рубрике #блестящие_железки сегодня вот такая зверюга. Это синтезатор олигов на электрохимическом чипе. Коллеги присматривают себе, и нам советуют, а мы и не против.

Вот такие кремниевые вафли wafers.

1500, 4000, 19000 и 88000 олигов на чипе, от фемто до пикомоля нагрузка на спот.

Декларируют синтез до 150нт в длину. Скепсис у меня определенный есть - чем плотнее расположение синтезируемых олигов, тем больше проблемы с краевыми эффектами: в случае колоночных синтезаторов это подмесы и кросс-контаминация, в случае фотолитографических масок и фотолабильных групп - это засвет под маску, а с электрохимическими чипами это снятие защитной тритильной группы там где не надо - т.к. кислота генерируется электрохимически на споте, и соответвтенно может задеть соседние споты.

Короче крайне надеюсь наложить лапки на этот девайс - это уже совсем иной уровень игры в синтетическую биологию.

PS.: на минуточку, 88к олигов на чипе за раз синтезировать - это сразу бактериальный геном, небольшой. типа микоплазмы.

Вот бы сколлаборировать с каким нибудь "Микроном" или "Ангстремом" и чип для синтеза реверснуть....

кстати, помните как некий чел на хабре в 2017 году в одиночку отреверсил полупроводниковый сиквенатор? До сих пор изумительная история.

А чип для синтеза ДНК проще сделать-то. При этом, импликации для суверенитета огромные. думайте.

На текущий момент ситуация с Fable по всем интересующим меня вопросам - органика, фарма, синтетическая биология и кибербез - примерно такая:

"Суверенная модель ИИ в России есть? нет? ну тогда мы решаем что ты имеешь право знать а что нет, соболезнуем мистер лох. Иди не знаю, яндекс алису спроси, или там, поплачь."

Но хорошо, что антропики таким образом набивают цену человеческим специалистам.

Щас будет наброс.
Ищу практикантов ВАЙБКОДЕРОВ. Возможно, это речь про студентов старших курсов. Или нет.

Мне нужен не уже готовый специалист-программист, а фанатики-дилетанты по автоматизации, желательно с хим/био бэкграундом широкого сорта (но необязательно, достаточно фанатеть от концепции ИИ+автономная биолаба)

круг задач
- агрессивное использование ИИ для внедрения фичей и поддержки роя агентов на гермесе
- менеджмент инфраструктуры в*нов, которая мешает государству мешать нам работать науку

требуются некоторые начальные навыки администрирования линукса. понимать питон, знать слово докер. для тех кто поамбициознее - мы заинтересованы в замыкании цикла обучения с биологическим подкреплением (RLBF) на дизайнерских фагах.

самое главное это ваше компульсивное желание подключить любой девайс который вы видите к ИИ агенту. лабораторные девайсы предоставим. рассматривайте как приглашение в хакспейс.

мы предоставляем:
- офигенные темы для дипломов и квалификационных работ
- жЫрные вычислительные ресурсы (несколько серверов, несколько H100)
- возможность рискованно играть в передовые инструменты на стыке ИИ и синтетической биологии
- оплату токенов, подписок и систем удаленного доступа кхм для работы

трудоустройство
после практики обсуждаемо, неофициальная компенсация на время практики тоже.

---
писать @o_fedorov или o.fedorov@sysbiomed.ru

PS. мы это вот https://sysbiomed.ru/laboratories/laboratoriya-dizayna-iskusstvennykh-fermentov/

Ого сколько классных ребят откликнулось!
Все, пока горшочек не вари.
Всем написавшим оперативно - респект, рассматриваем.

https://github.com/lamalab-org/openclatura
Очень симпатичный опенсорс-генератор IUPAC по SMILES.
Мы наверное даже попробуем в свою базу реагентики на агентах вкорячить, чтобы курировать ошибки в систематических названиях.

Ребята собирают отзывы https://xn--r1a.website/chempsycho/464