Как-то джва года назад мы начинали делать один проект. Мы были очень наивны, пришли втроем к команде разработчиков с чистыми горящими глазами и как давай рассказывать идею.
Без понимания масштабов, не осознавая количество технологий, даже не имея письменного технического задания. Мы обсуждали-обсуждали-обсуждали воду в ступе. Разработчики либо крутили пальцем у виска (те, что почестнее), либо вежливо сливались (те, кто потактичнее). Теперь я смотрю на это все рестроспективно, и думаю, да, understandable. Мы же ещё и забесплатно, за идею хотели, а тут уж дело такое: у всех есть собственные бесплатные и сомнительные авантюры, зачем подписываться в чужую.

Без попытки разгрызть проблему самостоятельно было бесполезно пытаться составить план работ или задание. Мы просто все говорили на разных языках.

В общем, за эти два года мы поумнели, и "ну сделайте нам штоб было красиво и вот это вот чтобы этак делало" превратилось в понимание ролей в команде, границ ответственности, масштабов задач по сложности и времени. Смогли родить ТЗ, о божечки, да.

То, что мы думали может решить 1 (один) программист оказалось под силу поднять только целой армии людей:
Продакт-овнер (заказчик, ето мы)
Продакт-менеджер
Тимлид-разработчик
Фронтгендер
Бэкгендер
Инженер баз данных
Хемоинформатик
UX-дизайнер
UI-дизайнер
Кастомер-девелопер
Маркетолог
Продажник
Юрист
Бизнес-блин-аналитик

В общем, прощай моя кукуха, как это все связать в одну систему, да так, чтобы оно и сдвинулось ещё куда-то с мёртвой точки и осмысленно поехало? Есть только один выход: приструнить перфекционизм и поверхностно попытаться самому разобраться во всем сразу. Увидеть большую картину. И тогда все нужные пункты плана сами ложатся на бумагу, и ржавые шестерёнки начинают раскручиваться.

второй пак #HPLCtips

*
Для крупных пептидов в случае ионной ловушки и ионизации электроспреем (ESI) для масс более ~2 кДа можно использовать сигналы от многозарядных ионов, производя рассчет по алгоритму деконволюции (см. файл ниже). C MALDI так не получится - в нем не получаются многозарядные ионы.
*
Для крупных пептидов (а ля, соматотропин) следует использовать колонки С4-C8 с большой пористостью (пористость != зернение) ~300 ангстрем, в то время как обычная пористость для анализа более низкомолекулярных образцов составляет ~100 ангстрем.
*
Небольшие пептиды классно анализировать на ESI-iontrap. В мягких условиях они очень предсказуемо фрагментируются, давая интенсивные пики ионов серий b&y - при разрыве амидной связи. Так что их, де-факто, можно "секвенировать" за один анализ, и даже, например, определить на каких его аминокислотах и где именно висят защитные группы. Но это касается только линейных пептидов - циклические уже не дают такой характерной картины, и однозначной идентификации последовательности не поддаются. Поэтому может возникнуть вопрос дериватизации в процессе пробоподготовки. Например, разомкнуть эндоциклический дисульфидный мостик, дитиоэритролом (или просто меркаптоэтанолом).
*
Для анализа ионных веществ на RP-HPLC можно использовать модификаторы в буфере, а именно ион-парные реагенты. К примеру, в случае кислот использовать добавку TBABr: для анализа бисфосфоновых кислот, которые выходят на обращенной фазе практически всегда в мертвом объеме можно вместо прямой фазы использовать ион-парные реагенты.
*
Однако надо быть осторожным - TBA катион может сесть намертво и очень сильно изгадить колонку. Ничем потом его из системы не вымоешь особо.

А вот тут описан алгоритм деконволюции, если кому интересно.

Mann, M., Meng, C. K., & Fenn, J. B. (1989). Interpreting mass spectra of multiply charged ions. Analytical Chemistry, 61(15), 1702–1708.

А это к вопросу о наиболее интенсивных сериях ионов, при распаде протонированных пептидов.

Люблю когда музыка рассказывает историю. А музыка с предысторией задает направление рефлексии, что тоже здорово по-своему.

Рубрика "жёсткие задания от супервайзора".

"В 1911г. Д. Хевеши переехал к Резерфорду в Манчестер изучать методы ядерной физики и радиохимии.. ..в подвале Манчестерской лаборатории находился подарок от Австрийского правительства - сотни килограммов Йохимштальского сфалерита с радием-D, схороненном в большом количестве свинца. Резерфорд сказал: "Мой мальчик, если в тебе есть хоть что-то хорошее, отдели этот радий-D от массы свинца". В течение долгой, трудной работы, Хевеши не достиг никаких успехов."

Стоит заметить, что под названием Ra-D обозначался радиоактивный изотоп, который оказался изотопом свинца Pb210, как было впоследствии показано. Хех.

Но все закончилось хорошо. Сначала было сделано заключение, что RaD и свинец имеют идентичные химические свойства, затем было предложено использовать его радиоактивность как индикатор свинца. А после обобщения выводов на исследования прочих химических, и в т.ч. живых систем, родилось направление по использованию изотопов в качестве меток для изучения химических процессов. Нобелевская премия 1943г., между прочим.

Tetrahedron Chair lectures, Veronique Gouverneur, 2016 BOSS XV

Попробую завтра рассказать что знаю о радиофармпрепаратах вообще, о пептидных трейсерах в частности, с уклоном на взгляд со стороны фарм-бизнеса: что выгодно делать, что невыгодно, какие наблюдаются тенденции.

Interactive Visualisation of all approved, illicit, and experimental drugs, http://tmap-drugbank.surge.sh/

Охо-хо, котаны, в мои лапки попал нецелованный автоматический синтесайзер, который мы забрали из центра онкологии, потому што предыдущий его владелец-радиохимик умер (нет, по естественным причинам). Предназначался он для последних стадий радиохимического синтеза, типа введение горячего фтора/галлия/etc, но вообще это универсальная адская машина, которой целиком можно запрограммировать синтез чего-нибудь. В общем, это та штука, внуки которой однажды (скоро) лишат органиков работы. Как освою - сделаю репорт.