Вопрос преступлений мигрантов назрел уже очень давно, уверен социолог Александр Прудник. Действительно, с каждым годом число преступлений, которые совершаются мигрантами, увеличивается, и это становится проблемой, подтвердил он. В разговоре с Царьградом Александр Прудник назвал два источника этой проблемы:

"Первый источник - это само миграционное законодательство, которое не ставит никаких барьеров перед теми людьми, которые склонны и к совершению преступлений, противоправных действий, и плюс к тому, которые заражены идеями радикального исламизма. Слишком широко открыты двери в нашу страну.

А второй источник - это уже наша внутренняя проблема, полагает социолог. Он объяснил, что мигранты - из бывших республик СССР, то есть из стран, где русские подвергались и подвергаются давлению, откуда русских изгоняли и где русские становились объектом агрессии.

Где русские - это образ жертвы. Причём жертвы бесправной. Они приезжают сюда с точно такой же психологией. И поэтому для них нет никаких внутренних преград, для того чтобы снова совершать преступления против русских, которых они уже привыкли воспринимать именно в таком формате", - не стал скрывать эксперт.

"Поэтому мы должны решать этот вопрос с двух сторон, - уверен Прудник. - Первое - это контроль на внешнем входе. И второе - это жёсткое позиционирование по отношению к мигрантам, что в любых конфликтах интересы местных жителей, интересы жителя России всегда будут стоять на первом месте по сравнению с интересами мигрантов".

Источник: https://m.tsargrad.tv/news/sociolog-objasnil-pochemu-migranty-ne-bojatsja-ubivat-russkih-jeto-obraz-zhertvy_477212

Монументальный проект по секвенированию генома каждого сложного вида на Земле

Проект "Биогеном Земли" - глобальный консорциум, цель которого - за десять лет составить последовательность геномов всех сложных живых организмов на Земле (около 1,8 миллиона описанных видов) - набирает обороты.

Истоки, цели и ход проекта подробно описаны в двух статьях с участием многих авторов, опубликованных 18 января 2022 года. После завершения проекта он навсегда изменит методы проведения биологических исследований.

В частности, исследователи больше не будут ограничены несколькими "модельными видами" и смогут изучать базу данных последовательности ДНК любого организма, демонстрирующего интересные характеристики. Эта новая информация поможет нам понять, как развивалась сложная жизнь, как она функционирует и как можно защитить биоразнообразие.

Впервые проект был предложен в 2016 году. В настоящее время он находится в процессе перехода от начальной стадии к полномасштабному производству.

Цель первой фазы - секвенировать по одному геному из каждого таксономического семейства на Земле, а их около 9400. К концу 2022 года должна быть выполнена треть этих видов. На втором этапе будет проведено секвенирование представителей всех 180 000 родов, а на третьем этапе будет завершена работа над всеми видами.

Главная цель проекта "Биогеном Земли" - составить последовательность геномов всех 1,8 миллионов описанных видов сложной жизни на Земле. Сюда входят все растения, животные, грибы и одноклеточные организмы с настоящим ядром (то есть все "эукариоты").

Хотя такие модельные организмы, как мыши, плодовые мушки и нематоды, сыграли огромную роль в нашем понимании функций генов, огромное преимущество заключается в возможности изучать другие виды, которые могут работать несколько иначе.

Многие важные биологические принципы были получены в результате изучения малоизвестных организмов. Например, гены были открыты Грегором Менделем в горохе, а правила, которые ими управляют, были обнаружены в красной хлебной плесени.

ДНК была впервые обнаружена в сперме лосося, а наши знания о некоторых системах, обеспечивающих ее сохранность, появились благодаря исследованию тардиград. Хромосомы впервые были обнаружены у мучных червей, а половые хромосомы - у жука (действие и эволюция половых хромосом также изучались у рыб и утконосов). А теломеры, которые закрывают концы хромосом, были обнаружены в прудовых слизях.

Сравнение близко/далеко родственных видов дает огромные возможности для обнаружения того, что делают гены и как они регулируются. Например, в другой статье PNAS, по совпадению также опубликованной 18 января обнаружено, что австралийские ящерицы-драконы регулируют половую функцию не самой последовательностью ДНК, а соседством хромосом с половым геном.

Ученые также используют сравнение видов, чтобы проследить гены и регуляторные системы до их эволюционного происхождения, что позволяет выявить удивительную сохранность функций генов на протяжении почти миллиарда лет. Например, одни и те же гены участвуют в развитии сетчатки глаза у человека и фоторецепторов плодовой мушки. А ген BRCA1, мутировавший при раке молочной железы, отвечает за восстановление разрывов ДНК у растений и животных.

Геном животных также гораздо более консервативен, чем предполагалось ранее. Например возраст хромосом животных составляет 684 миллиона лет.

Будет интересно исследовать "темную материю" генома и выяснить, как последовательности ДНК могут играть роль в функционировании и эволюции генома.

Еще одной важной целью проекта "Биогеном Земли" является природоохранная геномика. Эта область использует секвенирование ДНК для выявления видов, находящихся под угрозой исчезновения, к которым относится около 28% сложных организмов мира, что помогает нам следить за их генетическим здоровьем и давать рекомендации по управлению.

До недавнего времени на секвенирование больших геномов уходили годы и многие миллионы долларов. Но в настоящее время произошли огромные технические достижения, которые позволяют проводить секвенирование и сборку больших геномов за меньшие ресурсы. Весь проект "Биогеном Земли" обойдется в сегодняшних долларах дешевле, чем проект "Геном человека", общая стоимость которого составила около 3 миллиардов долларов США.

В прошлом исследователям приходилось определять порядок четырех оснований химическим путем на миллионах крошечных фрагментов ДНК, а затем снова склеивать всю последовательность. Сегодня они могут регистрировать различные основания на основе их физических свойств или путем связывания каждого из четырех оснований с различным красителем. Новые методы секвенирования могут сканировать длинные молекулы ДНК, которые привязаны в крошечных трубках или продавлены через крошечные отверстия в мембране.

Но почему бы не сэкономить время и деньги, секвенировав только ключевые репрезентативные виды?

Дело в том, что весь смысл проекта "Биогеном Земли" заключается в том, чтобы использовать различия между видами для проведения сравнений.

Существует также страх упустить что-то новое. Например, если из 70 000 видов нематод мы изучим только 69 999, мы можем упустить тот, который раскроет секреты того, как нематоды могут вызывать заболевания у животных и растений.

В настоящее время над проектом "Биогеном Земли" работают 44 дочерних учреждения в 22 странах. Кроме того, существует 49 дочерних проектов, включая такие грандиозные проекты, как Калифорнийский проект геномики сохранения природы, проект "10 000 геномов птиц" и британский Дарвиновский проект "Древо жизни", а также множество проектов по отдельным группам, таким как летучие мыши и бабочки.

Источник: https://scitechdaily.com/monumental-project-underway-to-sequence-the-genome-of-every-complex-species-on-earth/

Антропологи определили районы, в которых наши древние предки скрещивались с неизвестными видами людей

Анализ и сравнение ДНК современных людей уже показал, что наши далекие предки, покинув Африку, встретились с другими видами людей — неандертальцами, денисовцами, — долгое время сосуществовали и даже скрещивались с ними. Особенно активно эти процессы развивались на островах Юго-Восточной Азии, где сохранились генетические следы скрещивания еще как минимум с двумя видами родственников, пока неизвестных.

Ученые из Университета Аделаиды сообщают об этом в статье, опубликованной в журнале PNAS. Алан Купер (Alan Cooper) и Жуан Тексейра (João Teixeira) провели анализ предыдущих работ в области генетики и палеоботаники, показав, что пути сапиенсов и неидентифицированных «вымерших гоминин № 1» пересеклись на юге Азии. Позднее состоялась встреча с «вымершими гомининами № 2» в районе Филиппин, Явы, Борнео и Суматры.

«Мы понимали, что история выхода из Африки не так проста, но она оказывается еще более запутанной, чем можно было ожидать, — говорит Жуан Тексейра. — Очевидно, островная Юго-Восточная Азия была населена несколькими архаичными группами людей, возможно, живших в изоляции друг от друга вплоть до прихода современного человека. Судя по времени, их появление быстро приводило к упадку архаичных популяций».

Источник: https://naked-science.ru/article/biology/antropologi-opredelili-rayony-v?utm_source=inarticle&utm_medium=inarticle&utm_campaign=inarticle

Фатьяновцы: вооружены и агрессивны
Археологи в Подмосковье вырыли топор войны

В декабре 2018 года подмосковная экспедиция Института археологии РАН проводила археологические исследования перед строительством частной школы в Истринском районе. В первых семи шурфах ничего не было найдено. Уже казалось, что в этом месте нет культурных слоев и можно смело приступать к строительству, но в последнем, восьмом шурфе были обнаружены остатки средневековой керамики, а в более раннем слое — каменные топоры эпохи средней бронзы. Четыре с половиной тысячи лет назад на этом месте был могильник, в котором были похоронены люди, принадлежащие к фатьяновской культуре — одной из самых редких археологических культур на территории Подмосковья.

«Мы получили настоящий подарок к 100-летию российской академической археологии, — говорит руководитель подмосковной археологической экспедиции Ася Энговатова. — С одной стороны, мы открыли редкий памятник: последний раз фатьяновский некрополь на территории Подмосковья находили четверть века назад. С другой стороны, мы получили не просто редкие находки — мы получили возможность исследовать их на принципиально новом научном уровне и по-новому взглянуть на историю заселения Волго-Окского междуречья и шире — всей территории Русской равнины».

Найти памятник фатьяновской культуры в Подмосковье — большая удача. Дело в том, что на раннем этапе носители этой культуры не возводили курганы: они хоронили покойников в глубоких могильных ямах, которые укрепляли деревянными плахами, лубом или берестой. На сегодняшний день археологи не располагают методикой и технологиями, способными определить точное местоположение таких могильников, и большинство некрополей могут быть найдены либо при проведении историко-культурной экспертизы перед строительством, либо непосредственно при проведении строительных работ.

Фатьяновские комплексы в Подмосковье являются самыми древними памятниками эпохи бронзы в регионе. Это редкая культура для наших мест: фатьяновские памятники составляют лишь 0,3% от всех археологических памятников Московской области. Всего на карте Подмосковья отмечено 15 могильников, 21 поселение и одна сезонная стоянка. Могильники располагаются в основном в долине Москвы-реки, Рузы и Истры, окрестностях Тростенского озера. Но на территории современной России ареал распространения памятников фатьяновской культуры охватывает довольно большую площадь: в нее входят Тверская, Ярославская, Ивановская, Костромская, Московская, Калужская, Смоленская, Владимирская, Новгородская области.

В свою очередь, фатьяновская культура вписана в более широкий контекст европейских археологических культур шнуровой керамики и боевых топоров и является их самым восточным ответвлением. Свое название эти культуры получили по традиции класть в мужские погребения боевые топоры и украшать керамику узорами, которые получались из оттисков веревок и шнуров на сырой глине. Они были распространены в Центральной и Восточной Европе, от современной Швеции на севере до Дуная и Карпат на юге и до Рейна на западе. Предполагается, что их носители были древними индоевропейцами, а появление этой культуры маркирует ту позднюю стадию индоевропейской общности, когда происходит распад на отдельные языки и культуры. Как полагают исследователи, фатьяновцы говорили на языке, относящемся к периоду германо-балто-славянского единства, но эту гипотезу невозможно проверить.

До сих пор неизвестно, почему в середине III тысячелетия до нашей эры часть представителей культур боевых топоров переместилась из Центральной и Северо-Восточной Европы в лесную зону Восточной Европы. Возможно, причиной миграции стали конфликты между группами и необходимость расширить свою территорию или природные катаклизмы. Так или иначе, представители культуры боевых топоров приходят на Русскую равнину, где в это время обитали племена волосовской культуры — рыболовы и собиратели.

Фатьяновцы, пришедшие на Русскую равнину, умели многое и были «крепкими хозяйственниками». Они стали первыми людьми на территории лесной зоны современной Европейской России, которые уже освоили производящее хозяйство и металлургию меди и бронзы. Они разводили скот, в основном свиней, коров и лошадей, на что указывают найденные многочисленные остатки костей и зубов этих животных. Они умели изготавливать молочные продукты, о чем свидетельствуют найденные на фатьяновских поселениях керамические сосуды с небольшими отверстиями, сделанными в сырой глине в придонной части. Такие сосуды могли использоваться для приготовления и хранения кисломолочных продуктов. Фатьяновцы знали земледелие. Об этом говорят найденные на днищах сосудов отпечатки зерен культурных злаков — ячменя или пшеницы. И, разумеется, они были хорошими охотниками.

Так, среди погребального инвентаря, найденного в могильнике «Павловская слобода», большую долю составляют кремневые наконечники копий и стрел.

В некрополе, получившем название «Павловская слобода», была найдена представительная коллекция прекрасно сохранившегося погребального инвентаря: два боевых каменных сверленых топора, три кремневых топора-клина, кремневые наконечники стрел и копий и погребальные керамические сосуды. Боевые топоры сделаны из габбро-диорита и представляют собой фактически копии металлических бронзовых топоров — настолько точные, что сымитировано даже выступающее ребро, которое образуется на топорах из металла в местах соприкосновения форм для литья.

Фатьяновское общество было уже социально неоднородным: судя по тому, как были организованы могильники, в нем выделялись люди с более высоким статусом, причем им могли обладать как мужчины, так и женщины, а также рядовые члены общества. В мужских погребениях, кроме каменных топоров, археологи находят топоры-тесла, наконечники стрел и копий, погребальные сосуды. Вероятно, в них была ритуальная пища, а также украшения из зубов диких зверей — медведей, кабанов, волков.

Фатьяновцев, вероятно, было трудно назвать мирным народом (если таковые вообще могли быть в эту эпоху). Прекрасны каменные топоры, которые были найдены в некрополе «Павловская слобода». Они были грозным оружием и предназначались только для боевых действий: ими проламывали голову врагу. Существует ряд работ как отечественных, так и европейских ученых, доказывающих, что проникновение фатьяновцев в восточные земли было фактически захватом территории. Именно поэтому воинам-мужчинам в могилу клали боевые топоры — этот обычай был призван подчеркнуть статус воина. Но есть и другой важный момент, связанный также с высоким уровнем агрессии общества культуры боевых топоров. Так, немецкий антрополог Курт Альт описал историю гибели целого поселения общности культуры боевых топоров на территории современной Германии. Здесь были убиты почти все жители, и убили их, скорее всего, соплеменники, конкурирующие с ними из-за недостатка места. Схожая находка была обнаружена в 2011 году на юге Польши, возле деревни Кошица: здесь было обнаружено массовое захоронение 15 человек, которые, по данным генетического анализа, оказались близкими родственниками, членами одной семьи. Основой причиной смерти, как показало исследование, были многочисленные удары по голове. Среди погребенных были останки только одного взрослого мужчины, остальными были женщины и дети. Как полагают исследователи, эта семья, которая относилась к общности культуры шаровидных амфор, была захвачена и убита в тот момент, когда основная часть мужчин отсутствовала (возможно, была на охоте). Вероятно, эти люди стали жертвами конкурирующих племен культуры шнуровой керамики, которые обитали в то же самое время в этих же местах. Не исключено, что такие «дружеские» отношения между различными группами внутри этой культуры и послужили причиной миграции в восточные регионы.

Археологи не находят большого количества следов военных конфликтов между фатьяновским и волосовским населением, но очевидно, что соседство не всегда было мирным. В могильнике фатьяновской культуры Николо-Перевоз на реке Дубне, который находится недалеко от открытого на Истре нового некрополя, было обнаружено захоронение фатьяновцев, у которых, как полагали исследователи, между позвоночными и реберными костями застряли наконечники волосовских стрел. Однако в связи с находками на памятнике «Павловская слобода» утверждение о том, что волосовские стрелы являлись орудием убийства фатьяновцев, может быть опровергнуто. Другие исследователи полагают, что волосовцы перенимали у фатьяновцев навыки ведения хозяйства и что отношения между племенами не были враждебными.

Существуют разные версии того, как складывалась дальнейшая судьба фатьяновцев.

По одной версии, это население было ассимилировано другими племенами, по другой (скорее фантастической) — фатьяновцы и волосовцы массово вымирали в результате обмена инфекционными заболеваниями, но пока все это лишь гипотезы, требующие дальнейших подтверждений.

Важность открытия некрополя «Павловская слобода» заключается в том, что находки из него дали ученым новые возможности. Предыдущие исследования на подмосковных памятниках по большей части были проведены в 50–60-х годах ХХ века, когда наука еще не располагала таким сложным и точным инструментарием, как радиоуглеродный анализ или исследование палео-ДНК. Сейчас ученые располагают только десятью датировками подмосковных памятников фатьяновской культуры, полученными методом радиоуглеродного датирования. На некрополе «Павловская слобода» были найдены фрагменты кости и зубной эмали, а также остатки деревянных погребальных конструкций. Современные методы археологического датирования по очень небольшим частицам остатков органики позволяют определить с точностью до 25 лет, когда жил этот человек или росло это дерево. Полученные данные ученые смогут сопоставить с европейской базой данных культур шнуровой керамики и боевых топоров и уточнить, какое место в этой общности занимала фатьяновская культура и когда ее представители начали движение в сторону Русской равнины. Исследование палео-ДНК, возможно, даст шанс определить место фатьяновцев в родстве с археологическими культурами Евразии.

Ася Энговатова: «Фатьяновская культура, несмотря на неплохую изученность, остается крайне загадочной. До сих пор нет точных датировок, непонятны ни ее отношения с сопредельными культурами, ни причины ее миграции на территории Русской равнины. Основная часть некрополей фатьяновской культуры на территории Подмосковья была найдена давно — в XIX и в первой половине ХХ века. Находки на памятнике „Павловская слобода“ позволят ученым на новом, современном научном уровне интерпретировать эту культуру и впервые точно датировать фатьяновский памятник на территории России».

Источник: https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/434730/Fatyanovtsy_vooruzheny_i_agressivny

В геномах жителей островов Юго-Восточной Азии нет иных примесей, кроме неандертальских и денисовских. Часть 1
#генетика_РА

Судя по археологическим данным, на островах Юго-Восточной Азии до прихода сапиенсов жили как минимум три вида древних людей: Homo erectus на Яве, H. floresiensis на Флоресе и H. luzonensis на Лусоне. Предки нынешних обитателей региона теоретически могли скрещиваться с кем-то из них. Международный коллектив генетиков попытался найти соответствующие «сверхархаичные» примеси в геномах местных аборигенов, но безуспешно. Зато подтвердилась повышенная доля денисовской ДНК в геномах коренных филиппинцев и жителей островов Индонезии к востоку от линии Уоллеса. При этом археологических следов присутствия денисовцев в регионе пока не найдено. Генетические и археологические данные было бы легче всего примирить друг с другом, если бы оказалось, что H. floresiensis и H. luzonensis — это потомки денисовцев, некогда приплывших на острова и сильно изменившихся в условиях островной изоляции.

Впрочем, столь смелая гипотеза вряд ли найдет поддержку у антропологов.

Палеогенетики к настоящему времени разработали целый арсенал методов поиска в современных человеческих геномах так называемых «архаичных» примесей. Термин крайне неудачен, потому что неандертальцы и денисовцы, оставившие эти примеси в наших геномах, жили одновременно с сапиенсами, с которыми скрещивались, и на тот момент не были «архаичнее» их ни в каком разумном смысле. Разве что в смысле культурного развития, но и это — только гипотеза (да и то какая-то слишком сапиентоцентричная). Тем не менее, термин прижился. Если же речь идет о генетических следах скрещивания с людьми, отделившимися от предков сапиенсов раньше, чем неандертальцы и денисовцы (то есть раньше, чем 500–700 тысяч лет назад), то такие примеси называют «сверхархаичными».

«Сверхархаичные» примеси, указывающие на гибридизацию с азиатскими эректусами или другими рано обособившимися человеческими популяциями, найдены в геномах неандертальцев и денисовцев (см.: Предки неандертальцев и денисовцев скрещивались с потомками древних евразийских эректусов, «Элементы», 25.02.2020).

В геномах современных людей недавно удалось найти «сверхархаичные» фрагменты, которые попали к нам окольным путем — в составе денисовских кусочков ДНК (M. J. Hubisz et al., 2020. Mapping gene flow between ancient hominins through demography-aware inference of the ancestral recombination graph). Это был ожидаемый результат, раз уж в современных геномах есть денисовские фрагменты, а у денисовцев была «сверхархаичная» примесь.

Есть ли в современных геномах «сверхархаичные» примеси, полученные напрямую, без денисовских и неандертальских посредников? Ведь по идее, если предки денисовцев и неандертальцев скрещивались с азиатскими эректусами и им подобными, то могли это делать и сапиенсы.

Внятного ответа пока нет, вопрос остается спорным. Например, в геномах аборигенов Андаманских островов вроде бы нашлись «сверхархаичные» примеси (M. Mondal et al., 2016. Genomic analysis of Andamanese provides insights into ancient human migration into Asia and adaptation). Но этот результат был очень жестко оспорен группой ведущих специалистов во главе с Дэвидом Райхом (P. Skoglund et al., 2018. No evidence for unknown archaic ancestry in South Asia).

Рис. 1. Распределение денисовских примесей у современных жителей Юго-Восточной Азии, Уоллесии и Сахула. Круговые диаграммы показывают долю денисовской ДНК в разных популяциях по сравнению с аборигенами Австралии и Новой Гвинеи, у которых эта доля максимальна. Видно, что в азиатских материковых популяциях (включая острова, соединявшиеся с материком во время оледенений) денисовская примесь невелика. Намного больше денисовской ДНК у обитателей островов, расположенных между линиями Уоллеса и Лидеккера. Эти острова в прошлом не соединялись ни с Сундой, ни с Сахулом. На карте отмечены следы присутствия древних людей, населявших эти края до прихода сапиенсов: каменные орудия и кости Homo floresiensis на острове Флорес и H. luzonensis на острове Лусон. Изображения буйволов и комодского варана символизируют представителей островной мегафауны, которым удалось уцелеть после прихода сапиенсов, хотя сапиенсам вообще-то свойственно быстро истреблять крупных животных на новооткрытых островах. Но в данном случае крупные животные, возможно, успели заранее приспособиться к повадкам двуногих хищников. На карте показана береговая линия при уровне моря на 50 м ниже современного. Примерно такой она была во время прихода сапиенсов около 50 тысяч лет назад. «Линия Уоллеса» на карте — это на самом деле комбинация линий Уоллеса и Гексли. До островов к востоку от нее можно было добраться только по морю. Рисунок из обсуждаемой статьи в Nature Ecology & Evolution

Острова Юго-Восточной Азии — один из перспективных регионов в плане поиска «сверхархаичных» примесей. Ведь сапиенсы, пришедшие сюда более 50 тысяч лет назад, могли встретиться как минимум с двумя рано отделившимися человеческими популяциями.

Это, во-первых, флоресские хоббиты Homo floresiensis (см.: Новые древние остатки людей с острова Флорес говорят о родстве «хоббитов» с эректусами, «Элементы», 08.06.2016). Хоббиты жили на Флоресе 60–90 тысяч лет назад. Во-вторых, это недавно открытые лусонские люди Homo luzonensis, жившие на Лусоне 50–67 тысяч лет назад (см.: Древних людей с острова Лусон отнесли к новому виду, «Элементы», 15.04.2019). Флорес и Лусон лежат к востоку от линий Уоллеса и Гексли (рис. 1). Это значит, что они всегда были отделены от Азии морскими проливами.

Кроме того, на Яве, которая в периоды оледенений соединялась с Азией, жили поздние Homo erectus. Но они, похоже, вымерли, не дождавшись прихода сапиенсов. Самые поздние следы их присутствия, по современным датировкам, имеют возраст 117–108 тысяч лет. Скорее всего, сапиенсов на Яве тогда еще не было (см.: Происхождение человечества в свете новых данных палеоантропологии и генетики, «Элементы», 15.02.2021).

Статья большого коллектива генетиков и антропологов из Австралии, Индонезии, Великобритании и Новой Зеландии, опубликованная в журнале Nature Ecology & Evolution, рассказывает о самой серьезной на сегодняшний день попытке найти «сверхархаичные» примеси в современных геномах.

Авторы проанализировали 426 геномов со всего мира, включая 214 геномов жителей островов Юго-Восточной Азии и Новой Гвинеи. Для поиска «архаичных» и «сверхархаичных» фрагментов ДНК применялись три независимых метода. Два из них нацелены на поиск примесей, полученных предками современных людей от древних популяций, по которым есть палеогенетические данные (например, от неандертальцев и денисовцев). Первый метод, HMM, основан на скрытых марковских моделях и описан в статье A. Seguin-Orlando et al., 2014. Genomic structure in Europeans dating back at least 36,200 years. Второй метод, ChromoPainter (CP), описан в статье D. J. Lawson et al., 2012. Inference of population structure using dense haplotype data.

Третий метод, HMMarchaic, отличается от первых двух тем, что он не использует конкретные древние геномы в качестве образца для поиска. Поэтому его можно применять для выявления фрагментов ДНК, полученных предками изучаемых индивидов от популяций, по которым у нас нет никаких палеогенетических данных. Например, от хоббитов, азиатских эректусов или каких-то вовсе неизвестных гоминид. О таких методах «Элементы» уже рассказывали (см.: Предки китайцев и японцев скрещивались с двумя разными популяциями денисовцев, «Элементы», 19.03.2018; Предки неандертальцев и денисовцев скрещивались с потомками древних евразийских эректусов, «Элементы», 25.02.2020). Метод HMMarchaic описан в статье L. Skov et al., 2018. Detecting archaic introgression using an unadmixed outgroup.

Сначала авторы нашли в 426 геномах «архаичные» и «сверхархаичные» фрагменты ДНК при помощи метода HMMarchaic. Затем при помощи методов HMM и CP в тех же геномах были найдены неандертальские и денисовские фрагменты. Идея была в том, чтобы из примесей, найденных методом HMMarchaic (который, напомним, «не знает», чьи именно это примеси), вычесть всё, что будет найдено методами HMM и CP, то есть кусочки ДНК неандертальского и денисовского происхождения. Если бы после этого среди находок HMMarchaic осталось что-то существенное, то можно было бы говорить о гибридизации сапиенсов с какими-то древними людьми, не родственными неандертальцам и денисовцам.

Источник: https://elementy.ru/novosti_nauki/433796/V_genomakh_zhiteley_ostrovov_Yugo_Vostochnoy_Azii_net_inykh_primesey_krome_neandertalskikh_i_denisovskikh

В геномах жителей островов Юго-Восточной Азии нет иных примесей, кроме неандертальских и денисовских. Часть 2
#генетика_РА

На иллюстрации суммарная длина «архаичных» фрагментов ДНК в геномах современных людей из разных регионов. Каждая точка соответствует одному геному. Сиреневые точки отражают сумму неандертальских и денисовских примесей. Зеленые точки — это сумма всех примесей, выявленных методом HMMarchaic, за вычетом неандертальских и денисовских. ISEA — острова Юго-Восточной Азии.

Рисунок показывает, что суммарное количество неандертальской и денисовской ДНК (сиреневые точки на рис. 2) примерно одинаково у коренных обитателей Сибири, Америки, Восточной, Южной и Юго-Восточной Азии, а также островов Юго-Восточной Азии к западу от линий Уоллеса и Гексли (West ISEA на рис. 2).

Чуть меньше этих примесей у западных евразийцев (предположительно из-за смешения с так называемыми «базальными евразийцами», см.: Происхождение человечества в свете новых данных палеоантропологии и генетики, «Элементы», 15.02.2021). У жителей островов Юго-Восточной Азии, никогда не соединявшихся с материком (East ISEA на рис. 2), резко повышена доля денисовской ДНК (см. также рис. 1). У папуасов и коренных австралийцев денисовская примесь максимальна, что было известно и раньше.

Что же касается «остаточной» (то есть не неандертальской и не денисовской) привнесенной ДНК, то ее во всех изученных геномах оказалось совсем мало (зеленые точки на рис. 2). Важно, что количество этих остаточных примесей примерно одинаково у всех изученных популяций. Это совсем не вяжется с гипотезой о гибридизации сапиенсов со «сверхархаичными» людьми на островах Юго-Восточной Азии. Здесь нужно пояснить, что авторы нарочно исключили из анализа всю генетическую изменчивость, общую для современных африканских и внеафриканских популяций. Поэтому если бы сапиенсы еще до своего исхода из Африки скрещивались там с местными «суперархаиками» вроде Homo naledi, то эта примесь не была бы замечена в данном исследовании и не отразилась бы на рисунке 2.

Но всё-таки, судя по рисунку, величина «остаточных» примесей оказалась отличной от нуля. Чьи же это примеси? При помощи нескольких дополнительных тестов авторы показали, что в основном это кусочки ДНК всё тех же неандертальцев и денисовцев, не опознанные методами HMM и CP, но опознанные методом HMMarchaic. Дело в том, что те конкретные неандертальцы и денисовцы, с которыми скрещивались предки современных людей, не были клонами тех неандертальцев и денисовцев, по которым у нас есть палеогенетические данные. Разумеется, между ними были какие-то генетические различия. Поэтому методы HMM и CP, использующие в качестве образцов известные неандертальские и денисовские геномы, находят не все «архаичные» фрагменты, а только некоторые. Ну а метод HMMarchaic находит всё «архаичное» и «сверхархаичное», независимо от того, знаем ли мы что-то об источниках этих примесей.

Одним из аргументов в пользу того, что остаточные примеси — это не «сверхархаичная» ДНК, а всего лишь неопознанная «архаичная» ДНК неандертальцев и денисовцев, является положительная корреляция между количеством «архаичной» и «остаточной» ДНК в изученных геномах.

При помощи моделирования авторы показали, что если бы в анализируемых геномах был хотя бы 1% «сверхархаичной» ДНК, то они бы его наверняка обнаружили. Таким образом, главный вывод исследования состоит в том, что никакой гибридизации со «сверхархаиками» на островах Юго-Восточной Азии, скорее всего, не было. А если и была, то размер полученной примеси не превышает десятых долей процента.

Что касается обнаруженных ранее «сверхархаичных» фрагментов, которые попали к сапиенсам окольным путем в составе денисовской примеси, то они в новом исследовании снова были благополучно найдены. Нашлись и «сверхархаичные» кусочки ДНК в составе неандертальской примеси (что косвенно подтверждает не так давно обнаруженный факт гибридизации предков неандертальцев со «сверхархаиками»). Чего найти не удалось, так это следов прямой гибридизации «сверхархаиков» с сапиенсами.

В итоге наметилось интригующее противоречие между археологическими и генетическими данными. С одной стороны, генетика говорит нам о том, что предки современных обитателей Австралии, Новой Гвинеи и островов Юго-Восточной Азии (к востоку от линий Уоллеса и Гексли) активно скрещивались с денисовцами. Причем даже не с одной популяцией денисовцев, а как минимум с двумя. И очень похоже на то, что одна из них существовала на северо-востоке Новой Гвинеи, продолжая гибридизоваться с сапиенсами, еще совсем недавно — порядка 15 тысяч лет назад (этот интереснейший вывод обоснован в статье G. S. Jacobs et al., 2019. Multiple Deeply Divergent Denisovan Ancestries in Papuans).

С другой стороны, никаких археологических доказательств присутствия денисовцев в регионе до сих пор нет. Археологические данные пока позволяют с той или иной степенью уверенности говорить о присутствии денисовцев лишь на Алтае, в Тибете и в некоторых районах Восточной Азии (см. рисунок 3 в новости Происхождение человечества в свете новых данных палеоантропологии и генетики, «Элементы», 15.02.2021). Известны каменные орудия, которые в принципе могли быть изготовлены денисовцами (например, орудия с острова Сулавеси возрастом около 200 тысяч лет, см.: G. D. van den Bergh et al., 2016. Earliest hominin occupation of Sulawesi, Indonesia). Но их с тем же успехом могли изготовить и «сверхархаики».

С третьей стороны, на островах точно жили эндемичные популяции, уверенно классифицируемые по морфологии как «сверхархаики» (флоресские и лусонские люди). Они вполне могли дожить до прихода сапиенсов. Однако ничего «сверхархаичного» в геномах современных обитателей этих мест найти не удается.

Разрешить противоречие было бы проще всего, если бы в итоге оказалось — вопреки всем морфологическим данным и эволюционно-антропологическим построениям — что хоббиты с Флореса и Лусона на самом деле были измельчавшими потомками денисовцев. А не ранних эректусов или вообще каких-нибудь хабилисов, как считает сегодня большинство антропологов.

Такая идея на первый взгляд кажется неправдоподобной. Против нее — не только примитивная морфология флоресских и лусонских людей, но и очень древние каменные орудия, найденные на Флоресе (см.: «Хоббиты» были наследниками древней культуры, «Элементы», 06.06.2006) и Лусоне (см.: Люди жили на Филиппинах 700 000 лет назад, «Элементы», 07.05.2018). В те времена, когда кто-то уже добрался до островов и изготавливал там орудия, предки денисовцев еще даже не успели отделиться от предков неандертальцев (а может быть и сапиенсов).

Если H. floresiensis и H. luzonensis действительно являются потомками тех древних поселенцев, то они, конечно, не могут быть источником денисовской примеси в геномах современных островитян. Впрочем, как знать: может быть, древние орудия были изготовлены эректусами, а потом на острова приплыли денисовцы и вытеснили первооткрывателей. В условиях островной изоляции эволюционные изменения могут быть очень быстрыми. Поэтому радикальные морфологические отличия H. floresiensis и H. luzonensis от денисовцев, возможно, не являются неопровержимым аргументом против рассматриваемой идеи. Тем более, что о морфологии денисовцев нам пока известно очень мало (см.: Данные по метилированию ДНК позволили воссоздать облик денисовского человека, «Элементы», 24.09.2019).

Некоторый дополнительный вес смелой гипотезе придаёт присутствие среди авторов статьи выдающегося антрополога Криса Стрингера. Впрочем, авторы хорошо понимают, что без дополнительных доказательств в это мало кто поверит. Такие дополнительные доказательства мог бы дать, например, анализ древнего коллагена, если он сохранился в костях хоббитов (ДНК в них, к сожалению, не сохранилась).

Конечно, возможен и такой вариант, что хоббиты — это «сверхархаики», с которыми сапиенсы не скрещивались. Но, кроме них, на островах жили и нормальные денисовцы, чьи кости пока просто не найдены. Пожалуй, этот вариант сейчас выглядит самым правдоподобным.

У внимательных читателей может возникнуть резонный вопрос: а при чем тут, собственно, линия Уоллеса? Ясно, что денисовцы жили не только на островах, никогда не соединявшихся с Азией, но и на материке. Почему же в современных материковых популяциях (включая острова западной Индонезии, на которые 50 тысяч лет назад можно было прийти пешком) денисовской ДНК гораздо меньше, чем в островных? Авторы это в статье не обсуждают, но можно предположить, что логика здесь примерно следующая. Денисовцы жили и в материковой Азии, и на островах Уоллесии, до которых они как-то умудрились доплыть, и даже в северном Сахуле (древний материк, объединявший Новую Гвинею и Австралию).

Когда в материковой части Юго-Восточной Азии появились сапиенсы, они, наверное, быстро вытеснили оттуда всех денисовцев, едва успев с ними поскрещиваться. Так произошло повсюду, куда сапиенсы приходили пешком (и, надо полагать, сразу в большом количестве). Но на острова Уоллесии нужно было добираться по морю. Это вело к совершенно другому режиму колонизации: вместо многочисленных орд — редкие, малочисленные «десанты». В итоге на островах сапиенсы не сумели быстро задавить денисовцев числом и довести до вымирания. Вместо этого они веками жили на одной территории со своими «архаичными» родичами, гибридизуясь с ними при случае. А по ту сторону линии Лидеккера, в Сахуле, куда нужно было добираться опять-таки по морю уже из Уоллесии, численный перевес сапиенсов мог поначалу быть еще менее выраженным. Там могли даже сложиться добрососедские отношения между сапиенсами и денисовцами, и в результате какие-то популяции денисовцев в Новой Гвинее умудрились дожить чуть ли не до голоцена.

Хочется верить, что новые открытия археологов и генетиков скоро покажут, насколько все эти догадки близки к реальности.

Источник: https://elementy.ru/novosti_nauki/433796/V_genomakh_zhiteley_ostrovov_Yugo_Vostochnoy_Azii_net_inykh_primesey_krome_neandertalskikh_i_denisovskikh

Самая древняя окаменелость гоминина, найденная в Леванте

Когда первые представители нашего вида вышли за пределы Африки, они попали в мир, который более ранние гоминины, такие как Homo erectus, впервые исследовали миллионом лет ранее. Согласно недавнему исследованию позвонка возрастом 1,5 миллиона лет, эти ранние гоминины, возможно, выходили за пределы Африки несколькими волнами - каждая из которых следовала за разными средами и была приспособлена к разным образам жизни.

Антропологи обнаружили единственный позвонок нижней части спины ребенка гоминина, умершего 1,5 миллиона лет назад, на археологическом участке в Убайдии, Израиль. Смешанная с окаменевшими костями бегемотов, мамонтов, жирафов, саблезубых тигров и бородавочников, кость пролежала среди останков плейстоценовой фауны до момента раскопок 1966 года, в ходе которых она была найдена.

Но когда антрополог из Университета Талсы Мириам Белмакер, соавтор недавнего исследования, просмотрела окаменелости животных в рамках другого недавнего исследования (попытка определить возраст места раскопок), она узнала позвонок как принадлежащий представителю нашего рода Homo.

А тот факт, что части позвонка не срослись в единый твердый костный кусок, означает, что он принадлежал ребенку, который еще не закончил расти и созревать. На момент смерти ребенку, вероятно, было от 6 до 11 лет.

Этот ребенок жил в важный для эволюции человека момент. Между 1,9 и 1,1 миллиона лет назад некоторые из самых ранних представителей нашего рода впервые начали экспансию в Европу и Азию. Примерно через миллион лет наш вид повторил аналогичное путешествие из Африки, но первыми это сделали гораздо более ранние гоминины.

Выход из Африки не был целенаправленным маршем в неизвестность, а просто постепенным расширением понемногу новой территории каждый сезон. На территории, где сейчас находится долина реки Иордан, эти ранние гоминины жили в теплом, влажном лесу. Они делили ландшафт с классическими плейстоценовыми видами, такими как мамонты, саблезубые тигры и гигантские бизоны, а также с такими животными, как бабуины, бегемоты, ягуары и бородавочники. Для приготовления пищи люди использовали каменные орудия, которые археологи называют ашельскими.

Дальше на север, в пещере Дманиси на территории современной Грузии, другие гоминины жили в более сухих, открытых пастбищах и использовали тип каменных орудий, известный сегодня как олдуванский. Тот факт, что группы гоминин в разных частях Евразии использовали разные коллекции инструментов, по мнению некоторых палеоантропологов, говорит о том, что гоминины покидали Африку несколькими отдельными волнами. Каждая волна принесла с собой различные культурные адаптации - в том числе и каменные орудия.

Однако антрополог из Университета Бар-Илан Алон Бараш и его коллеги говорят, что позвонок указывает на то, что эти волны мигрантов могли быть не просто разными культурными группами, а представителями более чем одного вида гоминин, каждый из которых отличался от другого даже больше, чем мы от неандертальцев или денисовцев. Судя по тому, что позвонок из Убайдии говорит о размерах и темпах роста его бывшего владельца, ребенок, похоже, развивался в другом темпе, чем гоминины из Дманиси.

Если вы хотите сделать выводы о росте давно умершего человека, одного позвонка мало. В большинстве случаев для оценки роста антропологи используют длинные кости рук и ног. Но когда единственная кость, которой вы располагаете, - это поясничный позвонок, вы обращаетесь к соответствующему набору таблиц и формул и довольствуетесь приблизительной оценкой.

Бараш и его коллеги подсчитали, что рост ребенка из Убайдии, вероятно, составлял 155 сантиметров, или около пяти футов. Это средний рост для 13-летнего мальчика или 12,5-летней девочки в современных США. Если на момент смерти ребенку было от 6 до 11 лет, о чем свидетельствуют несросшиеся части позвонка, то он был довольно высоким для своего возраста. Во взрослом возрасте рост этого человека, вероятно, был бы около 198 сантиметров (6 футов 5 дюймов) - примерно на 20 сантиметров выше, чем у среднего американца сегодня.

Это означает, что гоминины, жившие в долине реки Иордан 1,5 миллиона лет назад, не только использовали другие орудия труда для выживания в другой среде, чем гоминины из Дманиси, но и были очень разными по размеру. Было бы разумно назвать их разными видами.

При таком росте ребенок из Убайдии должен был быть одним из тех, кого Бараш и его коллеги называют крупнотелыми гомининами: что-то вроде Homo erectus, у которого примерно 2 миллиона лет назад сформировались современные человеческие пропорции конечностей и рост. Однако трудно сказать, к какому именно виду принадлежал ребенок из Убайдии.

Отчасти мы не можем сказать, к какому виду относится человек, потому что у нас есть только один позвонок. Но это сложно еще и потому, что антропологи не всегда согласны с тем, где или даже нужно ли проводить границы между такими видами, как Homo erectus, Homo ergaster и Homo antecessor, например. На самом деле, для современных антропологов это различие, вероятно, имеет гораздо большее значение, чем для гомининов, живших в плейстоцене. В конце концов, эволюционные изменения происходят постепенно. Люди, которых мы объединяем в такие категории, как Homo habilis, Homo erectus и Homo heidelbergensis, на самом деле являются просто произвольными точками на эволюционном континууме - они явно отличаются друг от друга, но трудно сказать точно, где заканчивается один и начинается другой.

Палеоантропологи проводят много времени, обсуждая, почему группы гоминин впервые проникли в такие места, как Убайдия, Грузия, а затем в Китай и Индонезию. В самом простом виде эти споры сводятся к идеи изменившегося климата, который сделал родину гомининов неожиданно менее гостеприимной, заставив группы искать более пригодную для жизни среду. Или же изменение климата просто открыло новые территории, привлекательные для жизни?

Если Бараш и его коллеги правы, то позвонок из Убайдии может раскрыть более сложную историю.

Различные группы гоминин, приспособленные как физически, так и культурно к различным условиям окружающей среды, могли покинуть Африку в разное время и по разным маршрутам. Гоминины отправились в погоню за своими собственными, очень разными представлениями о том, как выглядит благоприятная окружающая среда. Для дманисской группы это могли быть засушливые пастбища, в то время как для представителя из Убайдии, возможно, теплый, влажный лес.

Источник: https://arstechnica-com.cdn.ampproject.org/v/s/arstechnica.com/science/2022/02/1-5-million-year-old-vertebra-hints-at-a-story-of-early-human-migration/?amp_js_v=a6&amp_gsa=1&amp=1&usqp=mq331AQIKAGwASCAAgM%3D#aoh=16442068456038&csi=0&referrer=https%3A%2F%2Fwww.google.com&amp_tf=From%20%251%24s&ampshare=https%3A%2F%2Farstechnica.com%2Fscience%2F2022%2F02%2F1-5-million-year-old-vertebra-hints-at-a-story-of-early-human-migration%2F