Пришли новые книжки. Как известно, читать книги и покупать книги — совершенно разные хобби😅 И все-таки надеюсь дочитать те (одновременно три), что читаю сейчас:

📕 «Она смеется как мать» Циммера. На русском, местами идет тяжело. Мне кажется, перевод ее сделал тяжеловесным (оригинал нашла только в аудио. Так что когда устаю от русского глазами, включаю Английский ушами). Биологический научпоп. В целом очень хороший, но через первые страниц 100 было очень сложно продраться. Если их выдержите, дальше там сочнее.

📗 «Шоу должно продолжаться», биография Фредди Меркьюри, перевод куплен и выполнен ублюдской бомборой. Книга начинается на базе кучи научных источников о начале эпидемии ВИЧ в мире (прямо очень интересно), закручивается на хорошей историческо-геополитической справке и дает очень классный контекст жизни Меркьюри. Минусы: название. В оригинале книга называется «Somebody to love». Но какой-то идиот в издательстве бомбора решил переименовать в «Show must go on», что полностью искажает смысл книги внутри. Сверху добавляем совершенно точный перевод, которого не касалась рука литературного редактора (переводчику зачет, я нашла оригинальный текст и удивилась точности). Но как объяснить бомборе, что после перевода должна быть литературная редактура? Что без нее текст кастрированная калька с красивого в оригинале текста? К сожалению, найти полную книгу на английском не смогла, давлюсь и читаю на русском (так как содержание интересное). Рассчитываю дочитать и избавиться от книги, а на полку докупить как-нибудь нормальный оригинал. Хотите прочесть, не берите этот вариант. Бомбора как всегда сэкономила на всем, чем могла и не могла.

📘 Life as we made it. Beth Shapiro (недавно она вышла и на русском под названием «Жизнь, которую мы создали». Издательства Corpus, так что можно надеяться на нормальный перевод. Но я не проверяла). Я фанатка Бет Шапиро. Она моя заочная любовь, ролевая модель ученой, популяризатора, просветительницы. Ее первая книга «Наука воскрешения видов» стала моим компасом в мире науки — я с головой (во все оставшееся от рабочей работы время) ушла в биоинформатику древней ДНК. Окончательно втрескалась в биологию мамонтов. Так что если не читали, начните с нее. А потом вот эту, новую.

—-

Бью себя по рукам, чтобы новую стопку книг трогать только как дочитаю хоть что-то из этих трех.🙈 А вам пока ее хоть показать?

Кстати, как у вас с чтением? Мне последние годы тяжело дается сам процесс 😞

Публиковать или не публиковать статью, если результат отрицательный?

К сожалению, в научном сообществе по-прежнему не принято публиковать отрицательные результаты. Журналы менее охотно принимают такие статьи, исследователи думают, что это портит их рабочую репутацию. Плюс всем кажется, что можно было сделать что-то еще, что-то не так и так далее. Я очень рада, что уперлась рогами и настояла, что публиковать надо. Пусть хоть без заморочек с "настоящими журналами", но как минимум для доступа любых ученых в мире.

Если теперь кто-то еще захочет проверить гипотезу, можно ли предсказывать возраст палеонтологических/археологических останков, имея только выделенную ДНК, он сможет изучить результаты трех лет нашей работы и не наступать на наши грабли.

Наш отрицательный результат не говорит, что предсказывать так нельзя. Он говорит лишь "мы пробовали так и так, проверили это и это, и оно не дает достоверных результатов". А еще дает будущим исследователям идеи, что можно попробовать сделать иначе, чтобы наше "нет" превратить в "да". (Но потому что биофизические основы для гипотезы правда есть и они неплохие).

Я надеюсь в ближайшее время сделать о нашей работе несколько видео роликов, популярно рассказывая, что именно мы делали. Но будут они на английском (опытным путем, эти темы интереснее англоязычной аудитории и игнорируются русскоязычной).

А если вам любопытно, то со всеми результатами можно ознакомиться здесь: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.11.09.687346v1.full

Ну и на самом деле можете поздравить меня с точкой в работе, которой мы отдали 3 года.

записали подробное видео про эту публикацию и проблемы современной науки. И рассказала, как отстояла когда-то защищать свою магистерскую диссертацию тоже с отрицательными результатами.

Как всегда будем очень рады вашей поддержки в YouTube. Мы все еще очень надеемся его раскрутить до того, чтобы что-то капало на счет наших котиков Котопровода.

Новое видео на нашем канале о ПЦР — технологии, которая изменила диагностику, криминалистику и работу с ДНК

✨ История, в которой есть всё: горячие источники, Нобелевская премия, хардкорная биология… и даже светящийся говорящий енот.
Сегодня я расскажу, как появилась технология ПЦР — метод, на котором стоит современная наука, диагностика, криминалистика и даже работа с древней ДНК.

Это одна из самых безумных и важных историй в молекулярной биологии. А чтобы ее снять, мы в GitaZone отправились к горячим источникам Джермука.

Поддерживая наши видео, вы помогаете нашему проекту @Kotoprovod_am, где мы лечим, стерилизуем и ищем дома для животных с улиц Еревана. Помочь нам напрямую можно вот тут.

Очень напоминаю и очень жду вас на стриме сегодня вечером!

https://www.youtube.com/live/Da51KW74OsU?si=eKm1MH4GQtuU0BAL

Начнем стрим через 10 минут!! Если в вашей локации ютуб не работает, стрим будет дублироваться на нашем сайте https://gitazone.org/live/ и в телеграмм. Задавать вопросы во время стрима можно в этом посте или под трансляцией в ютуб

Ссылка на донаты для Котопровода: https://www.donationalerts.com/r/kotoprovod

Этой весной в Ереван приезжала Александра Архипова с восхитительной лекцией о том, что разные народы мира считали и считают традиционными брачными ценностями. Мне кажется, такие истории особенно актуальны и необходимы нам всем сейчас. Чтобы меньше запираться внутри своих маленьких мирков. Чтобы получать прививку от снобистской уверенности, что «только у нас правильно». Чтобы помнить, что мир большой, интересный, потрясающий и разный.

Мы наконец рады поделиться записью этой лекции с вами!

А если хотите больше материалов о занимательной антропологии, то обязательно загляните в канал @anthro_fun

Это рассказ об истории возникновения технологии ПЦР

(для тех, кто не любит смотреть видео. А для тех, кто любит — видео лежит вот тут).

ПЦР сегодня это основа лабораторной диагностики. С его помощью, например, идентифицируют инфекции — от COVID-19 и гриппа до Эболы и оспы обезьян. Выявляют в образцах наличие хламидий или туберкулезной палочки. До появления ПЦР — полимеразной цепной реакции — у медиков был лишь один способ поймать бактерий в образце пациента — высевание на чашке Петри. С появлением ПЦР результат стало возможным получить во много раз быстрее. При помощи ПЦР от забора образца у пациента до получения результата из лаборатории может пройти всего 3-4 часа. А вот культуры на чашках растут по двое-трое суток, для некоторых микроорганизмов счет и вовсе идет неделями. Когда диагноз надо поставить как можно быстрее, чтобы начать лечение, ПЦР подходит намного лучше. Так что ученые даже прозвали ПЦР «молекулярной чашкой Петри».

В моей любимой и близкой мне по научным интересам теме — древней ДНК — ПЦР тоже играет огромную роль. Очень часто ДНК из древнего образца добыть можно лишь микроскопически мало. И тогда ПЦР приходит на помощь, позволяя наработать больше копий извлеченных молекул, чтобы облегчить их прочтение и увеличить точность чтения. К сожалению, у древней ДНК здесь свои ограничения. Иногда эти ограничения скорее мешают, а иногда помогают. Так, например, именно из-за проблем работы ПЦР на древней ДНК можно отличить ДНК из действительно древних останков от современного подлога или случайного лабораторного загрязнения современной ДНК.

В криминалистике ПЦР вот уже почти 40 лет позволяет устанавливать родство между людьми, обнаруживать преступника даже по совсем микроскопическим следам ДНК на месте преступления, идентифицировать жертв при больших трагедиях. Думаю, вы и сами можете придумать и вспомнить еще не один десяток примеров применения ПЦР.

Я же хочу рассказать вам об истории открытия этого метода и дать понимание процессов, которые лежат в его основе.

А начнем мы с истории ПЦР:

60 лет назад, летом 1964 года, микробиологи и супруги Луиза и Томас Брок впервые отправились в национальный парк Йеллоустоун, чтобы изучить обитателей его горячих источников. Точнее сказать, чтобы найти там хоть кого-то. В те годы лабораторные ученые считали, что микроорганизмы живут при температуре не более 60 градусов. Ведь в их лабораторных опытах работало только так. Наверняка идеи поискать кого-то нового, способного выжить при более экстремальных условиях, возникали в головах у многих из них. Но история не сохранила их идей. Эта история принадлежит именно Броку и его помощникам, которые каждое лето, начиная с лета 64-го, теперь проводили в Йеллоустоуне. Однажды ученых заинтересовала желтая корка, скопившаяся в водосборном канале Mushroom Spring из нижнего бассейна гейзеров Йеллоустона. Температура в этом месте была почти 70 градусов Цельсия, ну что может при такой жить? На этот вопрос попытался ответить студент Брока по фамилии Фриз. Он захватил образцы в лабораторию и попытался выделить из них бактерии. И все получилось. Брок был доволен учеником, а новый открытый организм назвал Thermus aquaticus — «обитатель тёплой воды». Так мир узнал о новом классе бактерий — экстремофилах.

Фриз и Брок конечно же выпустили об этом научную публикацию, а образцы микроорганизмов передали в Американскую коллекцию типовых культур в Вашингтоне, округ Колумбия. Это некоммерческое хранилище микроорганизмов, из которого ученые могут черпать информацию для своих исследований. Тогда их открытие никто не посчитал значимым. Никому не пришло в голову, как оно перевернет мир ровно через 20 лет.

Кстати, награда нашла своих героев полвека спустя: Фриз и Брок стали лауреатами премии «Золотой гусь» — награды для ученых и инженеров, которые провели финансируемые из федерального бюджета исследования, изначально казавшиеся необычными или незначительными, но в итоге оказавшие важное влияние на науку и культуру в целом.

Сейчас мы из 1965 го переместимся в 1983-й. Чтобы увидеть как молодой и весьма странненький сотрудник биотехнологической компании Cetus Corporation из Беркли (штат Калифорния) рулит по ночной дороге в свой загородный домик, где у него намечается романтический вечер с прекрасной дамой. Водителя зовут Кэри Муллис, а его спутница порядком устала от постоянных остановок в дороге и уснула на пассажирском сиденье. Кэри же останавливается затем, чтоб снова достать блокнот и сделать еще серию расчетов. В голове у Кэри ИДЕЯ. Такая, с большой буквы И. Идея, как в лабораторных условиях делать много копий молекулы ДНК. По прибытии в домик спутница была окончательно забыта, а сам Кэри начал неистово чертить свои схемы на всех подходящих поверхностях. В истории фигурировало некое количество вина, а потому романтические воспоминания Кэри об этой ночи обрываются фактом, что под утро он окончательно наклюкался. К счастью, на утро оказалось, что идеи реально хороши. Следующие месяцы жизни он посвятил ей. И не зря.


Первый успешный эксперимент Кэри Муллис завершил 16 декабря 1983 года.

Сейчас разберемся с его идеей:
ДНК состоит из двух идущих параллельно цепочек нуклеотидов. В нашем теле при каждом делении клетки эти цепочки начинают расплетаться при помощи специального белка — фермента — и на каждой отдельной цепочке дальше достраивается новая цепочка. Строится она из новых отдельных молекул — нуклеотидов. Так из одной двойной цепочки становится две новых двойных цепочки. Как повторить такой процесс в лаборатории?

Цепочки ДНК держатся вместе за счет водородных связей. Эти связи могут существовать только при определенной температуре. Если температуру поднять выше, то цепочки распадутся на две отдельные - денатурируют. Отлично, ведь это ровно то, что нужно.

Дальше в емкость с развалившимися ДНК молекулами надо добавить два компонента — праймеры — это такие коротенькие молекулы одноцепочечной ДНК, и собственно отдельно плавающие нуклеотиды. Праймеры нужны за тем, чтобы приклеиться к началу целевой цепочки ДНК, ведь к сожалению, она не умеет строится с ничего. Как многим художникам тяжело рисовать с совсем чистого листа. Чтобы праймер приклеился к целевой цепочке своими водородными связями, нужно снова опустить температуру в емкости, где происходит эта реакция. Шаг с приклеиванием праймера называется отжиг.

Когда праймер уже на месте, туда могут начать достраиваться другие нуклеотиды, создавая новую комплементарную цепочку на основе целевой молекулы ДНК. Так за один цикл реакции из одной цепочки уже получилось две. Этот шаг называется удлинение.

А теперь повторим все три шага последовательно и снова:
💡Поднимем температуру в емкости, где уже есть 2 двухцепочечные молекулы ДНК.
💡Добавим праймеры и опустим температуру, чтобы они смогли приклеиться на свои места.
💡Подождем, пока на каждой одиночной цепочке вырастет ее новая копия. На каждой из четырех отдельных цепочек. Теперь их стало 8.

Еще через цикл их станет 16, потом 32, затем 64, 128, 256… Для большинства современных исследований в среднем требуется 32-35 таких циклов, чтобы наработать очень много молекул ДНК, с которыми потом можно делать любые исследования. Вот это все и придумал в ту ночь и потом за много месяцев доработал Кэри Мулис.

Но была в этом всем одна мерзкая проблема. В выращивании новых цепочек ДНК обязательно должен участвовать один очень важный белок — полимераза. Без него ничего не работает. А при повышении температуры обыкновенная полимераза (в те годы использовали полимеразу из кишечной палочки) сворачивается. А обратно белки разворачиваться уже не умеют. Ваша утренняя яичница тому отличная иллюстрация. Так что в экспериментах Кэри Муллиса после каждого шага нагрева приходилось вручную добавлять в емкость новую порцию полимеразы. И так больше 30 раз, помните? То есть технология конечно работала, но была очень трудоемкой и медленной.

Уже в 1985 году та самая Cetus, где работал Муллис, в кооперации с компанией PerkinElmer создала прибор, который умел менять температуры, добавлять полимеразы и делать все это автоматически, соблюдая четкие тайминги. Такой прибор называется термоциклер, а с тех пор он претерпел множество перерождений. А следующий прорыв в автоматизации и убыстрении (и конечно удешевлении) ПЦР случился еще через 3 года, когда ученые обратились к открытию Фриза и Брока из далеких 60-х. На сцене уже прикладной науки появились термостабильные полимеразы, которые выделили как раз из той самой йеллоустоунской бактерии Thermus aquaticus. Бактерия и соответственно ее белки умели жить и работать при высоких температурах. Полимераза из нее выдерживала нагрев в термоциклере свыше 75 градусов Цельсия и так в течении множества циклов. Больше ничего не надо было останавливать ни на секунду, чтобы добавить в процесс новую порцию полимераз! Новые молекулы кроме всего прочего получались длиннее и точнее.

Кстати, с той поры биотех компании отправили множество исследовательских экспедиций, чтобы найти новых еще неизвестных науке обитателей гейзеров Йеллоустоуна с их удивительными свойствами. Парк об этом не переживает, получая с этого неплохое финансирование на поддержание своей работы и природоохранных проектов в нем.

Мы с вами уже в 2025. Сегодня существуют несколько новых видов полимераз для ПЦР, даже полученных генной инженерией. Существует множество разных видов самого процесса ПЦР, каждый из которых применяется для разных задач. Но в основе всего так и лежит принцип, придуманный сумасбродным Кэри Муллисом тогда на ночной дороге.

Ах да, я же обещала вам в этой истории инопланетян. Вот они. Муллис был фигурой легендарной — и противоречивой. Он увлекался серфингом, гитарой, не скрывал, что экспериментировал с.. веществами, и говорил, что некоторые свои открытия сделал «в необычных состояниях сознания». В автобиографии Dancing Naked in the Mind Field он описывал странную встречу с «говорящим светящимся енотом», которую считал возможным контактом с инопланетянами. Он отвергал часть научного консенсуса по ряду тем, спорил с коллегами, и все же иногда обладал невероятной научной интуицией. В 1993 году за открытие ПЦР он получил Нобелевскую премию по химии. Есть тут кто, кто считает ученых скучными занудами?

Некоторые источники:
👉Yang S, Rothman RE. PCR-based diagnostics for infectious diseases: uses, limitations, and future applications in acute-care settings. Lancet Infect Dis. 2004 Jun;4(6):337-48. doi: 10.1016/S1473-3099(04)01044-8. PMID: 15172342; PMCID: PMC7106425.
👉https://www.wyohistory.org/encyclopedia/yellowstone-microbe-changed-world
👉https://www.thermofisher.com/am/en/home/life-science/cloning/cloning-learning-center/invitrogen-school-of-molecular-biology/pcr-education/pcr-reagents-enzymes/pcr-basics.html

Держу вас в курсе. Пока одни отказы от издательств.

В общем, мы с соавторкой, биологом и иллюстраторкой Настей Клешниной

(знаете про книжку Дикая Армения? Она прекрасная! Про эндемичных виды животных Армении, издана на английском и армянском языках),

решили менять концепт. Вся содержательная часть и история нашей совместной книжки останется как есть, но мы добавим в книгу биологических научпоп разворотов. Уже продумали некоторые и горим этой идеей. И соответственно изменим "адрес подачи". Пожелайте нам удачи, пожалуйста. А то мы приуныли 🙁

В мае мы провели офигенный фестиваль науки. А после него записали не менее интересные интервью с нашими гостями. И наконец потихоньку начинаем их выпускать.

С журналисткой и секс-просветительницей Дарьей Корсунской мы записали очень честный, интимный и важный разговор про табуированность менструации в общественном поле и о причинах таких табу.
Посмотреть запись можно на нашем ютуб канале:
Говорить о менструации не стыдно

А послушать в виде подкаста на любой любимой вами подкаст-платформе. Ищите там подкаст "Мышь погрызла" и обязательно подписывайтесь на него.

Я (Аня) слушаю на Apple Podcasts и там ссылочка вот тут.

—————————

В этом разговоре о том:

• почему менструация до сих пор вызывает неловкость — и как это меняется;
• откуда в нас растёт чувство стыда за естественные процессы;
• как реклама, культура и религиозные установки формируют отношение к телу;
• что происходит в отношениях, когда партнёры боятся говорить про секс и здоровье;
• как говорить честно, открыто и без табу — и почему это иногда буквально спасает жизнь.

Соцсети Дарьи:
📌 https://taplink.cc/wolkernotnude

Поддержите GitaZone (https://gitazone.org/) — наш научпоп-проект, который помогает котикам Еревана через «Котопровод». Мы стерилизуем, лечим, спасаем с улицы и ищем дома по всему миру. А еще задонатить можно напрямую - https://kotoprovod.gitazone.org/ru/do... 🐾
За новостями проекта по спасению животных можно следить в телеграм — https://xn--r1a.website/kotoprovod_am