Прощай, концепция "псевдогенов"?

17 декабря 2019 г. журнал Nature опубликовал научную работу, в которой пишут, что не просто концепция псевдогенов, как поломанных нефункциональных участков ДНК неверна, но и то, что сама разработанная идея "псевдогенов" формировала догматизм, однобокость взглядов и блокировала интерес к исследованию наличия у них функций, так как уже было решено, что ничем, заслуживающим внимание, эти участки ДНК не обладают.
Подобного рода признания редко можно встретить в научной литературе.
Надо сказать, концепция псевдогенов систематически приводилась, как одно из главных доказательств ненапрвленной, нетелеологической эволюции, оставляющей множественные следы мусора и нефункциональности.

...we posit that pseudogenes have been classified on a scientifically unsubstantiated basis. We reflect that a broad misunderstanding of pseudogenes, perpetuated in part by the pejorative inference of the ‘pseudogene’ label, has led to their frequent dismissal from functional assessment and exclusion from genomic analyses. With the advent of technologies that simplify the study of pseudogenes, we propose that an objective reassessment of these genomic elements will reveal valuable insights into genome function and evolution.

Pseudogenes are defined as defective and not genes. This point is highlighted because impartial language in science is known to inherently restrict the neutral investigation between conflicting paradigms[119]. In the case of pseudogenes, the term itself is constructed to support the dominant paradigm and therefore limit, consciously or unconsciously, scientific objectivity in their investigation.
https://www.nature.com/articles/s41576-019-0196-1

Обнаружена функциональность ещё одного сегмента ДНК, считавшегося эволюционным мусором.

Транспозоны — это участки ДНК организмов, способные к передвижению (транспозиции) и размножению в пределах генома. Транспозоны также известны под названием «прыгающие гены» и являются примерами мобильных генетических элементов.

Транспозоны считаются некодирующими белок сегментами и воспринимались, как "мусорная" ДНК.

Так, обнаружена функция сегментов транспозонов, называющихся B2 у мышей и ALU у людей. В обычном состоянии они не активны, но в случае развития раковых и аутоиммунных заболеваний, распространения инфекций, сегменты B2 и ALU массово подвергаются экспрессии, помогая организму справится с новыми вызовами.

Это открытие оставляет все меньше оснований для концепций "мусорной ДНК".

Перед вами апоптосома - крупный белковый комплекс в клетке, который формируется в процессе регулируемого и контролируемого запуска уничтожения клеток (апоптоз), когда организм столкнулся со стрессом окружающей среды, либо, когда в процессе развития организма одни клетки и даже органы заменяются совершенно другими. Замечено, что малейшие мутации в этой структуре и в самом механизме влекут катастрофические последствия для организма, в том числе, стремительное развитие рака.

Непонятно вообще, почему это должно быть в мире, где не существует плана, воли, дизайны и замысла.

Кто-то скажет, что создал поэтапно естественный отбор. Хорошо. Но что за трафарет такой у матрицы физических и химических законов этой вселенной, что они ваяют сложноструктурированные симметричные системы на микро и макро уровне, канализируя пути естественного отбора, который формирует потрясающие дизайн-продукты?
Здесь нетрудно подключить модальную логику и концепцию возможных миров, популярную в философии, чтоб понять, что нет ничего необходимого в таком дизайне и мир мог быть вовсе не упорядоченным или иметь крайне низкое содержание дизайн-структур.

Объяснение возникновения повсеместного дизайна в биологическом мире к естественному отбору вовсе не решает проблему, а только отсылает ее дальше к вопросу о тонкой настройке матрицы, предопределившей судьбу естественно-природного механизма.

Мы уже говорили о том, что для теиста нет проблем признать разумно направленную эволюцию, однако, материализм вступает в существенный конфликт с эволюцией именно в вопросе возникновения надежного аппарата мышления. И вот почему.

Если взять Натурализм (Материализм) за истину, то:

1. Неврология (нейрофизиологические свойства в теле) является причиной
определенного:
a. Поведения

b. Ментального содержания (всё, во что мы верим, убеждены и тд)
2. Эволюционный процесс селекции действует и фильтрует индивидуумы и группы на основе «а».
3. Неврология, дающая эволюционное преимущество, будет отобрана на основе «а».
4. Любая неврология, дающая эволюционное преимущество «а» будет отобрана естественным отбором, независимо от «b».
5. Таким образом, «b» не имеет отношения и не влияет на процесс селекции эволюционно преимущественной неврологии и других черт.
6. Истинно «b» или ложно, зависит исключительно от «b».
7. Истинность или ложность «b» не зависит от факторов эволюционного отбора.
8. Вероятность того, что чье-то убеждение является истинным (или ложным),
принимая во внимание натурализм (материализм) и дарвиновские
эволюционные процессы, для сложноустроенных организмов — примерно 0,5.
9. вероятность того, что такой организм производит преимущественно истинные суждения для определенного набора убеждений — 0,5 ^n, где n
— количество убеждений. P— вероятность. Допустим, n=100, тогда P(R) 10^-31 (очень низкое).

http://intelligentdesign.space/923/vozvrashhayas-k-evolyuczionnomu-argumentu-protiv-naturalizma/

Эти два многоклеточных организма T. adhaerens и H. hongkongensis совершенно одинаковы по строению и по функционированию. До 2018г ученые полагали, что это один и тот же вид, пока не провели секвенирование генома (определение последовательности ДНК), которое выявило огромные генетические различия, намного превышающие таковые между человеком и мышью.

Внешне идентичные организмы могут быть совершенно разными генетически, а имеющие огромные анатомические различия, могут почти не отличаться по строению ДНК.

Поставлен под сомнение известный сибирский эксперимент по одомашниванию лис.

Опубликована научная работа, в которой опровергают выводы эксперимента 1960-х годов, когда генетик Дмитрий Беляев, взяв 130 чернобурых лисиц из фермы по производству меха, принялся их приручать и выводить черты дружелюбия к человеку. Изначально предполагалось, что свисающие уши, пятнистый окрас - черты, так известные в других одомашненных млекопитающих - это особенности неразрывно связанные с процессом приручения диких животных, получившие название "синдром одомашнивания".

Однако Элинор Карлссон - одна из авторов недавно опубликованной работы заявляет, что черты одомашнивания присутствовали в чернобурой лисице и до эксперимента. Изначально в Сибирь чернобурая лисица попала из канадского острова Принца Эдуарда. Исследователям попалась музейная фотография 1922 года (задолго до сибирского эксперимента), канадского фермера, держащего на руках прирученную чернобурую лисицу. Кроме того, установлено, что у лисиц уже присутствовал пятнистый окрас шерсти - черта, которая, как считалось, является побочным результатом одомашнивания.

Прежде всего, это опровергает утверждения о том, что черты одомашнивания отсутствовали до начала сибирского эксперимента, а также ставит под сомнение идею того, что прирученность, как черта, неразрывно связана с возникновением ряда других новых особенностей, как пятнистый окрас, свисающие уши и т.д.

Список ученных со всего мира, пожелавших подписать петицию о том, что они крайне скептически относятся к утверждению о созидательных способностях случайных мутаций и естественного отбора [неодарвинизм] в объяснении возникновения всего биологического разнообразия. Здесь их более 1000 подписантов.

По этой ссылке каждый, имеющий степень доктора наук, может подписать петицию. Организаторы предупреждают, что данный шаг может отрицательно сказаться на научной карьере подписанта, поэтому тем, у кого имеются незавершенные цели в иерархии научной системы, стоит принять это во внимание.

Выявлен потрясающий молекулярный механизм саморазрушения у бактерий , включающийся в случае распространения вирусных инфекций.

Вирусы, которые поражают бактерии и убивают их, называются бактериофагами.
Выявлен иммунный механизм, который защищает бактерии от вирусов и инициирует процесс саморазрушения у бактерий, предотвращая распространение инфекции в другие клетки.

Защитный механизм бактерии называется CBASS. Он содержит белки [под названием HORMA], которые замечают присутствие инфекции и запускают другой белок для отправки сообщения. Это сообщение активирует фермент, разрушающий геном бактерии, что убивает клетку и останавливает воспроизводство бактериофага.

В исследовании говорится, что изучена только одна система защитного механизма CBASS из 6000 известных, каждая из которых кодирует отдельный набор сенсоров присутствия инфекции, сигнальных белков и белков-исполнителей. Понимание того, как этот различный набор составных частей взаимодействует, поможет в лечении бактериальных инфукций, невосприимчивых к антибиотикам.

В неком своем возражении на аргумент тонкой настройки вселенной Нил Деграсс Тайсон говорит: "Вы только взгляните как огромны части вселенной, которые не пригодны для жизни. Там вас ждёт мгновенная смерть."

Профессоры астрофизики Герайнт Ф. Льюис и Люк А. Барнс в своей книге "Везучая вселенная: Жизнь в тонко настроенном космосе" так на это ответили:
"Наполнить вселенную воздухом пригодным для дыхания создаст массу...проблем. Частица света пройдет около сотни километров в воздухе прежде чем она рассеется. По этой причине, во вселенной наполненной воздухом мы не сможем видеть Луну, не говоря уже о более далёких объектах. Мы будем жить в тумане. Энергия солнца не будет достигать Земли напрямую, ей придётся нагревать воздух по пути. Более того, космические путешествия были бы очень медленны и неэффективны. Вместо того, чтобы промчаться по почти пустому межзвездному пространству, космический корабль будет вынужден медленно пробиваться через слои атмосферы, сжигая при этом огромное количество топлива. Вы может и смогли бы прожить без возможности бороздить космос, однако нельзя сказать того же о нашей планете: сопротивление воздуха столкнёт Землю по спирали к солнцу в течение нескольких месяцев. Мы можем продолжить, но будет достаточно сказать, что вселенная не является пустой тратой пространства. Звучит невероятно, но вакуум делает вселенную пригодной для жизни и доступной для изучения".

Собрали раннюю серию публикаций о предполагаемом родстве человека с обезъяноподобным предком, в одну статью. Приятного чтения!

http://intelligentdesign.space/676/hominidae/

Один из основных принципов эволюционного родства - это гомология. Чем более схожи организмы, тем ближе они находятся в эволюционном древе. Однако, зачастую, всё происходит иначе и анатомически схожие организмы имеют разную ДНК, организмы с одинаковой ДНК могут производить разную РНК, а имеющие одинаковое эмбриональное развитие делают это с задействованием совершенно разных генов. Другими словами, отсутствует консервативность и последовательная прогрессия.

Как неожиданно оказалось, даже в самых близких видах [как в некоторых видах мух и комаров], разные гены используются для одних и тех же ролей, хотя, согласно правилам гомологии этого быть не должно.
То есть даже в самых анатомически схожих организмах значительно отличаются гены, отвечающие за идентичное эмбриональное развитие. В то же время, консервативность генов (их идентичность или сильная схожесть) должна сохраняться в близких видах для обоснованного выстраивания эволюционного древа. Однако этого мы можем часто не наблюдать.

https://youtu.be/-7iLNXGAEzg

Документальный фильм Бена Стайна о том, каким репрессиям в научном сообществе подвергаются учёные, несогласные с теорией эволюции.

Этот фильм проливает свет на факты предвзятости и научного догматизма в академической среде, в то время как обывателю преподносится, что учёные не бывают предвзятыми, а лишь трудятся во благо науки, не примешивая к своей деятельности никаких идеологических предубеждений.

Также в фильме раскрывается тёмная сторона дарвинизма и то, к каким печальным последствиям приводит социализация этой теории.

Предлагаю к просмотру и распространению.

https://xn--r1a.website/apologetika_islama

Фильм и в самом деле хороший, не конспирологический. Много шума наделал в США.

Если ещё не смотрели, то всем советуем.

Для того, чтобы дарвиновская эволюция и химическое зарождение жизни (абиогенез) приобрели возможность быть запущенными, физика должна быть тонко настроена, иначе эти события и процессы даже не имеют возможность произойти.

Как пишут о тонкой настройке вселенной для появления жизни астрофизики Герайнт Льюис (атеист) и Люк Барнс (теист) в своей книге "Везучая вселенная: жизнь в тонко настроенном космосе":

"Вопрос в том, через что вселенной нужно пройти, чтобы жизнь сформировалась и эволюционировала в принципе. Хоть клетка и является обычным объектом с точки зрения биологии, она является химическим чудом. Химия в свою очередь очень многого требует от физики. Вселенная должна быть очень чётко отрегулирована, чтобы произвести и упорядочить химические элементы на планете, расположенной на безопасном расстоянии от стабильного источника фотонов, которые будут поставлять необходимую энергию для фотосинтеза и т.д.

Возможности дарвиновской эволюции не возникают просто так. Биохимическая машина, способная черпать энергию и питательные вещества из окружающей среды, с целью создания полной работающей копии самой себя, включая почти точно такую же копию генетических инструкций, в среде борьбы за ресурсы - это и есть начальная точка эволюции. Очевидно редкая способность нашей вселенной производить подобные создания, способные эволюционировать по дарвинскому сценарию - вот, что именно мы пытаемся объяснить".

Комната Марии — мысленный эксперимент в философии сознания, предложенный Фрэнком Джексоном в статье «Epiphenomenal Qualia» (1982) и расширенный в статье «What Mary didn’t know» (1986). Этот эксперимент является одним из множества аргументов против физикализма — взгляда, согласно которому всё во Вселенной, включая ментальное, имеет исключительно физическую природу.

Джексон предлагает представить читателю учёную, исследовательницу цвета Марию. Мария изучала нейрофизиологию цвета всю жизнь, находясь в чёрно-белой комнате, через чёрно-белый монитор. При этом Мария изучила цвет настолько хорошо, что знает о цвете всю информацию, какую только можно получить. Она знает длины волн всех цветов, знает, какие именно нейроны передают сигнал от сетчатки глаза к мозгу и что происходит в это время в самом мозге. Джексон спрашивает, что же произойдёт, если мы выпустим Марию из её черно-белой комнаты в реальный мир, узнает ли она что-нибудь новое?

Аргумент заключается в том, что если Мария узнает что-либо новое из опыта непосредственного восприятия цвета, то физикализм ложен. В частности, этот аргумент является критикой утверждения физикалистов о полноте физических объяснений ментальных состояний. Мария может знать всё о науке восприятия цвета, но может ли она знать, каков опыт красного, если она никогда не видела красного? Джексон считает, что Мария узнает что-то новое, впервые испытав цвет, и, таким образом, физикализм ложен.

Впоследствии Джексон отказался от своего аргумента, без ясных объяснения причин. Известный философ сознания Джон Сёрл писал Джексону, спрашивая, почему тот отказался от аргумента, ведь он абсолютно верный. По словам Сёрла, Джексон так и не смог дать ответ.

иллюстрация мысленного эксперимента "Комната Марии"

Не всем было понятно наше объяснение мысленного эксперимента "Комната Марии" в предыдущей публикации. Анна Кантианка в своем подкасте "Философствующая Ондатра" даёт лучшую версию:

Итак, представьте себя Мэри. Мэри живёт в чёрно-белой комнате, родители надели ей на руки чёрные перчатки или белые перчатки, и всё, что она видит — либо чёрное, либо белое. Когда Мэри выросла, она решила стать учёным. Она выяснила о цвете всё, что можно — все его физические параметры, и поэтому ей кажется, что она знает, что такое красный цвет. И вот вдруг кто-то приносит ей спелый красный помидор. Как вы думаете, что почувствует Мэри? Скажет ли она: «О, да это же красный помидор. Ну, да, вы меня ничем не удивили». Или же она упадёт в обморок от восторга и скажет: «О Боже, неужели так и выглядит красный? Я всегда думала о том, как же он может выглядеть, и вот теперь я вижу, что такое красное». Ну, здравый смысл нам подсказывает, что скорее всего Мэри очень удивится. Может быть, в обморок она не упадёт, но до этого она никогда не видела других цветов. То есть философ Джексон предположил, что кроме физических фактов есть ещё и нефизические. То есть ощущение красного цвета — это не физический факт.

Другой мысленный эксперимент. Представьте себе, что где-то во Вселенной живут пришельцы без глаз. Они научились эффективно познавать мир при помощи своих очень чувствительных щупалец, чуткого обоняния, и поэтому им не нужны глаза. Когда они прилетели на планету Земля, они поняли, что у людей есть ещё какое-то чувство, которое им недоступно. Они похищают человека, чтобы понять, что он испытывает, глядя на предметы. И вот они подключают его к супер сложному устройству, которое считывает все нервные импульсы в мозгу человека, когда он смотрит на предметы. И каково же их удивление, когда прочитав все эти импульсы, проанализировав их, они всё равно так и не понимают, что это значит — видеть предметы, а не ощущать их или не нюхать. Выходит, наше квалиа — это нечто особенное. Это не физические свойства.