Карл Поппер, дарвинизм и принцип фальсифицируемости

На заре своей карьеры философ науки Карл Поппер назвал эволюцию, ведомую естественным отбором "тавтологией" (Выживает кто?- тот, кто лучше приспособлен к окружающей среде. А кто лучше приспособлен к окружающей среде? Тот, кто имеет качества, позволяющие выживать) и "ненаучной теорией, потому что она нетестируемая", а так же назвал ее "метафизической исследовательской программой". Будучи подвергнутым нападкам за свои высказывания, Поппер отрекся от своих слов. Однако, незадолго до смерти, в 1992 он снова высказался, что находит Дарвиновскую теорию недостаточной. "Надо искать альтернативы" - сказал он.

Ирония в том, что Поппер известен тем, что, является автором демаркационного метода в определении того, что считать наукой, а что псевдонаукой (метафизическим исследованием) - это фальсифицируемость. И хотя академическое сообщество с восторгом приняло этот критерий, оно не простило ему подобный подход в отношении дарвинизма.
Поппер был агностиком и не был креационистом. Причем, теории, не проходящие критерий фальсифицируемости и, считавшиеся ненаучными, Карл Поппер не считал обязательно ложными, они могли правильно описывать реальность, но не быть научными.

Ссылки: http://blogs.scientificamerican.com/cross-check/dubitable-darwin-why-some-smart-nonreligious-people-doubt-the-theory-of-evolution/

Popper’s Shifting Appraisal of Evolutionary Theory, Mehmet Elgin and Elliott Sober The Journal of the International Society for the History of Philosophy of Science
http://www.journals.uchicago.edu/doi/abs/10.1086/691119

Мифы об истории науки. Часть 1.

В популярной среде пропагандируется воззрение, что научной мысли, как и научных теорий не существовало до новейших времен.

Всё началось с Древних греков, которые, по расхожему мнению, были весьма просвещенными для своего времени, потому что они пытались понять вселенную, как функционирует мир, из чего он состоит. Но проблема состояла в том, что все они заблуждались. Например, Платон заявлял, что все предметы состоят из маленьких треугольников. Аристотель верил, что Земля находится в центре вселенной. Гиппокрит верил, что человеческое тело состоит из четырех жидкостей. Неудивительно, что тогда не было науки. Но что было взамен? Бесчисленное количество религий.
Но этому пришел конец с приходом христианства и ислама, когда гегемония двух религий не позволяла росткам научного познания взрасти. Пока... Пока не появились доблестные герои науки. И один из таких героев -Галилео Галилей. Он первый, кто осмелился заявить о догматизме и невежестве клерикалов, на что эти клерикалы не придумали ничего лучше, как наказать его. Они мучали его, поместили в заключение. Но с помошью своих друзей - поборников науки, Кеплера, Ньютона и других они высвободили науку из оков религии, разработав научный метод. С помощью научного метода они постулировали одну теорию за другой, установили один факт за другим!
Это привело нас к современной науке, которая нам дала эксперименты и наблюдение, а не эту метафизическую чушь как религии. Теперь ученые знают, что Бога нет. И самое главное - научный метод создал разделение между наукой и псевдонаукой. Это то, чему учат в популярной среде и на самом деле, это мифология о науке, которая повсеместна.

Миф №1
Наука возникла в 17в с приходом Галилея и Ньютона.

Миф №2
Галилей был мучеником науки, сражающимся против догматизма клерикалов.

Миф №3
Научная революция освободила науку от оков религии.

Миф №4
Современная наука установила, что Бог не существует.

Миф №5
Современная наука основана только на наблюдениях и экспериментах и не зависит от метафизики.

Миф №6
Наука доказывает теории экспериментальным путем и наблюдением.

Миф №7
Научный метод универсальный и несменяемый (то, как мы занимаемся наукой не отличается от научного метода 200 лет назад и от того, каков он будет через 300 лет).

Миф №8
Наука основана на рационализме, по причине своего универсального метода.

Миф №9
Каждая успешная научная теория содержит все больше и больше истин.

Миф №10
Существует четкое разделение между наукой и псевдонаукой (лженаука)

Если вы обратите внимание, 1-5 мифы - исторические, 6-10 - философские.
Для развенчания этих двух категорий мифов нам требуются знания истории науки и философии науки.

Вступительная часть серии академических лекций истории и философии науки Университета Торонто.
https://www.youtube.com/watch?v=vAw5ExrHip4

Наш сайт www.intelligentdesign.space

Наш паблик в Facebook facebook.com/IntelligentDesign.rus/

Наш instagram instagram.com/intelligentdesign_ru/

Введение в историю и философию науки. Часть 2. Конспект.

Изучая историю науки мы прежде всего обращаем внимание не на биографии известных ученых, не на исследовательскую программу ведущих мировых научных сообществ, а на изменение мозайки принимаемых теорий.

Научная мозаика - это набор теорий.

Современная научная мозайка строится на комбинации таких наук как квантовая физика, Общая Теория Относительности, Биология, Генетика, Космология, Психология, Социология, Математика, Экономика, История. Некоторые науки относятся к естественным. Другие к социальным (всё, что касается человека и его разума). Также мы имеем, так называемые, формальные науки - это логика, математика, Теория Информации.

Теория - это набор утверждений, порой, состоящий из многих тысяч (квантовая физика). Но они также могут состоять из одного единственного утверждения, как теория плоской Земли или теория сферической Земли. Объеденив существующие теории вместе, мы получаем мозайку - отсюда и определение - научная мозаика.

Также, ключевой термин в истории и философии науки - это научные изменения, которые представляют собой изменения в научной мозаике.

Взглянув на научную мозаика (набор научных теорий) 18в, мы увидим: ньютоновскую физику, которую мы все еще используем, но не признаем ее больше; теорию флогистона, теория преформации (организм полностью сформирован уже в зачаточном уровне и только растет), теология.

Обратимся дальше в год 1515 и мы увидим, что в центре научной мозайки - аристотелевская физика четырех элементов, геоцентрическая космология, астрология.

Возьмем простое природное явление, как падение яблока с дерева и взглянем, как оно совершенно по-разному объяснялось в истории науки.

Ньютоновская физика. Мы имеем два объекта: Земля и яблоко. Земля обладает определенной массой, как и яблоко. И, согласно закона гравитации, два объекта, обладающих массой притягивают друг друга. Гравитация притягивает два объекта.

Аристотелевская физика. Вселенная состоит из двух частей. Земля находится в центре вселенной и все планеты вращаются вокруг нее. В небесной части все состоит из, так называемого, пятого элемента - эфир и природой эфира является вращение вокруг центра вселенной. Так объясняется вращение небесных объектов согласно аристотелевской физики. Что касается Земли, то все на ней состоит из четырех элементов: земля, вода, воздух и огонь. Два из них - тяжелые (вода и земля). Другие два - легкие. В убеждениях того времени было объяснение, что тяжелые элементы притягиваются к центру вселенной. Это - основной принцип физики того времени. Тяжелые предметы падают вниз, потому что они имеют естественную природу идти вниз к центру вселенной. Обратное - с двумя другими элементами. Это наблюдение и объясняет, почему Земля и должна быть центром вселенной.

Общая Теория Относительности (ОТО). По Эйнштейну, тяжелые предметы искривляют пространство вокруг себя. Таким образом, согласно ОТО, пространство вокруг земли искривлено по причине массы Земли. Конечно, искривление мизерное, которое нельзя сравнить с искривлением от Солнца или черной дыры, однако оно есть. Что происходит с яблоком? Графический пример этому - баскетбольный мяч, своей массой проваливающийся в простыню. В этой теории нет места гравитации, а есть инерциальное движение в искривленном пространстве.

Суть заключается в том, что одному и тому же феномену может быть найдено более, чем одно объяснение.

Важные вопросы, которыми задается философия науки:
1) Существует ли абсолютное знание?
2) Как мы оцениваем разные теории? Каким критериям должны теории соответствовать, чтобы быть принятыми в мозайку? (простой пример: сейчас мы принимаем ОТО, но почему ее, а не аристотелевскую физику или ньютоновскую?)
3) Как теории принимаются и отвергаются, есть ли логика и механизм в их изменении?
4) Существует ли научный прогресс?
5) Существует ли четкое разделение между наукой и псевдонаукой?

Краткий конспект второй части лекции Университета Торонто.
https://www.youtube.com/watch?v=bNKSwqgl4HQ

Абсолютное знание. Часть 3

Знание можно разделить на две категории: абсолютное и относительное.
1+2=3 - пример абсолютного. Откуда мы знаем, что это выражение истинно? Кто-то скажет, что нам известно об этом из опыта. В детстве мы считали на пальцах и если к одному пальцу добавить ещё 2, то выходит 3. То же самое мы заметили и с другими предметами (такими как яблоки, птицы, люди и т.д.), что если взять 1 предмет и добавить к нему ещё 2 предмета, в итоге мы имеем 3 предмета. Однако такое представление не является верным. Нам необязательно иметь опыт, чтобы установить истинность математических выражений, мы можем прийти к ним даже если нам нечего считать. 1+2 = 3 – это логическое выражение, которое основано на определении понятий тройки, двойки и единицы. Оно истинно по определению. Выражение 1+2 – это просто другой способ выразить число 3.

Возьмём другое выражение: “все лебеди белые”. Как мы можем обосновать данное утверждение? Для этого необходимо проводить наблюдения. После того как мы наблюдали определённое количество лебедей и все эти лебеди были белыми, мы приходим к выводу что все лебеди являются белыми.

В итоге мы можем разделить наши утверждения на две категории: аналитические и синтетические. Для обоснования аналитических утверждений не требуется опыт, они истинны по определению или на основе логических умозаключений. Также невозможно вообразить ситуацию, когда аналитическое утверждение является неверным. К примеру, «женатый холостяк» не может существовать по определению. Аналитические утверждения также не могут противоречить эмпирическим данным и наблюдениям.
Истинность синтетических утверждений, обусловлена наблюдениями и опытом. Например, утверждения «трава имеет зеленый цвет», может быть установлено как истинное только после факта наблюдения самой травы и её цвета. Также синтетические утверждения могут противоречить эмпирическим данным и наблюдениям. Обнаружение пожелтевшей травы, стало бы противоречием предыдущему утверждению и соответственно мы можем вообразить ситуацию, в которой синтетическое утверждение является неверным. Даже не проводя наблюдения, мы можем легко представить фиолетовую траву.
Когда дело касается аналитических утверждений, мы можем быть абсолютно уверенны в их истинности, т.к. в этом случае мы имеем дело с определениями и определения всегда верны по определению. Что же касается синтетических утверждений, то мы не можем иметь абсолютную убежденность в их истинности по трём причинам.

1) Проблема восприятия. Данная проблема заключается в том, что мы не можем быть на 100% уверены, что наши органы чувств передают нам абсолютно точную картину окружающего мира без каких-либо изменений. Для того чтобы убедиться в том, что мы не воспринимаем мир искаженно, нам нужно абстрагироваться от нашего собственного восприятия, что является невозможным. Даже если построить машину, которая сможет передавать нам картину окружающего мира, мы по-прежнему воспринимаем эту картину через наши органы восприятия, опираясь на которые мы, кстати, и спроектировали эту самую машину. Поэтому машины, очевидно, не решат нашу проблему. Эволюционисты могут возразить на это сказав, что миллионы лет эволюции позволили нам сформировать восприятие окружающего мира, которое помогло нам выжить. Следовательно, мы можем утверждать, что наши органы чувств дают нам корректную информацию. Проблема заключается в том, что мы использовали наше восприятие окружающего мира и собрали данные, на основе которых была сформирована эволюционная теория. В итоге, это попытка оправдать надежность нашего восприятия посредством данных, которые были собраны посредством этого самого восприятия. Данный аргумент является кольцевым и логически ошибочным. Безусловно, мы не хотим сказать, что мы не можем доверять нашим органам чувств, ведь мы бы не смогли выжить если бы не доверяли им. Однако, в то же время мы не можем быть уверены в них на 100%.

2) Проблема индукции. Индукция – это принцип рассуждения, который заключается в приходе к общему выводу на основе ограниченного количества отдельных примеров. Если мы наблюдали некоторое количество лебедей и все эти лебеди были белыми, то по принципу индукции мы приходим к выводу, что все лебеди являются белыми. Однако, мы не можем утверждать что будущие наблюдения не будут противоречить нашему выводу, всегда есть вероятность обнаружения черного лебедя. Ввиду того, что мы не имеем возможности наблюдать всё и сразу, философы согласны в том, что проблему индукции решить невозможно.

3) Проблема теоретической обусловленности. Некоторые наблюдения обусловлены принятием определённых научных теорий в качестве истины. Если наблюдать луну в телескопе, можно заметить что на луне имеются горы. Однако, данное наблюдение обусловлено тем, что мы принимаем в качестве истины определённую оптическую теорию, которая утверждает что если использовать определённую комбинацию увеличительных линз, вы получите достоверное изображение. Поэтому в данном случае, мы не можем быть абсолютно уверенны в нашем наблюдении.

Эти три аргумента приводят нас к понятию фаллибилизма, согласно которому ни одно синтетическое утверждение не является безошибочным и эмпирические знания не могут быть истинными в абсолютном смысле. В противовес этой концепции, существовало понятие инфаллибилизма, господствовавшее на протяжении истории, которое утверждает, что наука может приводить к абсолютной истине. Научного инфаллибилизма придерживался Аристотель, а 2000 лет спустя Иммануил Кант выразил своё согласие с Аристотелем. Лишь в течение последних 100 лет учёные и философы науки сошлись во мнении, что наука не даёт абсолютных знаний и фаллибилизм является доминирующей концепцией в академической среде.

Краткий конспект третьей части лекции Университета Торонто.
https://www.youtube.com/watch?v=Ni0foAtFois

В почвенном слое Ирландии обнаружены бактерии, останавливающие рост самых антибиотикорезистентных паразитов. (1)

Как известно, один из способ производства антибиотиков - это поиск уже существующих в природе. Сами бактерии с легкостью передают генетический материал невосприимчивости к антибиотикам через плазмиды (горизонтальный способ передачи генов).

До этого была новость о том, что резистентность почти ко всем существующим антибиотикам была найдена в изолированных пещерах, возрастом 4 млн лет. (2)

Открытие бактерий, останавливающих распространение болезнетворных паразитов позволит сделать существенные успехи в производстве новых антибиотиков.

Ссылка на исследование
(1) https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.02458/full

(2) http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0034953

О чем говорит эксперимент Бенджамина Либета?

Нужно признать, невозможно научным методом доказать надежность нашего аппарата мышления без того, чтоб принять это за аксиому. Сама попытка делать эксперименты, замеряя нейронную активность, предполагает, что наша мыслительная способность оценивать результаты эксперимента не определяется законами физических взаимодействий в мозге и мы не зависим от нее. Но тогда мы признаем нефизическую причинность, что и является определением сверхъестественного. (Поппер, Экклз).
Другими словами, для того, чтоб эксперименты, тестирующие наличие или отсутствие свободы воли от физической причинности имели достоверность, мы должны прежде признать свободу воли.

Примером исследования, ставящего под вопрос существование свободы воли, является эксперимент Бенджамина Либета, проведенный в 1980-х годах. В лабораторных условиях Либет просил добровольцев выполнить действие (нажать на кнопку) и осуществлял замер электрической активности их мозга в этот момент. Либетом было отмечено, что за пол секунды до выполнения действия человеком, в мозге происходила электрическая активность. С первого взгляда это выглядело, будто нейроны мозга являются причиной решения и свободы воли нет.
Но Либет не остановился на этом, желая проверить эту гипотезу, он просил после принятия решения испытуемыми сразу его отменить. Он заметил, что когда человек отменяет решение, электрическая активность мозга отсутствует вовсе. Либет тогда сказал, что, может у нас и нет свободы принимать решения, но есть свобода их отменять. Он говорил о том, что у нас есть нематериальная свобода выбора: принять или отказаться.

В 2009 г. Judy Trevena и Jeff Miller повторили этот эксперимент, в несколько иной редакции (нужно было совершить действие после сигнала, причем, в одной из вариаций испытуемые выбирали, какой рукой нажать на кнопку) и получили интересный результат: полученная в эксперименте Либета активность нейронов, якобы предшествующая принятию решения, присутствовала вне зависимости от выбора испытуемого, она была фоном готовности мозга к действию, не более того. (1)

Более позднее исследование, проведенное Aaron Schurger, Jacobo D. Sitt и Stanislas Dehaene в 2012 г. подтвердило прежние результаты о том, что эксперимент Либета не доказывает то, что преднамеренное движение осуществляется бессознательно. (2)


(1) https://www.newscientist.com/article/dn17835-free-will-is-not-an-illusion-after-all/

(2) https://www.newscientist.com/article/dn22144-brain-might-not-stand-in-the-way-of-free-will/#.VU3ASFLXenN

#материализм #свободаволи #Либет #детерминизм #мозг

К вопросу о предполагаемом родстве человека с обезьяноподобным предком. Часть 1

На данный момент можно сказать, что все гоминиды - это люди (Homo Erectus, Неандертальцы, Гейдельбергский человек, денисовцы, homo florensis и др) и они спаривались с Homo Sapiens, давая потомство. (1) Способность скрещиваться и давать фертильное потомство - это один из признаков единства вида. В 2017 вышло исследование о том, что H. Erectus могли разговаривать. (2)

Что качается Австралопитека - это явно обезьяноподобный представитель и не имеет связей с Homo. (3) Найдены явно человекоподобные останки и обезъяноподобные, без постепенных переходов, что является ключевой проблемой палеоантропологии.

Важно отметить спекулятивность всех попыток выстроить эволюционное родство человека с обезьяноподобным предком. Самые авторитетные биологи, палеонтологи ХХв, несмотря на признание этого родства, подтверждали, что оно, едва ли доказуемо:

Гулд: "Бóльшая часть останков - это фрагменты челюстей и мелких кусков черепов гоминидов, которые являются предметом бесконечных спекуляций и преднамеренных выдумок- (4)

Генри Ги (2001) - редактор журнала Nature: "Палеонтологические доказательства человеческой эволюции неполные и их можно понять совершенно по-разному" (5)

Эрнст Майер - один из архитекторов неодарвинизма (2004): Пропасть разделяет первые ископаемые Homo (как Homo rudolfensis, Homo erectus) и Australopithecus. Как мы можем объяснить этот эволюционный скачок? Не имея никаких ископаемых, которые могли служить недостающим звеном, мы вынуждены обратиться к конструированию исторических событий" (6)

Признание Холдена (один из разработчиков СТЭ): "Реконструировать эволюционную историю человека также сложно, как восстановить сюжет Войны и Мир, основываясь на 13 случайно выбранных страницах романа" (7)

Палеоантропологи Гарварда Daniel E. Lieberman, David R. Pilbeam и Richard W. Wrangham: "Среди трансформаций, происходивших во время эволюции человека, переход от Australopithecus к Homo, без сомнения, самый главный и, к сожалению, детали этого перехода непонятны из-за недостаточности археологических останков" (8)

Вместе с тем, несмотря на то, что появление прямохождения относят к эволюционной особенности человека, в научном сообществе ставится под сомнение наличие такового у австралопитека (9). Более того, прямохождение имеет независимые линии, то есть эта черта - пример гомоплазии, а не гомологии (10). Другими словами, мы имеем морфологически совершенно разные, несвязанные друг с другом системы прямохождения. Но это не единственный пример отсутствия гомологии. Огромное количество схожих анатомических особенностей гиббонов, орангутанов, шимпанзе, горилл не имеет эволюционного родства, и, как предполагаются, возникли независимо друг от друга.

Вторая часть этого вопроса, на наш взгляд, намного важнее, и мы будем рассматривать, с научной точки зрения, возможность трансофрмации от обезьяноподобного предка к человеку за 8 млн лет.


Ссылки:
(1) https://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110905160918.htm
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4947341/
http://www.nature.com/news/evidence-mounts-for-interbreeding-bonanza-in-ancient-human-species-1.19394
(2) https://aeon.co/essays/tools-and-voyages-suggest-that-homo-erectus-invented-language
(3) Proceedings of the National Academy of Sciences (USA), 104 (April 17, 2007): 6568–72.
(4) Stephen Jay Gould, e Panda’s Tumb: More Reflections in Natural History
(New York: W. W. Norton & Company, 1980), 126.
(5) HenryGee,“Return to the planet of the apes,”Nature,412(July12,2001):
131–32.
(6) Ernst Mayr, What Makes Biology Unique?: Considerations on the Autonomy of a Scientific Discipline (Cambridge: Cambridge University Press, 2004), 198.
(7) “ The Politics of Paleoanthropology,” Science,213(1981): 737–40.
(8) Lieberman, Pilbeam, and Wrangham, “ The Transition from Australopithecus
to Homo,” 1.
(9) Collard and Aiello, “From forelimbs to two legs,” 339–40
(10) https://www.pnas.org/content/106/34/14241

К вопросу о предполагаемом родстве человека с обезьяноподобным предком. Часть 2

Теория Эволюции - это не теория сходств анатомических или иных черт, а теория трансформации. Пока мы не выявим механизм трансформации и не протестируем его созидательные способности, не имеет смысла утверждать о родстве человека с приматами, если только вы не метафизический натуралист и иная возможность отсутствует в вашем мировоззрении. Поэтому, не будь явной двусмысленности и проблем с переходными звеньями, это никоим образом не подтверждало бы процесс эволюции (трансформации). Помимо этого, в природе есть тысячи поразительных примеров анатомических, молекулярных, генетических, функциональных сходств, которые не имеют эволюционного родства - это, так называемая, гомоплазия или конвергенция.

1) Нам доподлинно неизвестен механизм морфогенеза (возникновения новых частей тела)
2) Известные нам эволюционные механизмы (генетические) экспериментально неспособны произвести требуемый результат за указанный отрезок времени (предполагаемые 6-8 млн лет, связывающие человека и обезъяноподобного предка).

Существует, как минимум 5 кодов вне ДНК (1), определяющие морфологические свойства организма. Нет лабораторных данных, что часть этих кодов вообще можно изменить адаптивно (чтоб эти варианты не были летальны) :

1. Эпигенетический код - модифицирует молекулу ДНК, расставляя метки на ней в определенной последовательности, что меняет экспрессию ДНК (меняется способ ее чтения)

2. РНК (Альтернативный) сплайсинг код - модифицирует РНК последовательность для производства множества разных белков из тех же самых последовательностей ДНК. Происходит это путем исключения интронов (нечитаемых сегментов) и переставления экзонов. Экзоны могут быть соединены сотнями разными способами в РНК, что приводит к производству из одного и того участка ДНК сотни и даже тысячи разных белков.

3. Сахарный код - практически каждый белок модифицируется дополнительными цепочками молекул. Молекулы называются гликаны (glycans, определение греческого слова "сладкий"). В отличии от аминокислот и нуклеотидов, которые в клетке выстраиваются в цепочку, сахара выстраивают разветвленные молекулы, которые несут намного больше информации, нежели линейные коды.

4. Мембранный код - образцы и формы мембран наследуются независимо от ДНК и, тем не менее, определяют пространственную расстановку в клетке.

5. Био-электрический код - изменяет био-электрическое поле, влияет на трехмерную форму развивающегося эмбриона.

Таким образом, утверждения о том, что в ДНК содержится вся информация для формирования организма не соответствует действительности. Кроме того, неизвестно, что кодирует фолдинг белков, их пространственно-временное расположение в клетке и вне ее, формирует цитоскелет и что определяет расположение органов в организме.

История 1975г в знаменитом исследовании King и Wilson об 1% ДНК разницы между человеком и шимпанзе уже не соответствует данным (2). Это было заявлено в пору, когда более 95% ДНК считалось нефункциональным мусором и не бралось в расчет. Сейчас, благодарю консорциуму ученых ENCODE известно, мичнимум 80% ДНК выполняет биохимическую функцию. (3) В другом исследовании говорится о том, что около 23% ДНК человека не имеет эволюционной взаимосвязи с ДНК шимпанзе.

Генетические ограничения и проблема ожидания в эволюции.

Лабораторно продемонстрировано, что для приобретения незначительной определенной эволюционной черты путем естественного отбора требуется намного больше времени, чем эволюция может располагать. Так, по самым скромным подсчетам, только для конкретной единичной мутации в факторах транскрипции ДНК требуется 6 млн лет. Для двух таких мутаций требуется 216 млн лет (4). Естественно, такого времени нет не только у гоминидов с их незначительными репродуктивными возможностями и популяцией, но и у млекопитающих в целом. Также установлено, что есть черты, для приобретения которых требуется более двух координированных мутаций, чтоб естественный отбор не устранил их.(5) Если адаптивная эволюционная черта требует 6 координированных мутаций, то для генерации такой мультимутации не хватит всего времени существования Земли (более 4 млрд лет) (6), даже, имея огромную популяцию и репродуктивные способности бактерий.

Различие в регулировании генов.
Одни и те же гены в разных видах могут участвовать в производстве совершенно отличающихся белков, тканей, органов и РНК, которые в свою очередь производят разные задачи. Так, в 2012 было опубликовано исследование о значительных различиях в системе регулирования генов между человеком и шимпанзе. (4) Регуляторная сеть генов (dGRN - developmental Gene Regulatory Network) - это иерархия активизации генов и их интегральная система, она не поддается модификации, практически все известные лабораторные попытки изменить регуляторную сеть генов оканчивались катастрофически для организма. (7)

Длинные некодирующие РНК (long non-coding RNA - lncRNA) - это РНК молекулы, которые не кодируют белок, а выполняют регуляторную функцию в клетке. Эксперименты показали, что устранение определенных lncRNA у мышей приводило к неправильному формированию костей позвоночника и запястий. Устранение сегментов lncRNA в эмбрионах цыплят приводило к нарушению развития конечностей и аномально коротким костям. То есть в 90% случаев lncRNA дает указание кодирующим белок генам какой, где и когда строить белок. Схожесть lncRNA между человеком и шимпанзе составляет всего 28.9%. (8) Невозможно себе представить, как адаптивно, не навредив организму, произвести такие огромные изменения в lncRNA за такой короткий срок. Их преобразования, как правило, влекут тяжелые заболевания. Кроме того, часто эта lncRNA является частью РНК, но имеющей другую функцию, кодирующей белок. То есть с одной стороны цепочки РНК оно кодирует белок, с другой стороны чтения выполняет регуляторную функцию. (9) Это как слово "МИР" можно прочитать и задом наперед как "РИМ"- будет иметь другое смысловое значение. То есть чтение цепочки РНК идет с обоих сторон и имеет важнейшую функцию в обоих случаях. Только нужно понимать, что длинные некодирующие РНК могут состоять из тысячи нуклеотидов. Нетрудно представить, что изменение последовательности с одной стороны, даже, будучи адаптивным, разрушит функцию с другой.
Продолжение в части 3.

(1) http://intelligentdesign.space/2018/09/02/почему-синтетическая-теория-эволюци/
(2) http://www2.ufpel.edu.br/biotecnologia/gbiotec/site/content/paginadoprofessor/uploadsprofessor/581979340b6e34a2b410efb4c4cf9350.pdf
(3) https://www.nature.com/nature/journal/v489/n7414/pdf/nature11247.pdf
(4) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2644969/
(5) Daniel M. Weinreich et al., “Darwinian Evolution Can Follow Only Very Few Mutational Paths to Fitter Proteins,” Science 312, no. 5770 (April 7, 2006): 111–14.
(6) http://bio-complexity.org/ojs/index.php/main/article/view/BIO-C.2010.1/BIO-C.2010.1
(7) Eric Davidson, "Evolutionary Bioscience as Regulatory Systems Biology." Developmental Biology, 357:35-40 (2011).
Charles R. Marshall, "When Prior Belief Trumps Scholarship," Science, 341 (September 20, 2013): 1344.
Eric Davidson, The Regulatory Genome: Gene Regulatory Networks in Development and Evolution. Burlington: Elsevier, 2006, p. 195.
(8) https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0880-9#MOESM1
(9) N. Carey "Junk DNA: A Journey Through the Dark Matter of the Genome"

К вопросу о предполагаемом родстве человека с обезьяноподобным предком. Часть 3


Накладывающиеся коды и плейотропия.

Практически во всех видах живых организмов обнаружены накладывающихся друг на друга гены и разные генетические коды. О существовании многофункциональных генов было известно и раннее, но помимо этого эти гены накладываются множеством слоев генетической информации друг на друга, что, относительно, недавнее открытие. (1) Накладывающиеся гены- это участки ДНК, которые несут разные коды для построения белков и их регулирования, эти коды совпадают и частично переплетаются, что не мешает им не терять информационный контент. Помимо этого, есть гены, которые читаются справа-налево и слева-направо одновременно, при этом в каждом случае несут разную генетическую информацию. Есть накладывающиеся друг на друга гены, которые не кодируюют белок, а выполняют важные регуляторные функции в организме. При этом несложно понять, что малейшие изменения в накладывающихся кодах будут летальными и естественный отбор просто не сохранит их в популяции и устранит их.
По классификации сходства участков накладывающихся генов люди более близки к мышам, нежели мыши к крысам. У людей и у мышей общие накладывающиеся гены в количестве 274, тогда как у крыс с мышами только 141, несмотря на то, что морфологически крысы с мышами настолько похожи.
Только у людей накладывающихся генов 2978. Это огромное количество. Невообразимо, как они могли возникнуть без направеленных телеологических процессов, только путем естественного отбора. Исследования подтверждают, что множественность накладывающихся генетических кодов стремительно сокращают вероятность полезных мутаций (2). В геноме встречается до 12 накладывающихся друг на друга функциональных кодов.
Если проводить сравнение со сканвордом, то, например, в английском языке не найти слов, которые будут сохранять смысл (функциональность) с таким количеством накладывающихся слов.

Орфан гены

Орфан гены (Orhan or ORFans - Open Reading Frames) - это гены, не присутствующие в других линиях организмов (негомологичные). Существование орфанов - это открытие последних 20 лет и с каждым новым секвенированием ДНК животных и растений их находят всё больше. Сейчас можно заявить, что они повсеместны. Эволюция новых генов согласно модели неодарвинизма - это крайне долгий процесс. Начинается он с дупликации гена и точечных мутаций дополнительной копии, пока не произойдет приобретение новой функции этим геном (нео-функционализация гена). В таком случае, гены незначительно отличаются от наследственной формы и их сходство (гомологичность) легко установимо. В случае с орфан генами такого сходства нет, эти гены - совершенно отличающиеся от любых иных и поэтому не находят адекватное эволюционное объяснение. Ситуацию усугубляет большое количество и повсеместность орфан генов, чего теория предсказать не могла. Они найдены в родах, семьях и близких видах животных и растениий. Как правило, орфан гены составляют 10-30% генома (3), в некоторых случаях - это 80%. В исследовании 2015 говорится, что в геноме человека найдено 634, а в геноме шимпанзе 780 орфан генов, что составляет огромное количество. Большая их часть задействована в клетках репродуктивной системы, мозга, печени, сердца. (4)
Продолжение в части 4.

(1) http://nsmn1.uh.edu/dgraur/niv/sabath_phd_thesis.pdf
(2) http://www.cs.cmu.edu/~gmontane/pdfs/montanez-binps-2013.pdf
(3) https://academic.oup.com/gbe/article/5/2/439/560219#89428090
(4) https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371%2Fjournal.pgen.1005721

К вопросу о предполагаемом родстве человека с обезьяноподобным предком. Часть 4

Генетическая энтропия.

Генетическая энтропия - это процесс деградации генома вида. Утрату генетической информации мы наблюдаем повсеместно среди высших организмов, в том числе и среди людей (1). Происходит это по следующим причинам:
1. мутации появляются быстрее, чем естественный отбор способен устранить их;
3. мутации, примущественно, незначительны, чтобы отбор их заметил;
4. "биологический шум" и "выживание более удачливых" подавляют и преодолевают селекцию;
4. вредные мутации физически неразрывно связаны с положительными мутациями так, что они не могут быть разделены в наследовании (избавиться от вредных мутаций и сохранить позитивные). Всё это приводит к тому, что геномы всех высших организмов закономерно должны вырождаться. Порядка 90% вредных мутаций незаметны для естественного отбора (2).
О генетической энтропии было известно давно и назывался этот механизм Храповиком Мёллера (по имени американского генетика Германа Мёллера) и мутационным разрушением (mutational meltdown), однако, полагалось, что этот процесс редко оказывает негативный эффект на виды из-за того, что гены, подвергшиеся разрушению, откладываются в "мусорную ДНК" (junk DNA). Это концепция особенно хорошо вписывалась в модель Нейтральной Эволюции Кимуры и Томоко Охта, в которой большая часть мутаций нейтральна и незаметна для естественного отбора. Так, до недавнего времени считалось, что 98% ДНК человека - это эволюционный мусор, который не вредит жизнедеятельности организма. Сейчас концепция мусорной ДНК практически отмерла, ученые каждый день открывают важные регуляторных функций ДНК, о которых не знали ранее. Вместе с исчезновением идеи мусорной ДНК, пропало и место для аккумуляции поломанных генов. Как решается проблема постоянных накоплений едва заметных негативных мутаций в популяции - неизвестно, но данный механизм явно не способен объяснить предполагаемый процесс эволюции человека от обезьяноподобного предка.
Энтропия (вырождения) человеческого генома выглядит так:
1. > 100 новых мутаций у каждого человека.
2. Десятки тысяч отрицательных мутаций у каждого.
3. 2-3% сегодняшних детей имеют видимые дефекты при рождении.
4. Более 6000 генетических болезней.
5. Специалисты по геному человека согласны: геном вырождается.
6. Известный генетик Профессор Кроу заявил: "генетически мы стоим ниже, чем пещерный
человек" (3).

Гипотеза о слиянии второй хромосомы человека.

Несмотря на то, что анатомическое и генетическое сходство само по себе не означает происхождение одного организма от другого, для этого необходим работающий механизм трансформации, все же следует затронуть вопрос о, так называемом, слиянии хромосом в эволюционном преобразовании. Так, Френсис Коллинз отметил: "у человека 23 пары хромосом, а у шимпанзе 24. Видимо, разница в количестве по причине слияния двух хромосом предка человека, ввиду чего образовалась человеческая хромосома номер 2. На концевых участках хромосом приматов образуются определенные последовательности, они уникальны и не встречаются больше нигде. И эти последовательности найдены в месте слияния - середине второй хромосомы. Этот факт крайне сложно объяснить иначе как концепцией общего предка" (4).
По всей видимости, Коллинз говорит о Промежуточных Теломерных Последовательностях (Interstitial Telomeric Sequences) или ITS. Однако эти ITS не находятся в хромосомном стыке и "присутствовали еще до того, как произошла реорганизация" - как говорится в одном исследовании (5). В другом исследовании говорится о "кардинальных" отличиях между хромосомами Y человека и шимпанзе в генетической последовательности и структуре вцелом (6).

Продолжение в части 5.

(1) Lynch, M., Rate, molecular spectrum, and consequences of human mutation, Proceedings of the National Academy of Sciences107(3):961–968, 2010
Contamination of the genome by very slightly deleterious mutations: why have we not died 100 times over? Kondrashov AS. J Theor Biol. 1995.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/7475094/

(2) Chase W. Nelson and John C. Sanford, 2013, Computational Evolution Experiments Reveal a Net Loss of Genetic Information Despite Selection, Biological Information: New Perspectives pp. 338–368; https://doi.org/10.1142/9789814508728_0014
(3) Crow, J., The high spontaneous mutation rate: Is it a health risk? Proceedings of the National Academy of Sciences 94(16):8380–8386,1997; pnas.org/content/94/16/8380.full.
(4) Collins FS (2006), 137-138.
(5) Farré M, Ponsà M and Bosch M (2009). Interstitial telomeric sequences (ITSs) are not located at the exact evolutionary breakpoints in primates. Cytogenetic and Genome Research 2009(124), 128-131.
(6) Hughes, JF, Skaletsky H, Pyntikova T, Graves TA, van Daalen SK, Minx PJ… and Page DC (2010). Chimpanzee and human Y chromosomes are remarkably divergent in structure and gene content. Nature, 463(7280), 536-539.

К вопросу о предполагаемом родстве человека с обезьяноподобным предком. Часть 5

Эндогенные ретровирусы.

Полагается, что эндогенные ретровирусы (Endogenous Retroviruses - ERVs) - это мусорные участки ДНК, втроенные вирусами паразитами. ERVs приводят в пример доказательства концепции "общего предка". Ключевой момент, указывающий на эволюционную природу этих сегментов - это предполагаемая их нефункциональность. Научный консорциум ENCODE выявил массу регуляторных функций этих участков ДНК, о которых не было известно раннее. Научные издания продолжают выявлять новые функции. Большой процент ERVs в геноме человека связан с открытие хроматина. (1) ERVs транскрибируются неслучайным образом, коррелируя с транскрибцией других генетических элементов. Функциональные сегменты ERVs участвуют в производстве клеток крови человека (2), экспрессии генов человека, учавствующих в метаболизме жира и клеточной дифференциации в печени и плаценте (3), экспрессии генов в желудочно-кишечном тракте, молочной железе и яичках (4).
Кроме того, нередки случаи, когда идентичные функциональные ERVs обнаруживают в абсолютно неродственных видах: в сумчатом опоссуме Австралии, плацентарных обезьянах и мышах (5); в кошках и павианах (6); в приматах и мышах, не имеющих близкого общего предка , предполагаемые ERVs отвечают за плацентарность (7).
Нахождение одинаковых функциональных биологических черт, имеющих сходства в других видах с похожими морфологическими качествами, объяснимо как с позиции общей модели дизайна, так и общего предка, поэтому не являются убедительным доказательством в пользу "общего предка". Тот факт, что идентичные ERVs, играющие ключевую роль в организме, обнаруживают в эволюционно неродственных живых организмах, ставит под сомнение эволюционную природу этих генетических сегментов.

Продолжение в части 6.

(1) http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1003504
(2) Nathalie de Parseval, Hanan Alkabbani & Thierry Heidmann, “The long terminal repeats of the HERV-H human endogenous retrovirus contain binding sites for transcriptional regulation by the Myb protein,” Journal of General Virology 80 (1999): 841–845.
(3) http://m.jbc.org/content/276/3/1896.full.pdf
http://jvi.asm.org/content/77/13/7459.full.pdf
(4) http://jvi.asm.org/content/83/12/6098.full.pdf
http://m.pnas.org/content/100/22/12841.full.pdf+html
http://bmcgenomics.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/1471-2164-6-47?site=bmcgenomics.biomedcentral.com
(5) https://jvi.asm.org/lookup/content/full/75/5/2499
(6) http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1617120
(7) Gimenez J, Mallet F., “ERVWE1 (Endogenous Retroviral family W, Env(C7), member 1),”Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol, September 2007.

К вопросу о предполагаемом родстве человека с обезьяноподобным предком. Часть 6

Филогенетические несоответствия.

Утверждения об "общем предке" имели бы определенную силу, если анатомические и молекулярные данные всегда бы формировали одно древо эволюции. Однако, на деле не так. Филогегнетические древа, зачастую, дают противоречивые результаты. Почти одинаковые гены могут присутствовать в организмах, которые, как полагается, разделились очень давно (1). Также, в организмах почти родственных, гены могут сильно отличаться, как в случае с мышами и крысами.
Филогенетические несоответствия и путаница в предполагаемом «Древе эволюции» заключается в том, что анатомические данные не сходятся с молекулярными; древо по ДНК не сходится с древом по мРНК; древо по белкам не сходится с древом по биохимическим путям.
Так, в статье National Geographic, заявляется: "мы будто в параллельной вселенной, где коровы ближе к змеям, чем к слонам, а геконы ближе к лошадям, чем к остальным ящерицам" (2). В другом исследовании, опубликованном в журнале Nature в 2012 выстроили два абсолютно разных эволюционных древа плацентарных млекопитающих по ДНК и мРНК (3). Вопрос филогенетических несоответствий стоит настолько остро, что некоторые ведущие биологи-эволюционисты, как Doolitle заявили, что больше не верят в единное древо эволюции, а доказательства указывают на множественность таких древ (4), другие, как Koonin стали выстраивать модели эволюционного куста, а не древа (5).
Эта проблема не прошла стороной и эволюционное древо родства приматов. Так, в журнале Nature были опубликованы два конфликтующих древа: по молекулярным данным и морфологическим качествам, где четверка: орангутан, горилла, шиманзе и человек, занимают разные позиции родства к общему предку (6). Таким образом, филогенетические данные не формируют согласованное древовидное родство организмов.

Продолжение в части 7.

(1) https://pdfs.semanticscholar.org/56c1/69405bcaaa0d1650b8f66a623bda10d49c14.pdf
(2) http://phenomena.nationalgeographic.com/2013/01/01/how-a-quarter-of-the-cow-genome-came-from-snakes/
(3) https://www.nature.com/news/phylogeny-rewriting-evolution-1.10885?cookies=accepted
(4) http://people.ibest.uidaho.edu/~bree/courses/2_Doolittle_2000.pdf
(5) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3158114/
(6) https://www.nature.com/articles/35018729