Сегодня все пишут про эукариотический организм без митохондрий.
Авторы отсеквенировали (размер генома ~75 Mbs) неизученного представителя группы Metamonada — Monocercomonoides sp., — но ничего похожего на то, что должно быть в митохондриальном геноме, найти не смоги. Не обнаружили следов митохондрий в ядерном геноме. Не нашли ни транспортных систем митохондрий (TIM/TOM), ни систем биогенеза железосерных кластеров.
Генерация АТФ у Monocercomonoides происходит примерно так же, как у анаэробов с редуцированными митохондриями. А железосерные кластеры Monocercomonoides делает по пути SUF (sulfur mobilisation system). К слову, система SUF ранее была найдена и в пластидах, и в археях, и в эукариотах (Pygsuia biforma и Blastocystis sp.).
http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822%2816%2930263-9
Авторы отсеквенировали (размер генома ~75 Mbs) неизученного представителя группы Metamonada — Monocercomonoides sp., — но ничего похожего на то, что должно быть в митохондриальном геноме, найти не смоги. Не обнаружили следов митохондрий в ядерном геноме. Не нашли ни транспортных систем митохондрий (TIM/TOM), ни систем биогенеза железосерных кластеров.
Генерация АТФ у Monocercomonoides происходит примерно так же, как у анаэробов с редуцированными митохондриями. А железосерные кластеры Monocercomonoides делает по пути SUF (sulfur mobilisation system). К слову, система SUF ранее была найдена и в пластидах, и в археях, и в эукариотах (Pygsuia biforma и Blastocystis sp.).
http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822%2816%2930263-9
Удивительно здорово: много материалов про рак на главной странице The New York Times. Вот несколько:
- Классификация раковых заболеваний с небольшой справкой по каждому из них: http://www.nytimes.com/interactive/2016/05/11/magazine/100000004400763.mobile.html
- История про мальчика с редким типом лейкемии: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/childhood-cancer-treatment.html
- Про лечение рака в наши дни: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/oncologist-improvisation.html
- Про лечение рака, основанное на воздействии на метаболизм: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/warburg-effect-an-old-idea-revived-starve-cancer-to-death.html
- Про обнадёживающие случаи улучшения состояния некоторых раковых больных: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/exceptional-responders-cancer-the-lazarus-effect.html
- Классификация раковых заболеваний с небольшой справкой по каждому из них: http://www.nytimes.com/interactive/2016/05/11/magazine/100000004400763.mobile.html
- История про мальчика с редким типом лейкемии: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/childhood-cancer-treatment.html
- Про лечение рака в наши дни: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/oncologist-improvisation.html
- Про лечение рака, основанное на воздействии на метаболизм: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/warburg-effect-an-old-idea-revived-starve-cancer-to-death.html
- Про обнадёживающие случаи улучшения состояния некоторых раковых больных: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/exceptional-responders-cancer-the-lazarus-effect.html
Nytimes
The Cancer Almanac
For decades, science has classified cancers by the organ or system in which they begin. That taxonomy is slowly being replaced — but it’s still the indispensable way to understand the odds.
Репликация и транскрипция в зазеркалье.
Новость в Nature News: http://www.nature.com/news/mirror-image-enzyme-copies-looking-glass-dna-1.19918?WT.mc_id=TWT_NatureNews#/b1
Статья в Nature Chemistry: http://www.nature.com/nchem/journal/vaop/ncurrent/full/nchem.2517.html
Новость в Nature News: http://www.nature.com/news/mirror-image-enzyme-copies-looking-glass-dna-1.19918?WT.mc_id=TWT_NatureNews#/b1
Статья в Nature Chemistry: http://www.nature.com/nchem/journal/vaop/ncurrent/full/nchem.2517.html
Противораковая терапия, разрабатываемая в Noxxon Pharma AG (Берлин), использует в том числе L-RNA.
http://www.noxxon.com/index.php?option=com_content&view=article&id=13&Itemid=466
http://www.fiercebiotech.com/biotech/noxxon-pharma-announces-intention-to-launch-an-initial-public-offering-on-euronext
http://www.noxxon.com/index.php?option=com_content&view=article&id=13&Itemid=466
http://www.fiercebiotech.com/biotech/noxxon-pharma-announces-intention-to-launch-an-initial-public-offering-on-euronext
Nature. Быстрый синтез макролидов (антибиотиков).
http://www.nature.com/nature/journal/v533/n7603/full/nature17967.html
http://www.theverge.com/2016/5/18/11686268/new-antibiotic-drug-candidates-resistance-harvard-macrolide
http://www.nature.com/nature/journal/v533/n7603/full/nature17967.html
http://www.theverge.com/2016/5/18/11686268/new-antibiotic-drug-candidates-resistance-harvard-macrolide
А вот с Mitochondrial replacement therapy всё может быть не так просто. Её более года назад одобрили в UK [1]. Теперь в Cell опубликовали исследования [2, 3], согласно которым при развитии организма тот малый процент (<2%) проблемных митохондрий, которые всё-таки захватываются вместе с материнским ядром, может «завоевать» всю популяцию митохондрий. То, что митохондрии с более короткой mtDNA начинают превалировать в клетке, известно довольно давно. Теперь есть основания беспокоиться об этом в приложении к заместительной терапии. Хотя эти работы [2, 3] вряд ли показательны: нужно выяснить, как будет обстоять дело в исследованиях на эмбрионах.
Популярно об этом написано в Nature News [4].
1: http://www.nature.com/news/scientists-cheer-vote-to-allow-three-person-embryos-1.16843
2: http://www.cell.com/cell-reports/abstract/S2211-1247(14)00395-7
3: http://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(16)30044-3
4: http://www.nature.com/news/three-person-embryos-may-fail-to-vanquish-mutant-mitochondria-1.19948
Популярно об этом написано в Nature News [4].
1: http://www.nature.com/news/scientists-cheer-vote-to-allow-three-person-embryos-1.16843
2: http://www.cell.com/cell-reports/abstract/S2211-1247(14)00395-7
3: http://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(16)30044-3
4: http://www.nature.com/news/three-person-embryos-may-fail-to-vanquish-mutant-mitochondria-1.19948
Сегодня пятница. И подборка всяких статей и новостей не по теме.
1. В Science рассказывают про то, как с помощью магнитного пинцета можно изучать веретено деления, которое специально выравнивается по центру клетки во время деления. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1124
2. Про ГМ горчицу в Индии. Есть надежда, что её разрешат, но окончательного решения ещё не вынесено. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1043
3. К раку бывает предрасположенность, и вот краткая заметка про историю этого вопроса и синдром Ли-Фраумени (обусловленый поломкой в гене TP53, кодирующем p53) в Science. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1052
4. С каждым днём жить становится всё интереснее: кот Шрёдингера может жить одновременно в двух коробках. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1087
5. CRIPR-систему можно использовали для того, чтобы маркировать клетки эмбрионов и следить за процессами развития. Авторы называют это GESTALT — genome editing of synthetic target arrays for lineage tracing.
Заметка: http://www.sciencemag.org/news/2016/05/genome-editor-crispr-helps-trace-growth-embryos-and-maybe-cancer-next
Статья: http://science.sciencemag.org/content/early/2016/05/25/science.aaf7907
6. Про рак и образ жизни. Сразу несколько статей:
- http://oncology.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2522371
- http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2521822
- http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2521826
И новостная заметка по теме: http://yodnews.ru/2016/05/27/profilaktika
7. Опять про рак и мобильные телефоны. Черновик на biorXiv’е (http://biorxiv.org/content/early/2016/05/26/055699, http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/05/26/055699.full.pdf) и дискуссия на Hacker News (https://news.ycombinator.com/item?id=11784160).
8. Проблемы с антибиотиками становятся всё острее. Обнаружили E. coli с плазмидой, несущей ген устойчивости к колистину, в США:
- статья http://aac.asm.org/content/early/2016/05/25/AAC.01103-16.abstract
- заметка https://www.washingtonpost.com/news/to-your-health/wp/2016/05/26/the-superbug-that-doctors-have-been-dreading-just-reached-the-u-s/
- заметка (из которой понятно, что даже в статьях крупных издательств по этой теме много ошибок) http://arstechnica.com/science/2016/05/everybody-be-cool-a-nightmare-superbug-has-not-heralded-the-apocalypse-yet/
- обсуждение https://news.ycombinator.com/item?id=11780457
1. В Science рассказывают про то, как с помощью магнитного пинцета можно изучать веретено деления, которое специально выравнивается по центру клетки во время деления. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1124
2. Про ГМ горчицу в Индии. Есть надежда, что её разрешат, но окончательного решения ещё не вынесено. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1043
3. К раку бывает предрасположенность, и вот краткая заметка про историю этого вопроса и синдром Ли-Фраумени (обусловленый поломкой в гене TP53, кодирующем p53) в Science. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1052
4. С каждым днём жить становится всё интереснее: кот Шрёдингера может жить одновременно в двух коробках. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1087
5. CRIPR-систему можно использовали для того, чтобы маркировать клетки эмбрионов и следить за процессами развития. Авторы называют это GESTALT — genome editing of synthetic target arrays for lineage tracing.
Заметка: http://www.sciencemag.org/news/2016/05/genome-editor-crispr-helps-trace-growth-embryos-and-maybe-cancer-next
Статья: http://science.sciencemag.org/content/early/2016/05/25/science.aaf7907
6. Про рак и образ жизни. Сразу несколько статей:
- http://oncology.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2522371
- http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2521822
- http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2521826
И новостная заметка по теме: http://yodnews.ru/2016/05/27/profilaktika
7. Опять про рак и мобильные телефоны. Черновик на biorXiv’е (http://biorxiv.org/content/early/2016/05/26/055699, http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/05/26/055699.full.pdf) и дискуссия на Hacker News (https://news.ycombinator.com/item?id=11784160).
8. Проблемы с антибиотиками становятся всё острее. Обнаружили E. coli с плазмидой, несущей ген устойчивости к колистину, в США:
- статья http://aac.asm.org/content/early/2016/05/25/AAC.01103-16.abstract
- заметка https://www.washingtonpost.com/news/to-your-health/wp/2016/05/26/the-superbug-that-doctors-have-been-dreading-just-reached-the-u-s/
- заметка (из которой понятно, что даже в статьях крупных издательств по этой теме много ошибок) http://arstechnica.com/science/2016/05/everybody-be-cool-a-nightmare-superbug-has-not-heralded-the-apocalypse-yet/
- обсуждение https://news.ycombinator.com/item?id=11780457
Science
A force-generating machinery maintains the spindle at the cell center during mitosis
As a cell divides, the mitotic spindle segregates chromosomes to daughter cells. It does so while maintaining a centralized position; however, the mechanism for spindle placement is unclear. Garzon-Coral et al. used magnetic tweezers to show that the dynamical…
А как насчёт кожи, создаваемой в лаборатории, (http://www.modernmeadow.com/our-technology/, http://www.fastcoexist.com/3061337/world-changing-ideas/real-leather-grown-in-a-lab-is-moving-closer-to-you-closet, https://science.dirty.ru/innovatsii-v-kozhevennom-proizvodstve-1127445/) и робота с крысиными кардиомиоцитами (http://science.sciencemag.org/content/353/6295/158)? XXI век всё-таки.
Modern Meadow
Our Technology - Modern Meadow
Biofabrication is Modern Meadow’s way of building with biology—a means for making materials inspired by nature and grown of life’s essential elements.
Работа из лаборатории Джорджа Чёрча интересна с точки зрения потециальных возможностей синтетической биологии.
А когда генетический код сделают неизбыточным, можно будет создавать штаммы, использующие нестандартные аминокислоты, закодированные у них в геноме.
http://science.sciencemag.org/content/353/6301/819
А когда генетический код сделают неизбыточным, можно будет создавать штаммы, использующие нестандартные аминокислоты, закодированные у них в геноме.
http://science.sciencemag.org/content/353/6301/819
Science
Design, synthesis, and testing toward a 57-codon genome
By recoding bacterial genomes, it is possible to create organisms that can potentially synthesize products not commonly found in nature. By systematic replacement of seven codons with synonymous alternatives for all protein-coding genes, Ostrov et al. recoded…
Немного небольших новостей:
- Эффект некоторых ингибиторов HDAC (деацетилаз гистонов) напоминает эффект от физических упражнений.
В Quartz: http://qz.com/783958/scientists-have-created-a-drug-that-replicates-the-health-benefits-of-exercise/
В Cell Reports (PDF): http://www.cell.com/cell-reports/pdf/S2211-1247(16)31051-8.pdf
- То, насколько оптимально подобраны кодоны в геноме (codon usage bias и вот это всё), определяет селективную трансляцию мРНК при недостатке аминокислот.
В RNA: http://rnajournal.cshlp.org/content/early/2016/09/09/rna.058180.116.short
- Обзор по динамике развития клеток зародышевой линии (germline) <человека и мыши> и эпигенетическим изменениям в них.
В Nature: http://www.nature.com/nrg/journal/v17/n10/full/nrg.2016.88.html
- Эффект некоторых ингибиторов HDAC (деацетилаз гистонов) напоминает эффект от физических упражнений.
В Quartz: http://qz.com/783958/scientists-have-created-a-drug-that-replicates-the-health-benefits-of-exercise/
В Cell Reports (PDF): http://www.cell.com/cell-reports/pdf/S2211-1247(16)31051-8.pdf
- То, насколько оптимально подобраны кодоны в геноме (codon usage bias и вот это всё), определяет селективную трансляцию мРНК при недостатке аминокислот.
В RNA: http://rnajournal.cshlp.org/content/early/2016/09/09/rna.058180.116.short
- Обзор по динамике развития клеток зародышевой линии (germline) <человека и мыши> и эпигенетическим изменениям в них.
В Nature: http://www.nature.com/nrg/journal/v17/n10/full/nrg.2016.88.html
Quartz
Scientists have created a drug that replicates the health benefits of exercise
Researchers have made the breakthrough of couch potatoes’ dreams.
- Статья про тихоходок Ramazzottius varieornatus в Nature Communications: http://www.nature.com/articles/ncomms12808 (http://www.nature.com/articles/ncomms12808.pdf). На The Verge в честь этого опубликовали соответствующий материал: http://www.theverge.com/2016/9/20/12990274/tardigrade-extreme-water-bears-genome-sequence.
- Очередная статья про FoldIt. И тоже в Nature Communications: http://www.nature.com/articles/ncomms12549 (http://www.nature.com/articles/ncomms12549.pdf). Заметку об этом написали в Engadget: https://www.engadget.com/2016/09/19/gamers-beat-scientists-to-protein-discovery/.
- Очередная статья про FoldIt. И тоже в Nature Communications: http://www.nature.com/articles/ncomms12549 (http://www.nature.com/articles/ncomms12549.pdf). Заметку об этом написали в Engadget: https://www.engadget.com/2016/09/19/gamers-beat-scientists-to-protein-discovery/.
Nature
Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein
Nature Communications - Tardigrades are resistant to extreme environmental conditions including dehydration, radiation and the vacuum of space. Here the authors present a high-quality genome which...
Side note: о канцерогенности EtBr (спойлер: всё ок).
http://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide
http://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide
Science
The Myth of Ethidium Bromide
Ethidium bromide is found in pretty much every molecular biology lab around. Ask most biologists about handling it, and you're get a fearful expression and advice to use gloves, etc. That's because the compound is used to make DNA fluoresce when running gels…
Посмотрим, про что пишут в последнее время.
Заметки:
- Совет по биоэтике в Лондоне в своём 130-страничном отчёте заявил, что применение технологий редактирования генома на человеческих эмприонах и на домашнем скоте требует дальнейшего рассмотрения (http://www.nature.com/news/uk-bioethicists-eye-designer-babies-and-crispr-cows-1.20713).
- Ёсинори Осуми, который в 2012 году получил $626,000 в юанях за свои работы по аутофагии, на этот раз получил $940,000 в кронах (http://www.nature.com/news/medicine-nobel-for-research-on-how-cells-eat-themselves-1.20721).
- О том, как GitHub связан с развитием науки, (http://www.nature.com/news/democratic-databases-science-on-github-1.20719) с примерами по-настоящему открытых данных (https://github.com/cmrivers/ebola).
- Презентация программы по покорению Марса вызвала много дискуссий. В публикации The Verge, например, есть интересная мысль: есть много биологических проблем, которые предстоить решить человечеству на пути к multi-planet species (http://www.theverge.com/2016/9/28/13086980/spacex-elon-musk-mars-plan-problems-breathing-radiation-death).
Заметки:
- Совет по биоэтике в Лондоне в своём 130-страничном отчёте заявил, что применение технологий редактирования генома на человеческих эмприонах и на домашнем скоте требует дальнейшего рассмотрения (http://www.nature.com/news/uk-bioethicists-eye-designer-babies-and-crispr-cows-1.20713).
- Ёсинори Осуми, который в 2012 году получил $626,000 в юанях за свои работы по аутофагии, на этот раз получил $940,000 в кронах (http://www.nature.com/news/medicine-nobel-for-research-on-how-cells-eat-themselves-1.20721).
- О том, как GitHub связан с развитием науки, (http://www.nature.com/news/democratic-databases-science-on-github-1.20719) с примерами по-настоящему открытых данных (https://github.com/cmrivers/ebola).
- Презентация программы по покорению Марса вызвала много дискуссий. В публикации The Verge, например, есть интересная мысль: есть много биологических проблем, которые предстоить решить человечеству на пути к multi-planet species (http://www.theverge.com/2016/9/28/13086980/spacex-elon-musk-mars-plan-problems-breathing-radiation-death).
Nature News & Comment
UK bioethicists eye designer babies and CRISPR cows
Panel will focus on the implications of gene editing in human reproduction and livestock.
В последнее время кругом много нейрофизиологии. Вот в последнем Nature про сон (http://www.nature.com/nature/journal/v538/n7623/full/nature19773.html), пластичность сенсорных путей (http://www.nature.com/nature/journal/v538/n7623/full/nature19770.html), BDNF (http://www.nature.com/nature/journal/v538/n7623/full/nature19766.html) и ещё раз про BDNF (http://www.nature.com/nature/journal/v538/n7623/full/nature19784.html).