Немного neuroscience.

- Dynamic regulation of RNA editing in human brain development and disease http://www.nature.com/neuro/journal/v19/n8/full/nn.4337.html
- High-Throughput Mapping of Single-Neuron Projections by Sequencing of Barcoded RNA http://www.cell.com/neuron/abstract/S0896-6273(16)30421-4?_returnURL=http%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0896627316304214%3Fshowall%3Dtrue (обзор в MIT Technology Review https://www.technologyreview.com/s/602203/new-brain-mapping-technique-captures-every-connection-between-neurons/?set=602199&utm_campaign=socialflow&utm_source=twitter&utm_medium=post)
- A brain–spine interface alleviating gait deficits after spinal cord injury in primates http://www.nature.com/nature/journal/v539/n7628/abs/nature20118.html
- The sacral autonomic outflow is sympathetic http://science.sciencemag.org/content/354/6314/893 (обзор от N+1 https://nplus1.ru/material/2016/11/18/it-was-wrong)
- Targeted Intron Retention and Excision for Rapid Gene Regulation in Response to Neuronal Activity (http://www.cell.com/neuron/pdfExtended/S0896-6273(16)30900-X)

#neuroscience

Громкий заголовок в Quartz к заметке о том, что нового открыли в механизмах консолидации памяти.

https://qz.com/960066/for-half-a-century-neuroscientists-thought-they-knew-how-memory-worked-they-were-wrong/

http://science.sciencemag.org/content/356/6333/73

#neuroscience

И ещё нейробиологических статей.

- Mapping of a non-spatial dimension by the hippocampal–entorhinal circuit (http://www.nature.com/nature/journal/v543/n7647/full/nature21692.html, обсуждение на Reddit https://www.reddit.com/r/science/comments/65tnrh/gps_of_the_brain_does_a_lot_more_than_navigation/)
- Network Science and the Effects of Music Preference on Functional Brain Connectivity: From Beethoven to Eminem (https://www.nature.com/articles/srep06130, обсуждение на Reddit https://www.reddit.com/r/science/comments/65olyj/a_brain_circuit_known_to_be_involved_in/)

#neuroscience

Разное:
- Апрельская заметка про голого землекопа на The Verge
- Про спортивный костюм со встроенными Bacillus subtilis от MIT: reddit, MIT News, Science Advances


#transcriptomics, #chromatin:
- Про аллель-специфичную экспрессию
- Внушительного объёма работа про белок-белковые взаимодействия
- Обзор про динамику нуклеосом
- Про биологическую вариацию в данных RNA-seq
- Тканеспецифичные изоформы транскриптов отличаются в первую очередь TS-сайтами и poly(A)-сайтами
- Статья 2016 года про кластеры RNA Pol II и уровень экспрессии соответствующих мРНК


#neuroscience:
- Обзор про роль эпигенетики в нейродегенеративных заболеваниях
- Про роль глубокого сна
- Глиальные клетки кормят лактатом аксоны (кратко)


#singlecell:
- Магия: метилтрансферазой можно пометить открытый хроматин, а затем провести бисульфитное секвенирование и РНК-секвенирование
- Восстановление данных экспрессии генов в отдельных клетках при РНК-секвенировании

Анализ транскриптомов различных участков неокортекса людей, макак и шимпанзе в Nature Neuroscience. И именно у человека наблюдаются наибольшие изменения в экспрессии генов между слоями.

#neuroscience #transcriptomics

А давайте посмотрим на некоторые работы в августовском Nature Neuroscience.



Вот CHD8 (chromodomain helicase DNA binding protein 8) — белок, участвующий в ремоделировании хроматина. И мутации в гене CHD8 связывают с целым рядом нейродегенеративных заболеваний, в т. ч. с расстройствами аутического спектра. Авторы решили изучить на мышах фенотипы, ассоциированные с гаплонедостаточностью Chd8 (когда только одна копия гена функциональна), для чего сделали мышей с делецией длиной в 5 пар оснований в одной из копий гена Chd8 (Chd8 +/del5). В эксприментах такие мыши больше тупили и хуже обучались. В транскриптоме нашлось много изменений, например такое: одна из групп генов, которые меньше экспрессируются в Chd8 +/del5 мышах, связана с организацией хроматина, процессингом РНК и регуляцией клеточного цикла.



Или вот про то, как один SNP (rs1057233) снижает экспрессию гена SPI1 в моноцитах и макрофагах. SPI1 кодирует транскрипционный фактор PU.1. И всё это откладывает наступление болезни Альцгеймера. А SNP этот находится, кстати, в 3'-UTR'е гена.


#neuroscience