Поскольку все три гена HLA расположены на одной и той же хромосоме, и очень близко друг к другу, вероятность кроссинговера между ними очень мала — это означает, что почти всегда родитель совпадает с ребенком ровно по половине аллелей, а по другой почти всегда не совпадает (разве что если кто-то из них не гомозигота). Такая трансплантация называется гаплоидентичной, и "считается", что обладает большими рисками РТПХ, хотя есть и исследования, где статистической значимости не было.

Как происходит забор ГСК с точки зрения донора? Тут есть два варианта. Более старый — хирургический забор костного мозга. Игла в кость (обычно бедренную) под наркозом, на выходе — жижа (аспират), где помимо ГСК есть и многие другие популяции. Более новый, и, на мой взгляд, куда более изящный метод, заключается в том, чтобы "спровоцировать" ГСК выйти из костного мозга в кровоток, и достать их уже из крови, то есть без операции. За несколько дней до забора донору дают препараты, содержащие G-CSF (гранулоцит-колониестимулирующий фактор) — цитокин, который, в числе прочего заставляет ГСК выходить из костного мозга (еще дифференцироваться, но об этом в клинике, насколько я знаю, чаще не вспоминают). После забора из продукта обычно удаляют донорские лимфоциты (но есть и всякие варианты направить их на уничтожение опухоли), и иногда обогащают ГСК. Ну а потом вводят реципиенту. То есть, при втором подходе сам костный мозг донора напрямую не затрагивается — только некоторая часть стволовых клеток, вышедших в кровь. Собственно, это одна из причин, почему я редко использую выражение "трансплантация костного мозга" (ТКМ) в общем случае, предпочитая более нейтральное "трансплантация гемопоэтических стволовых клеток" (ТГКС). Сейчас этот подход, насколько мне известно, применяется намного чаще.

Безопасен ли G-CSF для донора?
В общем случае — да, хотя побочные эффекты у него существуют. Но все же использование про-пролиферативного цитокина, который, к тому же, делает из ГСК много нейтрофилов, может иметь различные нюансы. Очень-очень теоретически, если у самого донора есть какие-то проблемы с гемопоэзом, это может подлить бензина в огонь. Но лично я про такие случаи не слышал, и, возможно, их и вовсе не было — доноры получают G-CSF разово, а для развития большинства известных миелопролиферативных побочных эффектов (напр, Sweet Syndrome), судя по всему, требуется продолжительный прием.

Безопасно ли для донора отдавать свои ГСК? Есть ли вообще риски для донора?
ГСК — одни из наиболее быстро делящихся клеток, они восстанавливаются очень хорошо, особенно подстегнутые G-CSF.
В агитках моего прошлого места работы обычно пишут, что рисков для донора никаких нет, и это недалеко от правды, но... Риски минимальны, редки, но существуют. Как правило, они связаны с тем, что у донора есть какие-то нехорошие предрасположенности или процессы, о которых ни он, ни врачи не подозревают — и ГСК поддает бензин. Были случаи, когда у донора вообще оказывался ранее не выявленный свой собственный рак, и пациент вместо одного получал два, зато донор получал своевременное лечение. За десятки лет и сотни тысяч трансплантаций было зарегистрировано 5 случаев смерти доноров в ближайшие дни после трансплантации. Из них один связан с врачебной ошибкой, один — с приемом лекарств и сопутствующими заболеваниями, третий — с ранее не выявленным наследственным заболеванием свертывания крови. В оставшихся двух цепочка событий не понятна.
Но если этот абзац посеял в вас тень сомнения насчет того, хотите ли вы стать потенциальным донором, то это только потому, что не была упомянута одна важная деталь — все эти доноры были родственниками пациентов, часть — в преклонном возрасте. То есть, возможно, эти люди были последней надеждой пациента, ввиду отсутствия молодых и здоровых неродственных совместимых доноров. Либо, как это часто бывает, трансплантация от родственников была выбрана из "логистических" соображений — допустим, если потенциальный неродственный донор далеко, и клетки от него доставят нескоро, а родственник близко, и уже согласен. И чем больше будет молодых и здоровых доноров — тем меньше риски. Так что если вы вдруг молоды и здоровы, стоит типироватьcя для реестра (это, если что, две 15-мл пробирки крови, ни о чем буквально), и затем, чтобы дать какому-нибудь человеку шанс на спасение, и затем, чтобы его старым и больным родственникам не пришлось рисковать.

омг, уже несколько экранов текста получилось, а это и близко не все, что я по теме могу сказать. К слову, в реестре доноров с 2021, и пока никому не подошел. Но у меня и аллели HLA, так скажем, экзотические для наших краев.

Нахожусь в той точке внутреннего кризиса, где думаю, что знания, получаемые в высшем образовании и "сила диплома" это, так скажем, совсем разные измерения.
Самый рациональным выбором образования мне сейчас кажется выбор не по получаемым знаниям, и даже не по нетворку, а по гейткипу диплома -- если конкретная корочка открывает доступ к хоть какой-нибудь сфере деятельности, которой вообще нельзя заниматься без нее, то это полезная корочка. В этой оптике любое научное образование бесполезно -- от айти до биологии, корочка не создает уникального загейткипленного рынка труда. Медицинское и, вроде как, юридическое образование -- практически полная противоположность научному, там о деятельности без соответствующей бумажки не может быть и речи.

Смешно вспоминать, когда-то мне казалось, что всякие наукоемкие области с низким порогом входа это норм, ведь так мало поначалу нужно, чтобы начать работать в лабе и приобретать полезные скиллы. Как же я был глуп, слов не подобрать.

у скамоботоферм сейчас фискальный год заканчивается, и отчетность горит, или что? За эти сутки, по ощущению, наплыв ботов больше, чем за прошлые пару месяцев.

Сегодня я узнал о существовании калифорнийского (а какого же ещё?) стартапа, который делает CAR-T... для собак

upd: не калифорнийского

С задних рядов предлагают:

Индекс анти-хирша, в котором для каждой статьи учитываются только цитирования со стороны всякого рода клованов типа Брайана Джонсона и пульверизаторов.

Один популярный индологический тг-канал как-то высказал мысль, что прилагательное от слова "веды" -- это шибболет. Если употребляется слово "ведийский" -- то это серьезный, научный контент, а если ведический... ну, понятно.

Я подумал, что в генетике таким шибболетом могло бы быть слово "заложено". На моей памяти в профессиональном общении никогда или почти никогда не применяли оборот "заложено генетически", только "детерминированно", "опосредованно", временами "обусловленно" и так далее. Слово "заложено" возникало только в контексте эмбриологии, не генетики.

Но буквально почти каждый раз, когда вижу употребление оборота "заложено генетически", он употребляется совершенно небрежно, и в отношении того, что генетически ой как не факт, что опосредованно.

Недавно коллега В.К. поделилась собственно придуманным рассказом про апоптоз и некоторые другие виды клеточной смерти на примере белочки. Мне очень понравилось эта идея, я принялся ее развивать, и, с разрешения, спешу поделиться с вами тем, что получилось.

Читайте с ОСТОРОЖНОСТЬЮ, на свой страх и риск, потому что в некоторых типах клеточной смерти полный Расчленинград.

Некроз:
Представьте, что белочку сбила машина. Кровь, кишки во все стороны, она лежит и разлагается, все лесные жители приходят, чтобы посмотреть, обсуждают эту белочку.

Апоптоз:
Белочка сама решила уйти из жизни. Она прибралась в дупле, побрилась [снятие антигенов “не ешь меня”], вылезла наружу, намазала себя соусом [лизофосфатидилхолин], повесила табличку “съешь меня” [фосфатидилсерин], и нарезала себя на куски. На запах соуса прибежал волк [макрофаг], и съел останки белочки, никто другой о кончине белочки не узнал. 

Некроптоз:
Белочка хотела умереть сама [апоптоз через каспазу-8 с рипоптосомы], но во время бритья у нее сломалась бритва. Она психанула и выпила ментос с колой, после чего взорвалась [встраивание MLKL в мембрану].

Пироптоз:
В дупле белочки завелись жуки-древоточцы. Чтобы избавиться от них, белочка накопила метан в кишках [протеолитическая активация интерлейкина-1], а потом выпила ментос с колой, и взорвалась [гасдермин]. При взрыве метан воспламенился и сжёг весь лес, вместе с белочкиным дуплом и жуками.

Ферроптоз:
Белочка намеревалась уйти из жизни цивилизованно, но пока убиралась в дупле, объелась ржавых гвоздей [цитоплазматическое свободное железо], от чего у нее выпала шерсть, и потом ее разорвало с страшной силой, покосив пол-леса [разрушение мембраны из-за перекисного окисления]. 

Купроптоз: 
Белочка украла и съела медный кабель, от чего у нее слиплась жопа [образование белковых агрегатов]. В итоге ее снова разорвало на пол-леса.

Энтоз:
Белочку съел заяц.


Аутофагическая клеточная смерть:
Белочка наводила порядок в дупле, но слишком увлеклась и съела свои конечности. Останки белочки доел волк.

NETоз:
Дятел [бактериальный патоген] досаждал белочке, долбя ее дерево.  Белочка сделала харакири [выброс ядра], полила свои кишки хлоркой [накопление свободных радикалов] и задушила ими дятла.


Партанатос:
У белочки защемило хвост в дупле. От стресса она начала грызть орешки [активация поли-АДФ-рибозил-полимеразы, PARP], разбрасываясь скорлупой по всему дуплу. Одна скорлупка задела ветку [митохондрии[, которая отлетела белочке в голову и проломила череп [выход митохондриального белка AIF в ядро и разрушение ДНК].

После фазы роста настал момент напомнить, что это канал не только про биологию, но и про американскую политику.


New piece of lore just dropped.

Но на Самом Деле Эпштейн был в последний момент спасен от Хиллари Платиновым Планом™ Трампа, ему сделали новую личность, после чего он начал постить части Плана на /pol/, где стал известен под именем Q.

Щас такая крутая биологическая шутка сформировалась в голове, но она еще немножко про нацистов, так что я даже не знаю...

Вот кстати Пензар тут подметил, что longevity движуха — это такая универсальная яма для падения тех, кто когда-то претендовал на нормальную академическую карьеру, но свернул на кривую дорожку.
Давно примерно такие же мысли думал. Самое неприятное здесь — что попадание в эту яму не только про изначально не-совсем-академических проектах типа Панчина или Бластим, но и про тех, кто внешне соответствует всем атрибутам академической успешности.

Тот же Синклер, прежде чем стать тем, кем он стал, вполне релевантным ученым был, вот до сих пор за этим кредитом доверия к академическим регалиям не все могут понять, что он такой же, как и все остальные скамеры в этой области.
Да и уж, прямо скажем, то, чем на склоне лет Скулачев занимался — тоже буквально в одном шаге от типичного антиэйдж-скама.

Почему именно старение пользуется такой популярностью для превращения в скам?
Сначала я думал, что дело в том, что там легче всего давать обещания, и труднее всего проверить их подлинность.
В классических биомедицинских областях скама тоже хватает, но каждая попытка продать антираковую молекулу упрется в клиническое испытание. Конечно, дизайн взломать тоже можно попытаться, но это будет, как правило, уж очень видно. В нейродегенеративных заболеваниях дела обстоят похуже, но все равно рано или поздно никакой пиар антиамилоидных антител не поможет скрыть их неэффективность.

Но с другой стороны, ни Синклер, ни кто угодно еще не ставили своей целью как-то обмануть стадию испытания — срубил себе гешефт с ресвератрола, продав компанию GlaxoSmithKline на стадии мышиных испытаний, и идешь придумывать новые способы прогрева, а на все обвинения отвечаешь, что "это не молекула не работает, это вы работать не умеете". В целом, за жизнь можно успеть довольно много циклов провернуть, благо высокие академические регалии обеспечивают большой кредит доверия, а фарма, как известно, не мамонт.

Я поразмыслил, и решил, что дело в другом. Лонжевити движ привлекает не только ученых, вступивших на кривую дорожку — он привлекает и специфичную целевую аудиторию, которая готова прощать своим кумирам все, ради красивых обещаний. Если аудитория любой другой отрасли биомедицины — это очень гетерогенная группа из врачей, пациентов и их семей, и массовое помешательство в ней возможно только в случае какого-то невероятного маркетингового внушения, то "антиэйдж" имеет большой отбор на вход — в результате, мы получаем комьюнити, которое заранее себя настроило на появление скорого положительного результата, и бывших ученых, которые ради легких денег готовы им рассказать то, что они хотят слышать (но не просто слышать — а слышать от людей с гарвардскими или хотя бы МГУшными титулами).

В итоге вся область становится настолько токсичной, что приближаться к ней — себе дороже. Как мне кажется, если кто-то честный в 2025 году захочет исследовать старение млекопитающих, и при этом не упасть в яму — ему нужно будет начинать практически с чистого листа, и к имеющемуся комьюнити не приближаться на пушечный выстрел.

Расслабились? не расслабляйтесь, саморефлексия в канале продолжается

По понятным причинам взрывного роста общения с коллегами по цеху в этом июле, я в очередной раз рефлексировал свое отношение к школьно-олимпиадным движухам. Нет, если вы ожидали после этих слов пост про то, как все это меня травмировало — это не он. Нынешняя мысль моя такова — сколь сильно я себе благодарен за то, что я школьником попал в этот движ, столь же сильно благодарен и за то, что будучи студентом не застрял там надолго во всяких типа-преподавательских ролях.
Я уже писал и про то, что меня пугает, как много сверстников и ребят на 2-3 параллели младше идут готовить школьников, так и про то, что при текущем положении вещей это оправданно как самая прибыльная опция работы по специальности. Но сейчас я задумался о том, как это все может влиять на кругозор (влияние на личность оставим за скобкой).
Когда ты школьник, любое "олимпиадное" изучение предмета — это способ выйти далеко за рамки имеющейся программы, посмотреть на мир намного шире, и, что самое важное, начать мыслить совсем другими категориями. Когда ты студент, идущий преподавать... сначала, наверное, может казаться, что ты держишь себя в интеллектуально хорошей форме — вот десять раз бы мог забыть фотосинтез за ненадобностью, но не можешь, потому что периодически рассказываешь о нем. Но, как показывает опыт, из накидывания интересной теории это очень быстро превращается в формат "разбор заданий", когда ты не получаешь какие-то новые знания, и, наоборот, замыкаешься в формате. Ты можешь идеально знать всю теорию, необходимую для хорошего заполнения бланка ответов, но это становится ловушкой — и выйти сильно за пределы этой теории становится трудно. То, что в школе было способом смотреть на мир шире, в взрослом возрасте становится способом избегать дальнейшего расширения понимания происходящего.

Да, многие совмещают преподавание с работой в науке, и можно себя успокаивать тем, что это углубляет кругозор в специфичной области. Но, как правило, в какой-то момент приходится выбирать — занятия серьезной наукой и серьезным преподаванием очень ресурсозатратные, и я знаю буквально единицы людей, кто совмещает относительно успешно для обеих областей. А многие просто делают рациональный выбор — в пользу того, что приносит больший доход. И, как вы можете догадаться, это почти всегда не академическая работа. А застрять в индустрии всеросов-сириусов-etc очень легко, материальных бенефитов она предлагает достаточно.
В общем, не берусь утверждать за всех, но есть ощущение, что вовремя ливнуть в среднем лучше, чем не сделать этого. Как компромиссный вариант — можно рассказывать про то, что вам прикольно, без оглядки на то, насколько это поможет решать формат. В противном случае, развивая других, можно сильно деградировать самому.
Кстати, это все не только про олимпиадную движуху. На тех, кто потерял свою мечту о большой научной карьере, застряв в подготовке к ЕГЭ, например, это тоже распространяется. Просто это мне, по понятным причинам, не грозило, а вот предыдущий вариант...

я не знаю почему, но мне как-то неловко за то, что я это пишу сейчас, как будто какую-то очень неприличную тему поднимаю.

Вот ща подумал, что мы смеемся над масштабами аи слопа, как это в каждую бочку пихают.

Но ведь то, что было почти ровно сто лет назад после открытия радиоактивности -- тоже своего рода слоп и массовое помешательство на радиации. И радионуклиды тоже точно также пихали в каждую бочку (буквально причем, см. радоновые ванны), и ~95% из этого было мусором.

Остальные же процентов пять определили развитие биологии на десятилетия вперед, сделав ее такой, какой мы знаем. И если бы какому-нибудь зоологу двадцатых годов прошлого века сказали, что засвеченные ураном пластинки переопределит всю биологию, он бы, наверное, покрутил пальцем у виска.

Сейчас такая мысль возникла, я ее еще не совсем додумал, и не определился, нравится она мне или нет. Держите как есть.

Академическая наука щас — это такая творческая деятельность в узком смысле. Делаешь "то, не знаю что", на старте обычно имеешь мало денег и большую конкуренцию, но зато ты буквально производишь нечто совершенно новое, для внешнего мира есть флёр того, что ты занимаешься чем-то очень крутым, да и шансы стать известным в академической науке, ну, выше чем в большинстве других областей деятельности. Но! В отличие от современного состояния творческих специальностей, Академия уже давно не предлагает свободу, имеет четкую иерархию и чинохиршепочитание, и боится рисковать. Наверное, это напоминает академическое искусство первой половины XIX века, когда за строгие рамки, устанавливаемые корифеями, выйти было очень сложно. Иронично, кстати, в самом XIX веке у ученых свободы действий и независимости от централизации было куда больше, чем у людей искусства — даже когда наукой стали заниматься уже и в институтах, а не только богатые рантье.

Кроме того, наука очень зависима от "экосистемы" — в отличие от какого-нибудь художника, уехать на годы за вдохновением в глухую тайгу или тропический остров не получится в большинстве случаев (различные расчетные-онли специальности, типа биоинфы, в расчет не берем, да и там экосистема нужна). Тут, конечно, можно подумать и о том, что у людей искусства в XIX веке тоже была привязка к большим городам — творить можно где угодно, а вот для продвижения нужен столичный нетворк. Но, кажется, привязка ученых к конкретным хабам куда больше, чем у творческих людей в XIX веке — возможно, стоило бы взять даже более ранние границы аналогии.

В этой оптике даже какое-то понимание возникает, почему так часто на кафедрах заштатных институтов профессура начинает заниматься всякого рода лженаукой, создает какие-то свои альтернативные журналы, альтернативные конференции, и прочие РАЕНы. Это же как ноунейм музыканты с окраин, которые живут вне рамок строгого академизма, и решили делать свою тусовку и свой новый стиль! Правда, в отличие от андеграунда, деды на лженаучной кафедре не бросают эпатажный вызов мейнстриму, а свято верят, что то, что они делают — и есть мейнстрим. Как если бы битмейкеры из гетто были уверены, что в симфоническом оркестре все делают точно также. Расширяя аналогию "независимых, внесистемных творческих людей" можно еще подумать про гаражных варщиков биохакеров, которые осознанно эпатируют своей типа-независимостью, но и эта категория людей обычно плохо себе представляет, как делаются дела в "большой академической науке".

Поскольку на этом канале не любят эпистемологический анархизм в духе "наука — это все, чем занимаются на кафедре", приходим к умозаключению, что, в отличие от искусства, рамки "свой-чужой" в науке полезны, и их снос был бы очень нежелателен. Выходит, что академическая наука — это такое творчество с максимальным количеством рамок, минимальным (уже) количеством свободы, и максимально иерархическое. Можно ли сказать, что "наука это искусство для мазохистов"?

ОЧЕНЬ нравится эта мысль из комментов:

Из всех искусств наука сильнее всего похожа на кинематограф. Привязка к оборудованию, жесткая иерархия, деньги зарабатываются штамповкой хуйни, и уже на полученные таким образом средства можно немного поэкспериментировать для себя в надежде родить шедевр. И абсолютно всё, любая деталька, любой харчок стоят как крыло от самолёта и занимают в десять раз больше времени, чем можно себе представить.

IT'S OVER, Прасада ликвидировали из FDA после буллинга.

Пару недель назад был конфликт FDA и компании Sarepta, где Прасад потребовал полностью приостановить поставки генотерапии от миодистрофии Дюшена после нескольких смертей пациентов, принимающих терапию на основе этого вирусного вектора (в связи с ними компанию обвинили в непрозрачности). Sarepta сначала ответила отказом (по сути — послала FDA, а это огромная редкость), но потом согласилась. FDA же потом смягчил напор, и терапию в итоге оставили для некоторых категорий пациентов. Но щитшторм не остановился. Мало того, что Прасада начали ругать семьи пациентов, у которых эта терапия, несмотря на опасность, была чуть ли не единственной надеждой, но против него развернулась кампания со стороны MAGA. Лора Лумер начала предъявлять ему его старые посты, где он говорил плохо про Донни, обозвала леваком и сравнила с Берни Сандерсом. Поговаривают, что даже Бобби Кеннеди выступал за Прасада, но даже этого оказалось недостаточно, чтобы избежать увольнения. От этого увольнения охренели даже самые громкие критики Прасада из биомедицинского сегмента твиттера. Печально, конечно, на фоне общего мракобесия в HHS у FDA был шанс заставить бигфарму дизайнить испытания честно и прозрачно.

Как-то мне это напомнило первый срок Дона, когда поначалу вместе с дураками, психами и карьеристами среди первых назначений были и крутые ребята, но в течение первого года почти все они ушли.

с другой стороны, УЖ КАК ПРАСАД ПОДСТРАИВАЛСЯ ПОД КОНЬЮНКТУРУ, УЖ КАК ОН КОУПИЛ НАЗНАЧЕНИЕ КЕННЕДИ И ПЫТАЛСЯ ПЕРЕУПАКОВАТЬ ЕГО АНТИВАКСЕРСКИЙ БРЕД В ВОПРОСЫ К КЛИН ИСПЫТАНИЯМ, и все не помогло. Зазря слил свою репутацию сигмы от биомедицины.

Надеюсь, хоть в твиттер вернется.

Немного коротких мыслей
#1
Сколь же мощно я хейтил использование термина "экосистема" не в значении экосистемы, а в значении бизнес-экосистемы, столь же мощно я это делаю щас.

#2
Начинаю подозревать, что в отношении меня работает "не читаешь экспериментальные статьи — деградируешь". В последние месяца три-четыре читал только биоинформатику и обзоры, а сейчас взялся за нормальный экспериментальный nat comm, и ну, СЛОЖНО, чувствуется, что скилл просел. Казалось бы, всего несколько месяцев — а ощущения как будто садишься на велосипед впервые после многолетнего перерыва.

#3
Помните была такая мода добавлять к какому-то направлению мысли слова "Dark" или "Deep" для придания шизотерического флёра. Ну, вы знаете, все эти Dark Enlightenment, Dark Woke, Dark metal ну или, например, deep ecology, deep medicine, deep learning.

Решил, что у нас тоже такое нужно придумать. Deep Dark Immunology будет философией о том, что адаптивный иммунитет на самом деле — тикающая бомба. Во-первых, только и ждет, чтобы нас самих начать убивать — и, в общем-то, дожидается (от аллергий и псориазов до всяких возрастных воспалений, фиброзов и тяжелейших аутоиммунных).
Во-вторых, лишил врожденный иммунитет самостоятельности — в то время как макрофаги иглокожих отращивают сотни рецепторов распознавания паттерна и справляются сами, наши же не могут без Т-хелперов три лишних шага ступить. В-третьих, сама идея того, что внутри нас какие-то там клональные линии сидят, которые сделали себе рецептор, способный убить собственную клетку — ну, какой-то неуютной кажется.
Да и вообще, если вспомнить, вся эта система V(D)J-рекомбинации появилась благодаря ретровирусу ДНК-транспозону.
Можно из этого разогнать, что вирус транспозон этот — вовсе не олух, случайно подаривший самую навороченную в животном мире систему защиты, а эдакий Азазель/масон, который сделал систему, спасающую нас от других, но одновременно и убивающую.