Если в #user_data переменных нужно получить #ImportValue параметры, то используется следующая конструкция:

UserData:
 Fn::Base64: !Sub
  - |
   #!/bin/bash -x
   ## ...
   echo "role_arn = ${CodeCommitRoleArn}" >> $AWS_CONFIG
   ## ...
   #### end of UserData
  - AwsAccountDevops:  !ImportValue AwsAccountDevops
   CodeCommitRoleArn: !ImportValue CodeCommitRoleArn

Т.е. передаём в Fn::Base64: !Sub массив, где сначала сам код, а потом список используемых в нём переменных (именно в таком порядке - код, затем переменные).