При использовании #DNS #Alias нужно учитывать, что #HostedZoneId разный для разных Alias Target.
Для #CloudFront он фиксированный Z2FDTNDATAQYW2:

aliasSite:
  Type: AWS::Route53::RecordSet
  Properties:
    HostedZoneName: !Join ['', [!Ref MainDomain, '.']]
    Name:           !Ref MainDomain
    Type:           A
    AliasTarget:
      DNSName:      !Ref CnameSite
      HostedZoneId: Z2FDTNDATAQYW2

Для #LoadBalancer нужно получать его через #GetAtt, для #ELB это:

HostedZoneId1:
Value: !GetAtt [elbExt, 'CanonicalHostedZoneNameID']

Для #ALB это:

HostedZoneId1:
Value: !GetAtt [albExt, 'CanonicalHostedZoneID']

Для #alias на другую #RecordSet нужно получать #HostedZoneId домена:

def Result = sh( script: 'aws route53 list-hosted-zones-by-name --dns-name '+gos.MainDomain, returnStdout: true )
def ResultJson = readJSON ( text: Result )
Stack['dns']['params']['HostedZoneIdDomain'] = ResultJson['HostedZones'][0]['Id'].split('/')[2]