Zmall Pharma
3.45K subscribers
1.99K photos
110 videos
204 files
1.32K links
Заметочки
Кто хочет задать вопросы, прорекламиться - smallpharm@protonmail.com (почта с Mail.ru и корпоративных адресов может не дойти)

Место для дискуссий -
https://xn--r1a.website/smallpharm_talk

Место для интересностей -
https://sponsr.ru/smallpharma/
Download Telegram
Forwarded from N + 1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Инженеры разработали систему виртуальной реальности для крыс, чтобы те смогли насладиться игрой в классический шутер Doom. Грызун закрепляется в упряжи над свободно вращающимся пенопластовым шаром, который играет роль беговой дорожки. Его вращение считывается сенсорами и переводится в команды перемещения персонажа, а для стрельбы по демонам крыса должна нажимать лапой на небольшой рычаг. Изображение транслируется на изогнутый дисплей, закрывающий почти все поле зрения животного. За успешные действия в игре крыса получает порцию сладкой воды. Все чертежи и инструкцию по сборке авторы выложили в открытый доступ

#Гаджеты | #Биология | *2.4
15
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Клеточная линия - "биофабрика" для получения лекарственного белка дулаглутида

Дулаглутид - это препарат из того самого семейства, что и известные не только лишь топ-моделям, но и вообще многим не в меру отожравшимся оземпик и саксенда: вообще-то создавались они для лечения диабета 2 типа, но еще шикарно заходят для коррекции веса. В отличие от оземпика, дулаглутид не синтезируют химически из аминокислот и других предшественников, а получают целиком в клетках яичника китайского хомячка (CHO).

С поставками оригинального дулаглутида производства Eli Lilly в последние годы наблюдались перебои из-за внешних ограничений, так что импортозамещение здесь - вопрос не только имиджевый, но и социально значимый (а также денежный, что и говорить). В игру зашли коллеги из ФИЦ Биотехнологии #РАН (Москва) @fbras_ru, которые совместно с партнерами (завод "Медсинтез", на фоточке) нашли способ, как получать нужное вещество другим путем.

С технической стороны все по-взрослому: в качестве платформы использовали апоптоз-резистентные клетки CHO 4BGD с модифицированным геномом, полученные в ФИЦ Биотехнологии ранее (их там, кстати, раздают бесплатно), а дальше применили схему последовательной селекции на двух метаболических маркерах. Это позволило получить клон с вполне приличной продуктивностью (больше 1 г/л) без перебора десятков тысяч клонов клеток-продуцентов, который бигфарма может себе позволить проводить силами роботов.

Продуцент сохранял стабильность продукции без селекционных агентов в течение 69 дней, процесс очистки получился промышленно пригодным, а биологическая активность продукта была сопоставима с оригиналом в тесте на человеческой клеточной линии с рецептором ГПП-1. Это не "статья ради красивых цифр", а реальный технологический трансфер: молодые ученые, авторы статьи, ездили из Москвы на завод в суровый Новоуральск и сопровождали передачу и отработку процессов биобанкирования, культивирования, выделения и очистки.

Как отмечает один из авторов статьи,

Приятно видеть, что ФИЦ Биотехнологии не только пишет статьи, а реально доводит современные научные решения до производства, а молодые ученые центра не столько рассылают резюме по ВУЗам условного противника, сколько помогают решать проблему лекарственного дефицита в родной стране,


с чем наш Зоопарк вполне солидарен.

Статья вышла в Pharmaceuticals (IF = 4.8)

https://www.mdpi.com/1424-8247/18/12/1896
10
Как я подбираю праймеры для реал-тайма - гайд для начинающих (1)

Пока я разбираюсь с флуоресцентными зондами (как и положено цитометристу) и магией мультиплексной ПЦР, напишу о том, как подбираю праймеры для оценки экспрессии генов с помощью реал-тайма с SYBR Green.
Сразу оговорюсь, что у меня есть любимые сервисы и более-менее работающий алгоритм, который я сейчас и опишу. Можно найти любые другие по вкусу или исключить некоторые этапы, чтобы не было, как в анекдоте про маленькую сковородку и обрезанные сосиски.

1. Сначала нахожу нужную последовательность в Nucleotide GenBank. Поскольку мне нужна человеческая мРНК, применяю фильтры mRNA и RefSeq и организм (например, Homo sapiens).

2. В выдаче нахожу понравившуюся запись и ее ID (NM_). Выбираю нужную изоформу.

3. Далее иду в Primer Blast:
3.1. Выбираем, хотим ли мы подбирать для одной мишени или для нескольких (например, несколько изоформ) и заполняем поле с ID.
3.2. Если мы хотим, чтобы какой-то из праймером отжигался в определенном участке, то заполняем поля рядом (from & to). Еще можно ниже отметить галочку "подбирать ближе к 3'-концу", если праймер для обратной транскрипции - это oligo(dT). Если есть один из праймеров, копируем.
3.3. Моя любимая длина ампликона: 100-220.
3.4. Температура: я люблю ставить от 60-61, оптимум 62, максимум 64-65, разницу ставлю 1.5. Разные сервисы считают по-разному. Температуры от Primer Blast меня немного смущают. Я сравнивала Thermo Fisher Multiple Primer Analyzer, IDTDNA Oligo Analyzer и по UCSC In Silico PCR. Мои панели рассчитаны обычно на 64C. по последнему сервису, что обычно соответствует примерно 62C по IDTDNA.
3.5. Поскольку я обычно работаю без ДНКазы, я подбираю праймеры так, чтобы они не отжигались на геномке. Поэтому я ищу в двух режимах: "primers must span on exon-exon junctions" и "primers may not span...", но тогда ставлю галочку "разделять интроном от 1000 bp".
3.6. Если нет необходимости искать праймеры, специфичной для одной изоформы или нужно несколько, то ставлю галочку "allow to amplify splice-variants".
3.7. Галочки, какая база должна использоваться для бластования праймеров. Поскольку у меня клеточные культуры, я использую Homo sapiens RefSeq.
3.8. И еще галочка "open results in a new window" :)

4. Далее еще раз проверяю с помощью UCSC In silico PCR, есть ли отжиг на геномке (посмотреть, поднимутся ли псевдогены). На этом месте могу скорректировать праймеры на этом этапе вручную. Это уже немного пункт разряда "сковородка", но мне он значительно помогает в подборе.

5. С помощью сервиса IDTDNA Oligo Analyzer я проверяю шпильки, гомо- и гетеродимеры. Смотрю на наличие стеблей от 4 п.о., особенно на 3'-конце, и dG. Избегаю стеблей, содержащих от 4х CG-пар подряд (а возле 3'-конца стеблей от 3-4 п.о. быть не должно), и |dG| < 6 (оно же dG > -6). Если нужно, корректирую вручную.

Так подбираю 2-3 пары праймеров, затем определяю диапазон температур отжига градиентной ПЦР (60-65С) и ставлю эффективность по 4 разведениям матрицы.

В комментариях скрины.

#surrealtime #лабораторный_могул
Бывает, что люди плохо умеют писать текст, да и в целом не умеют взаимодействовать с текстовым представлением информации (потребляют т.н. стримы и пересказы стримеров). В надежде скрыть этот недуг они прибегают к помощи гопатыча, считая, что если он нагенерит больше слов и букв, неумение инициатора не будет заметным. В результате получается, что немощь масштабируется на бо́льшее количество слов и букв, принимая монструозный вид, однако, инициатор, не имея возможности это распознать (плохо взаимодействует с текстом), довольный публикует выхлоп. Хотелось бы, чтобы люди поднимали свой уровень качественно, а не масштабировали текущий уровень количественно.
👍151
Нет, блядь, проспект Гипербореи
💊18👍3🔥3
* экстремисты негодяи прохиндеи и т.д. и т.п.
🔥5🤯4
​​Как заглянуть внутрь клетки

Можно ли буквально увидеть структуру белка внутри живой клетки?
В эту пятницу у нас вышла статья — первая часть моего постдока — где мы сделали это на практике. Расскажу, что именно мы сделали и зачем это нужно.

Белки — это инструменты, совершающие функции в нашем организме. Функция каждого белка определяется формой: как ключ открывает замок, а ножницы режут бумагу, так и функция белка определяется его структурой. Поэтому, чтобы понять, как работает биология, важно знать структуры белков.

Структуру отчищенного белка в пробирке можно определить несколькими методами, а иногда даже предсказать вообще без лаборатории — например, с помощью AlphaFold (пост про это).

Но в реальности белки работают внутри живой клетки, где они гибкие и подвижные, взаимодействуют друг с другом и постоянно меняют свою форму для выполнения функции — как ножницы смыкаются, чтобы разрезать бумагу.

Наша цель — определить структуру белков прямо внутри клетки.

Для такого нужен электронный микроскоп — у него достаточно высокое разрешение для такой задачи. Но если просто засунуть клетку в такой микроскоп и просветить ее электронами, вы ничего толком не увидите. Для начала ее надо подготовить.

Сначала мы очень быстро замораживаем клетки в жидком этане — со скоростью 10 000 °C в секунду — чтобы сохранить их естественную форму. При таком быстром охлаждении вода в клетках не успевает превратиться в лед, и молекулы просто остаются на своих местах. Замораживать надо до температуры -180 °C — при такой температуре молекулы остаются на месте, и структура не меняется со временем.

Дальше возникает проблема: клетка слишком толстая, чтобы через нее просвечивали электроны в электронном микроскопе. Как ее утончить? Разрезать ножом клетку нельзя — даже самый острое лезвие неидеально и деформирует материал. Поэтому мы использовали метод focused ion beam (FIB)-milling: из замороженной клетки при -180С в вакууме мы вырезали очень точным лучом плазмы тонкую пленку толщиной около 200 нанометров, испарив плазмой лишнее. Такая пленка называется ламелла. Ламелла достаточно тонкая, чтобы через нее просвечивали электроны, но в ее объеме достаточно много внутренностей клетки для их исследования.

Такую ламеллу можно фотографировать в микроскопе под разными углами, а потом собрать из изображений трехмерную картинку — томограмму. Уже из томограммы можно вычислять структуры белков прямо внутри клетки.

По отдельности все эти шаги были известны и раньше. Но каждый из них был настолько сложным, дорогим и трудоемким, что метод оставался скорее экспериментальным, чем рабочим инструментом.

Когда я начал работу в лаборатории, нам и еще нескольким группам понадобился большой массив таких данных, чтобы ответить на разные биологические вопросы. Из-за трудоемкости процесса, вместо конкуренции мы решили объединиться: три лаборатории и компания Thermo Fisher. Вместе мы оптимизировали и автоматизировали почти каждый шаг — от нарезки клеток до обработки изображений и вычислений.

Для примера мы определили структуры нескольких белков прямо в клетке. Например, я определил структуру белка клатрина, которым занимался еще в аспирантуре (пост про это).

Весь полученный массив данных мы выложили в открытый доступ (тык). Это самый большой и качественный открытый массив данных такого рода. Так как публикация долго была в рецензии, за это время на этих данных уже обучили множество моделей, которые сейчас активно используются в структурной биологии. Кроме того, биологи могут просто взять эти данные и изучать интересующие их части клетки — ведь воспроизвести такой эксперимент с нуля безумно дорого.

Результаты в свежем выпуске Molecular Cell. Из-за масштаба проекта у статьи целых 10 первых соавторов, хотя обычно так не делается. Зато теперь каждый из нас может сосредоточиться на своих биологических вопросах. Например, мой коллега Florent Waltz на основе этих данных реконструировал точную архитектуру митохондрий и уже опубликовал результат — в недавнем выпуске Science.

В комментах — видео из его работы, чтобы было понятно, как это выглядит.

Всем добра,
Тг

#науказбс
🔥121
Forwarded from Kargach 🇷🇺🌴 (🌴)
🤔11😱6
Forwarded from Sons of Medicine
Наш сегодняшний герой (тут читайте о нём большую историю) начал свой путь в военно-полевых гошпиталях русско-турецкой войны и дошёл до руководства медицинским факультетом Московского университета. Это — Ефрем Мухин, врач, которого своим учителем называл великий Пирогов. Sons of Medicine продолжает цикл историй о мрачных страницах истории имперской медицины.

Особое наслаждение — названия трудов Мухина, написанные в духе его времени, в разгар Наполеоновских войн. Почувствуйте вкус медицины той эпохи (да и русского языка тоже):
«Рассуждение о средствах и способах оживотворять утопших, удавленных и задохшихся»

«Первые начала костоправной науки, сочинённые доктором медицины и хирургии… Ефремом Мухиным, изданные иждивением сочинителя, в пользу соотичей и для употребления учащихся медико-хирургической науке в Московской духовной академии, с приложением 37 чертежей»

«О проломе верхушки головы, соединённом с раною мозга и его покровов»

«О благополучном исцелении больного младенца, страдавшего проломом лба со вдавливанием отломка внутрь»

«Врачебное наблюдение пятое на десять о действии мухоморов на людей и благополучном лечении оного»

«Связесловие и мышцесловие»

«Наука о мокротных сумочках тела человеческого»

«Краткое наставление о составлении, свойстве и употреблении хлоровой извести противу гнилых, заразительных болезней при вскрытии трупов и в анатомии»
— это, кстати, одно из важнейших достижений Мухина, потому что он первым в России догадался обеззараживать руки от трупного яда хлорной известью.

А также он писал о важности прививания оспы, о борьбе с холерою и об испечении хлебов из исландского мху. И изобрел самовар-автоклав.

#som_empire #som_history
7🔥2
#возвращаясь_к_напечатанному

Продолжая позавчерашние крамольные мысли и комментируя свежий пост Русского Рисерча, наш Зоопарк хочет добавить вот что.

1) Мысль РR "а почему вы регулярно отождествляете развитие с перестройкой системы администрирования? Как будто нужно непрерывно менять схему управления в поисках идеала, делать ошибки, проводить стратсессии и т.п.?" можно сформулировать проще: когда в борделе дела идут плохо, нужно не кровати переставлять, а девочек менять.

С двумя поправками. Во-первых, иногда релокация кроватей помогает, но точно не основа успеха. Во-вторых, если каждые 15 минут двигать мебеля, каждые полчаса собирать девочек на стратсессию и деловую игру, а мамку каждые полгода гонять то в МШУ, то на защиты, то на совещания по очередному мониторингу, то лучше точно не станет.

2) Влажные фантазии "а давайте университеты сожрут НИИ, и будет зашибись" в 80-85% случаев выдает или идиота, или управленца-временщика, приехавшего в вуз пересидеть лет 5, а дальше он хоть сгори со всеми сотрудниками.

В краткосрочной перспективе "сожрать НИИ" работает (статей станет больше точно), в длинной - нет. Как говорилось в старом советском анекдоте, "Гиви в неволе не размножается".

Ученые из института, попав в среду "я начальник - ты дурак", "прилетела задача", "ректор придет, срочно изображайте радость", "прислали письмо из ИРИ/ Нацприоритетов/ позвонили из проектного офиса / Социоцентра, немедленно делаем" и тому подобных типичных вузовских вайбов, либо уйдут (в том числе за границу), либо перестанут работать хорошо. Если ректор хочет косплеить модель "Рязанского чуда 1950х", то это вполне ок: режем весь скот на мясо и перевыполняем план. Первый секретарь обкома, правда, после этого застрелился.

Нормальные нетоксичные отношения - совместительство, модель Физтеха, которую МФТИ частично эксплуатирует до сих пор, хотя вполне могли бы себе позволить перекупить всех, но почему-то этого не делают. Равно как и Вышка с ее естественнонаучными факультетами. Наверное, они просто что-то такое знают про науку.

3) И еще одно точное замечание РR: "А почему вы по умолчанию полагаете, что институты РАН в последние годы не развивались? Может они просто реже давали интервью?"

Некоторые таки давали, и некоторые таки развивались, перечислять все - не хватит и десяти постов, приведем просто три примера из того, что попадалось на глаза.

Строить СКИФ доверили СО РАН (ИК + ИЯФ), потому что там профессионалы. Они не "трансформируют мышление", а просто делают как надо.

Создавать Национальный гелиофизический комплекс доверили РАН (в т.ч. ИСЗФ СО РАН), потому что там профессионалы. Оказалось, что для большой науки они важнее, чем стратсессии (и конкретно для Ростеха, которому нужен результат, а не пресс-релизы, и почему бы это?).

Продвинутую химию для Транснефти делают в РАН (опять же в СО РАН, Иркутск). Потому что там есть профессионалы и Транснефти нужен продукт, а не красивые презентации и обещания.

Продолжать можно долго (ФИАН, ИПФ, ИТХ УрО РАН) - ну и, вероятно, самое обидное для Кипящего: промышленные ускорители для народного хозяйства (что там было в стратпроекте-то, м?) делают в Институте ядерной физики СО РАН. Потому что там (ой, как немодно, по-бумерски и токсично-то, да?) тоже есть профессионалы.

Нормально делай, нормально будет. Меньше спичей про "берем на себя ответственность", больше дела.

P.S.

"Когда мой сотрудник начинал активно вести работу - вербовать агентуру, выявлять резидентов, я заваливал его никому не нужной бумажной рутиной, и его активность очень быстро сводилась на нет. Я горжусь тем, что лично разработал и ввел несколько новых форм отчетов"

Ким Филби просто не знал про стратсессии и трансформацию мышления. Впрочем, парализовать работу британской контрразведки у него и так получалось прекрасно.
🔥51
#сфероиды

Статья в Nature Protocols про оценку эффективности CRISPR-модификации органоидов и ассемблоидов (это когда срастаются несколько органоидов) из нейрональных клеток. Статья конечно очень крутая, но что меня в ней раздует больше всего? Фигура g на рисунке выше! Чтобы склеить два органоида, выращенные в агарозных микроячейках они переносили их в новый планшет и.. ставили планшет под углом. Тихналогия!
Но работает.
🔥72
Полка базы
💊15🔥7👍6
🫡138💊2
О, прочитал новость что ликвидировали главу РДК* - и, знаете, я как-то даже рад, что мои налоги идут на хорошие вещи.

*признаны пидарасами
26🫡14💊1
👍14🔥6🤔1
👍17🥰3😱3
Если сидеть через тайский ВПН с русским языком в браузере, то таргетированная реклама начинает открывать МИРЫ.
Например, знали ли вы, что квартиру в Паттайе можно купить по гораздо меньшей цене, чем студию в Ховрино?
👍9🤔72
Forwarded from ExoMe
Давайте разберёмся как работает сыворотка с микроиглами и экзосомами ExoMe👇

🔹Микроиглы
— это натуральные микроскопические структуры, полученные из скелета морских губок. При нанесении на кожу они создают микроканалы, делая кожу более проницаемой для активных компонентов
сыворотки. Это мягкий и эффективный способ доставки веществ в глубокие слои эпидермиса.

🔹В сыворотке используется
комбинация микроигл и сыворотки ExoMe на основе кондиционированной среды, обогащённой экзосомами, полученными от мезенхимальных стволовых клеток лошади. В ней содержатся экзосомы, пептиды, факторы роста и другие сигнальные молекулы, усиливающие регенеративный эффект.

🔹Экзосомы как «посланники молодости»
доставляют сигналы клеткам кожи, стимулируя обновление, синтез коллагена и эластина, уменьшая воспаление и поддерживая здоровый клеточный обмен.

🔹Результатом использования продукта будет
улучшение текстуры и уплотнение кожи, сокращение морщин и воспалений уже после первых применений. 💫
💊102👍2🤯2😱2🔥1