JafaRiLab
742 subscribers
170 photos
27 videos
46 files
237 links
Nothing in Biology makes truly sense except in the light of Systems Biology

Direct to admin: @MohieddinJafari
jafareem@gmail.com
Download Telegram
#آگهی
#یادداشت

ISW 2025 – 4th Interdisciplinary Signaling Workshop


خوشحالم که مجدد به این رویداد دعوت شدم. این کارگاه همیشه فضای فوق‌العاده‌ای برای بحث‌های علمی عمیق بوده است و متخصصانی از رشته‌های زیست‌شناسی سیستم‌ها، علوم شبکه و سیگنال‌دهی سلولی را گرد هم می‌آورد.

زمانی که اولین بار در سال 2017 در این کارگاه شرکت کردم، واقعاً از ترکیب منحصربه‌فرد علم پیشرفته، شبکه‌سازی معنی‌دار و روحیه همکاری قوی الهام گرفتم. حتی آن زمان تجربیات خودم را نوشته بودم—می‌توانید داستان کامل را اینجا بخوانید:

https://vrgl.ir/hd04G

ترکیب سخنرانان امسال، از جمله آلبرت-لاسلو باراباشی، ادواردو ویلا بلانکا، فالک هیلدبراند و بسیاری دیگر، وعده بینش‌های عمیق‌تر و دیدگاه‌های تازه و هیجان‌انگیزی را می‌دهد.

کارگاه‌هایی مثل این بیشتر از یک کنفرانس هستند—آن‌ها فرصتی برای ارتباط با ذهن‌های درخشان، ایجاد ایده‌های نو و تقویت همکاری‌هایی هستند که فراتر از این رویداد ادامه پیدا می‌کنند. اگر به تحقیق در زمینه سیگنال‌دهی و علوم بین‌رشته‌ای علاقه‌مندید، قطعاً این تجربه‌ای است که باید امتحان کنید.

🔗 برای جزئیات بیشتر:
2025.signalingworkshop.org
🔗 فهرست سخنرانان:
2025.signalingworkshop.org/speakers.php
6👍2😢1
#آگهی

🔹 فرصت ویژه برای پژوهشگران مقیم آمریکا! 🔹

دانشگاه هلسینکی برنامه‌ی بورسیه‌ی پژوهشی کوتاه‌مدت را برای گسترش همکاری‌های علمی میان محققان UH و پژوهشگران آمریکایی راه‌اندازی کرده است! 🌍

مدت زمان: ۲ تا ۹ ماه متوالی (پاییز ۲۰۲۵ – بهار ۲۰۲۶)
مبلغ بورسیه: ۴,۰۰۰ یورو در ماه
میزبان: یک پژوهشگر دارای جایگاه PI در UH
مهلت ارسال درخواست: ۱۴ آوریل ۲۰۲۵❗️❗️❗️

اگر علاقه‌مند هستید، حتماً با من تماس بگیرید تا اطلاعات بیشتری در اختیارتان بگذارم! این یک فرصت عالی برای گسترش شبکه‌ی پژوهشی و همکاری‌های علمی بین‌المللی است. 📩

@JafaRiLab
😢21
#مقاله_جدید_ما

عنوان:
پایش تغییرات پس از ترجمه عملکردی با استفاده از یک خط لوله اطلاعاتی پروتئوم داده‌محور

چکیده:

🔬📊 خوشحالیم که می‌توانیم جدیدترین مقاله خود را در مورد تحلیل تغییرات پس از ترجمه (PTMs) با استفاده از یک خط لوله اطلاعاتی نوآورانه به اشتراک بگذاریم!

🧬 تغییرات پس از ترجمه نقش کلیدی در انتقال سیگنال‌های سلولی و فرآیندهای بیماری‌زا دارند. در این تحقیق، ما یک روش محاسباتی جدید ارائه دادیم که بدون نیاز به اطلاعات اولیه، تغییرات مرتبط را پیش‌بینی و تحلیل می‌کند. این رویکرد امکان شناسایی دقیق‌تر تغییرات عملکردی و درک بهتر مکانیسم‌های بیماری را فراهم می‌کند.

💡 به عنوان یک کاربرد عملی، از این خط لوله برای مطالعه گلیکوپروتئومیک در سرطان سلول سنگفرشی دهان و شناسایی تغییرات ناشی از داروهای مهارکننده چندکینازی استفاده کردیم. نتایج نشان داد که این روش می‌تواند تغییرات مهمی را که در جستجوهای اولیه شناسایی نشده‌اند، تشخیص دهد.

🧪 یافته‌های ما نشان می‌دهد که ادغام تحلیل‌های محاسباتی در موتورهای جستجوی پروتئومیک می‌تواند به بهبود شناسایی تغییرات پس از ترجمه کمک کند و راه را برای تحقیقات آینده در این زمینه هموار سازد.

مجله:
Proteomics
Proteomics and Systems Biology

📖 مقاله کامل را در اینجا مطالعه کنید.

@JafaRiLab
12👍2
#از_R_لذت_ببریم

نسخه جدید (R (4.5.0 با نام "how about a twenty-six" منتشر شده است.

@jafaRilab
5
#از_R_لذت_ببریم
#یادداشت

📢 از تاریخ تا تحلیل داده‌ها

🔹داستان Bruno Ponne، دانشجوی سیاست عمومی که از یک علاقه‌مند به تاریخ به یک تحلیلگر داده با زبان برنامه نویسی R تبدیل شد، نشان می‌دهد که چگونه یادگیری مهارت‌های جدید می‌تواند مسیر زندگی و حرفه‌ای شما را دگرگون کند!

📌 نکات کلیدی از تجربه Bruno:
اولین چالش‌ها با R و تبدیل شکست‌ها به فرصت‌های یادگیری.
کشف DataCamp و نقش آن در تسلط بر R و آمار.
تأثیر پاندمی روی یادگیری عمیق‌تر برنامه‌نویسی.
استفاده از هوش مصنوعی برای خطایابی، بدون وابستگی به آن.
انجام پایان‌نامه با R و ورود به دنیای Git و GitHub.

💡 پیام اصلی:
"یادگیری R ممکن است در ابتدا سخت به نظر برسد، اما با پشتکار و استفاده از منابع درست، نه‌تنها ممکن است، بلکه می‌تواند زندگی حرفه‌ای شما را متحول کند!"

📖 متن کامل این داستان الهام‌بخش را اینجا بخوانید:
لینک به مطلب اصلی

@JafaRiLab
👍1
#یادداشت

📚 چرا تدریس در دانشگاه برای من معنا دارد؟ 🎓

به عنوان یک پژوهشگر، همیشه به این موضوع فکر می‌کنم که مسیر دانشگاهی در مقایسه با صنعت چه چیزی را ارائه می‌دهد. شاید در نگاه اول، مشاغل صنعتی جذاب‌تر به نظر برسند—با درآمد بالاتر و امکانات بیشتر. اما چیزی که به مسیر آکادمیک من عمق و معنا می‌بخشد، نه فقط پژوهش، بلکه تدریس و تعامل با دانشجویان است.

واقعیت این است که بدون تدریس، کار پژوهشی در دانشگاه ممکن است تنها نسخه‌ای کم‌درآمدتر از تحقیق در صنعت باشد. اما همراهی با دانشجویان، دیدن رشد فکری آن‌ها، و شنیدن بازتاب یادگیری‌شان، چیزی است که شاید محیط صنعتی نمی‌تواند جایگزین آن باشد.

اخیراً بازخوردهایی ناشناس از دانشجویانم در یک دوره آموزشی در حوزه پروتئومیکس دریافت کردم که برای من بسیار ارزشمند بود:

🗣 «این دوره واقعاً به من کمک کرد. دانش من از ۵ به ۷۰ رسید... حالا پروژه دکتری‌ام را خیلی بهتر می‌فهمم.»

🗣 «نمی‌دانستم بیوانفورماتیک یا R چیست، ولی حالا هم ابزارهای جدیدی یاد گرفتم و هم علاقه‌مند شدم.»

🗣 «اینکه یادگیری را در یک پروژه واقعی پیاده‌سازی کنیم، خیلی به درک عمیق‌تر مفاهیم کمک کرد.»

🗣 «پیش از این، فقط نمونه‌ام را به آزمایشگاه می‌فرستادم؛ حالا دقیقاً می‌دانم با داده خام چه کنم و اطلاعات نهایی چطور تولید می‌شود.»

این جملات برای من فقط بازخورد نیستند—بلکه یادآوری‌هایی‌اند از اینکه چرا هنوز این مسیر را با علاقه ادامه می‌دهم. تعامل با دانشجویان، انتقال تجربه، و دیدن اثر مثبت یادگیری چیزی است که مطمئن نیستم که موقعیت های شغلی در صنعت بتواند جای آن را بگیرد.

https://www.linkedin.com/posts/mohieddinjafari_academia-highereducation-bioinformatics-activity-7337841016017772544-KjkC?utm_source=share&utm_medium=member_desktop&rcm=ACoAAA5GseEBOFoe5Ul6gAujo31BYEGmb2uiD6Q
17👍4
#یادداشت

به مطلبی برخوردم که اگرچه خیلی تازه نیست (منتشرشده در سال ۲۰۲۰)، اما چون دیدم هنوز برخی از همکاران از تأثیر انتشار پژوهش‌ها در سرورهای پیش‌چاپ (Preprint servers) مطلع نیستند یا اهمیت آن را دست‌کم می‌گیرند، تصمیم گرفتم خلاصه‌ای از آن را اینجا به اشتراک بگذارم.

✍️ پیش‌چاپ‌ها و تأثیر آن‌ها
در یک مطالعه‌، محققان داده‌های پیش‌چاپ‌های bioRxiv بین نوامبر ۲۰۱۳ تا دسامبر ۲۰۱۷ را با مقالات منتشرشده‌ی بعدی در مجلات داوری‌شده مقایسه کردند و نتایج زیر را به دست آوردند:

🔹 افزایش ارجاعات (Citations): مقالاتی که ابتدا به‌صورت پیش‌چاپ منتشر شده بودند، به‌طور میانگین حدود ۷ ارجاع دریافت کردند، در حالی که مقالات بدون پیش‌چاپ حدود ۴ ارجاع داشتند.
🔹 افزایش اشتراک‌گذاری آنلاین (Altmetric): این پیش‌چاپ‌ها در توییتر، وبلاگ‌ها و سایر شبکه‌های علمی بیشتر مورد بحث و بازنشر قرار گرفتند.
🔹 ارجاعات مستقیم به پیش‌چاپ‌ها: حتی پیش‌چاپ‌هایی که هنوز در مجلات منتشر نشده‌اند، در مقالات علمی دیگر مستقیماً ارجاع داده شده‌اند.

لینک خلاصه مطلب:
tinyurl.com/2947thpc
لینک اصلی مقاله:
tinyurl.com/29cw4kz8

@JafaRiLab
https://vrgl.ir/YcGGz
👍9
#مقاله_جدید_ما

عنوان:
هدف‌گیری مقاومت در لوسمی میلوئید حاد با استفاده از دو ترکیب دارویی نوین و بررسی کارایی آن‌ها در جهش‌های TP53، HLA-B، MUC4 و FLT3

چکیده:

🧬 خوشحالیم که می‌توانیم جدیدترین مقاله خود را در حوزه درمان هدفمند لوسمی میلوئید حاد (AML) معرفی می‌کنیم! در این پژوهش، ما دو ترکیب دارویی نوآورانه—بازدارنده‌های دوگانه RAF–mTOR (LY3009120 + sapanisertib) و JAK–ERK (ruxolitinib + ulixertinib)—را برای غلبه بر مقاومت دارویی در بیماران دارای جهش‌های پرخطر بررسی کردیم.

💡 نتایج نشان داد که هر دو ترکیب در مقایسه با درمان‌های استاندارد مبتنی بر ونتوکلکس عملکرد بهتری داشتند و به‌ویژه در سلول‌های دارای جهش‌های مذکور، اثربخشی بالاتری نشان دادند.

🧫 یافته های حاصل از آزمایش‌های سلولی و مدل زبرا‌فیش، پتانسیل بالای رویکردهای ترکیبی و مبتنی بر پروفایل جهشی را برای درمان دقیق‌تر AML نشان می‌دهد.

📊 نتایج این پژوهش گامی در جهت طراحی درمان‌های شخصی‌سازی‌شده و مؤثرتر برای بیماران مبتلا به AML است.

مجله:
Biomedicine & Pharmacotherapy


@JafaRiLab
👍5🎉53
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM