لینک دانلود کتاب «زمین گرم» اثر آقای دکتر یوسف ثبوتی:
https://iasbs.ac.ir/~sobouti/portfolio/WarmedEarth.pdf

📣برنامه سخنرانی‌های عمومی زمستان ۱۴۰۴

پژوهشکده علوم زیستی،
پژوهشگاه دانش‌های بنیادی (IPM)

📌اطلاعیه


با سلام و احترام
به اطلاع می‌رساند با توجه به اعلام تعطیلی رسمی شهر تهران، سخنرانی پژوهشکده علوم زیستی که مقرر بود در تاریخ 10‏/10‏/1404 برگزار شود، لغو خواهد شد.
تاریخ جدید سخنرانی متعاقباً اطلاع‌رسانی خواهد شد.

We are happy to share our new paper in Nucleic Acids Research!

"Boolean logic links chromatin accessibility states to gene expression variability across cell types"

We developed ocrRBBR, a computational framework that decodes combinatorial cis-regulatory logic from paired ATAC-RNA data. Instead of simple correlations, ocrRBBR infers interpretable Boolean rules like:
(¬OCR_A ∧ OCR_B) or (OCR_A ∧ OCR_B)
These rules capture everything from synergistic enhancer interactions to redundant/additive logic, explaining how OCR combinations drive cell-type-specific gene expression.

Key findings:
- Cell-type-specific genes rely on selective Boolean rules integrating signals from more OCRs (including distal enhancers)
- Housekeeping genes use simpler, modular rules with fewer OCRs
- Cell-type-specific rules enrich for lineage-defining pathways
- This provides a mechanistically interpretable framework linking chromatin accessibility to gene regulation!
Full paper link:
https://academic.oup.com/nar/article/54/6/gkag230/8558641