Мы решили постить в канал ссылки на разные околоковидные материалы и научные публикации, которые нас заинтересовали в уходящем году, не комментируя их.

Это не является эндорсментом и знаком согласия с выводами каждой конкретной статьи — просто интересное научное чтение для тех, кто любит разбираться.

Начнем с вакцин

Вакцины против коронавируса: настоящее и будущее. Часть I
Вакцины против коронавируса: настоящее и будущее. Часть II
Ольга Матвеева, молекулярный биолог
Троицкий вариант—Наука, ноябрь 2020

Разработка вакцин на основе аденовирусных векторов: обзор зарубежных клинических исследований (часть 1)
Разработка вакцин на основе аденовирусных векторов: обзор зарубежных клинических исследований (часть 2)
Черенова Любовь Викторовна (молекулярный биолог, Институт Гамалеи) et al.
Медицинская иммунология, 2017

Попова в эфире радио КП: Как минимум две недели до иммунизации, абсолютно точно надо прекратить прием (алкоголя). Выработка иммунитета - это 21 день между двумя инъекциями и еще 21 день после инъекции - 42 дня.

С иезуитской ловкостью снята с повестки проблема дефицита Спутника V - с такими ограничениями в декабре и январе желающих не найдется даже на те 500 000 доз, которые якобы произведены и есть на складах (при этом разработчик и производители свои деньги от государства получат).

FDA, брифинговые документы к заседанию Консультативного комитета 10 декабря:
В сумме шесть (2 в группе вакцины, 4 в группе плацебо) из 43 448 включенных участников (0,01%) умерли в течение отчетного периода с 29 апреля 2020 года (первый участник, первое посещение) по 14 ноября 2020 года (дата отсечки).

Оба умерших участника из группы вакцины были старше 55 лет. У первого пациента через 60 дней после введения второй дозы вакцины произошла остановка сердца, он умер через три дня. Второй пациент, на момент включения страдавший ожирением и атеросклерозом, умер от артериосклероза через три дня после получения первой дозы.

Vaccines and Related Biological Products Advisory Committee Meeting, December 10, 2020, FDA Briefing Document, Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine (53 страницы)

В Санкт-Петербурге мужчину с ковидом выписали из больницы, чтобы он долечивался дома. Он умер по дороге из медучреждения.

65-летний Сергей Сиротин проходил лечение в городской больнице №15. Вчера, 8 декабря, врачи приняли решение перевести его на самоизоляцию, чтобы Сиротин закончил лечение дома. Сам пенсионер живет в Балтийске, но чтобы далеко не ездить, его сын специально снял ему квартиру в Питере. Сиротин вышел из больницы — его как раз должен был встретить сын. Но встречи не получилось.

На улице Сиротин стал задыхаться, упал и умер до прибытия скорой.

Хотите плюнуть в кого-то за то, что ваш адрес, телефон и ковид стали всеобщим достоянием? Не промахнитесь.

Нам прислали ссылку на слитый архив, чтобы мы своими глазами убедились: в нём данные сотен тысяч человек, которые болели ковидом или были в числе контактных по ковиду весной 2020 года.

Мы осуждаем халатное обращение с персональными данными, но ещё больше осуждаем наказание формальных, а не истинных виновников.

Руководитель ДИТ Эдуард Лысенко:
Утечка произошла вследствие человеческого фактора: сотрудники, которые занимались обработкой служебных документов, допустили передачу этих файлов третьим лицам. Проверка продолжается, по ее результатам будут приняты меры.

Конечно же, виноваты не госслужащие и медики, которые были вынуждены заводить таблицы в гугле, потому что никаких других рабочих решений у них в чрезвычайной ситуации не было.

Чиновники, с которыми периодически общаются авторы канала, на все претензии по поводу весеннего провала отвечают, что ждали "просто грипп" - об этом им твердили академики, профессора и кандидаты всяких наук.

Чиновники, безусловно, лукавят, и мнения звучали разные, но научное и медицинское сообщества действительно не произвели на свет даже подобия консенсуса, недооценили риски и не уделили должного внимания пессимистическим сценариям, а властям транслировали шапкозакидательство.

На фоне вальяжных академиков, высмеивавших ковидоистерию и бравировавших тем, как в 1960м они победили оспу в ватной маске и резиновых сапогах, нормальные специалисты выглядели придурками.

Борис Розин, уволенный зав. ОРИТ ГБ №20 Ростова-на-Дону, где 11 октября возникли перебои с кислородом и погибло 13 пациентов:

Я пытался им доказать, что коронавирус опасен. До ковида у меня был опыт работы со свиным гриппом. Весной я поехал в Москву. Увидел, что новая зараза намного страшнее. В марте и апреле я обивал пороги ростовских чиновников — доказывал, что подготовлены мы плохо, нужной аппаратуры нет. В кабинетах на меня смотрели как на дурака.

Может, кому-то пора посмотреть в зеркало, на настоящих дураков?

Readovka подсчитала, что по сводным таблицам московского Депздрава, которые велись в Гугл документах и находились в общем доступе, к 24 апреля в Москве было зарегистрировано 52 596 ков+ пациентов.
Оперштаб 24 апреля сообщал о 36 897 случаях новой коронавирусной инфекции в Москве.

Кирилл Шулика @kshulika о Спутнике V:

Доказательства того, что «Спутник V» работает, правда, представляют не создатели, а добровольцы. В Telegram появились чаты, где общаются участники испытаний, в том числе публикуют результаты анализов на антитела. В одном из таких чатов уже больше 1800 участников, выборка большая, и ее достоверность подтверждается тем, что примерно четверть выясняет, что у них плацебо. При этом иммунный ответ есть у всех, кто получил вакцину. Он разный, бывает и небольшой титр антител, но так с любой вакциной от любой болезни.

Самое удивительное в том, что этими данными не пользуются разработчики. Удивительно, как они берут сведения об эффективности вакцины с потолка, играя цифрами, хотя есть репрезентативная выборка, данные которой можно использовать в том числе и для продвижения своего препарата на мировых рынках.

Внутри страны ситуация такова, что бюджетников обязывают вакцинироваться, а опросы пока показывают порядка 60% и больше граждан, которые не готовы прививаться вакциной «Спутник V». При этом лишь меньшинство из них — антипрививочники. Большинство ждет импортных вакцин, несмотря на то что об их эффективности никаких живых свидетельств россияне не видели.

Видимо, государство рассчитывает не на сознательность, а на то, что появятся значимые мотивации для добровольной вакцинации. Но все дело в том, что чем больше принуждения, а не убеждения, тем шире будет рынок услуг по продаже справок о вакцинации без самой вакцинации.

Полный текст на Знаке

Добавим от себя: государство уже один раз крупно облажалось, выпустило в эфир отрицателей ковида и выпестовало пародийную отечественную версию движения за гражданские права #icantbreathe, которому жмут намордники и печет темечко 5G.

От антимасочников до антипрививочников один шаг, и вся эта невероятная лажа, происходящая с пиаром Спутника -- от странных заявлений Гинцбурга, что его вакцина не работает для пожилых, пьющих, людей в стрессе и принимающих статины, до конфликта с добровольцами-плацебниками, которых без предупреждения и в противоречие договору лишили права на гражданскую вакцинацию -- помогает кому-то делать этот шаг прямо сейчас.

Не играй в мои игрушки

Не писай в мой горшок

гроб гроб кладбище пидор смерть мерзкая от вакцины

ChAdOx1
Мы дважды прочли промежуточный анализ КИ аденовирусной вакцины Чедокс1 (Оксфорд/АстраЗенека) от 8 декабря, и нашли в нем некоторые (возможно, серьезные) странности.

Начнем с кратких результатов, дальше которых обычно мало кто читает:

В промежуточный первичный анализ включены данные 11 636 участников (7548 в Великобритании, 4088 в Бразилии) из 23 848, включённых в период с 23.04 по 4.11.2020.

Общая эффективность вакцины в обеих группах составила 70,4% (95,8% ДИ 54,8–80,6; 30 [0,5%] из 5807 против 101 [1,7%] из 5829).

Через 21 день после первой дозы было госпитализировано 10 пациентов с COVID-19, все в контрольной группе; в том числе 2 – с тяжёлым ковидом (1 умер). 175 тяжелых побочных эффектов было зарегистрировано 168 участников, 84 события в группе ChAdOx1 и 91 в группе контроля (физраствор или менингококковая вакцина MenACWY). Три события были классифицированы как возможно связанные с вакциной: одно в группе ChAdOx1, одно в контрольной группе и одно у участника, который пока не расслеплен.

Выводы организаторов: ChAdOx1 имеет приемлемый профиль безопасности и, как было установлено, эффективен против симптоматического COVID-19 в этом промежуточном анализе продолжающихся клинических испытаний.

Обратим внимание на «симптоматический ковид» и перейдем к деталям (Методы->Процедуры) -- дьявол кроется именно в них.

Продолжение

ChAdOx1
Начало разбора

Задача 3 фазы – определить эффективность вакцины путем сравнения числа заболевших в контрольной группе и в группе вакцины. Но каково определение «заболевания» в данном исследовании?

Участников просили (и регулярно напоминали) связываться с организаторами, если они заметят у себя определенные симптомы, связанные с COVID-19. Те, кто соответствовал симптоматическим критериям, направлялись на клиническую оценку, в том числе на взятие мазка для амплификации нуклеиновых кислот NAAT (обычно это метод ПЦР). В Великобритании и Бразилии для направления на тест было достаточно хотя бы одного из симптомов: температура 37,8° C и выше, кашель, одышка, аносмия (потеря обоняния), агевзия (потеря вкуса). Если участники проходили лабораторное тестирование вне исследования, результаты регистрировались и оценивались независимым комитетом по проверке конечных точек.

В Великобритании было организовано тестирование участников группы COV002 по почте: начиная со 2 недели после введения 1 дозы, раз в неделю они должны были самостоятельно брать у себя материал из носа и горла и направлять организаторам по почте. Любые результаты мазков, которые не могли быть сопоставлены с участником исследования хотя бы по двум полям персональных данных, не были добавлены в базу данных исследования.
В Бразилии аналогичное тестирование на бессимптомные инфекции не проводилось.

В Англии и Уэльсе (данных из Шотландии в анализе нет) было получено 129 529 еженедельных самостоятельно собранных мазков, из которых 126 324 (97,5%) были зарегистрированы как материал от участников. Было получено 435 положительных результатов, из которых 354 (81,4%) были зарегистрированы как материал от участников. Оценка симптомов в рамках тестирования по почте обычно не проводилась. По итогам тестирования по почте было зарегистрировано 69 случаев ковида, которые были классифицированы как бессимптомные/без информации о симптомах.

А дальше просто следите за руками:

Продолжение

ChAdOx1
Начало разбора здесь и здесь

Цитата: Основная цель заключалась в оценке эффективности вакцины ChAdOx1 nCoV-19 против NAAT-подтверждённого COVID-19. Первичная конечная точка включала случаи лабораторно подтверждённого COVID-19 с хотя бы одним квалифицирующим симптомом (лихорадка ≥37 · 8 °C, кашель, одышка, аносмия или агевзия).

Смотрите, все случаи лабораторно подтверждённого ковида вдруг сузились до случаев с одним из 5 специфических симптомов. Сколько случаев оставили за бортом организаторы этим ловким ходом?

1⃣Если случай определен как NAAT(+) со специфическими симптомами, то эффективность Чедокс1 в предотвращении ковида - 70,4%.

Всего таких случаев (Англия, Уэльс, Шотландия, Бразилия, стандартная доза праймера SD/SD и низкая доза праймера LD/SD) 131 = 30 случаев в группе вакцины (5807 участников) + 101 случай в группе контроля (5829 участников)

Эта цифра вошла в пресс-релизы. Вот из чего она складывается:
🔶COV002 (Великобритания, SD/SD + LD/SD): всего 86 = 18 из 3744(в) + 68 из 3804(к), эффективность 73,5%
🔸COV002 SD/SD (первоначальный дизайн): всего 53 = 15 из 2377(в) + 38 из 2430(к), эффективность 60,3%
🔸COV002 LD/SD (добавленная когорта): всего 33 = 3 из 1367 (в) + 30 из 1374 (к), эффективность 90,0%
🔶COV003 (Бразилия, все SD/SD): всего 45 = 12 из 2063(в) + 33 из 2025(к), эффективность 64,2%

2⃣Но если расширить критерии случая на лабораторно подтверждённый ковид NAAT(+) с неспецифическими симптомами, то эффективность Чедокс1 в предотвращении ковида падает до 67,1%:

Всего 149 случаев ков+ = 37/5807(в) + 112/5829(к)
Из них 18 случаев ков+ с неспецифическими симптомами = 7/5807(в) + 11/5829(к), эффективность 36,4%

3⃣А если ещё больше расширить критерии включения и добавить 69 ков(+) случаев, диагностированных по почте (организаторы не знают, были ли эти случаи симптомными или бессимптомными) и еще 3 случая (мы не нашли деталей по ним), то эффективность вакцины падает до 55,7%:
Всего 221 случай ков+ = 68/5807(в) + 153/5829(к)

55,7% - это уже худший показатель из всех, указанных для полного числа участников 11636, практически на грани минимума в 50%.
Но на самом деле дела у Чедокса1 могут быть ещё хуже.

Рассмотрим отдельно данные по 69 случаям ковида, выявленным в рамках тестирования по почте дополнительно к диагностированным очно:
Всего 69 случаев ков+ = 29/3288(в) + 40/3350(к), эффективность 27,3%
Дозировка SD/SD: 45 случаев ков+ = 22/2168(в) + 23/2223(к), эффективность 3,8%
Дозировка LD/SD: 24 случая ков+ = 7/1120 (в) + 17/1127(к), эффективность 58,9%

Это только Англия и Уэльс, без данных из Шотландии, SD/SD + LD/SD, наличие или отсутствие симптомов неизвестно. В группе вакцины выявляемость ковида при почтовом тестировании почти в 2 раза выше (0,9% против 0,5%), чем среди тех, кто обращался к врачу и очно подтверждал диагноз. В группе контроля выявляемость ковида по почте в 1,5 раза ниже (1,2% против 1,88%), чем среди обследованных очно. Дозировка SD/SD в этой узкой когорте показала нулевую эффективность вакцины.

Насколько плохо это выглядит по 10-балльной шкале?

Резюме

ChAdOx1
TL:DR без цифр (основной разбор здесь, здесь и здесь, а все целиком в одном лонгриде здесь)

Для адекватной оценки эффективности вакцины анализ результатов КИ должен учитывать все известные и подтверждённые случаи ковида у участников. Все ков(+) пациенты могут быть заразны и опасны для окружающих (вспомним нашего любимого бессимптомного суперспредера Маттиа из Ломбардии). Вакцины экстренно вводятся в оборот для того, чтобы прекратить эпидемию, а не для того, чтобы воодушевить деградирующее в локдауне население и немного обогатить фарму. Манипуляция данными о выявленных случаях представляется нам неприемлемой.

К манипуляциям в данном анализе мы в первую очередь относим исключение из основного расчёта части лабораторно подтверждённых случаев ковида на основании того, что участники не сообщали о специфических симптомах или симптомы неизвестны организаторам.

В дизайне 3 фазы Чедокс1 предусмотрена только 1 когорта, в которой проводилось регулярное тестирование участников – британская - но данные по ней не полностью учтены в основном расчёте эффективности, якобы для целей объединения с хуже обследованной бразильской когортой. Мы считаем манипулятивным объединение двух когорт с разной глубиной тестирования.

Данные, на основании которых на данном этапе должна оцениваться эффективность Чедокс1 – это все лабораторно подтверждённые случаи ковида среди участников из Англии и Уэльса (3288 участников в группе вакцины и 3350 в группе контроля), вне зависимости от способа постановки диагноза (очно или через отправку биоматериала по почте), вне зависимости от наличия или отсутствия симптомов. Эта когорта обследована принципиально лучше других, выявляемость в ней гораздо ближе к истинной заболеваемости -- и значит, именно она должна лечь в основу оценки эффективности.

Проблема в том, что если эти данные будут обсчитаны отдельно, эффективность Чедокс1 может не дотянуть даже до 50%.

На этом пока всё, ушли читать Росстат за октябрь.

Картинка про Чедокс1

Октябрь 2020, Росстат

От коронавирусной инфекции умерли 22571 человек, в 11630 случаях вирус идентифицирован, еще в 2266 основной диагноз ковид-19 поставлен при отрицательном результате теста.

8675 смертей связаны с COVID-19, который в их случае указан среди причин смерти как "прочее важное состояние". В 1711 случаях из 8675 эксперты не сочли ковид основной причиной смерти, но он оказал существенное влияние на развитие осложнений основного заболевания. Ещё в 6964 случаях умерший имел положительный тест на SARS-CoV2, но по мнению экспертной комиссии ковид никак не повлиял на осложнения, приведшие к смерти.

Также Росстат уточнил данные за сентябрь, общее число ковид-ассоциированных смертей составило 10 179 против 9 798, приведенных Росстатом ранее.

Общее число умерших от и с COVID-19 по Росстату за апрель—октябрь достигло 78 623 человек:
2 825 — апрель
12 669 — май
12 335 — июнь
10 371 — июль
7 673 — август
10 179 — сентябрь
22 571 — октябрь