Ну и все штаммобесие по состоянию на вчера на одной картинке от The Sun:

🔸UK: Кент, B.1.1.7.: случаев в Великобритании 72.193, ключевые мутации: N501Y ускоряет распространение

🔸UK: Бристоль, VOC-202102/02: случаев в Великобритании 22, ключевые мутации: кентский вариант плюс E484K, ассоциированная с иммунным ускользанием

🔸UK: Ливерпуль, VUI-202201/01: случаев в Великобритании 55, ключевые мутации: штамм 2020 года плюс E484K, ассоциированная с иммунным ускользанием

🔸Новый, B.1.525: случаев в Великобритании 42, ключевые мутации: E484K ассоциирована с иммунным ускользанием, Q677H, F888L с неизвестными свойствами

🔸ЮАР, 501Y.V2, он же B.1.351: случаев в Великобритании 217, ключевые мутации: N501Y ускоряет распространение, E484K ассоциирована с иммунным ускользанием

🔸Бразилия, P.1: случаев в Великобритании 0, ключевые мутации: N501Y ускоряет распространение, E484K ассоциирована с иммунным ускользанием, K417T c неизвестными свойствами

🔸Бразилия, P.2: случаев в Великобритании 31, ключевые мутации: E484K ассоциирована с иммунным ускользанием

🔸США: Калифорния, B.1.429: случаев в Великобритании 7, ключевые мутации: L452R ассоциирована с вакцинным ускользанием

🔸Новый (рекомбинант), B.1.1.7 + B.1.429: случаев в Великобритании 0, ключевые мутации: N501Y ускоряет распространение, L452R ассоциирована с вакцинным ускользанием

В Норвегии обнаружили новый штамм коронавируса. В Минздраве страны не исключают, что он может оказаться заразнее обычного.

Также отмечается, что новый штамм имеет общие черты как с британским, так и с южноафриканским вариантами. На сегодня известно о примерно 10 случаях заражения им.

https://govoritmoskva.ru/news/264210/

Мутации коронавируса, которые были выявлены за рубежом, в России сейчас не распространяются, сообщила глава Роспотребнадзора Анна Попова.

Кластер из 91 случаев в области Канто (накопитель для иммигрантов в окрестностях Токио) плюс 2 случая у прибывших в страну при проверке в аэропорту - Япония утверждает, что новый штамм с мутацией E484K (связана с иммунным ускользанием) прибыл из-за рубежа, но пока отказывается раскрывать страну происхождения иммигрантов. Учёт вариантов из Великобритании, ЮАР и Бразилии в Японии ведется отдельно, суммарно зарегистрирован 151 случай.

Никто не пишет о эпидситуации по ковиду так доступно, развернуто и правдиво, как Александр Драган. На праздниках обязательно найдите время, чтобы прочесть его крутой новый лонгрид Третьей волны не будет. Не будет? Что происходит в России и в мире с эпидемией.

В нем есть:
🔸снижение загруженности российских стационаров (с цифрами)
🔸парад снятия ограничений по регионам (со ссылками)
🔸обонятельные запросы, которые больше не коррелируют с динамикой заболеваемости (похоже, народ наконец-то нагуглился про потерю обоняния, причем не только в России)
🔸другие запросы, подобранные с большим умом и тщательностью, которые все еще работают: по ним мы опустились на уровни конца сентября - начала октября, но есть тревожные признаки прекращения спада
🔸ситуация в соседних странах
🔸ситуация в Европе (штаммобесие!)
🔸грипизинья и последние новости из Манауса, Мехико и Лимы
🔸выводы
Бонус - упоминание мудака Иоаннидиса. Мы, между прочим, наткнулись на беду в Манаусе едва ли не раньше всех только потому, что в конце прошлого года решили написать (и конечно не дописали) большой текст о том, как сильно навредил миру этот мракобес, укрывший свое ковид-диссидентство под мишурой наукообразных расчетов в поддержку всепереболелости и этопростогриппа.

Аналитика Драгана настолько импонирует авторам канала, что когда мы гуглим oxigênio, гугл выдает нам страницу Александра на Медиуме - потому что такое для нас как воздух🧡

Что же касается победы над ковидом - когда твой враг отступил в лес и затаился там, вооруженный до зубов, это точно не называется победой.

Если сейчас кто-то пишет, что он знает, почему ковид приостановил атаку по всему миру - этот человек находится во власти заблуждений: про снижающуюся вирулентность, про коллективный иммунитет, про миллиарды бессимптомно переболевших, про чудотворную силу вакцин, которые при ничтожной доле привитых успешно уничтожают ковид сиянием, исходящим от пресс-релизов и новостных заголовков.

Если сейчас кто-то использует словосочетание "возвращение к нормальной жизни" (в том числе в рекламе вакцинации против ковида) - он участвует в создании опасной иллюзии и ложного чувства безопасности.

Напомним, во что обошлась эта иллюзия в прошлый раз, когда потеря бдительности привела нас к чудовищной второй волне ковида:
🚩116 557 официально зарегистрированных ковидных смертей с сентября по декабрь (Росстат)
🚩252 054 умерших - избыточная смертность по отношению к сентябрю-декабрю 2019 (Росстат). 81% сверхсмертности, по словам премьера Голиковой, следует ассоциировать с ковидом - это 200 000 умерших
🚩и это 1 миллион или больше тяжело переболевших, если смертность среди пациентов с тяжелым течением оценивать в 20%
🚩еще 100-150 тысяч смертей и 300-400 тысяч госпитализаций мы можем получить как отложенное следствие осенней волны: британская статистика говорит, что в течение 5 месяцев каждый 3 пациент, перенесший тяжелый ковид, может попасть в больницу повторно, а каждый 8 - умереть.

Если наши расчеты верны, то каждый месяц второй волны - это не менее 330 000 госпитализаций (включая повторные в горизонте 5 месяцев) и не менее 75 000 смертей (включая отложенные, в том же горизонте).

Это как если бы в сентябре в гигантский ковидарий задыхаться лег весь Владимир или вся Калуга, в октябре - Нижний Тагил или Чита, в ноябре - Саранск или Симферополь, а в декабре в ковидном стационаре оказались бы Северное и Южное Бутово, вместе взятые. И в конце каждого месяца в выбранном городе навсегда гасло бы почти каждое четвертое окно, а половина выживших боролась бы с осложнениями ковида, с побочками громобойной терапии, с постковидом, с когнитивными нарушениями.

Так выглядит плата за летнюю беспечность и надменную уверенность в том, что произошла победа человека над вирусом, что ограничения больше не нужны, что пора возвращаться к нормальности.

И знаете, в гробу мы видали такую нормальность.

А всех тех, кто опять прощается с ковидом только потому, что тот перестал маячить перед носом и отступил на пару шагов, мы видали в аквариуме - вам с вашей трехсекундной памятью место именно там.

Художница Ольга Шумова: "Лучшая защита верующего христианина — молитва. Конечно все в пределах благоразумного...".

🇷🇺❗️Согласно данным трекера PANGO lineages в России подтвержден первый случай заражения бразильским штаммом коронавируса P.1. Стоит отметить, что российские власти официально эту информацию ещё не подтверждали.

Всего несколько дней отдыха - а сколько навалилось новостей. Будем разгребать.

Сначала штаммобесие: по Калифорнии с прошлого декабря бродят мутанты B.1.427 и B.1.429 (они же CAL.20C и 20C/L452R - не спрашивайте, нормальной единой номенклатуры до сих пор нет), опасность которых пока неясна. Калифорнийский университет в Сан-Франциско секвенировал 2172 генома из образцов вируса, взятых у пациентов в 44 округах Калифорнии в период с 1 сентября 2020 года по 29 января 2021, и утверждает, что вариант злой.

Чарльз Чу из UCSF, руководитель исследования:

Этот вариант вызывает беспокойство, потому что наши данные показывают, что он более заразен, с большей вероятностью связан с тяжелым течением и по крайней мере частично устойчив к нейтрализующим антителам.

21.3% всех сиквенсов - новый вариант (B.1.427 и B.1.429, он же 20C/L452R), за период с сентября по январь его частота в образцах возросла с 0 до 50%. Сравнив клинические данные 324 пациентов из медицинской системы UCSF и проведя необходимые корректировки на возраст, пол, расу и т. д. авторы исследования пришли к выводу, что с мутантом 20С вероятность госпитализации в ОРИТ в 4,8 раза выше, риск смерти более чем в 11 раз выше.

В исследовании также изучалась вирусная нагрузка у зараженных новым вариантом - она в 2 раза выше, чем у ков+ с диким типом вируса. В лаборатории псевдовирус с этой мутацией смог заражать клетки эффективнее, чем дикие штаммы, это подтверждают и данные из 5 калифорнийских домов престарелых: в одном из них возникла вспышка нового варианта, и инфекция распространилась быстрее, чем в 4 других, где источником заражения были старые штаммы вируса.

Ну и конечно мутация L452R - она делает то, от чего многие почти весь прошлый год отмахивались как от невозможного: в экспериментах с псевдовирусами спайк с этой мутацией снизил нейтрализующую способность сывороток переболевших (в 4 раза) и вакцинированных (в 2).

Все эти плохие новости пока еще не вышли даже в препринте - о них пишет Саенс, и было бы здорово, если бы отечественные журналисты взяли эту статью в качестве примера того, как надо писать о ковиде.

Во-первых, в статье есть не только процитированные выше выводы, но и исходные данные: 8 из 61 (13%) госпитализированных пациентов с новыми вариантами попали в ОРИТ в сравнении с 7 из 244 (2,9%) госпитализированных пациентов с диким типом. 7 из 62 человек (11,3%) с вариантами умерли - в контрольной группе с вирусом дикого типа их было 5 из 246 (или 2%).

Во-вторых, тут есть мнения оппонентов команды Чу:

Дейвид О'Коннор, специалист по секвенированию из Университета Висконсина, считает, что по такому маленькому числу исходов выводы делать нельзя - и мы не будем спрашивать, где он с этим ценным замечанием был в конце прошлого года, когда по ничтожно малому числу случаев тяжелого течения и смерти оценивалась эффективность вакцин и принималось решение об их вводе в гражданский оборот.

Второе замечание О'Коннора более резонно: все 7 умерших с новым вариантом умерли в период с 22 декабря по 28 января, когда нагрузка на госпитали была максимальной, так что их смерть может быть связана со снижением доступности помощи.

И хотя другой эксперт, Роберт Скули из Калифорнийского университета в Сан-Диего, косвенно подтверждает выводы работы:
в Южной Калифорнии мы видим больше людей... которые находятся в реанимации более длительное время.
мы согласны, что даже почти в 5 раз больше случаев критического течения можно объяснить тем, что из-за перегрузки пациенты поступают в больницу гораздо позже, чем следует. Нужно больше деталей.

Еще один хорошо знакомый нам эксперт, эпидемиолог Уильям Хэнедж из Гарварда, считает, что одних только данных этой работы недостаточно, чтобы классифицировать B.1.427 и B.1.429 как VoC, варианты, вызывающие озабоченность. Он отмечает, что калифорнийские варианты, вероятно, возникли в июле и июне 2020 года, но число инфекций не росло экспоненциально, как в случае с британцем, южноафриканцем и амазонцем:

Настоящим подтверждением будет если эти варианты, появившись в другом месте, создадут аналогичную [Калифорнии] эпидемическую ситуацию.

Билл Хенедж - автор милейшего слова scariant для вариантов, которыми пугают без веских оснований. Веские основания для эпидемиолога Хенеджа - это чтобы популяцию вариантом затопило, с доминированием в тестах, задыхающимися пациентами в больницах и, конечно, трупами. Есть труп - есть дело, нет трупа - нет дела, такой вот ученый-участковый, каких немало.

При всей симпатии к Хенеджу, который пишет о ковиде много и дельно, мы считаем, что лучше перебдеть, чем недобдеть. Действительно, не все тревожные варианты превращаются в ковидную волну - в первую очередь потому, что даже самые опасные мутанты не могут закрепиться в популяции без удачи: для хорошего старта им нужно суперраспространение там, где ограничительные меры минимальны (например, школы в Кенте или молодежные сборища в Квазулу-Натале). Но как и у людей, любой гаражный мутантный стартап может в любой момент поймать удачу за хвост и взлететь - поэтому мы конечно же считаем, что ко всем потенциально опасным мутантам следует относиться со всей серьезностью.

И поэтому мы считаем совершенно ненормальным обрушиваться на тех, кто занимается поиском вариантов, за плохие новости - а сегодня именно по этому поводу полыхает околонаучный сегмент Твиттера во главе с Эриком Тополем. Дело в том, что NYT посмели написать статью A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report о новом мутанте с E484K в Нью-Йорке по данным двух исследований, одно из которых (Калтех, между прочим) только-только выложено, и преподобный Тополь его еще не рецензировал, а второе (Дэвид Хо, Колумбийский университет) еще не опубликовано даже в препринте.

Калтех

Мы разработали программный инструмент Variant Database (VDB) для быстрого изучения меняющегося ландшафта мутаций в спайке. Используя этот инструмент, мы обнаружили новую линию вирусных изолятов в Нью-Йорке, которая имеет общие мутации с ранее описанными вариантами. Наиболее распространенными наборами мутаций в спайке в этой линии (обозначенной как B.1.526) являются L5F, T95I, D253G, E484K или S477N, D614G и A701V. Эта линия появилась в конце ноября 2020 года, в феврале 2021 изоляты этой линии составляют ~25% геномов коронавируса, секвенированных и депонированных из Нью-Йорка.

Есть две основные ветви этой линии: с заменой E484K и с заменой S477N, обе в рецептор-связывающем домене (RBD) спайка. Вот детали 4 мутаций в изолятах этой линии:
🔸E484K ослабляет нейтрализацию множества антител против SARS-CoV2, она присутствует в вариантах B.1.351 и P.1/B.1.1.248
🔸D253G связана с ускользанием от антител против N-концевого домена
🔸S477N обнаружена в нескольких более ранних линиях, расположена рядом с сайтом связывания целого ряда антител, есть указания на связь этой мутации с повышением инфекционности вируса за счет улучшенного взаимодействия с ACE2
🔸A701V примыкает к сайту расщепления S2 и присутствует в штамме B.1.351.

Общая картина мутаций в этой линии предполагает, что она возникла в том числе в ответ на давление отбора со стороны антител.

Колумбийский университет

Исследователи секвенировали 1142 образца от пациентов своего медицинского центра и обнаружили, что 12% были инфицированы вариантом, содержащим мутацию E484K. Дэвид Хо, руководитель исследования:

Пациенты, инфицированные вирусом, несущим эту мутацию, были в среднем примерно на 6 лет старше и чаще нуждались в госпитализации.
Мы видим случаи заболевания в Вестчестере, Бронксе и Квинсе, в нижнем Манхэттене и в Бруклине - так что, похоже, вариант широко распространен. Это не единичная вспышка.

Команда также выявила 6 случаев британского варианта, 2 случая бразильского варианта и 1 случай южноафриканского варианта - последние два штамма ранее в Нью-Йорке не регистрировались. Исследователи уже сообщили о находках властям штата Нью-Йорк и города, а также в ЦКЗ.

Казалось бы, ну что тут рецензировать? Все очевидно, компетенции ученых, сообщающих о E484K в Нью-Йорке, не вызывают вопросов. Памела Бьоркман - знаменитая биохимик, стоявшая у истоков структурной биологии и, помимо прочего, соавтор патентной заявки на использование мозаичных наночастиц в качестве коронавирусных иммуногенов. Дэвид Хо - еще более знаменитый вирусолог, один из разработчиков комбинированной антиретровирусной терапии ВИЧ, директор Aaron Diamond AIDS Research Center.

Но нет, Эрик Тополь пишет:

Почему группы исследователей отправляют [в СМИ] "препринты", которые никуда еще не выложены, и биомедицинское сообщество их еще не смотрело? Препринтов вам было мало? Что это теперь, пре-препринты, новый тренд?

Я думаю, научные журналисты должны установить высокую планку в отношении того, о каких пре-препринтах писать, особенно когда это может вызывать тревогу.

В комментариях стоит вой по поводу того, что население нидлессли запугивают. По пресс-релизам можно сколько угодно писать о хорошем - например, об эффективности вакцин против новых штаммов, которая потом не подтверждается, или о чудотворности препаратов типа колхицина. Но вот о тревожных новых вариантах писать нельзя - надо ждать, пока высочайший экспертный совет в Твиттере даст добро.

Только топольбюро на страже психики граждан нам, конечно, не хватало.

Start spreading the news▶️

Пока одни производители вакцин находятся в стадии отрицания ускользающих штаммов, а другие в стадии торга доказывают, что остатков протективности хватит на всех, Модерна сообщает, что материал для клинических испытаний вариант-специфичной кандидатной вакцины mRNA-1273.351 против варианта B.1.351 (ЮАР) произведен и уже отправлен в Национальные институты здравоохранения (NIH) США для фазы 1 КИ.

Компания рассматривает две стратегии повышения нейтрализующей эффективности поствакцинального иммунитета против вариантов SARS-CoV-2:

Бустинг
🔸Вариант-специфичный кандидатный бустер mRNA-1273.351 в дозировке 50 мкг и ниже
🔸Мультивалентный кандидатный бустер mRNA-1273.211 сочетает классическую mRNA-1273 и mRNA-1273.351 в одной вакцине в дозировке 50 мкг и ниже
🔸Третья доза mRNA-12739 в качестве бустера в дозировке 50 мкг

Вакцинация
🔸Вариант-специфичный кандидат mRNA-1273.351 в двух дозах до 100 мкг каждая
🔸Мультивалентный кандидат mRNA-1273.211 в двух дозах до 100 мкг каждая

В Нью-Йорке, стоило копнуть, нашлось все - и британец, и южноафриканец, и бразилец, и свой собственный новый вариант с ускользанием - но у нас никаких буржуазных вариантов коронавируса конечно же нет, поэтому в России вакцинные новости сегодня такие:

Первые потенциальные участники исследования вакцины от коронавируса "Спутник "Лайт" начали проходить медицинские обследования. Преимущество "Спутник Лайт" в том, что прививка потребуется всего одна.

Собянин: некоторые ограничительные меры в Москве могут снять в ближайшие один-два месяца. В том числе, это касается проведения фестивалей.

Ведомости:

Столичные власти ожидают, что в апреле в столице может появиться британский штамм коронавируса, из-за чего есть риск ухудшения эпидемиологической ситуации. Об этом «Ведомостям» рассказали собеседники, близкие к московскому правительству и администрации президента.

«Поскольку сейчас пошел спад очередной волны заболеваемости коронавирусом, то врачам дают отпуска, с тем чтобы к апрелю они обязательно были на работе. Есть опасения, что в Москве появится британский штамм коронавируса, который считается более заразным, и ситуация может вновь ухудшиться», – говорит собеседник, близкий к мэрии Москвы.

По его словам, Москва в целом шла с отставанием от Европы на месяц-два по коронавирусу, поэтому и сейчас такой расчет: «Поэтому пока никакие временные госпитали не закрывают». О том, что в середине весны московское правительство ждет ухудшения эпидемиологической ситуации, знает и собеседник, близкий к администрации президента. Пресс-секретарь мэра и правительства Москвы Гульнара Пенькова перенаправила запросы «Ведомостей» к Минздраву.

​​Не все студенты-медики получили ковидные выплаты. Только один из университетов должен учащимся более 4,5 млн рублей

Студенты из Архангельской области, Алтайского края и Дальнего Востока должны были получить социальные выплаты за прохождение практики в период эпидемии коронавируса не позднее последнего рабочего дня декабря.

К 1 марта задержка составит уже два месяца, а это значит, что ситуация подпадает под действие Уголовного кодекса.

Всероссийский студенческий союз, куда обратились пострадавшие, в понедельник 1 марта намерен подать заявление в прокуратуру.