С днём валентина🧡

И у нас есть четвертый мутант, получивший название B.1.525.

У него три делеции: две в спайке, норковая 69-70 и 144 (обе присутствуют в британском варианте), и одна в белке nsp6 полипротеина ORF1ab, которая присутствует и у британца B.1.1.7, и у южноафриканца B.1.351, и у амазонца P.1. Три замены в спайке представляются биологически значимыми: E484K (она есть у южноафриканца, бразильца и нового британского мутанта и связана с иммунным ускользанием), F888L (на конце внутреннего пептида слияния) и Q677H (рядом с фуриновой вставкой, отвечающей за расщепление спайка и вход в клетку).

Этот мутант, как и другие три с новыми свойствами, "самозародился" и является независимым от других новых штаммов продуктом эволюции. Но где именно он возник?

В новостях он сейчас фигурирует как "новый вариант с мутацией E484K, обнаруженный в Британии", потому что самый ранний сиквенс, датируемый 15 декабря, действительно из Великобритании, и больше всего (39) сиквенсов этого варианта в базе GISAID тоже из Великобритании - но, думаем, это только из-за того, что Нигерия ничтожно мало секвенирует. В Британии за период с 15 декабря секвенировано 75749 геномов и найдено 39 случаев B.1.525 - а в Нигерии первый мутант пойман 29 декабря, с этой даты загружено всего 125 сиквенсов, из них 29 сиквенсов - почти четверть - это B.1.525.
Очень похоже, что этот младенец - нигерийский.

Нигерия - 7 страна в мире по численности населения (210 миллионов, в том числе 21 миллион - в Лагосе). В стране очень мало тестируют (чуть меньше 1,4 миллионов тестов за все время пандемии), официально зарегистрировано 142578 случаев ковида и 1702 смерти. Но даже с поправкой на недоучет и ковида, и общего числа смертей вряд ли можно сказать, что это популяция с высокой долей переболевших. Если нигерийское происхождение варианта подтвердится, эволюционным биологам и эпидемиологам предстоит еще раз подумать над тем, как и при каких условиях возникает и набирает силу ускользающая мутация E484K. Отметим, что у 1,5% населения Нигерии выявлен ВИЧ - доля значительно ниже, чем, например, в ЮАР с 19%, но в абсолютном выражении это почти 2 миллиона человек, в том числе дети, и только половина ВИЧ+ получает АРТ.

Африка справилась с первой волной ковида гораздо лучше, чем ожидалось: в июле коэффициент летальности CFR ковида в Африке был ниже среднемирового и оценивался в 2,1%. Однако к февралю этого года ВОЗ оценивал его уже в 2,6%, а по последним оценкам он достиг 3,7%. В январе число смертей на континенте выросло на 40% в сравнении с декабрем. В Лагосе потребность медучреждений в кислороде к середине января выросла в 5 раз.

Многие думают, что посты в социальных сетях ничего не меняют в реальном мире. Иногда меняют - смотрите сами:

Было:
Г: В январе 2020-го результаты должны были быть выложены, но тут началось то, что началось. У меня одни и те же сотрудники составляют отчеты, пишут публикации и работают. Видели мальчиков и девочек, которые выходили после совещания?
Ж: Видела. В первую секунду подумала, что это студенты.
Г: Нет, все-таки постарше. Вот они у меня все и делают. Их человек 20. Просто рук не хватает.

Стало:
Дарье Егоровой всего тридцать с небольшим и выглядит она очень молодо. Но мало того, что Дарья - кандидат биологических наук, она руководит научной группой в Исследовательском центре эпидемиологии и микробиологии имени Н. Ф. Гамалеи и принимала участие в разработке вакцины Спутник-V против COVID-19. Буквально вчера в ООН отметили Всемирный день женщин в науке. Елена Вапничная расспросила Дарью Егорову о ее работе.

В этом направлении тоже произошли некоторые сдвиги:

Секвенирование полных геномов SARS-CoV2 как система —всеобщее, единообразное, репрезентативное (хотя бы по тепловой карте населения) могло бы обеспечить раннее выявление более патогенных или ускользающих мутантов, где бы они ни появились.

В подавляющем большинстве стран этого не делается даже на государственном уровне. Россия по состоянию на 9 января загрузила в GISAID 2 004 генома, собранных в период с марта по ноябрь 2020 — 0,5% от всей базы в 361 000 геномов. Основную часть работы выполняет созданный летом прошлого года на базе НИИ гриппа Российский консорциум по секвенированию геномов коронавирусов: по последним отчетам, сейчас он собирает данные из 36 регионов РФ. Для страны, где вирус активно распространяется по популяции, где чрезвычайно высок риск эволюции вируса в сторону повышения трансмиссивности или(и) ускользания от антител, Россия секвенирует слишком мало, слишком выборочно, слишком запоздало.

Британский вариант коронавируса быстро распространяется по Германии, сообщил Минздрав ФРГ. Всего две недели назад на него приходилось 6% от всех новых случаев заражений. При этом темп распространения коронавируса в целом постепенно снижается. Все подробности - здесь

Новости штаммобесия: финская лаборатория обнаружила очередной вариант с диагностическим ускользанием (мы уже писали об этой проблеме здесь).

Vita Laboratoriot Oy и Институт биотехнологии Хельсинкского университета обнаружили ранее неизвестный вариант коронавируса в образце коронавируса из южной Финляндии. Мутации в этом варианте затрудняют обнаружение хотя бы в одном из рекомендованных ВОЗ ПЦР-тестов. Это открытие может оказать значительное влияние на контроль за распространением болезни. Вирус SARS-CoV-2 (вариант), предварительно названный Fin-796H, имеет черты как британского, так и южноафриканского вариантов.

Подробности от Тару Мери из Vita Laboratoriot Oy:

Коронавирус обычно идентифицируется с помощью ПЦР-теста путем поиска двух генов. Ген N вновь обнаруженного вирусного варианта практически не был виден в ПЦР-тесте на корону. Таким образом, мутация может остаться незамеченной в ПЦР-тестах, которые ищут только ген N вируса.

Еще осенью и в начале зимы вероятность скорого появления ускользающих мутантов большинству ученых казалось ничтожно малой. Теперь же чем выше всеобщая настороженность - тем больше будет подобных находок.
Носите респираторы, не отказывайтесь от социальных ограничений раньше времени и сохраняйте спокойствие.

Больше новостей штаммобесия: 2 февраля на виртуальной конференции Нью-Йоркской Академии наук доктор Бетт Корбер из Национальной лаборатории Лос-Аламос в США сообщила о геноме с признаками рекомбинации двух штаммов - хорошо известного британца B.1.1.7 и калифорнийца B.1.429 с мутацией L452R, которая может быть связана с иммунным ускользанием. Вчера о находке написал New Scientist.

Геном был обнаружен в ходе расследования недавнего роста числа случаев ковида в Лос-Анджелесе, которая может быть связана с новым вариантом B.1.429. В доказательство того, что это именно рекомбинант, Корбер представила визуализацию генома химерного вируса как мозаики последовательностей от двух разных линий с разной эволюционной историей. Возникновение такой химеры трудно объяснить чем-то кроме рекомбинации в клетке, заражённой двумя штаммами вируса, считает доктор Корбер - вычислительный биолог, работающая в области разработки вакцин против ВИЧ.

Еще в декабре мы писали, что забывать о рекомбинации SARS-CoV2 только потому, что до сих пор не было её свидетельств, не следует:

Главное, что нужно знать о SARS-CoV2 - этот вирус легко мутирует, поскольку у РНК-содержащих вирусов (коронавирусы, грипп, ВИЧ, Эбола, Зика) отсутствуют или несовершенны механизмы исправления ошибок, произошедших при репликации вирусной РНК. В теории он также способен на рекомбинацию генома (обмен фрагментами генома между разными штаммами/вирусами, приводящий к резкому изменению биологических свойств вируса) — в отличие от MERS-CoV и SARS-CoV свидетельств рекомбинации для SARS-CoV2 пока нет, и это ещё раз подтверждает: ни теоретически, ни на близких системах мы не можем прогнозировать направление эволюции, которое выберет вирус.

Опасен ли калифорнийский рекомбинант? Скорее, наоборот, это хорошая находка - и вот почему: пока что это единственный такой сиквенс в Калифорнии, и похоже он не смог распространиться в популяции. Зато смогли распространиться новости о нем, и мы надеемся, что теперь к сценарию рекомбинации штаммов SARS-CoV2 начнут относиться серьезно - особенно разработчики вакцин и руководители здравоохранения, в умах некоторых из которых коронавирус до сих пор медленно дрейфует в сторону безобидных соплей.

Бетт Корбер предупреждает:
Такое событие [рекомбинация] может позволить более заразному вирусу связаться с более резистентным.

Сергей Понд, профессор биологии из Университета Темпл в Пенсильвании, который занимается поиском рекомбинантов в базе геномов, предупреждает:
Возможно, мы подходим к тому моменту, когда это [события рекомбинации] начинают происходить с заметной частотой. Все коронавирусы рекомбинируют, поэтому это вопрос "когда", а не "если".

Будут ли вакцины первого поколения эффективны против рекомбинантных штаммов, когда те возникнут - как вы думаете?

Ну и все штаммобесие по состоянию на вчера на одной картинке от The Sun:

🔸UK: Кент, B.1.1.7.: случаев в Великобритании 72.193, ключевые мутации: N501Y ускоряет распространение

🔸UK: Бристоль, VOC-202102/02: случаев в Великобритании 22, ключевые мутации: кентский вариант плюс E484K, ассоциированная с иммунным ускользанием

🔸UK: Ливерпуль, VUI-202201/01: случаев в Великобритании 55, ключевые мутации: штамм 2020 года плюс E484K, ассоциированная с иммунным ускользанием

🔸Новый, B.1.525: случаев в Великобритании 42, ключевые мутации: E484K ассоциирована с иммунным ускользанием, Q677H, F888L с неизвестными свойствами

🔸ЮАР, 501Y.V2, он же B.1.351: случаев в Великобритании 217, ключевые мутации: N501Y ускоряет распространение, E484K ассоциирована с иммунным ускользанием

🔸Бразилия, P.1: случаев в Великобритании 0, ключевые мутации: N501Y ускоряет распространение, E484K ассоциирована с иммунным ускользанием, K417T c неизвестными свойствами

🔸Бразилия, P.2: случаев в Великобритании 31, ключевые мутации: E484K ассоциирована с иммунным ускользанием

🔸США: Калифорния, B.1.429: случаев в Великобритании 7, ключевые мутации: L452R ассоциирована с вакцинным ускользанием

🔸Новый (рекомбинант), B.1.1.7 + B.1.429: случаев в Великобритании 0, ключевые мутации: N501Y ускоряет распространение, L452R ассоциирована с вакцинным ускользанием

В Норвегии обнаружили новый штамм коронавируса. В Минздраве страны не исключают, что он может оказаться заразнее обычного.

Также отмечается, что новый штамм имеет общие черты как с британским, так и с южноафриканским вариантами. На сегодня известно о примерно 10 случаях заражения им.

https://govoritmoskva.ru/news/264210/

Мутации коронавируса, которые были выявлены за рубежом, в России сейчас не распространяются, сообщила глава Роспотребнадзора Анна Попова.

Кластер из 91 случаев в области Канто (накопитель для иммигрантов в окрестностях Токио) плюс 2 случая у прибывших в страну при проверке в аэропорту - Япония утверждает, что новый штамм с мутацией E484K (связана с иммунным ускользанием) прибыл из-за рубежа, но пока отказывается раскрывать страну происхождения иммигрантов. Учёт вариантов из Великобритании, ЮАР и Бразилии в Японии ведется отдельно, суммарно зарегистрирован 151 случай.

Никто не пишет о эпидситуации по ковиду так доступно, развернуто и правдиво, как Александр Драган. На праздниках обязательно найдите время, чтобы прочесть его крутой новый лонгрид Третьей волны не будет. Не будет? Что происходит в России и в мире с эпидемией.

В нем есть:
🔸снижение загруженности российских стационаров (с цифрами)
🔸парад снятия ограничений по регионам (со ссылками)
🔸обонятельные запросы, которые больше не коррелируют с динамикой заболеваемости (похоже, народ наконец-то нагуглился про потерю обоняния, причем не только в России)
🔸другие запросы, подобранные с большим умом и тщательностью, которые все еще работают: по ним мы опустились на уровни конца сентября - начала октября, но есть тревожные признаки прекращения спада
🔸ситуация в соседних странах
🔸ситуация в Европе (штаммобесие!)
🔸грипизинья и последние новости из Манауса, Мехико и Лимы
🔸выводы
Бонус - упоминание мудака Иоаннидиса. Мы, между прочим, наткнулись на беду в Манаусе едва ли не раньше всех только потому, что в конце прошлого года решили написать (и конечно не дописали) большой текст о том, как сильно навредил миру этот мракобес, укрывший свое ковид-диссидентство под мишурой наукообразных расчетов в поддержку всепереболелости и этопростогриппа.

Аналитика Драгана настолько импонирует авторам канала, что когда мы гуглим oxigênio, гугл выдает нам страницу Александра на Медиуме - потому что такое для нас как воздух🧡

Что же касается победы над ковидом - когда твой враг отступил в лес и затаился там, вооруженный до зубов, это точно не называется победой.

Если сейчас кто-то пишет, что он знает, почему ковид приостановил атаку по всему миру - этот человек находится во власти заблуждений: про снижающуюся вирулентность, про коллективный иммунитет, про миллиарды бессимптомно переболевших, про чудотворную силу вакцин, которые при ничтожной доле привитых успешно уничтожают ковид сиянием, исходящим от пресс-релизов и новостных заголовков.

Если сейчас кто-то использует словосочетание "возвращение к нормальной жизни" (в том числе в рекламе вакцинации против ковида) - он участвует в создании опасной иллюзии и ложного чувства безопасности.

Напомним, во что обошлась эта иллюзия в прошлый раз, когда потеря бдительности привела нас к чудовищной второй волне ковида:
🚩116 557 официально зарегистрированных ковидных смертей с сентября по декабрь (Росстат)
🚩252 054 умерших - избыточная смертность по отношению к сентябрю-декабрю 2019 (Росстат). 81% сверхсмертности, по словам премьера Голиковой, следует ассоциировать с ковидом - это 200 000 умерших
🚩и это 1 миллион или больше тяжело переболевших, если смертность среди пациентов с тяжелым течением оценивать в 20%
🚩еще 100-150 тысяч смертей и 300-400 тысяч госпитализаций мы можем получить как отложенное следствие осенней волны: британская статистика говорит, что в течение 5 месяцев каждый 3 пациент, перенесший тяжелый ковид, может попасть в больницу повторно, а каждый 8 - умереть.

Если наши расчеты верны, то каждый месяц второй волны - это не менее 330 000 госпитализаций (включая повторные в горизонте 5 месяцев) и не менее 75 000 смертей (включая отложенные, в том же горизонте).

Это как если бы в сентябре в гигантский ковидарий задыхаться лег весь Владимир или вся Калуга, в октябре - Нижний Тагил или Чита, в ноябре - Саранск или Симферополь, а в декабре в ковидном стационаре оказались бы Северное и Южное Бутово, вместе взятые. И в конце каждого месяца в выбранном городе навсегда гасло бы почти каждое четвертое окно, а половина выживших боролась бы с осложнениями ковида, с побочками громобойной терапии, с постковидом, с когнитивными нарушениями.

Так выглядит плата за летнюю беспечность и надменную уверенность в том, что произошла победа человека над вирусом, что ограничения больше не нужны, что пора возвращаться к нормальности.

И знаете, в гробу мы видали такую нормальность.

А всех тех, кто опять прощается с ковидом только потому, что тот перестал маячить перед носом и отступил на пару шагов, мы видали в аквариуме - вам с вашей трехсекундной памятью место именно там.

Художница Ольга Шумова: "Лучшая защита верующего христианина — молитва. Конечно все в пределах благоразумного...".

🇷🇺❗️Согласно данным трекера PANGO lineages в России подтвержден первый случай заражения бразильским штаммом коронавируса P.1. Стоит отметить, что российские власти официально эту информацию ещё не подтверждали.

Всего несколько дней отдыха - а сколько навалилось новостей. Будем разгребать.

Сначала штаммобесие: по Калифорнии с прошлого декабря бродят мутанты B.1.427 и B.1.429 (они же CAL.20C и 20C/L452R - не спрашивайте, нормальной единой номенклатуры до сих пор нет), опасность которых пока неясна. Калифорнийский университет в Сан-Франциско секвенировал 2172 генома из образцов вируса, взятых у пациентов в 44 округах Калифорнии в период с 1 сентября 2020 года по 29 января 2021, и утверждает, что вариант злой.

Чарльз Чу из UCSF, руководитель исследования:

Этот вариант вызывает беспокойство, потому что наши данные показывают, что он более заразен, с большей вероятностью связан с тяжелым течением и по крайней мере частично устойчив к нейтрализующим антителам.

21.3% всех сиквенсов - новый вариант (B.1.427 и B.1.429, он же 20C/L452R), за период с сентября по январь его частота в образцах возросла с 0 до 50%. Сравнив клинические данные 324 пациентов из медицинской системы UCSF и проведя необходимые корректировки на возраст, пол, расу и т. д. авторы исследования пришли к выводу, что с мутантом 20С вероятность госпитализации в ОРИТ в 4,8 раза выше, риск смерти более чем в 11 раз выше.

В исследовании также изучалась вирусная нагрузка у зараженных новым вариантом - она в 2 раза выше, чем у ков+ с диким типом вируса. В лаборатории псевдовирус с этой мутацией смог заражать клетки эффективнее, чем дикие штаммы, это подтверждают и данные из 5 калифорнийских домов престарелых: в одном из них возникла вспышка нового варианта, и инфекция распространилась быстрее, чем в 4 других, где источником заражения были старые штаммы вируса.

Ну и конечно мутация L452R - она делает то, от чего многие почти весь прошлый год отмахивались как от невозможного: в экспериментах с псевдовирусами спайк с этой мутацией снизил нейтрализующую способность сывороток переболевших (в 4 раза) и вакцинированных (в 2).

Все эти плохие новости пока еще не вышли даже в препринте - о них пишет Саенс, и было бы здорово, если бы отечественные журналисты взяли эту статью в качестве примера того, как надо писать о ковиде.

Во-первых, в статье есть не только процитированные выше выводы, но и исходные данные: 8 из 61 (13%) госпитализированных пациентов с новыми вариантами попали в ОРИТ в сравнении с 7 из 244 (2,9%) госпитализированных пациентов с диким типом. 7 из 62 человек (11,3%) с вариантами умерли - в контрольной группе с вирусом дикого типа их было 5 из 246 (или 2%).

Во-вторых, тут есть мнения оппонентов команды Чу:

Дейвид О'Коннор, специалист по секвенированию из Университета Висконсина, считает, что по такому маленькому числу исходов выводы делать нельзя - и мы не будем спрашивать, где он с этим ценным замечанием был в конце прошлого года, когда по ничтожно малому числу случаев тяжелого течения и смерти оценивалась эффективность вакцин и принималось решение об их вводе в гражданский оборот.

Второе замечание О'Коннора более резонно: все 7 умерших с новым вариантом умерли в период с 22 декабря по 28 января, когда нагрузка на госпитали была максимальной, так что их смерть может быть связана со снижением доступности помощи.

И хотя другой эксперт, Роберт Скули из Калифорнийского университета в Сан-Диего, косвенно подтверждает выводы работы:
в Южной Калифорнии мы видим больше людей... которые находятся в реанимации более длительное время.
мы согласны, что даже почти в 5 раз больше случаев критического течения можно объяснить тем, что из-за перегрузки пациенты поступают в больницу гораздо позже, чем следует. Нужно больше деталей.

Еще один хорошо знакомый нам эксперт, эпидемиолог Уильям Хэнедж из Гарварда, считает, что одних только данных этой работы недостаточно, чтобы классифицировать B.1.427 и B.1.429 как VoC, варианты, вызывающие озабоченность. Он отмечает, что калифорнийские варианты, вероятно, возникли в июле и июне 2020 года, но число инфекций не росло экспоненциально, как в случае с британцем, южноафриканцем и амазонцем:

Настоящим подтверждением будет если эти варианты, появившись в другом месте, создадут аналогичную [Калифорнии] эпидемическую ситуацию.

Билл Хенедж - автор милейшего слова scariant для вариантов, которыми пугают без веских оснований. Веские основания для эпидемиолога Хенеджа - это чтобы популяцию вариантом затопило, с доминированием в тестах, задыхающимися пациентами в больницах и, конечно, трупами. Есть труп - есть дело, нет трупа - нет дела, такой вот ученый-участковый, каких немало.

При всей симпатии к Хенеджу, который пишет о ковиде много и дельно, мы считаем, что лучше перебдеть, чем недобдеть. Действительно, не все тревожные варианты превращаются в ковидную волну - в первую очередь потому, что даже самые опасные мутанты не могут закрепиться в популяции без удачи: для хорошего старта им нужно суперраспространение там, где ограничительные меры минимальны (например, школы в Кенте или молодежные сборища в Квазулу-Натале). Но как и у людей, любой гаражный мутантный стартап может в любой момент поймать удачу за хвост и взлететь - поэтому мы конечно же считаем, что ко всем потенциально опасным мутантам следует относиться со всей серьезностью.