Мы считаем, что запрет повелительного наклонения - первый шаг на пути к оздоровлению всего того, что болеет.
А еще мы прочли свежие препринты об ускользании новых вариантов от поствакцинального иммунитета - новости умеренно плохие, завтра выложим нудный лонгрид.

Итак, обещанный лонгрид "Ускользает ли британский вариант B1.1.7 от вакцин и что вообще происходит?" Выложим по частям, а в конце будет ссылка на человекочитаемый текст на Медиуме.

Помните, в конце новогодних каникул везде активно сообщали, что Файзер подтвердил эффективность своей вакцины против новых штаммов — британского и южноафриканского? Знаете, почему мы не написали об этом?

Нам показалось некорректным, что исследователи протестировали ин витро эффективность сыворотки вакцинированных против одной-единственной замены N501Y из всего набора мутаций одного-единственного мутанта B1.1.7 (ΔH69/V70, ΔY144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H — вот сколько мутаций в спайк-белке у этого варианта) — при этом результат разошелся по СМИ в формулировке “эффективность против новых вариантов”, а Pfizer/BioNTech не стали эту скользкую, как новые мутанты, формулировку опровергать.

Мы решили дождаться результатов более полного эксперимента — и правильно сделали: теперь мы можем разобрать целых две публикации, ни одна из которых не соответствует оптимистичным заголовкам СМИ.

19 января вышел препринт работы от команды Pfizer/BioNTech под руководством основателя BioNTech Угура Сахина Neutralization of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 pseudovirus by BNT162b2 vaccine-elicited human sera

Команда использовала сыворотки 16 человек (8 в возрасте 18–55, 8 в возрасте 55–85), взятые на 43 день от начала вакцинации и на 21 день от 2 инъекции. Это участники фазы 1/2 КИ вакцины в Германии.

Чтобы выполнить сравнение, ученые сконструировали два псевдовируса (pseudovirus neutralization test pVNT): к первому прикрутили спайк-белок уханьского штамма (который, заметим, давно вытеснен штаммами с мутацией D614G), ко второму — спайк британского варианта B1.1.7.

Далее они поставили эксперимент, который называется реакция нейтрализации (neutralization test, NT): приготовили линейку последовательных разведений сыворотки, инкубировали каждое разведение сначала с псевдовирусом, затем с клетками, экспрессирующими ACE2, чтобы антитела прореагировали с вирусом и связали некую долю вирусных частиц, не позволив им соединиться с ACE2 — а затем оценили результат с помощью биолюминесцентного анализа.
⬇️

Реакция нейтрализации является наиболее чувствительной и специфичной из всех существующих серологических реакций.

В таком тесте разведениям (на рисунке - абстрактный пример последовательных десятикратных разведений) как бы устанавливается KPI — защитить не менее 50% зараженной вирусом биологической системы.

Для каждой сыворотки KPI выполняется до какого-то уровня разведения — дальше она перестает справляться с задачей.

Упрощённо, титр pVNT50 — это самое «разбавленное» из разведений, которое смогло выполнить назначенный 50%-ный KPI.

На рисунке - абстрактный пример с двукратными разведениями. Разведение 1:2 — это 1 часть сыворотки на 1 часть растворителя; разведение 1:4 — это 1 часть предыдущего разведения 1:2 на 1 часть растворителя - и т. д.

Чем меньше знаменатель pVNT50 — тем ниже нейтрализующая эффективность сыворотки. Например, на рисунке сыворотка с титром 1:64 на 1 ступень разведения слабее сыворотки с титром 1:128.

Возвращаясь к исследованию команды Pfizer/BioNTech: по результатам эксперимента учёные делают следующий вывод:

Отношение среднего геометрического титра 50% нейтрализации (GMT) сыворотками псевдовируса с шипом SARS-CoV-2 B.1.1.7 и псевдовируса с эталонным уханьским шипом составило 0,79, что указывает на отсутствие биологической значимости различия в нейтрализующей активности.

А в абстракте работы (дальше которого большинство не читает) ещё смелее пишут:

Иммунные сыворотки имели эквивалентные нейтрализующие титры для обоих вариантов.

Но сами посмотрите на график, действительно ли мы видим на нём эквивалентные титры?

Сыворотки 12 из 16 вакцинированных при встрече с британским вариантом (красный столбец) потеряли часть своей нейтрализующей эффективности. Только у 4 человек — 2 молодых (треугольники) и 2 пожилых (круги) эффективность сыворотки не продемонстрировала снижения при встрече с британским штаммом.
Помимо прочего, мы видим в этой каше снижение более чем на 1 ступень у 2 пожилых участников (с 320 до 160 и с~160 до ~80) — это 12% всей выборки и четверть пожилой группы.

На наш взгляд, этот график выглядит как тренд на снижение эффективности— предпосылки к вакцинному ускользанию определённо наблюдаются.

Собственно, эзоповым языком об этом же в финале публикации пишут и сами её авторы:

Будущие дополнительные эксперименты смогут подтвердить эффективную нейтрализацию клинических изолятов линии B.1.1.7. Продолжающаяся эволюция SARS-CoV-2 требует непрерывного мониторинга влияния изменений на сохранение защиты, создаваемой разрешенными в настоящее время вакцинами.

В отличие от вакцин против гриппа, пока не установлено, какое именно снижение нейтрализации должно указывать на необходимость замены штамма в вакцинах против COVID-19.

Учитывая полиэпитопный иммунный ответ с одновременной активацией нейтрализующих антител и Т-клеток, то есть формирование более одного потенциального медиатора защиты в результате иммунизации вакциной BNT162b2, возможно, вакцина может сохранять эффективность, даже если тесты сывороток демонстрируют значительное снижение эффективности.

20 января вышел препринт работы от команды Gupta Lab Кембриджского университета под руководством Рави Гупты Impact of SARS-CoV-2 B.1.1.7 Spike variant on neutralisation potency of sera from individuals vaccinated with Pfizer vaccine BNT162b2

В фокусе этого исследования — конкретные британские реалии: очень пожилые люди, вакцина Файзер, дискуссия о том, можно ли в условиях дефицита вакцины увеличить интервал между 1 и 2 дозой.

Напомним, что в данных КИ вакцины через 14 дней графики заболеваемости в группе вакцины и контроля начинали резко расходиться. Авторы соотнесли свою выборку участников с данными исследования в рамках фазы I КИ BNT162b1/BNT162b2 в США (Safety and Immunogenicity of Two RNA-Based Covid-19 Vaccine Candidates от 17 декабря): в нём средняя геометрическая концентрация (GMC) всех иммуноглобулинов G против RBD спайк-белка (нейтрализующих и ненейтрализующих) в группе вакцинированных через 21 день после 1 дозы 30ug BNT162b2 была выше, чем GMC панели плазмы реконвалесцентов (1,536 против 602 U/ml) — но при этом средний геометрический титр в реакции нейтрализации (GMT) был примерно в 3 раза ниже (24 против 94), чем у панели плазмы реконвалесцентов. После 2 дозы вакцины титры нейтрализации существенно выросли, в том числе в когорте пожилых участников (12 человек, GMT вырос с 12 до 109).

В исследовании лаборатории Гупты использовались сыворотки 23 человек (медианный возраст 82 года, 70% мужчины), взятые через 3 недели после введения первой дозы вакцины BNT162b2 от Pfizer/BioNTech (авторы работы анонсировали 2 часть исследования с сыворотками участников после 2 дозы вакцины).

Команда оценила уровень антител IgG к N-белку, спайк-белку и RBD спайка — уровни в целом коррелировали с результатами переболевших, но в когорте 80+произошло неприятное: уровни антител к спайку и RBD спайка рассредоточились в широком диапазоне с примерно 100-кратной разницей между пограничными значениями.

A. Serum IgG responses against N protein, Spike and the Spike Receptor Binding Domain (RBD) from 23 vaccinated participants (green), 20 recovered COVID-19 cases (red), 3 convalescent plasma units and 20 healthy controls (grey) as measured by a flow cytometry based Luminex assay. MFI — mean fluorescence intensity. B. Scatter plot of Serum IgG responses versus age of participants.

Далее учёные изучили нейтрализующую способность сывороток вакцинированных (напомним - недовакцинированных) против трех вариантов псевдовирусов:

1 — со спайк-белком дикого типа (штамм D614G)

2 — со спайк-белком с 3 мутациями, которые считаются ключевыми для варианта B.1.1.7 (делеция 69/70, N501Y, A570D)

3 — со спайк-белком с полным набором мутаций, присутствующих в варианте B.1.1.7 (N501Y, A570D, H69/V70, 144/145, P681H, T716I, S982A, D1118H)

И тут образовалось два нехороших сюжета⬇️

Нехороший сюжет 1:

У 8 из 23 участников спустя 3 недели после 1 дозы вакцины сыворотка не приобрела выраженной нейтрализующей эффективности даже против обычного дикого типа вируса. 7 из них — из когорты 80+ (50% всей группы 80+).

Иными словами, вакцина Файзер, которой сейчас прививают стариков, не показала эффективности после 1 дозы у ~половины стариков (вспоминаем Израиль).

Находку авторы прокомментировали осторожно:

Возможно, это будет - но может быть и не будет - компенсировано второй дозой. Важно наблюдать всех участников в течение следующих месяцев для измерения активности нейтрализации, а также получения данных о повторном заражении.

Нехороший сюжет 2:

A, B. Neutralisation by vaccine sera against wild type and mutant viruses: N501Y, A570D and H69/V70. C,D. B.1.1.7 contains N501Y, A570D, H69/V70, 144/145, P681H, T716I, S982A and D1118H.

В то время как сыворотки остальных участников с разной степенью успешности справлялись с нейтрализацией псевдовируса с 3 мутациями, для псевдовируса с полным набором мутаций результат оказался гораздо хуже: нейтрализация наблюдалась только у 15 участников из 23, из них у 10 снижение эффективности составило более 3 раз, у 7 — более 4 раз.

Медиана снижения эффективности нейтрализующих антител против варианта B.1.1.7 по сравнению с диким типом составила 3,85 раза (IQR 2,68–5,28).

Это может ставить под сомнение актуальность всех предшествующих исследований, где с диким типом сравнивались отдельные мутации, а не новый вариант спайк-белка полностью.

Мы делаем из всего прочитанного и описанного выше следующие выводы:

Вывод 1
Защита после 1 дозы вакцины Файзер? Чем старше вакцинируемый, тем сомнительнее её наличие. Возможно, уже сейчас Израиль убедительно доказывает, что это был миф.
Где бы вы нас ни читали — в Европе, в Израиле, в Штатах или в России —  пожалуйста, не допустите, чтобы ваши старики снимали респираторы, отказывались от социального дистанцирования и других мер безопасности сразу после вакцинации.

Вывод 2

Новые мутанты доказанно снижают эффективность вакцин - вопрос только в том, насколько сильно, и когда будет пора выливать в раковину вакцины первого поколения.
Получить ответ на этот вопрос сложнее, чем кажется, поскольку никто точно ничего не знает.

Процитируем Угура Сахина ещё раз:

В отличие от вакцин против гриппа, пока не установлено, какое именно снижение нейтрализации должно указывать на необходимость замены штамма в вакцинах против COVID-19.

Также процитируем Рави Гупту:
Вопрос: В части эффективности вакцин, будет ли 10-кратное снижение нейтрализации означать, что нужна новая вакцина? Или 100-кратное?
Ответ: Хороший вопрос, я думаю, серьёзно смотреть в эту сторону следует при 10-кратном снижении.

Что отправляется в раковину совершенно точно и прямо сейчас — так это популярный нарратив о том, что несколько жалких мутаций не могут значимо ухудшить эффективность поствакцинального антительного ответа, потому что он же такой поликлональный.

Могут — и ухудшают.

Сыворотки показывают сносные результаты, если им предложить для нейтрализации спайк с выборочными мутациями — но если дать им полный мутантный спайк новых вариантов, то тут уже вполне возможен нокаут: мы видим это в экспериментах команды Гупты с сыворотками вакцинированных, и в экспериментах южноафриканских учёных с сыворотками реконвалесцентов.

Вывод 3

По вариантам из ЮАР и Бразилии у нас есть отдельные (умеренно тревожные) данные экспериментов с E484K и K417N — но нет практически ничего по полным мутантным спайкам. Основная работа сейчас — публикация SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma, о которой мы писали на прошлой неделе — но в ней использована плазма реконвалесцентов, а не вакцинированных.

Вот что думают в Британии: 19 января Мэтт Хэнкок провел совещание с лидерами бизнеса и туристической индустрии, запись которого утекла в СМИ, где сказал следующее:

Есть доказательства в открытом доступе, хотя мы не уверены в этих данных, поэтому я бы не стал говорить об этом публично, но южноафриканский вариант снижает эффективность вакцины примерно на 50%.

Мы тестируем это, у нас есть несколько южноафриканских вариантов в Портон-Дауне, и мы их тестируем.

У нас идут клинические испытания в Южной Африке, где проверяется, работает ли вакцина AstraZeneca.

Тем не менее, если мы вакцинируем население, а затем получим новый вариант, который обходит вакцину, то это вернёт нас на старт.

Не верите Хэнкоку? Вот председатель Научного совета Франции Жан-Франсуа Дельфресси:

Чувствительны ли эти варианты к вакцинам? У нас есть часть ответа касаемо британского варианта: похоже, судя по предварительным данным, что он всё ещё чувствителен к обеим вакцинам на основе матричной РНК.

С другой стороны, южноафриканский вариант и бразильский вариант нейтрализуются очень слабо как моноклональными антителами, которые обычно нейтрализовали вирус, так и антителами, полученными от пациентов после ковида — это означает, что защиты нет.

Наконец, по первым данным, американское исследование показывает, что для южноафриканского варианта эффективность вакцин снижается примерно на 40%.

Вывод из выводов

По-видимому, все три новых штамма — британский, южноафриканский и бразильский — уже в Европе. Израиль полностью закрылся на въезд и выезд, европейские страны ужесточают карантин — потому что ученые все проспали.

Весь прошлый год нас вели молодые науки, которые опираются на данные большого числа экспериментов в лаборатории и сравнительно небольшой объем данных из реального мира. Делались некоторые выводы о сути процессов — некоторые оказались ошибочны и уже опровергнуты, некоторые ошибочны, но еще не опровергнуты, некоторые верны. Знаем ли мы, какие из выводов верны, а какие вскоре будут опровергнуты? Мы не знаем.

Есть ли у ученых ясная и гармоничная фундаментальная картина происходящего? Нет, её нет.

Могут ли ученые, не имея фундаментального представления о сути происходящих процессов, делать сбывающиеся прогнозы? Нет, не могут. Мы находимся на огромной карте, и открыта нам всего лишь малая ее часть.

Смогла ли наука предсказать ускользающих мутантов? Нет, если мы говорим не об отдельных ученых, а о мейнстриме. Хуже того, ригидность мышления научного сообщества оказалась выше, чем мы думали — даже сейчас, когда природа буквально ткнула их носом в штаммы с иммунным ускользанием, многие до сих пор не хотят верить в то, что они видят, потому что это противоречит их ожиданиям (помните же все это про вирус, который стремится стать более безобидным, про низкую скорость мутации и т. д. и т. п).

Может ли такая наука предугадывать эволюцию вируса? Да вот что-то не очень похоже!

Может ли такая наука в настоящем создавать вакцины, эффективные против будущих штаммов? Только если очень повезет — знаний и компетенций для такого прогнозирования на данном этапе явно недостаточно.

Человечество легкомысленно впустило в популяцию очень опасный вирус, и пока он нас переигрывает.

Когда британский, южноафриканский, бразильский или свои собственные похожие мутанты появятся в России? Это вопрос времени — но как и всегда, будущее в России мы встречаем с широко распахнутыми объятиями и неизменными блинами на лопате. Нет даже намека на приготовления к надвигающемуся шторму, который французский профессор Дельфресси вчера назвал “второй пандемией”.

Стоит ли в этой ситуации вакцинироваться препаратами первого поколения?
Только в случае, если после вакцинации вы продолжите носить респиратор и соблюдать все ограничительные меры.

В противном случае вакцинация даст вам ложное чувство безопасности —её эффективность в защите от новых вариантов может оказаться драматически ниже той, на которую вы рассчитываете. И когда новый вариант, полный крутых мутаций, ускользающих от хваленых антител, присядет к вам на слизистую — он не посмотрит в ваш иммунный паспорт, и прошлогодние публикации разработчиков в топовых медицинских журналах он тоже не прочтет. Он просто сделает то, что умеет — причинит вред вам и вашим близким.
И вам некого будет винить, кроме себя — потому что вы только что прочли этот пост, а значит, вы были предупреждены.

Есть ли у вас антитела или нет, вакцинировались ли вы или нет — пожалуйста, наденьте респиратор, носите его и будьте здоровы.

Ну и завершает нашу серию постов опубликованный час назад пресс-релиз Модерны:

Moderna Inc. (Nasdaq: MRNA), биотехнологическая компания, впервые разработавшая терапевтические средства и вакцины на основе матричной РНК (мРНК), сегодня объявила о результатах исследований нейтрализации in vitro сывороток людей, вакцинированных вакциной Moderna COVID-19, которые показывают активность против появляющихся штаммов SARS-CoV-2. Вакцинация препаратом Moderna COVID-19 обеспечила нейтрализующие титры против всех протестированных ключевых новых вариантов, включая B.1.1.7 и B.1.351, впервые выявленных в Великобритании и Южно-Африканской Республике соответственно.

Исследование не показало значительного влияния на нейтрализующие титры против варианта B.1.1.7 по сравнению с предыдущими вариантами. Шестикратное снижение нейтрализующих титров наблюдалось в эксперименте с вариантом B.1.351 по сравнению с предыдущими вариантами.

Несмотря на это снижение, уровни нейтрализующих титров против B.1.351 остаются выше уровней, которые должны быть защитными /remain above levels that are expected to be protective/.
<...>
Ожидается, что двухдозовый режим вакцины Moderna COVID-19 в дозе 100 мкг будет защищать от новых штаммов, обнаруженных на сегодняшний день. Тем не менее, сегодня Moderna объявила о своей клинической стратегии по проактивной борьбе с пандемией с учетом эволюции вируса. Во-первых, компания протестирует дополнительную бустерную дозу своей вакцины против COVID-19 (мРНК-1273)<...> Во-вторых, компания активно работает над кандидатным бустером мРНК-1273.351 против нового варианта B.1.351, впервые идентифицированного в Южно-Африканской Республике.
<...>
Поскольку мы стремимся победить вирус COVID-19, который вызвал всемирную пандемию, мы считаем, что необходимо проявлять инициативу по мере развития вируса. Мы воодушевлены этими новыми данными, которые укрепляют нашу уверенность в том, что вакцина Moderna COVID-19 должна защищать от этих недавно обнаруженных вариантов, - сказал Стефан Бансель, генеральный директор Moderna.
<...>
В исследовании in vitro оценивалась способность мРНК-1273 вырабатывать мощные нейтрализующие антитела против новых вариантов SARS-CoV-2 на сыворотках 8 участников фазы 1 КИ (в возрасте 18-55 лет), получивших две дозы мРНК-1273 по 100 мкг, и отдельно на сыворотках низших приматов, иммунизированных двумя дозами по 30 или 100 мкг.

Для варианта B.1.1.7 титры нейтрализующих антител оставались высокими и в целом соответствовали титрам нейтрализующих антител в эксперименте с предыдущими вариантами.<...>

Для варианта B.1.351 вакцинация вакциной Moderna COVID-19 дает титры нейтрализующих антител, которые остаются выше нейтрализующих титров, которые ранее обеспечили защиту от заражения вирусом дикого типа в экспериментах на низших приматах. Хотя компания ожидает, что эти уровни нейтрализующих антител будут защитными, титры нейтрализующих антител в эксперименте с псевдовирусом оказались примерно в 6 раз ниже по сравнению с предыдущими вариантами. Эти более низкие титры могут указывать на потенциальный риск более раннего исчезновения иммунитета к новым штаммам B.1.351.

Мы тоже очень воодушевлены вашими новыми данными, Стефан, очень!

Все про ускользание новых вариантов от вакцин собрали для вас в один длинный текст с картинками и ссылками на Медиуме

А как дела в Манаусе с его новым амазонским штаммом?
В Манаусе – апокалипсис.

Число официально выявляемых случаев ковида с 7 по 22 января выросло на 125%.
В городе дефицит кислорода, коек, врачей, скорых – всего. Люди умирают на дому. Родственники больных часами стоят в очередях на заправку кислородного баллона, а потом везут его домой и подключают к нему своих родных, потому что в госпиталях нет мест и нередко нет все того же кислорода.
Из Манауса эвакуировали 60 недоношенных младенцев – для них в реанимации не было кислорода.
Беременным с ковидом делают кесарево раньше срока из-за критического снижения сатурации - для них нет кислорода.

На кладбищах проводятся «многоуровневые» похороны – гробы поверх гробов.
Как мы уже писали в лонгриде о беде в Манаусе и особенностях амазонского штамма, поскольку официальная ковидная статистика упускает значительную часть случаев, для оценки динамики смертности в Бразилии используют данные о захоронениях: 6 января в Манаусе было захоронено 110 человек, а уже 10 января число захоронений составило 144. Так вот, мы нашли новую цифру – Британское агентство католической церкви CAFOD сообщает, что 15 января они насчитали в Манаусе 213 погребений, в том числе 30 похороненных умерли дома.
Жуткая динамика, при том, что диагностика и официальный учет ковида, по-видимому, парализованы - в официальной статистике снижение (к вопросу о том, как сильно вся ковидная статистика зависит от тестирования).

Вчера местные власти ввели карантин – в течение недели жителям города разрешено выходить только в магазин за продуктами и для получения медицинской помощи. Изначально планировался карантин в 10 дней – но население начало протестовать.
Джесем Орельяна, эпидемиолог из Fiocruz (Oswaldo Cruz Foundation, НИИ общественного здравоохранения), называет Манаус мировой столицей ковида и лабораторией под открытым небом:

Если вы отправитесь в популярные районы в пригородах Манауса, люди ведут себя так, как будто пандемии нет. Они совершенно не соблюдают все эти ограничительные меры, такие как социальное дистанцирование, дезинфекция рук или ношение маски.

Странно и удивительно, что миру нет дела до происходящего в Манаусе, потому что мы нашли новые подтверждения того, что штамм отличается от прочих и представляет угрозу.

Луан Матос де Менезес, 26-летний врач интенсивной терапии, для CNN:

То, что происходит, действительно серьезно. Можно сказать, что состояние пациентов намного более критическое, чем в первую волну. Это гораздо серьезнее, чем в других частях страны. Смерти наступают гораздо быстрее. Число серьезных случаев инфекции намного выше. чем в первую волну, и пациенты моложе. Вчера в моей реанимации умер 24-летний парень. У меня есть пациенты 32 и 29 лет. Молодые пациенты в очень критическом состоянии.

Рикардо Афонсо Феррейра, президент организации врачей-волонтеров Expedicionarios da Saude (EDS), для Al Jazeera:

Врачи, работающие в этом районе [Амазония], сообщают, что этот вариант распространяется, и на этот раз болеет больше молодых людей в возрасте от 30 до 50, с более серьезными симптомами.

Прекрасно понимаем, что до гуманитарных катастроф в 2021 никому нет дела - но ведь тут явно что-то более серьезное, чем управленческое фиаско бразильских братанов...

Мы стараемся не заниматься кликушеством и фирмонгерством, но у BBC есть спецкор в Южной Америке Кейти Уотсон, и она сняла 4-минутный ролик о Манаусе - о том, что случается, когда власти тупы и самонадеянны, у президента заплывы к избирателям с яхты и прочие аквадискотеки, ученые транслируют угодный руководству оптимизм о коллективном иммунитете, а население невежественные ковидиоты.

В ролике много интересных кадров и нет какой-то особенной жести, но жалко до слез. Держитесь там, несчастные вы люди, горемыки