Мрачные, но очень важные новости из Великобритании: специалисты по медицинской статистике под руководством Дэниела Аюбхани и профессора Камлеша Хунти из Лестерского центра диабета ретроспективно проанализировали и сравнили данные двух когорт: 47780 человек (средний возраст 65 лет, 55% мужчины), госпитализированных в больницы британского NHS по поводу COVID-19 и выписанных в период до 31 августа 2020 года, и контрольной группы с аналогичными демографическими и клиническими характеристиками. Исследователи сопоставили когорты по частоте повторных госпитализаций с любым диагнозом, смертности от всех причин, а также сердечно-сосудистых заболеваний, метаболических нарушений, болезней органов дыхания, почек и печени в период до 30 сентября 2020. Среднее время наблюдения составило 140 дней для группы после ковида и 153 для контрольной группы.

В группе, перенесшей ковид, было зарегистрировано 29,4% повторных госпитализаций (или 766 на 1000 человек/лет) и 12,3% смертей (или 320 на 1000 человек/лет) - в 3,5 и 7,7 раз выше, чем в контрольной группе, соответственно.

Уточним для видеоблогеров, что речь идёт не обо всех перенесших ковид, а только о пациентах, которым понадобилась госпитализация (основным показанием для госпитализации с ковидом в Великобритании является дыхательная недостаточность). Тем не менее, данные шокируют: почти каждый третий пациент повторно попал в больницу в течение 5 месяцев после тяжёлого ковида, каждый восьмой - умер в течение 5 месяцев после тяжёлого ковида.

Риск выявления и обострения болезней органов дыхания, сердечно-сосудистых заболеваний, диабета также оказался существенно выше в группе, наблюдаемой после госпитализации с ковидом. Превышение частоты над контрольной группой было более выражено у людей моложе 70 в сравнении с 70+ и у этнических меньшинств в сравнении с белыми.

Великобритания регистрирует ковид как причину смерти, если она произошла в срок до 28 дней с момента положительного ПЦР-теста. В свете новых данных ковид-ассоциированная смертность и в Британии, и по всему миру может оказаться существенно выше, чем сейчас считается.

Тем временем у нас парад суверенитетов!

​​Забавный конспирологический фейк опубликован в крупном новостном паблике ВК.

Товарищи не в курсе про откидные колпачки.

Эффективность одной дозы вакцины Pfizer ниже, чем было заявлено (Файзер сообщал о 52% эффективности 1 дозы), утверждает комиссар Израиля по борьбе с коронавирусом профессор Нахман Эш:

Много людей было инфицировано между первой и второй инъекциями вакцины. [Первая доза] менее эффективна, чем мы думали. [Её эффективность] ниже, чем в [данных], предоставленных Pfizer.

По состоянию на вчера в Израиле 2 185 289 человек получили не менее 1 дозы - это 80% израильтян старше 70, 68% людей в возрасте от 60 до 69 лет и 50% в возрасте от 50 до 59 лет. Вторую дозу получили 423 123 человека.
Несмотря на общенациональный локдаун и вакцинацию, заболеваемость в Израиле продолжает расти.

12 января Глава отдела общественного здравоохранения израильского Минздрава Шарон Альрои-Прайс жаловалась прессе:

Более 300 пациентов находятся в критическом состоянии. За одни сутки 140 тяжелых больных оказались в критическом состоянии. Это огромное число. 17% тяжелых больных уже вакцинированы одной дозой. Мы знаем, что одной дозы не хватает. Для выработки антител организму необходимо время.

Хотите избавиться от стариков?
Соберите их для вакцинации в не очень безопасные очереди, вколите им не очень эффективную вакцину и не очень чётко объясните, что им нужно все равно носить маски, потому что иммунитет не появляется от самого укола, а формируется намного позже.

Сочувствуем Израилю очень.

В России-то, конечно, такое невозможно - у нас для стариков есть на 100% рабочая вакцина от известного института "Вектор", в чьих волшебных руках эффективна даже чага, про то, что маски снимать нельзя, им рассказывают с утра до вечера, а вакцинируют их в наших самых лучших поликлиниках, где соблюдаются все меры безопасности, а медперсонал постоянно тестируется.

А вам не интересно, куда делась заболеваемость ковидом?

Vademecum:

В Роспотребнадзоре 19 января рассказали, что «на второй неделе 2021 года недельные пороги заболеваемости гриппом и ОРВИ по совокупному населению были превышены в 32 субъектах Российской Федерации и 12 центральных городах без превышения эпидемического порога по субъекту РФ». В ведомстве добавили, что среди людей старше 15 лет недельные эпидемические пороги заболеваемости ОРВИ и гриппом превышены в 59 регионах, среди детей до двух лет – в одном регионе, среди детей 3–6 лет – в трех субъектах, среди детей 7–14 лет – в четырех регионах.

Сколько же в этом превышении гриппа, а сколько "ОРВИ"?

За вторую неделю 2021 года было обследовано 17 725 человек с признаками ОРВИ, всего проведено 67 506 исследований. Доля положительных находок составила 1,5% от числа исследований. Среди положительных находок на отчетной неделе – три находки вируса гриппа В (2 – в Свердловской области, 1 – в Красноярском крае).

В Роспотребнадзоре также отметили, что «в пейзаже циркулирующих вирусов определяются преимущественно респираторные вирусы негриппозной этиологии»: вирусы парагриппа (11%), аденовирус (12,3%), РС-вирусы (2,4%), 

другие вирусы негриппозной этиологии (73,9%).

Так какие это загадочные другие вирусы негриппозной этиологии нациркулировали в пейзаже на 73,9%, Роспотребнадзор, расскажите нам, пожалуйста? Что это за вирусы-чье-имя-нельзя-называть?

UPD: Как пишут читатели, загадочное "пейзаж циркулирующих вирусов" - это, вероятно, крошечные 1,5% положительных находок (грипп и все ОРВИ, кроме вынесенного за скобки SARS-CoV2), а 73,9% от этих положительных находок, или 1,1% от общего числа - это преимущественно риновирусы, что совершенно нормально.

Роспотребнадзор, пожалуйста, избавьте нас от своих высокохудожественных "пейзажей" и "плато" - черт ногу сломит в ваших эвфемизмах😁 И всё же расскажите, куда вы дели заболеваемость ковидом?

Эпизод VI — Возвращение джедая

Некоторые исследования важнее других, потому что меняют научные представления о ковиде. По ощущениям, мы только что прочли препринт одного из них. Ограничимся переводом отрывков без своих комментариев и выводов, но сначала — абзац из Википедии:

Конвенциональная мудрость — устоявшийся в западной культуре термин, используемый для описания идей или объяснений, которые принимаются в целом как верные общественностью или экспертами в какой-либо области. Такие идеи или объяснения, хотя их придерживается большинство, никто не проверяет.

О том, правильной ли была опора на конвенциональную мудрость все прошедшие месяцы, рассказывают ученые Института инфекционных болезней Пекинского госпиталя Дитан и Академии медицинских наук Китая, которые обнаружили 28 случаев повторного заражения/рекурренции ковида среди 273 пациентов, ранее переболевших и выписанных с двумя отрицательными тестами.

Конвенциональная мудрость гласит, что иммунитет будет защищать переболевших [ковидом] пациентов в течение длительного периода, возможность повторного заражения ранее не учитывалась или не принималась всерьез. В частности, несмотря на строгую политику общественного здравоохранения и социального дистанцирования в Пекине, мы все же выявили случаи повторного заражения SARS-CoV-2 путем мониторинга «выздоровевших» пациентов — это наводит на мысль, что повторное заражение может быть не редкостью, как многие считали ранее.

Одна из наиболее важных дискуссий в сфере общественного здравоохранения сейчас касается защитного характера иммунного ответа и возможности повторного заражения у выздоровевших от ковида людей. Поскольку у реконвалесцентов фиксируется сероконверсия (появление антител против SARS-CoV2), многие правительства и агентства общественного здравоохранения предлагают «паспорт иммунитета» как идею, которая могла бы помочь в восстановлении социальной и экономической нормы: менее строгие ограничения в части локдауна, социального дистанцирования и путешествий для переболевших лиц или лиц с определяемым уровнем антител против SARS-CoV2 позволили бы им свободно перемещаться или вернуться к работе. Однако ряд клинических исследований также выявил низкие титры антител или быстрое снижение титра антител против SARS-CoV2 у реконвалесцентов и вызвал опасения относительно риска повторного инфицирования SARS-CoV2.

С 29.01 по 30.04.20 в Пекинский госпиталь поступили 273 пациента с COVID-19, включая 152 случая, связанных с местным распространением инфекции (диагноз установлен с 20.01 по 9.03.20) и 121 случай заражения за рубежом (диагноз установлен с 29.02 по 17.04.20). Мы наблюдали за этими пациентами после выписки (критерии выписки: отсутствие лихорадки ≥2 дней; очевидное улучшение респираторных симптомов и данных исследований лёгких, 2 ПЦР(-) подряд. 

Всего с 1.03 было зарегистрировано 28 случаев двух положительных ПЦР-тестов на COVID-19 после выписки.

Чтобы определить, какие из них можно отнести к истинным повторным инфекциям, мы использовали стратегию секвенирования MINERVA на парных клинических образцах, полученных в обоих ков(+) эпизодах от этих 28 пациентов. Для 7 случаев нам удалось секвенировать пару полных геномов вируса. Филогеномный анализ этих пар установил, что в 1 паре были геномы из одной линии, но в 6 других парах – геномы из разных линий c числом однонуклеотидных полиморфизмов ОНП между ними от 3 до 11.

Далее

(продолжение, начало здесь)

Далее мы оценили клинические и эпидемиологические данные этих шести пациентов: это 5 взрослых (возраст: 33–84 года) и 1 двухлетний ребенок. 2 перенесли первый ковид с ухудшением до критического состояния (пациенты P1, P6), 4 имели среднетяжёлое течение (пациенты P2-P5). Ни у кого из них в анамнезе нет аутоиммунных заболеваний, рака, применения иммунодепрессантов.

Интервал между первым эпизодом ковида и началом второго составил от 19 до 57 дней.
Все пациенты получили минимум 2 отрицательных теста на вирусную РНК во время фазы выздоровления; пациенты P1 и P2 получили 12 и 5 ПЦР(-) между эпизодами ковида.
Во время второго эпизода пациенты P1-P4 и P6 получили ПЦР(+) от 3 до 14 раз.
У пациентов P1-P3 и P6 значение Ct (пороговое число циклов) было в диапазоне от 24 до 28, что соответствует высокой вирусной нагрузке.
При сравнении 1 и 2 эпизода ковида разницы в продолжительности инфекции и вирусной нагрузке не наблюдалось.

(продолжение, начало здесь и здесь)

Реинфекция происходила в присутствии нейтрализующих антител (разный уровень). Мы оценили динамику гуморального ответа путем измерения специфических IgM/IgG к RBD спайк-белка (RBD) или к N-белку. Пациенты P2 и P4 после 1 эпизода имели низкие анти-RBD IgM/IgG (≤1: 40). У пациентов P1, P3 и P6 титры anti-RBD IgM и IgG достигали 1:80–1:320. Во время второго эпизода ковида у пациентов P1 и P2 наблюдался вторичный иммунный ответ с ростом титров антител: в случае P1 anti-RBD IgM выросли с 1:10 до 1:2560, anti-NP IgM - c 1:20 до 1:80, anti-NP IgG - c 1:640 до 1:2560.

В предыдущих исследованиях SARS-CoV-2 переболевшие с титрами антител выше 1:160 поддерживали стабильные уровни антител в сыворотке до 148 дней.
Мы наблюдали 3 пациентов с изначально еще более высокими титрами антител после первого эпизода (P1, P3, P6), у которых он сохранялся в течение второго эпизода. Кроме того, у пациента P1 после второго эпизода сильно выросли титры nAbs против и основного штамма SARS-CoV-2, и варианта D614G: предполагаем, что была активирована иммунная память. Тем не менее, во всех этих случаях (пациенты P1, P3 и P6) произошло повторное заражение, что позволяет предположить: повторное заражение возможно даже у людей с определяемым уровнем нейтрализующих антител.

И вдогонку ещё одна свежая публикация (вчерашняя) с коротким названием SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma от большой группы специалистов из ЮАР:

SARS-CoV-2 501Y.V2 демонстрирует полное ускользание от трех классов используемых в терапии моноклональных антител. Более того, 501Y.V2 показывает существенный или полный уход от нейтрализующих антител, содержащихся в плазме реконвалесцентов. Эти данные подчеркивают возможность повторного заражения антигенно отличающимися вариантами и могут предвещать снижение эффективности существующих вакцин, ориентированных на спайк-белок.

Первое 3D-фото нашего годоваса😍

Учёные из Университета Синьхуа в Пекине смогли отсканировать и оцифровать вирионы SARS-CoV2 после шоковой заморозки, а специалисты лаборатории Nanographics при Венском технологическом университете сделали 3D-фотографию и видео.

Британский премьер Борис Джонсон:
Нам сообщили, что помимо более быстрого распространения ... есть некоторые свидетельства того, что новый вариант ... может быть более связан с более высокой смертностью /mortality/.

Нил Фергюсон, Nervtag:
Есть реалистичная возможность того, что новый британский вариант повышает риск смерти, но пока остается значительная неопределенность.
Четыре группы - Imperial, LSHTM, PHE и Exeter - изучают взаимосвязь старых штаммов и лабораторно подтвержденного нового штамма с риском смерти, и предполагают, что новый штамм повышает риск смерти в 1,3 раза.
Иными словами, среди 60-летних 13 из 1000 могут умереть при заражении новым штаммом в сравнении с 10 из 1000 при заражении старыми штаммами.
К этим выводам пока следует отнестись с осторожностью, поскольку только для 8% смертей мы установили, каким штаммом был заражён пациент.

Вирус со временем ослабеет, говорили они. Ему невыгодно убивать хозяина, говорили они.

Не надо мне это рассказывать - так, как выяснилось, разговаривали некоторые работники Скорой помощи со своими пациентами (налогоплательщиками) до момента, пока не получили эту инструкцию

Записку в понедельник принести - так, как выясняется, разговаривают с родителями учащихся лицеев (налогоплательщиками) работники лицея

Мы считаем, что запрет повелительного наклонения - первый шаг на пути к оздоровлению всего того, что болеет.
А еще мы прочли свежие препринты об ускользании новых вариантов от поствакцинального иммунитета - новости умеренно плохие, завтра выложим нудный лонгрид.

Итак, обещанный лонгрид "Ускользает ли британский вариант B1.1.7 от вакцин и что вообще происходит?" Выложим по частям, а в конце будет ссылка на человекочитаемый текст на Медиуме.

Помните, в конце новогодних каникул везде активно сообщали, что Файзер подтвердил эффективность своей вакцины против новых штаммов — британского и южноафриканского? Знаете, почему мы не написали об этом?

Нам показалось некорректным, что исследователи протестировали ин витро эффективность сыворотки вакцинированных против одной-единственной замены N501Y из всего набора мутаций одного-единственного мутанта B1.1.7 (ΔH69/V70, ΔY144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H — вот сколько мутаций в спайк-белке у этого варианта) — при этом результат разошелся по СМИ в формулировке “эффективность против новых вариантов”, а Pfizer/BioNTech не стали эту скользкую, как новые мутанты, формулировку опровергать.

Мы решили дождаться результатов более полного эксперимента — и правильно сделали: теперь мы можем разобрать целых две публикации, ни одна из которых не соответствует оптимистичным заголовкам СМИ.

19 января вышел препринт работы от команды Pfizer/BioNTech под руководством основателя BioNTech Угура Сахина Neutralization of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 pseudovirus by BNT162b2 vaccine-elicited human sera

Команда использовала сыворотки 16 человек (8 в возрасте 18–55, 8 в возрасте 55–85), взятые на 43 день от начала вакцинации и на 21 день от 2 инъекции. Это участники фазы 1/2 КИ вакцины в Германии.

Чтобы выполнить сравнение, ученые сконструировали два псевдовируса (pseudovirus neutralization test pVNT): к первому прикрутили спайк-белок уханьского штамма (который, заметим, давно вытеснен штаммами с мутацией D614G), ко второму — спайк британского варианта B1.1.7.

Далее они поставили эксперимент, который называется реакция нейтрализации (neutralization test, NT): приготовили линейку последовательных разведений сыворотки, инкубировали каждое разведение сначала с псевдовирусом, затем с клетками, экспрессирующими ACE2, чтобы антитела прореагировали с вирусом и связали некую долю вирусных частиц, не позволив им соединиться с ACE2 — а затем оценили результат с помощью биолюминесцентного анализа.
⬇️

Реакция нейтрализации является наиболее чувствительной и специфичной из всех существующих серологических реакций.

В таком тесте разведениям (на рисунке - абстрактный пример последовательных десятикратных разведений) как бы устанавливается KPI — защитить не менее 50% зараженной вирусом биологической системы.

Для каждой сыворотки KPI выполняется до какого-то уровня разведения — дальше она перестает справляться с задачей.

Упрощённо, титр pVNT50 — это самое «разбавленное» из разведений, которое смогло выполнить назначенный 50%-ный KPI.

На рисунке - абстрактный пример с двукратными разведениями. Разведение 1:2 — это 1 часть сыворотки на 1 часть растворителя; разведение 1:4 — это 1 часть предыдущего разведения 1:2 на 1 часть растворителя - и т. д.

Чем меньше знаменатель pVNT50 — тем ниже нейтрализующая эффективность сыворотки. Например, на рисунке сыворотка с титром 1:64 на 1 ступень разведения слабее сыворотки с титром 1:128.

Возвращаясь к исследованию команды Pfizer/BioNTech: по результатам эксперимента учёные делают следующий вывод:

Отношение среднего геометрического титра 50% нейтрализации (GMT) сыворотками псевдовируса с шипом SARS-CoV-2 B.1.1.7 и псевдовируса с эталонным уханьским шипом составило 0,79, что указывает на отсутствие биологической значимости различия в нейтрализующей активности.

А в абстракте работы (дальше которого большинство не читает) ещё смелее пишут:

Иммунные сыворотки имели эквивалентные нейтрализующие титры для обоих вариантов.

Но сами посмотрите на график, действительно ли мы видим на нём эквивалентные титры?

Сыворотки 12 из 16 вакцинированных при встрече с британским вариантом (красный столбец) потеряли часть своей нейтрализующей эффективности. Только у 4 человек — 2 молодых (треугольники) и 2 пожилых (круги) эффективность сыворотки не продемонстрировала снижения при встрече с британским штаммом.
Помимо прочего, мы видим в этой каше снижение более чем на 1 ступень у 2 пожилых участников (с 320 до 160 и с~160 до ~80) — это 12% всей выборки и четверть пожилой группы.

На наш взгляд, этот график выглядит как тренд на снижение эффективности— предпосылки к вакцинному ускользанию определённо наблюдаются.

Собственно, эзоповым языком об этом же в финале публикации пишут и сами её авторы:

Будущие дополнительные эксперименты смогут подтвердить эффективную нейтрализацию клинических изолятов линии B.1.1.7. Продолжающаяся эволюция SARS-CoV-2 требует непрерывного мониторинга влияния изменений на сохранение защиты, создаваемой разрешенными в настоящее время вакцинами.

В отличие от вакцин против гриппа, пока не установлено, какое именно снижение нейтрализации должно указывать на необходимость замены штамма в вакцинах против COVID-19.

Учитывая полиэпитопный иммунный ответ с одновременной активацией нейтрализующих антител и Т-клеток, то есть формирование более одного потенциального медиатора защиты в результате иммунизации вакциной BNT162b2, возможно, вакцина может сохранять эффективность, даже если тесты сывороток демонстрируют значительное снижение эффективности.