Figure 2: A reformatted view of the tree in Fig. 1in which each major lineage represents the same amount of evolutionary distance.

Figure 1: A current view of the tree of life, encompassing the total diversity represented by sequenced genomes.

Science Advances порадовал любопытной статьёй про эволюцию тРНК, ферменты ADAT (adenosine deaminases acting on tRNAs) и вот это всё.

ADAT — эукариот-специфичные ферменты, которые дезаминируют аденозин 34 (A34) в инозин (I34) в первом положении антикодона тРНК. Кроме одного случая — тРНК для глицина (tRNA Gly): tRNA Gly с антикодоном ACC отсутствует в геномах эукариот, а наиболее представленный изоакцептор tRNA Gly — tRNA Gly с антикодоном GCC.
Замена в последней тРНК GCC на ACC не вызывает проблем и не мешает работе глицил-тРНК синтетаза (GlyRS). Замена на ICC тоже не мешает аминоацилированию. (А вообще замена A34 на I34 позволяет одному антикодону тРНК узнавать кодоны, оканчивающиеся на C, на U или на A.)
А вот ADAT дезаминирует аденозин в tRNA Gly (с антикодоном ACC) крайне медленно (медленнее, чем контрольная tRNA Ala). Происходит это из-за структурного контекста антикодона (антикодоновой петли).

Частота нуклеотидных замен в последовательностях тРНК оказалась выше в видах с меньшим количеством генов тРНК, что, вероятно, является проявлением эффекта насыщения сигнала в эволюции тРНК. Здесь можно сравнивать разные виды бактерий (например, Ehrlichia с 36 генами тРНК в геноме и Escherichia с 89), а можно обратиться за примером к митохондриям: некоторые элемены для распознавания тРНК, консервативные для цитозольных тРНК (G73 в tRNA Asp), отсутствуют в митохондриальных тРНК животных.

http://advances.sciencemag.org/content/2/4/e1501860

А в Nature снова пишут про человеческие эмбрионы.

http://www.theverge.com/2016/5/4/11591318/cambridge-rockefeller-university-human-embryo-study-ethics-limit — Adi Robertson из The Verge объясняет, почему эти работы могут заставить пересмотреть запрет на изучение эмбрионов старше 14 дней после оплодотворения.

В http://www.nature.com/ncb/journal/vaop/ncurrent/full/ncb3347.html и http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature17948.html описываются in vitro системы для изучения имплантации и пост-имплантационного развития эмбриона человека.

Смотрите! В Nature опубликовали результаты большой работы лаборатории Фёдора Кондрашова про ландшафт приспособленности GFP.
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature17995.html

Чтобы ещё больше заинтересовать — картинка.
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/fig_tab/nature17995_F1.html

Здорово, что новость сразу подхватили:
- http://phys.org/news/2016-05-fluorescent-jellyfish-gene-landscape.html
- https://www.sciencedaily.com/releases/2016/05/160512084907.htm

Сегодня все пишут про эукариотический организм без митохондрий.

Авторы отсеквенировали (размер генома ~75 Mbs) неизученного представителя группы Metamonada — Monocercomonoides sp., — но ничего похожего на то, что должно быть в митохондриальном геноме, найти не смоги. Не обнаружили следов митохондрий в ядерном геноме. Не нашли ни транспортных систем митохондрий (TIM/TOM), ни систем биогенеза железосерных кластеров.
Генерация АТФ у Monocercomonoides происходит примерно так же, как у анаэробов с редуцированными митохондриями. А железосерные кластеры Monocercomonoides делает по пути SUF (sulfur mobilisation system). К слову, система SUF ранее была найдена и в пластидах, и в археях, и в эукариотах (Pygsuia biforma и Blastocystis sp.).

http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822%2816%2930263-9

Удивительно здорово: много материалов про рак на главной странице The New York Times. Вот несколько:
- Классификация раковых заболеваний с небольшой справкой по каждому из них: http://www.nytimes.com/interactive/2016/05/11/magazine/100000004400763.mobile.html
- История про мальчика с редким типом лейкемии: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/childhood-cancer-treatment.html
- Про лечение рака в наши дни: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/oncologist-improvisation.html
- Про лечение рака, основанное на воздействии на метаболизм: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/warburg-effect-an-old-idea-revived-starve-cancer-to-death.html
- Про обнадёживающие случаи улучшения состояния некоторых раковых больных: http://mobile.nytimes.com/2016/05/15/magazine/exceptional-responders-cancer-the-lazarus-effect.html

Репликация и транскрипция в зазеркалье.
Новость в Nature News: http://www.nature.com/news/mirror-image-enzyme-copies-looking-glass-dna-1.19918?WT.mc_id=TWT_NatureNews#/b1
Статья в Nature Chemistry: http://www.nature.com/nchem/journal/vaop/ncurrent/full/nchem.2517.html

Противораковая терапия, разрабатываемая в Noxxon Pharma AG (Берлин), использует в том числе L-RNA.

http://www.noxxon.com/index.php?option=com_content&view=article&id=13&Itemid=466

http://www.fiercebiotech.com/biotech/noxxon-pharma-announces-intention-to-launch-an-initial-public-offering-on-euronext

Nature. Быстрый синтез макролидов (антибиотиков).
http://www.nature.com/nature/journal/v533/n7603/full/nature17967.html
http://www.theverge.com/2016/5/18/11686268/new-antibiotic-drug-candidates-resistance-harvard-macrolide

А вот с Mitochondrial replacement therapy всё может быть не так просто. Её более года назад одобрили в UK [1]. Теперь в Cell опубликовали исследования [2, 3], согласно которым при развитии организма тот малый процент (<2%) проблемных митохондрий, которые всё-таки захватываются вместе с материнским ядром, может «завоевать» всю популяцию митохондрий. То, что митохондрии с более короткой mtDNA начинают превалировать в клетке, известно довольно давно. Теперь есть основания беспокоиться об этом в приложении к заместительной терапии. Хотя эти работы [2, 3] вряд ли показательны: нужно выяснить, как будет обстоять дело в исследованиях на эмбрионах.
Популярно об этом написано в Nature News [4].

1: http://www.nature.com/news/scientists-cheer-vote-to-allow-three-person-embryos-1.16843
2: http://www.cell.com/cell-reports/abstract/S2211-1247(14)00395-7
3: http://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(16)30044-3
4: http://www.nature.com/news/three-person-embryos-may-fail-to-vanquish-mutant-mitochondria-1.19948

Сегодня пятница. И подборка всяких статей и новостей не по теме.

1. В Science рассказывают про то, как с помощью магнитного пинцета можно изучать веретено деления, которое специально выравнивается по центру клетки во время деления. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1124
2. Про ГМ горчицу в Индии. Есть надежда, что её разрешат, но окончательного решения ещё не вынесено. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1043
3. К раку бывает предрасположенность, и вот краткая заметка про историю этого вопроса и синдром Ли-Фраумени (обусловленый поломкой в гене TP53, кодирующем p53) в Science. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1052
4. С каждым днём жить становится всё интереснее: кот Шрёдингера может жить одновременно в двух коробках. http://science.sciencemag.org/content/352/6289/1087
5. CRIPR-систему можно использовали для того, чтобы маркировать клетки эмбрионов и следить за процессами развития. Авторы называют это GESTALT — genome editing of synthetic target arrays for lineage tracing.
Заметка: http://www.sciencemag.org/news/2016/05/genome-editor-crispr-helps-trace-growth-embryos-and-maybe-cancer-next
Статья: http://science.sciencemag.org/content/early/2016/05/25/science.aaf7907
6. Про рак и образ жизни. Сразу несколько статей:
- http://oncology.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2522371
- http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2521822
- http://archinte.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2521826
И новостная заметка по теме: http://yodnews.ru/2016/05/27/profilaktika
7. Опять про рак и мобильные телефоны. Черновик на biorXiv’е (http://biorxiv.org/content/early/2016/05/26/055699, http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/05/26/055699.full.pdf) и дискуссия на Hacker News (https://news.ycombinator.com/item?id=11784160).
8. Проблемы с антибиотиками становятся всё острее. Обнаружили E. coli с плазмидой, несущей ген устойчивости к колистину, в США:
- статья http://aac.asm.org/content/early/2016/05/25/AAC.01103-16.abstract
- заметка https://www.washingtonpost.com/news/to-your-health/wp/2016/05/26/the-superbug-that-doctors-have-been-dreading-just-reached-the-u-s/
- заметка (из которой понятно, что даже в статьях крупных издательств по этой теме много ошибок) http://arstechnica.com/science/2016/05/everybody-be-cool-a-nightmare-superbug-has-not-heralded-the-apocalypse-yet/
- обсуждение https://news.ycombinator.com/item?id=11780457