К вопросу о search-and-replace (https://tttttt.me/compbio/321):

заметка про метод в News & Vews.

На картинке выше a: conventional genome editing, b: base editing, c: prime editing (search-and-replace).

Ну вот, опять:

https://www.nature.com/articles/d41586-019-03459-7

И ещё: Aric Prater из UCSF рассказывает о том, что надо высыпаться.

Заметка от Wired, в которой есть видео по теме.

Свежая обложка январского Nature Ecol&Evol радует.

Оказывается, так можно было, и Illumina больше не будет покупать Pacific Biosciences.
Наверное, это хорошо для рынка секвенирования.

Клетке нужны микротрубочки, а чтобы их делать, клетке нужно много тубулина. Когда неполимеризанного αβ-тубулина становится слишком много, запускается деградация мРНК тубулина.

Этот механизм авторегуляции зависит от процесса трансляции и в том числе от N-терминального мотива β-тубулина MREI (Met-Arg-Glu-Ile).

Чтобы узнать, что распознаёт этот мотив, Lin et al. воспользовались технологией photocrosslinking'а из 1986 года (Kauer et al.), а именно тубулином с искусственной аминокислотой Bpa (p-benzoyl-l- phenylalanine), так что после облучения ультрафиолетом цепочка N-терминальных аминокислот β-тубулина оказывалась ковалентно связанной с разными белками.

Так авторы наткнулись на TTC5 (крио-ЭМ структура в PDB – 6T59, в EMDB – EMD-10380). TTC5 связывается с 28S рРНК и рядом с выходным туннелем рибосомы, что позволяет специфично пометить рибосомы, только начавшие транслировать тубулин, и, видимо, активировать факторы деградации мРНК.

Как при этом регулируется сам TTC5, до сих пор не понятно. Вероятно, есть какой-то ингибитор, подавляющий связывание TTC5 с рибосомными комплексами, и этот ингибитор инактивируется избытком αβ-тубулина в клетке.

· Science Perspective
· Science Report
· Nature Research Highlight

В 2020 реклама секвенаторов — это как реклама нового iPhone.
В общем, новые NextSeq’и подъехали. Риды максимум 2x150bp, однако.

В Nature вышла статья про AlphaFold от DeepMind.

Никогда такого не было, и вот опять.

🦠#COVID19

Стремительными темпами не только распространяется SARS-CoV-2, но и выходят новые препринты и статьи. Поэтому этот текст — размером в пять сообщений максимальной длины — пришлось опубликовать в телеграфе.

Зеркало на graph.org

ELLIS (European Laboratory for Learning and Intelligent Systems) — это европейская инициатива по развитию рисёрча в области машинного обучения, в том числе прикладного.
В начале апреля они провели воркшоп в формате прямой трансляции о том, как научные группы с разнообразной экспертизой работают с данными по #COVID19.

Лайвстрим оказался популярным, и организаторы решили продолжить подобные воркшопы на регулярной основе.
Следующий стрим — в среду 15 апреля в 14:30 по Москве, вот ссылка на расписание воркшопа и информацию о докладчиках.

Они также делают доступными записи воркшопов в специальном канале на YouTube.