The Code for Facial Identity in the Primate Brain

This paper showed that facial images can be reconstructed from a simple linear model using responses of only ~200 visual neurons recorded from a monkey. This approach uses "face cells" which are encoding how much a face differs from average in particular ways ("eigenface dimensions").

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741730538X

#cv #dl

Woah какая обложка была у Molecular Cell в июле!

В последнем выпуске Desert Island Discs в качестве гостя – Венки Рамакришнан!

Венки – действующий президент Royal Society, заведующий лабораторией в MRC в Кэмбридже и лауреат Нобелевской премии по химии 2009 года. Получив степень доктора по физике в Университете Огайо, Венки вдохновился биологией и продолжил свою карьеру в UCSD как graduate student. Рибосомами он стал заниматься во время своего постдока в Йеле. За вклад в изучение структуры рибосомы Венки и удостоился Нобелевской премии.

Desert Island Discs – радиопередача на BBC, гостей которой просят выбрать 8 музыкальных треков, книгу и предмет роскоши, которые бы они взяли с собой на необитаемый остров. Передача выходит с 1942 года.

Подкаст можно найти на Google Podcasts или на Apple Podcasts.

А вот и новый список 30 under 30 in healthcare.
Хотя если пристально изучить его, то не очень интересно, да и науки там немного.
А список людей из науки вот.

Тут вот подкастов подвезли интересных:

- Linear Digressions: http://lineardigressions.com/

- the bioinformatics chat: https://bioinformatics.chat/

Что примечательно, оба доступны в Google Podcasts. What a time to be alive!

Новый год, а статьи всё про то же.

https://www.nytimes.com/2019/01/01/science/watson-dna-genetics-race.html

Теперь есть такой блог от Сангера:

https://sangerinstitute.blog/

Кстати, в начале января в Cell вышла статья про CRISPR knockout мышиных T-хелперов второго типа (Th2). Сделали библиотеку гайдов, выключали отдельные гены и смотрели, как это влияло на ответ на активацию или дифференциацию Th2.

Новостная заметка | PDF

Похоже на интересный датасет, чтобы поинтегрировать разные омики!

bioRxiv постепенно вводит автоматическую генерацию HTML-версий статей из PDF. В первую очередь для удобства поиска и индексирования.

https://twitter.com/cshperspectives/status/1092429289067372550

Борис рассказывает про AlphaFold по мотивам доклада в EBI:
http://borisburkov.net/blog/2019-02-07-1.

См. также https://moalquraishi.wordpress.com/2018/12/09/alphafold-casp13-what-just-happened/.

И скоро появится data availability tab! 😃
https://twitter.com/ashleydfarley/status/1096438893526896640

​​DeepSlide: A Sliding Window Framework for Classification of High Resolution Microscopy Images (Whole-Slide Images)

DeepSlide, our #DeepLearning library for classification/visualization of high-resolution pathology images is open-source and available on GitHub.

GitHub: https://github.com/BMIRDS/deepslide

#histopathology #healthcare #PyTorch

​​Weakly supervised mitosis detection in breast histopathology images using concentric loss

Weakly-supervised mitosis detection in breast histopathology images shows that only using one-click annotation can obtain the best performances on three challenging datasets.

Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1361841519300118?dgcid=author

#healthcare #medical #CV #cancer #DL

Не влюбляйся, не пей вина и на лбу себе высеки...

https://www.nature.com/articles/s41598-019-40765-6


Комментарий авторов Медузе:
https://meduza.io/feature/2019/03/14/kvantovaya-istoriya-bendzhamina-battona-fizik-gordey-lesovik-ob-eksperimente-po-peremescheniyu-v-proshloe

​​A deep learning framework for nucleus segmentation using image style transfer

One of the challenges in applying DL to tissue and cell analysis (which can be used to, but not which usage is not limited to, cancer diagnostics) is boosting annoted training sets. This paper may help with the matter.

Link: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/580605v1
#deeplearning #microscopy

​​Important article in Nature about statistical significance

Scientists rise up against statistical significance — about motion to move from widely using and quoting statistical significance to confindence intervals.

Link: https://www.nature.com/articles/d41586-019-00857-9

#statistics #statsignificance #nature #science

На излюбленном distill.pub новая статья — про гауссовские процессы.

https://distill.pub/2019/visual-exploration-gaussian-processes/

В Nature вышли две статьи, демонстрирующие, как нокаут гена может приводить к активации транскрипции других генов.

В 2015 Rossi et al. показали, что нокаут egfl7 в Данио-рерио активирует экспрессию других генов, компенсирующих таким образом мутацию egfl7.

Теперь El-Brolosy et al. и Ma et al. показали, как может работать подобный компенсаторный механизм. Если мутация приводит к возникновению "преждевременного" стоп-кодона, это может активировать механизм NMD (nonsense-mediated RNA decay) и фрагментации мРНК. Образовавшиеся некэпированные олигонуклеотиды обеспечивают специфичность ответа, путешествуя, согласно одной из моделей, в ядро вместе с факторами распада РНК, например Upf3a, и связываясь там с паралогами деградировавшего гена. Далее, согласно Ma et al., Upf3a привлекает метилазы семейства COMPASS, что изменяет паттерн метилирования гистона H3 (в частности, увеличение маркера активных промоторов H3K4me3).

- Nature News & Views
- Ma et al., 2019
- El-Brolosy et al., 2019
- Rossi et al., 2015