и тебя отсеквенируем
34 subscribers
80 photos
3 videos
14 files
237 links
Журнальный клуб по современной биологии.

https://xn--r1a.website/compbio?boost

Про single cell, геномику, биоинформатику и не только.
Download Telegram
Инфографика от команды Biorender’а. 🦠 #COVID19
FDA разрешила использование моноклональных антител адуканумаб против бета-амилоидов от компании Biogen. Предназначенный для лечения болезни Альцгеймера препарат попал в новостную сводку по любопытной причине — третья фаза клинических испытаний не показала эффективности. Формально, это первое подобное лекарство для лечения болезни Альцгеймера, которое было когда-либо одобрено, но решение FDA не устраняет всех опубликованных и высказанных сомнений по поводу того, есть ли вообще подобное работающее лекарство у Biogen’а.

Википедию уже обновили, посмотрим, если и как история будет развиваться дальше.
и тебя отсеквенируем
На излюбленном distill.pub новая статья — про гауссовские процессы. https://distill.pub/2019/visual-exploration-gaussian-processes/
Distill всё.

Редакторы экспериментального журнала нового поколения с интерактивными статьями про машинное обучение опубликовали пост, в котором рассказывают, как изменилось их представление о научных публикациях будущего, что было в их работе самым сложным и чему они научились за годы работы.

Поддерживать высокий уровень качества публикаций тяжело, ребята выгорели и делают перерыв. Возможно, что работающая модель на самом деле не в одном подобном журнале, а в интерактивных статьях, которые люди могут делать и публиковать на сторонних сайтах, собирая неформальные отзывы для их улучшения, как это было в случае Distill и модели работы через GitHub Issues.
Смотрите, что теперь есть: https://www.alphafold.ebi.ac.uk/.

365 тысяч структур на старте и планы достичь 135 миллионов.

Подробный пресс-релиз тоже имеется.
Forwarded from Denis Sexy IT 🤖
Сложновато вышло, но запощу, потому что мы стали чуть ближе к реальности вселенной Нейроманта: Создали ключевые части синтетических клеток мозга, которые могут хранить воспоминания. Это может привести к созданию компьютеров, работающих по аналогии с человеческим мозгом (ну, в теории, а может и не привести 🌚).

Энергоэффективность человеческого мозга колоссальна, для выполнения работ в течение дня он затрачивает минимальное количество энергии. И это главная отличие современного компьютера от человеческого мозга — компьютер может выполнять огромную работу, но требует при этом больших затрат энергии. ИИ, например, тоже может моделировать работу мозга, но это потребует в десятки тысяч раз больше энергии. Целью исследования было сделать машину более похожим на человеческий мозг, энергоэффективность решает 🦾

Искусственные нейроны могут производить такие же электрические сигналы, которые настоящие нейроны используют для передачи информации в мозге. Посылая ионы через тонкие струи воды, имитирующие настоящие ионные каналы, исследователи смогли производить эти электрические всплески, пишет Science.

В итоге получилась система, которая имитирует процесс генерации электрохимических сигналов («спайков») — неких скачков электрической активности. Для их создания нейрон начинает пропускать больше положительных ионов, которые притягиваются к отрицательным. Там весьма сложный процесс, но проходя от клетки к клетке заряд как-бы перемещается по мозгу, неся информацию. И именно здесь исследователи отметили способность «запоминать» данные в течение небольшого отрезка времени. Следующим шагом является экспериментальное доказательство того, что эти новые системы могут выполнять базовые алгоритмы обучения, которые могут стать основой для обеспечения электрической памяти.

Опять же пока всё это теория, но очень интересно узнать, как это будет использоваться в реальной жизни, например тот же Neuralink Маска. Я уже представляю себе черны рынок украденных «мыслей» из вживленных чипов — утопичное будущее, все как у Уильяма Гибсона

Тут все технические подробности.
This is why we can’t have nice things.

Сообществу аутистов не понравился проект Spectrum 10K, в рамках которого планировалось собрать образцы ДНК у 10 тысяч людей, больных аутизмом, и их родственников, чтобы попытаться получше разобраться в генетике аутизма.
¯\_(ツ)_/¯
Forwarded from Denis Sexy IT 🤖
Интересную вещь обнаружили учёные — небольшой сдвиг в активации одного белка может определить, будут ли некоторые муравьи обычными рабочими или королевой, которая занимается откладыванием яиц. По сути один белок может не плохо так продвинуть обычного муравья по карьерой лестнице на место босса.

Как это происходит в природе: королева умирает и обычные муравьи начинает схватку за её место. Победивший муравей, у него, кстати, крутое название — «Гамэргат» (жутковато смотрится), оставляет свои обязанности и начинает заниматься размножением, по сути берет на себя роль королевы. Так вот, прошлые исследования показали, что смена роли сопровождается изменением в мозге муравья. Еще плюс такого «повышения» — можно жить примерно в 5 раз дольше.

И благодаря вот этим исследованиям удалось понять что такую трансформацию вызывает пластичность мозга, то есть мозг способен менять структуру и функции в зависимости от окружающей среды. Учёные решили провести эксперимент, где нейроны муравьев подвергали воздействию различных уровней гормонов.

В итоге удалось найти такую комбинацию, когда принадлежность муравья к касте можно было регулировать вручную. Интересно, что в геноме муравья записано как бы сразу два предназначения, это и впечатляет. Учёные хотят провести еще больше экспериментов и попробовать других насекомых со схожими гормонами, например пчёлами.

О супер-пчёлах я писал вот тут, там их гены редактировали с CRISPR, дабы они были устойчивы ко всяким вредным веществам, а тут и без этого обошлись. Просто интересно, значит такими манипуляциями можно и рождаемость муравьев контролировать? Если да, то получается мы взломав муравьев устроим муравьепокалипсис и они выйдя из под контроля захватят мир? В общем, полно вопросов, мало ответов
​​Современные протезы кистей рук — это высокотехнологичные гаджеты, а «Моторика» — успешный русский стартап, «дизраптор рынка» в области протезирования.

Как присоединить протез к телу человека? Можно ли управлять протезом силой мысли и чувствовать прикосновения искусственной рукой? Станем ли мы все киборгами?

В новом эпизоде говорим с основателем компании «Моторика» Ильей Чехом.

Слушайте и подписывайтесь: Apple, Google, Яндекс, Spotify, Castbox, Overcast, веб-версия.
Forwarded from Denis Sexy IT 🤖
Черное зеркало к нам всё ближе и ближе — учёные из Бристоля разработали летающего робота с крылышками как у пчёл. Но тут есть интересный момент, в отличии от обычных летающих роботов, у этих движение крыльев происходит без использования вращающихся частей или шестеренок.

За взмахи отвечает система искусственных мышц с прямым приводом, названная Liquid-amplified Zipping Actuator (LAZA), она значительно упрощает механизм махания крыльями, это позволить сделать миниатюрных роботов куда проще, чем раньше. Как я понял, основание крыла с отрицательным зарядом находится между двух пластин с положительными зарядами. Таким образом и происходит движение вверх-вниз (на видео пример работы).

Пара машущих крыльев может обеспечить бОльшую мощность по сравнению с насекомым того же веса, например за секунду робот сможет развить скорость в 18 длин своего тела. А LAZA может обеспечить стабильное «хлопание» на протяжении миллиона циклов, что плюс для автономности, ведь роботов будут использовать для мониторинга окружающей среды, развертывания в опасных условиях, убийства неугодных, наружного наблюдения и т. п.

Я, кстати, уже писал о похожих роботах — микрофлайерах, только они вообще без внутренних механизмов, и работаю по принципу «вертолётиков», которые с деревьев падаю, вот, почитайте. Они тоже очень мелкие и по сути, следя за загрязнением окружающей среды, сами собой будут её загрязнять.

Статью взял отсюда.
В своём эссе Джеймс Сомерс (он писал, например, для Нью-Йоркера и для Атлантика) рассуждает о том, как мы могли бы преподносить биологию в системе образования. Ключевая идея, пожалуй, применима к пониманию наук вообще: запоминание фактов само по себе теряет смысл без мыслительного процесса, в ходе которого эти факты смысл бы приобретали.

Липидный бислой и эндоплазматический ретикулум, рассуждает Джеймс, это замечательно, но не очень понятно, почему они должны кого-то волновать. Как противоположность бесконечному перечислению терминов, возможное ощущение восторга от биологии можно описать словами Берта Хуберта Our Amazing Immune System: перед вами содержимое космического корабля, технологии в котором из очень далёкого будущего.

В Mathematician's Lament Пол Локхарт сетует, что математическое образование обедняется, когда даются ответы, но не вопросы. С биологией похожая история, но ещё и феноменальная сложность на разных уровнях абстракций. Возможно, для эффективной коммуникации биологии и её продуктивного развития как науки необходимо развивать визуальные или механические средства представления и передачи информации, позволяющие взаимодействовать с интерактивными 3D-симуляциями.

Одна из основ в современной биологии, на которую здесь обращено внимание, это методы. Основных методов молекулярной биологии не так уж и много, и они проходят нитью через все статьи. Так что для понимания современной литературы изучать методы может быть даже полезнее, чем заучивать отдельные факты.

Помимо всего прочего, Джеймс упоминает и советует несколько книг:
The Medusa and the Snail;
Gödel, Escher, Bach;
The Machinery of Life (того самого Дэвида Гудсела);
A Computer Scientist’s Guide to Cell Biology;
The Eighth Day of Creation: Makers of the Revolution in Biology.

Эссе называется I should have loved biology, и вышло оно ещё в 2020 году, но актуальности, конечно, не потеряло. Обсуждали это, например, тут в 2020 и тут совсем недавно.
👍2
и тебя отсеквенируем
Смотрите, что теперь есть: https://www.alphafold.ebi.ac.uk/. 365 тысяч структур на старте и планы достичь 135 миллионов. Подробный пресс-релиз тоже имеется.
Год спустя DeepMind выполнила и перевыполнила планы: от миллиона структур в июле 2021 до 200 миллионов структур. То есть почти у каждого белка в UniProt теперь есть предсказанная и доступная структура.

Вместе с продолжением работы на AlphaFold’ом в DeepMind также преуспели в основании Isomorphic Labs и сотрудничестве с Francis Crick Institute.