И ещё: Aric Prater из UCSF рассказывает о том, что надо высыпаться.

Заметка от Wired, в которой есть видео по теме.

Свежая обложка январского Nature Ecol&Evol радует.

Оказывается, так можно было, и Illumina больше не будет покупать Pacific Biosciences.
Наверное, это хорошо для рынка секвенирования.

Клетке нужны микротрубочки, а чтобы их делать, клетке нужно много тубулина. Когда неполимеризанного αβ-тубулина становится слишком много, запускается деградация мРНК тубулина.

Этот механизм авторегуляции зависит от процесса трансляции и в том числе от N-терминального мотива β-тубулина MREI (Met-Arg-Glu-Ile).

Чтобы узнать, что распознаёт этот мотив, Lin et al. воспользовались технологией photocrosslinking'а из 1986 года (Kauer et al.), а именно тубулином с искусственной аминокислотой Bpa (p-benzoyl-l- phenylalanine), так что после облучения ультрафиолетом цепочка N-терминальных аминокислот β-тубулина оказывалась ковалентно связанной с разными белками.

Так авторы наткнулись на TTC5 (крио-ЭМ структура в PDB – 6T59, в EMDB – EMD-10380). TTC5 связывается с 28S рРНК и рядом с выходным туннелем рибосомы, что позволяет специфично пометить рибосомы, только начавшие транслировать тубулин, и, видимо, активировать факторы деградации мРНК.

Как при этом регулируется сам TTC5, до сих пор не понятно. Вероятно, есть какой-то ингибитор, подавляющий связывание TTC5 с рибосомными комплексами, и этот ингибитор инактивируется избытком αβ-тубулина в клетке.

· Science Perspective
· Science Report
· Nature Research Highlight

В 2020 реклама секвенаторов — это как реклама нового iPhone.
В общем, новые NextSeq’и подъехали. Риды максимум 2x150bp, однако.

В Nature вышла статья про AlphaFold от DeepMind.

Никогда такого не было, и вот опять.

🦠#COVID19

Стремительными темпами не только распространяется SARS-CoV-2, но и выходят новые препринты и статьи. Поэтому этот текст — размером в пять сообщений максимальной длины — пришлось опубликовать в телеграфе.

Зеркало на graph.org

ELLIS (European Laboratory for Learning and Intelligent Systems) — это европейская инициатива по развитию рисёрча в области машинного обучения, в том числе прикладного.
В начале апреля они провели воркшоп в формате прямой трансляции о том, как научные группы с разнообразной экспертизой работают с данными по #COVID19.

Лайвстрим оказался популярным, и организаторы решили продолжить подобные воркшопы на регулярной основе.
Следующий стрим — в среду 15 апреля в 14:30 по Москве, вот ссылка на расписание воркшопа и информацию о докладчиках.

Они также делают доступными записи воркшопов в специальном канале на YouTube.

Не знаю, кто рисует MBE обложки, но порой они особенно прекрасны.

Seeker своим недавним видео напомнили про автоматизацию экспериментов и лаборатории, в которых работают роботы.

Рассказывают они про компанию под названием Strateos. Оказывается, летом 2019 Transcriptic, упоминаемая неоднократно выше, объединилась с 3Scan, в результате чего появлась на свет Strateos.

Что ж, будем следить за успехами автоматизации под новым именем. 🙂

​​(Re)Discovering Protein Structure and Function Through Language Modeling

Trained solely on unsupervised language modeling, the Transformer's attention mechanism recovers high-level structural (folding) and functional properties of proteins!

Why this is important: traditional protein modelling requires lots of computational power. This might be a key to more efficient structure modelling. Protein structure => function. Function => faster drug research and understanding of diseases mechanisms.

Blog: https://blog.einstein.ai/provis/
Paper: https://arxiv.org/abs/2006.15222
Code: https://github.com/salesforce/provis

#DL #NLU #proteinmodelling #bio #biolearning #insilico

Одной летучей мышке удалось заразить коронавирусом 14 млн человек, но что позволяет им быть хостами и не страдать от болезни самим? Оказывается, мышам удалось перехитрить вирусы примерно тогда же, когда вымерли динозавры — 65 млн лет назад. И они переигрывают их до сих пор.

Участники международного проекта Bat1k, запущенного еще в 2017 году, чтобы расшифровать геномы всех видов летучих мышек, к настоящему времени полностью расшифровали 6 — но уже узнали много чего удивительного. Например, оказалось, что мыши отделились в отдельную группу, которая может иметь общего предка с млекопитающими, раньше, чем считалось ранее: и землеройки с мышами им вовсе не близкие родственники, а так, седьмая вода на киселе.

Ученые узнали, что летучие мыши проделали громадную работу, которая сделала их устойчивыми к инфекциям: у них отключены по крайней мере 10 генов, которые млекопитающие используют для запуска воспалительных реакций. Другие же противовоспалительные гены оказались продублированы целиком или с модификацией, что может объяснить высокую устойчивость животных к болезням. В геноме обнаружены ошмётки ДНК вирусных инфекций, перенесённых мышами — по всей видимости, за время своего существования они сталкивались с вирусами намного чаще, чем другие виды, и выработали мегазащиту. Так что супергерой тут вовсе не Бэтмен.

Пока фармкомпании гонятся за красивыми цифрами в заголовках пресс-релизов, а мы ждём ещё более высоких процентов эффективности, посмотрим хотя бы на то, какое число участников стоит за ними.
🦠#COVID19

Pfizer/BioNTech
В пресс-релизе заявлена эффективность «более 90%». 43538 участников третьей фазы клинических испытаний, из которых вторую дозу получили 38955 участников. На момент пресс-релиза заявлено о 94 заболевших среди них. В Китае эта мРНК тестируется BioNTech вместе с Fosun Pharma.

Sputnik V
Заявленная двумя днями позднее эффективность в 92% основана на 16000 участниках третьей фазы, которые уже получили две дозы, при 20 заболевших. Всего в исследовании должны будут принять участие 40000 человек. Конечно, хотелось бы деталей подобных подсчётов на основании такого небольшого числа случаев, но, видимо, мы просим слишком многого…

Moderna
Третий пресс-релиз заявляет эффективность в 94.5% на основании 30000 участников третьей фазы и 95 заболевших: 90 в контрольной группе и 5 в группе, получавших mRNA-1273. Дополняет такой детальный пресс-релиз сообщение о том, что её можно хранить целый месяц в обычном холодильнике (и до шести месяцев при -20°C).

Про мРНК-вакцины можно почитать подробнее в этом ревью, чтобы оценить, что хранение и транспортировка вакцин — далеко не единственные проблемы для их производящих фармкомпаний. В случае успеха вакцин от Moderna и Pfizer/BioNTech это будут первые вакцины на основе мРНК на рынке вакцин для человека.

2020 в ДНК (от The Verge)

Ребята в The Verge решили увековечить фотографии и видеозаписи о событиях 2020. Конечно же, точка зрения на события безнадёжно американская, но интересен выбор технологии хранения информации — ДНК. Такими делами занимаются, например, в MISL (Molecular Information Systems Lab), созданной совместно Университетом Вашингтона (UW) и компанией Microsoft. В видео Luis Ceze и Karin Strauss проводят небольшую экскурсию по их лаборатории и рассказывают базовые детали о том, как архив с файлами будет закодирован в виде нуклеотидов. ДНК при этом синтезировали в Twist Bioscience, которая разработала для этого подход на основе кремниевой платформы вместо 96-луночной плашки.

Помимо UW и Microsoft, над использованием ДНК для хранения информации занимаются и в других лабораториях, например Nick Goldman в EBI, — больше деталей в этом Nature Letter (2013) или в докладе (2019). Или вот Dina Zielinski и Yaniv Erlich с их подходом DNA Fountain для кодирования информации в ДНК (Science 2017, GitHub, TED Talk).

А файлы, которые решили сохранить в ДНК, можно посмотреть тут. Такие вот события, люди, явления.