Как-то мало об этом пишут, а между тем коллектив из исследователей МФТИ и российской компании Neurobotics сделали довольно интересную публикацию с попытками перевести сигналы ЭЭГ в картинку, которую видит перед собой человек. Т.е. буквально это end-to-end система, с одной стороны сигналы с мозга полученные через ЭЭГ, с другой стороны сгенерированная картинка, которая удивительно похожа на то, что в этот момент получал в зрительные центры мозг человека.

Конечно, пока в этом много ручной работы, например потому, что ЭЭГ дает очень шумный сигнал (много наводок от движения мышц), и вообще все это далеко от действительно хорошего замещения зрения. Но поищите видео ребят из нейроботикс, я думал что вместо результатов будет прямо каша - а там прямо явно видно, что сейчас человек видит чей-то портрет, вот непонятные геометрические узоры, а вот видео с экстремальным спортом. Прямо верю что будущее уже сильно ближе, чем мне казалось до чтения этой работы https://www.biorxiv.org/content/10.1101/787101v3.full

Ещё больше геномов: в рамках проекта The Darwin Tree of Life планируют отсеквенировать 66 тысяч видов животных с Британских островов.

https://www.ebi.ac.uk/about/news/announcements/tree-of-life-funding

Twitter | Earth Biogenome Project

Nature исполнилось 150 лет.
Очень мило, что на свой юбилей они подготовили интерактивную инфографику про публикации.

Рассказ про граф публикаций | Юбилейная страничка | Статья про статьи в Nature

К вопросу о search-and-replace (https://xn--r1a.website/compbio/321):

заметка про метод в News & Vews.

На картинке выше a: conventional genome editing, b: base editing, c: prime editing (search-and-replace).

Ну вот, опять:

https://www.nature.com/articles/d41586-019-03459-7

И ещё: Aric Prater из UCSF рассказывает о том, что надо высыпаться.

Заметка от Wired, в которой есть видео по теме.

Свежая обложка январского Nature Ecol&Evol радует.

Оказывается, так можно было, и Illumina больше не будет покупать Pacific Biosciences.
Наверное, это хорошо для рынка секвенирования.

Клетке нужны микротрубочки, а чтобы их делать, клетке нужно много тубулина. Когда неполимеризанного αβ-тубулина становится слишком много, запускается деградация мРНК тубулина.

Этот механизм авторегуляции зависит от процесса трансляции и в том числе от N-терминального мотива β-тубулина MREI (Met-Arg-Glu-Ile).

Чтобы узнать, что распознаёт этот мотив, Lin et al. воспользовались технологией photocrosslinking'а из 1986 года (Kauer et al.), а именно тубулином с искусственной аминокислотой Bpa (p-benzoyl-l- phenylalanine), так что после облучения ультрафиолетом цепочка N-терминальных аминокислот β-тубулина оказывалась ковалентно связанной с разными белками.

Так авторы наткнулись на TTC5 (крио-ЭМ структура в PDB – 6T59, в EMDB – EMD-10380). TTC5 связывается с 28S рРНК и рядом с выходным туннелем рибосомы, что позволяет специфично пометить рибосомы, только начавшие транслировать тубулин, и, видимо, активировать факторы деградации мРНК.

Как при этом регулируется сам TTC5, до сих пор не понятно. Вероятно, есть какой-то ингибитор, подавляющий связывание TTC5 с рибосомными комплексами, и этот ингибитор инактивируется избытком αβ-тубулина в клетке.

· Science Perspective
· Science Report
· Nature Research Highlight

В 2020 реклама секвенаторов — это как реклама нового iPhone.
В общем, новые NextSeq’и подъехали. Риды максимум 2x150bp, однако.

В Nature вышла статья про AlphaFold от DeepMind.