Теперь есть такой блог от Сангера:

https://sangerinstitute.blog/

Кстати, в начале января в Cell вышла статья про CRISPR knockout мышиных T-хелперов второго типа (Th2). Сделали библиотеку гайдов, выключали отдельные гены и смотрели, как это влияло на ответ на активацию или дифференциацию Th2.

Новостная заметка | PDF

Похоже на интересный датасет, чтобы поинтегрировать разные омики!

bioRxiv постепенно вводит автоматическую генерацию HTML-версий статей из PDF. В первую очередь для удобства поиска и индексирования.

https://twitter.com/cshperspectives/status/1092429289067372550

Борис рассказывает про AlphaFold по мотивам доклада в EBI:
http://borisburkov.net/blog/2019-02-07-1.

См. также https://moalquraishi.wordpress.com/2018/12/09/alphafold-casp13-what-just-happened/.

И скоро появится data availability tab! 😃
https://twitter.com/ashleydfarley/status/1096438893526896640

​​DeepSlide: A Sliding Window Framework for Classification of High Resolution Microscopy Images (Whole-Slide Images)

DeepSlide, our #DeepLearning library for classification/visualization of high-resolution pathology images is open-source and available on GitHub.

GitHub: https://github.com/BMIRDS/deepslide

#histopathology #healthcare #PyTorch

​​Weakly supervised mitosis detection in breast histopathology images using concentric loss

Weakly-supervised mitosis detection in breast histopathology images shows that only using one-click annotation can obtain the best performances on three challenging datasets.

Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1361841519300118?dgcid=author

#healthcare #medical #CV #cancer #DL

Не влюбляйся, не пей вина и на лбу себе высеки...

https://www.nature.com/articles/s41598-019-40765-6


Комментарий авторов Медузе:
https://meduza.io/feature/2019/03/14/kvantovaya-istoriya-bendzhamina-battona-fizik-gordey-lesovik-ob-eksperimente-po-peremescheniyu-v-proshloe

​​A deep learning framework for nucleus segmentation using image style transfer

One of the challenges in applying DL to tissue and cell analysis (which can be used to, but not which usage is not limited to, cancer diagnostics) is boosting annoted training sets. This paper may help with the matter.

Link: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/580605v1
#deeplearning #microscopy

​​Important article in Nature about statistical significance

Scientists rise up against statistical significance — about motion to move from widely using and quoting statistical significance to confindence intervals.

Link: https://www.nature.com/articles/d41586-019-00857-9

#statistics #statsignificance #nature #science

На излюбленном distill.pub новая статья — про гауссовские процессы.

https://distill.pub/2019/visual-exploration-gaussian-processes/

В Nature вышли две статьи, демонстрирующие, как нокаут гена может приводить к активации транскрипции других генов.

В 2015 Rossi et al. показали, что нокаут egfl7 в Данио-рерио активирует экспрессию других генов, компенсирующих таким образом мутацию egfl7.

Теперь El-Brolosy et al. и Ma et al. показали, как может работать подобный компенсаторный механизм. Если мутация приводит к возникновению "преждевременного" стоп-кодона, это может активировать механизм NMD (nonsense-mediated RNA decay) и фрагментации мРНК. Образовавшиеся некэпированные олигонуклеотиды обеспечивают специфичность ответа, путешествуя, согласно одной из моделей, в ядро вместе с факторами распада РНК, например Upf3a, и связываясь там с паралогами деградировавшего гена. Далее, согласно Ma et al., Upf3a привлекает метилазы семейства COMPASS, что изменяет паттерн метилирования гистона H3 (в частности, увеличение маркера активных промоторов H3K4me3).

- Nature News & Views
- Ma et al., 2019
- El-Brolosy et al., 2019
- Rossi et al., 2015

А также ежемесячная — или еженедельная?.. — рубрика в Science про work-life balance в академии: Taking a break is hard work, too.

Тем временем по планете шагает Deep Learning, а Fabian Theis со своими мюнхенскими коллегами опубликовал довольно подробное ревью про то, для каких задач Deep Learning уже используется в геномике.

https://www.nature.com/articles/s41576-019-0122-6

Пока все возбуждены фотографией чёрной дыры, любопытные статьи, конечно же, не перестают выходить.

NASA Twins Study
Исследование с размером выборки n=1, в котором один из монозиготных близнецов пробыл на орбите год. Идея состояла в том, чтобы собрать много параметров — от экспрессии генов, метилирования ДНК и длины теломер до когнитивных способностей.
Исследование интересно и уникально само по себе, — несмотря на весь скепсис про размер выборки в твиттере, — и один из прикладных выводов состоит в том, что долгое пребывание в космосе — это непросто для человеческого тела. Это включает в себя и изменение паттернов экспрессии генов, и увеличение числа хромосомных инверсий и числа коротких теломерных повторов, и ослабление когнитивных способностей — даже спустя 6 месяцев пребывания на Земле после полёта.
Актуально всё это в том числе и для полётов на Марс (которые, вероятно, будут занимать не меньше чем полгода в одну сторону).

Статья в Science | Обсуждение на HackerNews | Обсуждение на Reddit


CD22
Ингибирование CD22 — одного из рецепторов на поверхности B-клеток — восстанавливает фагоцитоз, который менее активен в мозге старых мышей, что в итоге приводит к улучшению когнитивных функций. Авторы описывают результаты CRISPR–Cas9 нокаута CD22 на клеточной линии BV2 (клетках микроглии) и блокировке CD22 антителами — специфично в центральной нервной системе, для чего мышкам в течение месяца вводили антитела в цереброспинальную жидкость.

Статья в Nature | Обсуждение на Reddit


Denisovans
Про 161 геном из Индонезии и Новой Гвинеи, в которых (в геномах, а не в островах) нашли следы целых двух новых групп Денисовских людей.

Статья в Cell | Обсуждение на Reddit


Ссылки на r/science служат очередным напоминанием о том, что это может быть одним из немногих мест в интернете, способным поддерживать веру в человечество. 🙂

Очередной совет спать больше — с щепоткой интересных наблюдений про случаи, когда всего один полиморфизм, например в гене DEC2, позволяет спать на пару часов меньше.

The New Yorker | HN

‍«Математические прогулки» — так называет­ся проект, который когда-то запустил Институт проблем передачи информации им. А. А. Харкевича РАН совместно со Сколковским ­институтом науки и технологий (Сколтех). Учёные в непринуждённом формате рассказывают, чем они занимаются и где мы можем встретить результаты их исследований. «КШ» решил прогуляться с Григорием Кабатянским, советником по науке ректора Сколтеха, профессором НИУ ВШЭ и главным научным сотрудником ИППИ РАН.

https://kot.sh/statya/3805/progulki-s-matematikoy

Продолжаем традиционную рубрику про сон статьёй из Journal of Research in Personality.

В изложении Британского Психологического Общества это звучит как минимум как повод задуматься.

По традиции — оживлённая дискуссия (и очередь из несогласных) на HN.

Твит Hadley Wickham’а, которого не понаслышке знают дата-сайентисты и R коммьюнити, напомнил о том, что будущее — вместе с WebAssembly — наступает семимильными шагами.

Mozilla активно участвует в разработке решений для того, чтобы в браузере работал код, написанный на разных языках, в первую очередь C, C++ и Rust.

Уже сейчас можно компилировать код под WebAssembly.

https://twitter.com/hadleywickham/status/1126978852763439104