Нобелевскую премию по химии вручили за Cryo-EM: за разработку криоэлектронной микроскопии для определения структуры биологических молекул в растворе с высоким разрешением.
NobelPrize.org
The Nobel Prize in Chemistry 2017
The Nobel Prize in Chemistry 2017 was awarded jointly to Jacques Dubochet, Joachim Frank and Richard Henderson "for developing cryo-electron microscopy for the high-resolution structure determination of biomolecules in solution"
В последнем выпуске Science специальный раздел посвящён single-cell геномике, транскриптомике и эпигеномике. И это очень здорово.
Среди всех методов смотреть на отдельные клетки сейчас, пожалуй, наиболее широко используется scRNA-seq. Так, single-cell транскриптомика оказалась очень мощным методом для иммунологических исследований, позволяя изучать дифференциацию клеток, выделять субпопуляции и строить траектории по единичным клеткам. Здесь же точка соприкосновения с нейробиологией: изучение микроглии (резидентных макрофагов ЦНС), например, на мышиной модели болезни Альцгеймера, — а также изучение разнообразия антигенных рецепторов.
Непостредственно нейробиологии в свете spatial transcriptomics и scRNA-seq посвящена отдельная статья.
Но транскриптомикой сейчас не ограничиваются: в единичных клетках смотрят и на места посадки транскрипционных факторов и гистоновые метки (с помощью scChIP-seq), и на модификации ДНК (5mC, 5hmC, 5fC), и на доступность хроматина (scATAC-seq) и его структуру (scHi-C).
И сама по себе сложна и прекрасна вычислительная сторона вопроса: технологии не идеальны, и у них есть свои ограничения, но это не должно мешать отвечать на биологические вопросы.
В Nature тоже про scRNA-seq пишут: отсеквенировали малярийного плазмодия на разных стадиях его развития. Да, в статье есть графики t-SNE, на которых удаётся обозначить отдельные стадии., а также проследить траекторию развития плазмодия.
#singlecell #transcriptomics
Среди всех методов смотреть на отдельные клетки сейчас, пожалуй, наиболее широко используется scRNA-seq. Так, single-cell транскриптомика оказалась очень мощным методом для иммунологических исследований, позволяя изучать дифференциацию клеток, выделять субпопуляции и строить траектории по единичным клеткам. Здесь же точка соприкосновения с нейробиологией: изучение микроглии (резидентных макрофагов ЦНС), например, на мышиной модели болезни Альцгеймера, — а также изучение разнообразия антигенных рецепторов.
Непостредственно нейробиологии в свете spatial transcriptomics и scRNA-seq посвящена отдельная статья.
Но транскриптомикой сейчас не ограничиваются: в единичных клетках смотрят и на места посадки транскрипционных факторов и гистоновые метки (с помощью scChIP-seq), и на модификации ДНК (5mC, 5hmC, 5fC), и на доступность хроматина (scATAC-seq) и его структуру (scHi-C).
И сама по себе сложна и прекрасна вычислительная сторона вопроса: технологии не идеальны, и у них есть свои ограничения, но это не должно мешать отвечать на биологические вопросы.
В Nature тоже про scRNA-seq пишут: отсеквенировали малярийного плазмодия на разных стадиях его развития. Да, в статье есть графики t-SNE, на которых удаётся обозначить отдельные стадии., а также проследить траекторию развития плазмодия.
#singlecell #transcriptomics
Science
Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease
The immune system varies in cell types, states, and locations. The complex networks, interactions, and responses of immune cells produce diverse cellular ecosystems composed of multiple cell types, accompanied by genetic diversity in antigen receptors. Within…
Об этом, кажется, ещё долго будут говорить: RNA editing with CRISPR-Cas13.
Такая система заменяет аденозин на инозин.
Статья в Science
Новость на сайте Broad Institute
Такая система заменяет аденозин на инозин.
Статья в Science
Новость на сайте Broad Institute
Science
RNA editing with CRISPR-Cas13
Efficient and precise RNA editing to correct disease-relevant transcripts holds great promise for treating genetic disease. Cox et al. took advantage of the ability of Cas13b, an effector from a type VI CRISPR-Cas system, to target specific RNAs directly…
Science продолжает радовать своими Special Issues. На этот раз это современная нейробиология, и в нескольких статьях освещены те вопросы, на которые мы не первое десятилетие пытаемся найти ответы.
Science
Science: 358 (6362)
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
Работу Cas9 можно увидеть своими глазами! https://www.nature.com/articles/s41467-017-01466-8
Чтобы отправздновать двадцатипятилетие Wellcome Trust Sanger Institute, отсеквенируют 25 видов животных.
Вот как нужно отмечать юбилеи!
http://www.sanger.ac.uk/news/view/25-species-revealed-25-genomes-project
http://www.sanger.ac.uk/science/collaboration/25-genomes-25-years
Вот как нужно отмечать юбилеи!
http://www.sanger.ac.uk/news/view/25-species-revealed-25-genomes-project
http://www.sanger.ac.uk/science/collaboration/25-genomes-25-years
Forwarded from addmeto
Невероятно интересный лонгрид про применение систем ИИ к здравоохранению и вообще к теме персонального здоровья. Не буду коментировать, обязательно прочитайте если вам интересна тема здоровья, медицины, ИИ и (что тоже важно) государственного регулирования совмещения этих тем.
По сути это статья, показывающая как из фейла одного интересного проекта в этой области человечество может извлечь много плюсов. Но читайте сами. Если не в состоянии - прочитайте хотяб конклюжн.
https://link.springer.com/article/10.1007/s12553-017-0179-1
По сути это статья, показывающая как из фейла одного интересного проекта в этой области человечество может извлечь много плюсов. Но читайте сами. Если не в состоянии - прочитайте хотяб конклюжн.
https://link.springer.com/article/10.1007/s12553-017-0179-1
SpringerLink
Google DeepMind and healthcare in an age of algorithms
Health and Technology - Data-driven tools and techniques, particularly machine learning methods that underpin artificial intelligence, offer promise in improving healthcare systems and services....
Отрывок из книги «Behave: The Biology of Humans at Our Best and Worst» Роберта Сапольски.
Обязательно к прочтению.
http://nautil.us/issue/49/the-absurd/why-your-brain-hates-other-people
Обязательно к прочтению.
http://nautil.us/issue/49/the-absurd/why-your-brain-hates-other-people
Nautilus
Why Your Brain Hates Other People
As a kid, I saw the 1968 version of Planet of the Apes. As a future primatologist, I was mesmerized. Years later I discovered an anecdote…
Потрясающая статья в Scientific American под названием «In Silico Flurries: Computing a world of snowflakes».
https://blogs.scientificamerican.com/sa-visual/in-silico-flurries/
https://blogs.scientificamerican.com/sa-visual/in-silico-flurries/
Scientific American Blog Network
In Silico Flurries
Computing a world of snowflakes
Тут даже сделали браузер по снежинкам: http://mkweb.bcgsc.ca/snowflakes/
И это, если вы не заметили, от Martin'а Krzywinski — автора Circos и Hive Plot.